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Sippl, W.

Overview
Works: 7 works in 7 publications in 2 languages and 59 library holdings
Roles: dgs, Contributor
Publication Timeline
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Most widely held works by W Sippl
Investigations on the human Myt1 Kinase substrate studies, assay development and inhibitor screening by Alexander Rohe( )

1 edition published in 2014 in English and held by 24 WorldCat member libraries worldwide

Myt1 is an important cell cycle regulating kinase. Herein, systematic substrate studies revealed the kinase to be restrictive in terms of substrate acceptance. While simplified proteins (peptides) were not accepted, full-length proteins were efficiently phosphorylated. Since protein substrates are problematic in screening assays, a kinase binding assay based on time-resolved fluorescence resonance energy transfer was established and a first inhibition profile for this kinase was obtained. As an alternate assay, a fluorescence polarization based kinase binding assay was developed and formerly unknown inhibitors were identified. Finally, peptide microarray studies helped resolve the Myt1 substrate issue. Indeed, two peptides derived from this approach could be verified and validated as Myt1 substrates also in solution phase
Evaluation und Anwendung von verschiedenen virtuellen Screening-Methoden am Beispiel von Proteinkinasen by Daniel German Erlenkamp( )

1 edition published in 2014 in German and held by 14 WorldCat member libraries worldwide

Virtuelle Screening Methoden sind heute ein integraler Bestandteil bei der Suche und Entwicklung von neuen pharmazeutischen Wirkstoffen. Sie werden eingesetzt um aus eine großen Menge unterschiedlicher Verbindungen diejenigen zu identifizieren, die mit dem Zielprotein auf die gewünschte Art interagieren. Die größten Unterschiede hierbei gibt es im Bereich der Konformationsgenerierung und der Bewertungsfunktionen. Bei einer retrospektiven Studie an Proteinkinasen zeigte sich, dass alle hier verwendeten Methoden im Durchschnitt eine ähnlich gute Leistung erzielten, um zwischen bekannten aktiven und bekannten inaktiven Verbindungen zu unterscheiden. Auch eine Kombination von Bewertungsfunktionen führte insgesamt nicht zu einer deutlichen Verbesserung. Es gab jedoch bei einzelnen Kinasefamilien Unterschiede hinsichtlich der Qualität der Ergebnisse
Strukturbasiertes Design niedermolekularer Hemmstoffe von Histon-Methyltransferasen by Ralf Heinke( )

1 edition published in 2014 in German and held by 13 WorldCat member libraries worldwide

Arginin- und Lysinmethyltransferasen zählen zu den histonmodifizierenden Enzymen und spielen eine Rolle in der Transkriptionsregulation der Zelle. Sie sind auch in die Pathogenese von u.a. Krebs und kardiovaskulären Erkrankungen involviert und stellen somit potentielle Arzneistofftargets dar. Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Suche nach niedermolekularen Hemmstoffen von Protein-Arginin- und Protein-Lysin-Methyltransferasen (PRMT1, PRMT4/CARM1, SET7/9) und liefert Einblicke in das Bindungsverhalten bekannter Hemmstoffe und Substrate. Dabei wurden vor allem die Methoden des Molecular Modelings, wie Virtuelles Screening, Ähnlichkeitssuche, Pharmakophorsuche, Homologiemodellierung, molekulares Docking, Moleküldynamiksimulation oder Freie Enthalpieberechnungen mit der MM-PBSA Methode verwendet. Basierend auf einem Homologiemodell der humanen PRMT1 sowie den publizierten Inhibitoren Allantodapson und Stilbamidin wurden virtuelle Screenings nach weiteren Hemmstoffen durchgeführt. Die gefundenen Verbindungen wurden anschließend biologisch in vitro charakterisiert. Einige Verbindungen wurden für die synthetische Weiterentenwicklung ausgewählt, gleichzeitig konnten weitere Hemmstoffe durch eine Ähnlichkeitssuche identifiziert werden. Mittels Protein-Protein-Docking wurde ein Enzym-Substrat-Modell der humanen PRMT1 mit einem Histon-H4-Substratpeptidfragment erstellt. Außerdem wurden Dockingstudien zu publizierten Hemmstoffen von PRMT4/CARM1 sowie ein Virtuelles Screening an der Lysinmethyltransferase SET7/9 durchgeführt. Schließlich konnte mit der Berechnung freier Bindungsenthalpien durch die MM-PBSA-Methode am Beispiel bekannter Hemmstoffe der Lysinmethyltransferase G9a ein methodischer Ansatz etabliert werden, der für weitere Arbeiten hilfreich ist
Molecular modeling studies on dengue and West Nile Virus NS2B/NS3 protease inhibitor interaction by K Wichapong( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Evaluation of the performance of 3D virtual screening programs: docking vs. structure-based pharmacophore by G Erlenkamp( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Metabolitenanalyse von transgenen Brassica napus Linien mit erniedrigtem Sinapinsäureester-Gehalt by Karina Hettwer( )

1 edition published in 2012 in German and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

In Samen von Brassica napus (Raps) akkumulieren antinutritive Sinapinsäureester, die die Verwendung des Samenproteins als Nahrungs- und Futtermittel limitieren. Im Rahmen dieser Arbeit erfolgte die umfassende Charakterisierung qualitativer und quantitativer Veränderungen im Primär- und Sekundärstoffwechsel von ausgewählten gentechnisch veränderten Rapslinien mit erniedrigtem Sinapinsäureester-Gehalt. Die samenspezifische Suppression von UGT84A9 (UDP-Glucose:Sinapinsäure Glucosyltransferase) mittels dsRNA-Interferenz führte zu einer stabilen Absenkung des Gesamt-Sinapinsäureester-Gehaltes auf 44 %. Die samenspezifische Co-Suppression von UGT84A9 und BnSCT (Brassica napus 1-O-Sinapoylglucose:Cholin Sinapoyltransferase) resultierte in einem verbleibenden Sinapinsäureester-Gehalt von 63 %. Die erfolgreichste Strategie stellt die kombinierte samenspezifische Suppression von UGT84A9 und die Überexpression einer Sinapinesterase (BnSCE3) mit einem verbleibenden Sinapinsäureester-Gehalt von 6 - 8 % dar. Die samenspezifische Suppression der Sinapinsäureester-Biosynthese konnte durch die Analyse des Metabolitenprofils während der Samen- und Keimlingsentwicklung bestätigt werden. Neben der Absenkung des Sinapinsäureester-Gehaltes wurden vorwiegend in reifen Samen weitreichende Veränderungen des Primär- und Sekundärstoffgehaltes beobachtet. Diese erlauben erste Hypothesen zur Veränderung des Metaboliten-Flusses durch den Phenylpropanstoffwechsel. Die Fitness der Pflanzen war unter Gewächshausbedingungen nicht eingeschränkt. In den Keimpflanzen war eine verzögerte Akkumulation von Sinapoylmalat zu beobachten, die jedoch keine Auswirkungen auf die UV-B-Stressantwort hatte. Ebenso konnten keine signifikanten Veränderungen wertgebender Komponenten wie Öl- oder Proteingehalt festgestellt werden
Lignane und lignanhaltige Asteraceenextrakte - estrogene und antioxidative Eigenschaften und stereochemische Aspekte der Biosynthese by Ulrike Müller( )

1 edition published in 2010 in German and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

For the determination of matairesinol chirality in the Asteraceae species Carthamus tinctorius a method for enantioseparation utilizing capillary electrophoresis was developed. Using this method just the (-)-enantiomer could be detected in the fruits and in the stems of this species. Estrogenic, antiestrogenic and antioxidant activity of lignans were assessed as well as the activity of Asteraceae fruit plant extracts which contain considerable amounts of lignans. Using the DPPH- and the FRAP-assay the tested lignans showed an antioxidant potential comparable to that of ascorbic acid. The fruit extracts from three Arctium species had a particularly strong antioxidant activity. However the main active compounds in these extracts appeared to be others than the lignans. In the work here described it has been shown that with the YES-assay it is possible to show agonistic and antagonistic activity at the estrogen receptor [alpha] for some mammalian, semisynthetic and plant lignans. The plant lignan arctigenin showed a particularly strong estrogenic activity
 
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