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Képès, François

Overview
Works: 53 works in 106 publications in 2 languages and 2,399 library holdings
Genres: Popular works 
Roles: Author, Scientific advisor, Editor, Contributor, Thesis advisor, Publishing director, htt, Opponent
Classifications: QH324.2, 572.80285
Publication Timeline
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Most widely held works by François Képès
Biological networks by François Képès( )

17 editions published in 2007 in English and held by 1,311 WorldCat member libraries worldwide

This volume presents an overview of biological networks at all organization levels in the spirit of the complex systems approach. It discusses the transversal issues and fundamental principles as well as the overall structure, dynamics, and modeling of a wide array of biological networks at the molecular, cellular, and population levels. Anchored in both empirical data and a strong theoretical background, the book therefore lends valuable credence to the complex systems approach
Bioinformatics : genomics and post-genomics by Frédéric Dardel( Book )

16 editions published between 2006 and 2011 in English and held by 719 WorldCat member libraries worldwide

Provides a clear and concise introduction to the use of bioinformatics to analyse genomic data. It covers basic studies of the genome as well as more advanced post--genomic analysis, and features both biological problems and concepts from informatics. Translated from a successful French edition that was itself based on a course at the well--respected Ecole Polytechnique in Paris
Chimie et biologie de synthèse : les applications by Maison de la Chimie( Book )

5 editions published between 2018 and 2021 in French and English and held by 75 WorldCat member libraries worldwide

La 4è de couv. indique : "Il se passe en biologie de synthèse ce qui s'est passé en chimie aux siècles précédents. La connaissance des éléments chimiques, de la nature des réactions et des liaisons chimiques a conduit à l'explosion d'une industrie chimique qui a bouleversé nos vies quotidiennes. Aujourd'hui la connaissance du génome d'un organisme et la capacité de le modifier profondément ou même d'insérer des gènes qui n'existent pas dans la nature (ingénierie du génome) permettent le contrôle de fonctions biologiques complexes de cet organisme vivant. La biologie de synthèse sait ainsi amener les organismes simples (bactéries, levures) à "faire le travail" qu'on souhaite, comme produire un médicament ou réaliser des réactions chimiques autrement inatteignables. Elle donne ainsi progressivement naissance à une toute nouvelle branche industriellle capable de bouleverser tant la gestion de la santé (médicaments, diagnostics) que celle de l'environnement (gestion des ressources ou gestion des déchets organiques). Des chercheurs et des industriels viennent ici expliquer d'une manière compréhensible, appuyée sur des exemples, leurs recherches et leurs réalisations. Les perspectives de la biologie de synthèse - si impressionnantes qu'on la qualifie souvent de créatrice de nouveaux organismes vivants parce qu'elle crée de nouveaux génomes donc de nouvelles machineries enzymatiques - apparaissent dans un contexte concret."
Bioinformatique : génomique et post-génomique by Frédéric Dardel( Book )

4 editions published between 2002 and 2006 in French and held by 74 WorldCat member libraries worldwide

Bioinformatics : genomics and post-genomics( Book )

6 editions published between 2006 and 2007 in English and held by 45 WorldCat member libraries worldwide

La biologie de synthèse, plus forte que la nature? by François Képès( Book )

1 edition published in 2011 in French and held by 33 WorldCat member libraries worldwide

Dans le tourbillon de la vie : biofiction by Sophie Képès( Book )

3 editions published in 2002 in French and held by 17 WorldCat member libraries worldwide

Analyse : Roman didactique
Biologie 2.0 by Charles-Antoine de Rouvre( Visual )

2 editions published in 2016 in French and held by 16 WorldCat member libraries worldwide

Extrait de la jaquette : "La sélection naturelle a produit ce qui existe aujourd'hui sur notre planète. Mais nous ne dépendons plus des limites de la biologie. Nous avons dirigé l'évolution pour contrôler la nature et améliorer notre monde, avec l'agriculture et l'élevage. Aujourd'hui, nous pouvons lire et écrire l'ADN, manipuler des systèmes biologiques, et faire évoluer l'évolution. En explorant des chemins encore inexplorés par la Nature, les scientifiques veulent produire du Vivant inédit, des cellules utiles pour l'Humanité, plus efficaces que n'importe quelle usine ... Certains font de la "rétro-évolution", fouillant le passé d'espèces anciennes et disparues, imaginant utiliser l'ADN du mammouth pour créer des éléphants résistants au froid. Les ingénieurs du vivant standardisent les pièces de la vie, pour les assembler et essayer de nouvelles combinaisons ... Exactement comme procéderait un ingénieur en aéronautique pour concevoir le nouveau design d'un avion. Peut-on réduire la vie à un jeu de lego? Le vivant, sans cesse en évolution, est si imprévisible et complexe ... Le cauchemar de Frankenstein résonne encore."
Biologie 2.0 by Charles-Antoine de Rouvre( Visual )

1 edition published in 2016 in French and held by 11 WorldCat member libraries worldwide

Extrait de la jaquette : "Faire de la biologie de synthèse c'est faire ce que la Nature n'aurait jamais fait ... Ou plutôt copier ce que la Nature nous a donné, en lui attribuant d'autres fonctions. Certains produits issus de cette techno-science sont déjà sur le marché. Les stars de la Silicon Valley produisent un médicament contre la Malaria ou un biocarburant à partir de sucre, comme on brasse de la bière. Mais la Biologie de Synthèse c'est aussi une autre manière de faire de la recherche, hors des sentiers battus, en toute liberté, à la manière des bio-hackers ou des bio-geeks qui prônent l'open-source et la biologie de garage. Lors de compétitions internationales, de jeunes universitaires laissent libre cours à leur imagination pour concevoir des cellules aux propriétés innovantes, des plus sérieuses aux plus fantastiques. Au milieu de cette frénésie créative, le FBI et son unité de lutte contre les menaces biologiques veille. Mais les craintes de dérives ne se limitent pas aux problèmes de bio-sécurité. Peut-on produire du vivant à grande échelle sans perturber l'écologie globale? Orgueil, démesure et aveuglement des scientifiques? Le mythe d'Icare n'est jamais loin."
Biologie 2.0 by Charles-Antoine de Rouvre( Visual )

1 edition published in 2016 in French and held by 11 WorldCat member libraries worldwide

Extrait de la jaquette : "Du code informatique au code génétique ... Du circuit électronique au circuit génétique ... Voici venu le temps des Ingénieurs du vivant qui programment des bactéries comme on programme un ordinateur. Ils veulent construire des cellules qui n'existent pas dans la nature, capables de s'adapter et de répondre à leur environnement, pour prendre des décisions et accomplir des tâches. Elles peuvent devenir des machines très utiles ... dans le domaine de la santé par exemple. Certaines sont programmées pour lutter contre les bactéries et les infections résistantes, d'autres deviennent des bio-capteurs qui supervisent le métabolisme en cas de diabète ou d'obésité, prenant en charge le diagnostic et la première intervention en produisant une protéine thérapeutique. Mais comment anticiper les problèmes de bio-sûreté et bio-sécurité, avant toute commercialisation? Ces découvertes touchent à notre bien commun, la Vie ... Qui sera le propriétaire de ce vivant 2.0?"
Bioinformatics : genomics and post-genomics by François Képès( Book )

2 editions published in 2006 in English and held by 7 WorldCat member libraries worldwide

Proceedings of the Autrans seminar on modelling and simulation of biological processes in the context of genomics by Autrans seminar on modelling and simulation of biological processes in th context of genomics( Book )

1 edition published in 2002 in English and held by 6 WorldCat member libraries worldwide

Proceedings of the Dieppe spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics : May 12th to 16th 2003( Book )

1 edition published in 2003 in English and held by 6 WorldCat member libraries worldwide

Bioinformatique by Frédéric Dardel( Book )

2 editions published in 2001 in French and held by 4 WorldCat member libraries worldwide

Biologie 2.0 by Charles-Antoine de Rouvre( Visual )

1 edition published in 2016 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Extrait de la jaquette : "De la cellule à l'organisme, de la molécule à l'écosystème, le Vivant foisonne ... La Biologie s'est attachée à observer cette Nature fascinante, pour la comprendre et la maîtriser. Aujourd'hui, des ingénieurs du vivant veulent fabriquer de nouveaux organismes. C'est le pari de la Biologie de synthèse. Cette techno-science, ou biologie 2.0, promet de résoudre nos problèmes de santé, d'environnement, d'énergie ... S'agit-il d'une nouvelle et ultime révolution industrielle? Peut-on réécrire le livre de la Vie, le programmer et l'utiliser comme une machine? Les plus grands chercheurs, stars de la Biologie de Synthèse, nous ouvrent les portes de leurs écosystèmes, des forêts enneigées canadiennes aux campagnes brésiliennes, en passant par les massifs de la Sierra Nevada, les villes européennes et les plages californiennes ... Tout au long de ce road-movie scientifique, nous découvrons ce que la Nature n'aurait jamais fait, la biologie de demain."
Prédiction de la localisation cellulaire des protéines à l'aide de leurs séquences biologiques by Hugues Richard( Book )

2 editions published in 2005 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Les compartiments cellulaires, de par les frontières membranaires qui les définissent, permettent l'accomplissement de taches métaboliques diverses au sein de la cellule. Cette spécialisation en domaines intracellulaires induit donc une différentiation dans la fonction des protéines qui les composent. Le grand nombre de gènes orphelins produits ces dernières années par les projets de séquençages motive la mise au point de méthodes efficaces pour la prédiction ab-initio de la localisation cellulaire des protéines. Ainsi la majorité de ce travail de thèse s'intéresse au problème de la prédiction du compartiment cellullaire d'une protéine à partir de sa séquence primaire. Nous nous sommes attachés à proposer des alternatives descriptives aux méthodes existantes de prédiction de la localisation cellulaire en utilisant : (1) de nouveaux descripteurs issus de la séquence nucléique, (2) une approche par chaînes de Markov cachées (CMC) et arbres de décision. L'approche par CMC est justifiée biologiquement a posteriori car elle permet la modélisation de signaux d'adressage conjointement à la prise en compte de la composition globale. En outre, l'étape de classification hiérarchique par arbre améliore nettement les résultats de classification. Les résultats obtenus lors des comparaisons avec les méthodes existantes et utilisant des descripteurs fondés sur la composition globale possèdent des performances similaires
CiliaCarta: an integrated and validated compendium of ciliary genes by Teunis J. P. van Dam( )

1 edition published in 2019 in English and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Abstract: The cilium is an essential organelle at the surface of mammalian cells whose dysfunction causes a wide range of genetic diseases collectively called ciliopathies. The current rate at which new ciliopathy genes are identified suggests that many ciliary components remain undiscovered. We generated and rigorously analyzed genomic, proteomic, transcriptomic and evolutionary data and systematically integrated these using Bayesian statistics into a predictive score for ciliary function. This resulted in 285 candidate ciliary genes. We generated independent experimental evidence of ciliary associations for 24 out of 36 analyzed candidate proteins using multiple cell and animal model systems (mouse, zebrafish and nematode) and techniques. For example, we show that OSCP1, which has previously been implicated in two distinct non-ciliary processes, causes ciliogenic and ciliopathy-associated tissue phenotypes when depleted in zebrafish. The candidate list forms the basis of CiliaCarta, a comprehensive ciliary compendium covering 956 genes. The resource can be used to objectively prioritize candidate genes in whole exome or genome sequencing of ciliopathy patients and can be accessed at http://bioinformatics.bio.uu.nl/john/syscilia/ciliacarta/
La convergence des modularités structurelles et fonctionnelles des systèmes complexes by Nicolas Omont( Book )

2 editions published in 2009 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The aim of this thesis is to investigate the structure-function convergence in complex systems by way of applications to living systems and technical-economical systems. Once having both defined modularity and identified the difficulties coupled to its core definition, this thesis formalizes the structure-function convergence in evolutive and functional systems and illustrates the interest of this concept with regard to the evolvability and robustness of these systems. Furthermore, this concept is applied to open questions in real biological and economic systems. In the field of genomics, this thesis establishes that the length of bacterial operons, which are structural and functional modules at the same time, is limited by the interactions of transcription and replication mechanisms. Then, this thesis make the hypothesis that the modular structure defined by recombination hotspots at least partially corresponds to the functional modularity defined by genes. This enables to develop a new method to analyse genetic association studies. It is based on a partition of the genome into bins with boundaries based on gene boundaries. This method renders easier the understanding of the functional mechanism of their action on the studied character. Indeed, it analyses directly the association of individual or group of genes with this character. On the structural level, results are of a quality comparable to those obtained obtained through standard methods. However, the gene based partition will need to be refined in order to obtain a fully useful functional analysis. Finally, when considering the opening-up of the European electricity market, the correspondence between structure and function of actors issued from the reorganization suggests that the structure-function convergence principle is correctly applied. However, the present structural relationships between actors prevent the system from reaching the desired optimality. This optimality includes energy exchanges which impose coupling constraints on the system. Thanks to the price decomposition theory, we propose a framework to define tariffs useful to improve such relationships, particularly those linking production and transmission operators. As a conclusion, this thesis shows (a) the limit of structure-function convergence implied by the length limit of bacterial operons, (b) the feasibility of a gene based bin analysis of genome-wide genetic association studies, (c) the importance of improving the relationships between production and transmission operators in order to assume a joint optimization of investments in production and transmission capacities. This thesis sums up these results in the conceptual framework of structure-function convergence, which postulates that the modular structure of evolutive and functional systems tend to superimpose their functional modularity in order to give them robustness and evolvability
Proceedings of the Lille spring school on modelling complex biological systems in the context of genomics april 7th-11th, 2008 Lille( Visual )

1 edition published in 2008 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Challenges in experimental data integration within genome-scale metabolic models by Pierre-Yves Bourguignon( )

1 edition published in 2010 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

A report of the meeting "Challenges in experimental data integration within genome-scale metabolic models", Institut Henri Poincaré, Paris, October 10-11 2009, organized by the CNRS-MPG joint program in Systems Biology
 
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