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Niebel, Andreas

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Works: 16 works in 19 publications in 3 languages and 21 library holdings
Roles: Opponent, Thesis advisor, Other, Contributor, Author
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Most widely held works by Andreas Niebel
Structure et fonction des complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription NF-Y au cours de l'interaction symbiotique entre Medicago truncatula et Sinorhizobium meliloti by Maël Baudin( Book )

3 editions published between 2014 and 2016 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Les plantes de la famille des légumineuses présentent la capacité d'interagir avec des bactéries du sol appelées rhizobia. Cette association conduit à la formation d'un nouvel organe racinaire: le nodule au sein duquel, les rhizobia différenciées fixent l'azote atmosphérique en ammonium assimilable par la plante. Ainsi, grâce à cette symbiose, les légumineuses sont indépendantes des engrais azotés ce qui présente un avantage économique et agronomique. Le facteur de transcription MtNF-YA1 a été identifié chez la légumineuse modèle Medicago truncatula comme un régulateur essentiel de la formation des nodules et de la pénétration des rhizobia dans la racine. MtNF-YA1 appartient à la famille des CCAAT-box binding factor qui est conservée chez l'ensemble des eucaryotes. Cette famille de facteurs de transcription présente la particularité d'agir en hétérotrimères en associant les sous-unités NF-YA, NF-YB et NF-YC. Cette forme trimèrique est essentielle au fonctionnement du facteur de transcription et lui permet de lier l'ADN mais aussi d'interagir avec d'autres régulateurs protéiques. Au cours de ce travail, nous avons tout d'abord identifié une protéine très proche de MtNF-YA1 appelée MtNF-YA2 et nous avons démontré que ces deux protéines jouent des rôles partiellement redondant au cours des étapes précoces de la symbiose rhizobienne. La deuxième partie de ce travail a consisté à la caractérisation des protéines interagissant avec ces deux sous-unités NF-YA au cours de la symbiose rhizobienne. Nous avons ainsi décrit des complexes NF-Y trimèriques symbiotiques révélant une certaine conservation chez les légumineuses et identifié deux protéines JAZ interagissant avec les sous-unités NF-Y symbiotiques. Ces études ont permis une meilleure compréhension du rôle des sous-unités NF-Y dans la symbiose rhizobienne ont permis d'identifier de nouveaux acteurs essentiels à la régulation de ce processus et ouvrent de nouvelles perspectives concernant les mécanismes de régulation et le mode d'action de NF-YA1
The small RNA diversity from Medicago truncatularoots under biotic interactions evidences the environmental plasticity of the miRNAome by Damien Formey( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Whole-genome landscape of Medicago truncatula symbiotic genes by Yann Pecrix( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Analyse fonctionnelle d'EFD, un régulateur transcriptionnel de la nodulation au cours de l'interaction symbiotique entre Medicago truncatula et Sinorhizobium meliloti by Tatiana Vernié( Book )

2 editions published in 2008 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les Légumineuses sont capables d'établir une interaction symbiotique avec des bactéries de la rhizosphère, appelées Rhizobia. Cette interaction implique deux processus strictement contrôlés par la plante : une infection bactérienne et la formation d'un nouvel organe : le nodule, dans lequel l'azote atmosphérique est réduit. Les mécanismes de ces contrôles restent peu connus. A partir d'études transcriptomiques, nous avons sélectionné un régulateur potentiel, EFD (Ethylene response Factor required for nodule Differentiation), codant pour un facteur de transcription de type ERF. Le profil d'expression d'EFD a été caractérisé par des analyses de RT-PCR quantitatives, d'hybridation in situ et de fusions promoteur:GUS. Ces études ont révélé une expression spécifique d'EFD dans les primordia nodulaires et racinaires, ainsi que dans la zone d'infection des nodules, où les bactéries et tissus végétaux se différencient. Puis, grâce à des approches de surexpression et de RNAi sur des racines transformées, et à l'analyse d'un mutant de délétion, un rôle d'EFD lors de l'initiation et de la différenciation des nodules a été mis en évidence. Enfin, une cible principale, Mt RR4, a été identifiée par une approche transcriptomique. RR4 code pour un régulateur de la réponse aux cytokinines, dont le rôle lors de l'initiation des nodules a récemment été démontré. Nous proposons donc qu'en régulant l'expression de RR4, EFD modulerait la voie de réponse des cytokinines lors de la nodulation et coordonnerait ainsi l'initiation et le développement des nodules
Caractérisation des petits ARN régulateurs impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne by Clémence Medina( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Root-Knot-Nematodes are obligate plant parasites able to infect a large panel of cultivated plants. These parasites have the ability to induce redifferentiation of five to seven root cells into specialized giant cells, hypertrophied, multinucleated and metabolically overactive. These giant cells form the feeding site upon which nematodes feed continuously until reproduction. Giant cells development leads to a root deformation, named gall, which disturbs plant nutrients absorption causing its weakening. Transcriptomic studies showed that a huge transcriptional reprogramming occurs during gall development. This project aims to characterize the role of small RNAs, non-coding RNAs, during gall development induced by M. incognita. Small non-coding RNAs are key regulators of gene expression and include two major families: microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs). Thus, small RNAs from roots of the model plant Arabidopsis thaliana healthy or infected by M. incognita were characterized by Next Generation Sequencing at 7 and 14 days after infection, two important stages of gall development. This study led to the identification of 24 plant microRNAs differentially expressed in galls compared to uninfected roots. Functional analysis of these miRNAs validated the expression pattern in galls of five miRNAs and demonstrated the role of miR159 in the plant response to M. incognita. In addition, a genome-wide approach was used to identify genes that could be regulated by siRNAs during the interaction. In conclusion, this work contributed todemonstrate, on one hand, the involvement of microRNAs in the plant - RKN interaction and allowed the identification of genes potentially regulated by small interfering and involved in the formation of giant cells induced by root-knot nematodes
Étude du rôle des facteurs de transcription MtNF-YA1 et MtNF-YA2 dans les étapes précoces de la symbiose rhizobienne chez medicago truncatula by Tom Laloum( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Plants belonging to the legume family are able to establish a nitrogen fixation symbiosis with soil bacteria called Rhizobia, resulting in the formation of new organs called root nodules, in which differentiated bacteria fix atmospheric nitrogen to the benefit of the host plant. The bacterial Nod Factors (NFs) are known as key players responsible for the host specificity, and are able, in the absence of bacteria, to trigger many early plant responses. MtNF-YA1, in Medicago truncatula, is a gene whose expression is strongly up-regulated during the nodulation process. It encodes a subunit of the CCAAT-Binding Factor (CBF) also called NF-Y complex. The NF-Y transcription factor is composed of three different subunits (NF-YA, NF-YB and NF-YC). While in animals each NF-Y subunit is encoded by a single gene, a structural and functional diversification has occurred in plants, leading to the emergence of gene families. Using RNAi and mutant analyses, we previously showed that MtNF-YA1 is involved in the maintenance of the nodule meristematic activity. During my PhD, we provided evidences for the involvement of MtNF-YA1 during earlier stages of symbiotic root infection. We have shown that MtNF-YA1, together with the closely-related MtNF-YA2, is involved in the early NF signaling pathway leading to the activation of the MtENOD11 marker-gene. In parallel, the study of NF-Y trimeric complexes in which MtNF-YA1 acts to control early steps of nodulation led to the identification of potential NF-YB and NF-YC partners
Étude du processus de rupture de l'interaction symbiotique medicago truncatula / sinorhizobium meliloti : rôle de cystéine protéases by Olivier Pierre( )

1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Medicago truncatula est une Légumineuse établissant une interaction symbiotique avec une bactérie tellurique de la famille des Rhizobiacées, Sinorhizobium meliloti. Cette interaction induit l'organogénèse racinaire d'un nouvel organe, la nodosité dans laquelle s'établit un microenvironnement propice à la différenciation de S. meliloti en bactéroïde fixateur du diazote atmosphérique. Ce dernier réduit ainsi le N2 atmosphérique en ammonium, assimilé ensuite par la plante hôte. Cette réduction étant très endergonique M. truncatula fournit aux bactéroïdes des substrats carbonés issus de la photosynthèse. Cependant, cette interaction n'est pas pérenne, du fait de la mise en place d'un processus de sénescence ; processus conduisant à la lyse des bactéroïdes et des cellules hôtes végétales. Cependant, à l'heure actuelle, ce processus de rupture symbiotique reste largement méconnu. Afin de mieux caractériser ce processus de sénescence, nous avons développé de nouveaux outils cytologiques permettant par microscopie confocale de suivre in vivo la viabilité, mais également le fonctionnement des bactéroïdes au sein de la cellule hôte végétale. Ces nouvelles approches cytologiques pourraient ainsi offrir de nouvelles perspectives pour une caractérisation plus précise du déroulement du processus de sénescence nodositaire. Dans le cadre de ce travail de thèse, nous avons également cherché à déterminer l'implication de deux cystéines protéases dans la mise en place du processus de sénescence nodositaire. Une des caractéristiques de ce processus de sénescence est une hausse de l'activité protéolytique, notamment des activités cystéine protéases. L'analyse transcriptomique par cDNA-AFLP du processus de sénescence nodositaire (Van de Velde et al. 2006) a pu mettre en évidence 508 gènes différentiellement exprimés dont deux cystéines protéases, MtCP6 et MtVPE. L'analyse spatio-temporelle de MtCP6 et MtVPE, par fusion transcriptionnelle avec le gène rapporteur GUS, a permis de mettre en évidence l'induction de ces deux gènes lors du processus de sénescence nodositaire aussi bien développementale qu'induit par un traitement abiotique ou lors d'une interaction symbiotique non efficace. De plus, nous avons pu démontrer, par génétique inverse, que la diminution de l'expression de ces deux protéases retarde la mise en place du processus de sénescence, alors que leur expression précoce conduit à la promouvoir. Enfin, l'étude par microscopie confocale de la localisation subcellulaire de ces protéases par fusion traductionnelle avec la GFP, démontre leur adressage aux bactéroïdes. Nos données tendent donc à démontrer le rôle clef de MtCP6 et de MtVPE dans le processus de sénescence nodositaire, où ces protéases pourraient participer directement au déclenchement d'une dégradation des bactéroïdes
Étude fonctionnelle de la famille des facteurs de transcription ERF-VIIs chez Medicago truncatula : régulateurs clés de l'adaptation au manque d'oxygène by Martina Rovere( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les légumineuses sont connues pour leurs capacités à établir une relation symbiotique avec des bactéries du sol fixatrices de l'azote atmosphérique. Cette interaction aboutit à la formation d'un nouvel organe au niveau des racines, la nodosité, au sein duquel le symbiote convertit l'azote atmosphérique (N2) en ammoniac, qui peut être directement consommé par les plantes. A l'intérieur de cette nodosité, la concentration en oxygène (O2) est maintenue à un très faible niveau car la réaction de réduction du N2 par l'enzyme bactérienne nitrogénase est inhibée par des traces d'oxygène. Un mécanisme de perception directe de l'O2 impliquant des membres de la famille des facteurs de transcription « Ethylene Responsive Factors » (ERFs) du groupe VII a récemment été découvert chez Arabidopsis thaliana. Ces facteurs de transcription (FT) possèdent une extrémité N-terminale caractéristique avec un résidu de cystéine à la seconde position. Dans des conditions normales d'O2, les FT sont conduit à la dégradation suivant une voie spécifique du protéasome. En condition de stress hypoxique, les TFs sont stabilisés et peuvent activer l'expression des gènes de réponse à l'hypoxie. Il a été démontré que la présence d'O2 et de NO était nécessaire pour déstabiliser ces protéines, et qu'une réduction de la disponibilité de l'un ou l'autre des gaz est suffisante pour protéger le résidu cystéine N-terminale de l'oxydation. L'objectif de cette thèse a été d'étudier le rôle de la famille ERF-VII dans la perception et l'adaptation au manque d'O2 chez M. truncatula. Des travaux ont aussi été menés pour déterminer l'importance du NO dans le fonctionnement en microoxie de la nodosité. Quatre gènes codant pour des facteurs de transcription de la famille ERF-VII ont été identifiés dans le génome de M. truncatula. La caractérisation de cette famille au niveau transcriptionnel a révélé que seul MtERF-B2.2 était induit par le stress hypoxique et au cours du développement des nodosités. Les trois autres, MtERF-B1.1, MtERF-B1.11 et MtERF-B2.3, sont constitutivement exprimés dans les feuilles, les racines et les nodosités. Pour étudier la stabilité de la protéine MtERF-B2.1, l'orthologue de RAP2.12 principal ERF-VII décrit dans la perception de l'O2 chez Arabidopsis, en fonction de la disponibilité de O2/NO, nous avons réalisé une protéine de fusion entre l'extrémité N-terminale de notre protéine et la protéine rapporteur luciférase. Les résultats obtenus sur des protoplastes d'Arabidopsis montrent l'implication la partie N-terminale de MtERF-B2.1 dans la régulation de la stabilité de la protéine, mais en contradiction avec les résultats obtenus en plantes composites de M. truncatula. La fonction de MtERF-B2.1 et MtERF-B2.11 a également été étudiée dans le cadre de la réponse au stress hypoxique et au cours du processus de nodulation en utilisant une stratégie d'interférence ARN. Des racines transgéniques dérégulées sur l'expression de MtERF-B2.1 et MtERF-B2.11 ont montré un défaut d'activation de plusieurs gènes de réponses à l'hypoxie tels que l'alcool déshydrogénase (ADH1) ou la pyruvate décarboxylase (PDC1). Ces racines transgéniques ARNi-MtERF-B2.1/B2.11 sont également affectées dans l'interaction symbiotique avec une réduction significative de la capacité de nodulation et de l'activité de fixation de l'azote dans les nodules matures. En conclusion, ces travaux révèlent que le mécanisme de détection d'O2 est médié par les ERF-VII dans les nodosités de M. truncatula et que ce mécanisme, associé aux cibles moléculaires régulées en aval, participe au développement de cet organe et au maintien de la capacité de fixatrice de celui-ci. De plus, les résultats indiquent que MtERF-B2.1/B2.11 sont des régulateurs positifs du métabolisme anaérobie et que les gènes associés au cycle hémoglobine-NO sont susceptibles d'activer d'autres voies de génération d'ATP
Étude du rôle des facteurs de transcription MtNF-YA1 et MtNF-YA2 dans les étapes précoces de la symbiose rhizobienne chez medicago truncatula by Tom Laloum( Book )

1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Plants belonging to the legume family are able to establish a nitrogen fixation symbiosis with soil bacteria called Rhizobia, resulting in the formation of new organs called root nodules, in which differentiated bacteria fix atmospheric nitrogen to the benefit of the host plant. The bacterial Nod Factors (NFs) are known as key players responsible for the host specificity, and are able, in the absence of bacteria, to trigger many early plant responses. MtNF-YA1, in Medicago truncatula, is a gene whose expression is strongly up-regulated during the nodulation process. It encodes a subunit of the CCAAT-Binding Factor (CBF) also called NF-Y complex. The NF-Y transcription factor is composed of three different subunits (NF-YA, NF-YB and NF-YC). While in animals each NF-Y subunit is encoded by a single gene, a structural and functional diversification has occurred in plants, leading to the emergence of gene families. Using RNAi and mutant analyses, we previously showed that MtNF-YA1 is involved in the maintenance of the nodule meristematic activity. During my PhD, we provided evidences for the involvement of MtNF-YA1 during earlier stages of symbiotic root infection. We have shown that MtNF-YA1, together with the closely-related MtNF-YA2, is involved in the early NF signaling pathway leading to the activation of the MtENOD11 marker-gene. In parallel, the study of NF-Y trimeric complexes in which MtNF-YA1 acts to control early steps of nodulation led to the identification of potential NF-YB and NF-YC partners
Analyse fonctionnelle d'EFD, un régulateur transcriptionnel de la nodulation au cours de l'interaction symbiotique entre Medicago truncatula et Sinorhizobium meliloti by Tatiana Vernié( )

1 edition published in 2008 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Leguminous plants can establish symbiotic interaction with bacteria from the rhizosphere, called Rhizobia. During this interaction, plants control tightly two mechanisms: bacterial infection and formation of a new organ, the nodule in which nitrogen is fixed. But how plants control these mechanisms is still largely unknown. Starting from transcriptomic studies, we selected a potential regulator, EFD (Ethylene response Factor required for nodule Differentiation), coding for a transcription factor belonging to the ERF family. The expression profile of EFD has been characterized by quantitative RT-PCR, in situ hybridization and promoter:GUS fusion. These studies revealed a specific expression of EFD in nodule and root primordia, and in the infection zone of mature nodules, where bacteria and plant tissues differentiate. Using overexpression and RNAi approaches on transformed roots, and study of a deletion mutant, we then showed that EFD plays a role to control the number of nodules and their differentiation. Finally, we identified a major target of EFD by a transcriptomic approach. This target, Mt RR4, encodes a cytokinin response regulator. Cytokinins have recently been shown to be positive regulators of nodule initiation. Consequently, we propose that by regulating RR4 expression, EFD modulates the cytokinin pathway during nodulation to coordinate nodule initiation and development
Régulation de la sénescence des nodules chez Medicago truncatula by Li Yang( )

1 edition published in 2020 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les légumineuses peuvent s'associer aux rhizobia pour développer de nouveau un organe racinaire, la nodosité racinaire. La nodosité racinaire peut réduire l'azote atmosphérique en azote disponible pour l'hôte végétal. Ainsi, la symbiose fixatrice d'azote joue un rôle important dans l'agriculture avec des apports directs d'azote aux plantes cultivées. Dans la première partie de la thèse, nous avons caractérisé l'impact de la carence bactérienne en GSH sur la différenciation bactérioïde et le fonctionnement des nodules lors de l'interaction symbiotique entre Medicago truncatula et Sinorhizobium meliloti. Des marqueurs physiologiques, biochimiques, cellulaires et génétiques ont été utilisés pour décrire le nodule fonctionnant dix et vingt jours après l'inoculation de la plante. Nos résultats ont montré que la carence bactérienne en GSH n'affecte pas la différenciation bactérioïdienne. Cependant, elle induit un processus précoce de sénescence des nodosités chez M. truncatula. Au cours de la sénescence des nodosités, les activités protéolytiques sont augmentées et se terminent par la dégradation finale des bactéroïdes et des cellules végétales. Par conséquent, les protéases se révèlent être les enzymes caractéristiques de la sénescence des nodosités. Au début de la sénescence nodositaire, une cystéine protéase de la famille des papaïnes, MtCP6 est un bon marqueur moléculaire pour l'initiation de la sénescence des nodules. En ce qui concerne la deuxième partie de la thèse, une analyse consistant en une série de délétion du promoteur de MtCP6 a été réalisée pour identifier les séquences régulatrices présentes sur le promoteur CP6 et impliquées dans la sénescence nodulaire. Afin de comprendre la régulation transcriptionnelle de la sénescence nodositaire chez M. truncatula. Ensuite, la région cis-régulatrice identifiée (67 pb, NS) a été validée pour fonctionner dans l'activation de la transcription dans la zone nodulaire III-IV. Nous avons pu montrer que les tétramères de NS peuvent induire la transcription dans la zone de sénescence de la nodosité. Afin de déterminer l'importance de NS par rapport au promoteur complet (-1710 pb), une analyse fonctionnelle a été réalisée avec suppression de la boîte NS sur le promoteur complet et sur le promoteur minimal (-254 pb). De plus, la validation les rôles potentiels des motifs CAAT, WRKY et Dof localisés dans la séquence NS en 5' a été réalisée à l'aide de délétions sites spécifiques. Finalement, la technique de “yeast-one-hybrid” a été utilisée pour identifier des facteirs de transcription interagissant avec le fragment NS. Les résultats préliminaires sont présentés.Dans leur ensemble, les résulats permettent une meilleure compréhension de la régulation et du fonctionnement de la sénescence nodulaire
Characterization of MtNOOT and PsCOCH genes in Medicago truncatula and Pisum sativum : two versatile regulators of plant development recruited for symbiotic nodule identity by Jean-malo Couzigou( )

1 edition published in 2011 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les plantes de la famille des légumineuses ont la particularité d'héberger intracellulairement des bactéries du sol communément appelées rhizobia. Cette interaction symbiotique se déroule au sein de la nodosité, un organe formé de-novo au niveau racinaire. L'activité nitrogénase bactérienne y permet la réduction de l'azote atmosphérique en NH3 assimilable par la plante. Si les mécanismes moléculaires gouvernant la reconnaissance entre les deux partenaires, l'infection intracellulaire et l'organogénèse des nodosités ont été particulièrement bien décrits au cours des dernières décennies ; peu d'informations sont quant à elles disponibles sur l'origine de ce programme morphogénétique nouveau chez les Angiospermes. Les nodosités des deux légumineuses modèles Medicago truncatula et Pisum sativum sont qualifiées d'indéterminées en raison de la persistance d'un méristème en position apicale. Les nodosités des mutants noot (nodule-root) chez M. truncatula et coch (cochleata) chez le pois développent des racines ectopiques à partir des tissus vasculaires des nodosités, montrant ainsi que les nodosités et racines sont plus apparentées que leur simple comparaison anatomique ne pouvait le suggérer. En outre, l'activité mérsitématique des nodosités est fortement perturbée chez ces deux mutants qui présentent des nodosités multilobées et élargies. Nous avons montré que les gènes MtNOOT et PsCOCHLEATA étaient orthologues aux gènes AtBLADE-ON-PETIOLE1 et 2 qui codent deux activateurs transcriptionels redondants et cruciaux pour la régulation de nombreux processus développementaux chez Arabidopsis thaliana. En raison de la forte conservation des fonctions biologiques des protéines NOOT, BOPs et COCH, notamment pour la régulation de la morphologie foliaire et florale, de l'architecture de l'inflorescence et de la formation des zones d'abscission, nous proposons que ces fonctions représentent les fonctions ancestrales de la famille des gènes NBCL (NOOT BOP COCH LIKE). L'étude de déterminants hormonaux et génétiques du méristème racinaire dans les nodosités sauvages et mutantes noot ainsi que la caractérisation de l'homéose nodule/racine nous ont permis de dégager des parallèles importants entre les tissus périphériques de la nodosité et ceux de la racine. Nous proposons donc un modèle de développement des tissus vasculaires de la nodosité par co-option du programme racinaire dont la répression est en partie assurée par NOOT
Étude du rôle d'une Ribonucléase de type III, MtRTL1b, lors du développement des nodosités fixatrices d'azote chez l'espèce modèle Medicago truncatula by Jérémy Moreau( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La majorité des Légumineuses sont capables d'établir une symbiose avec des bactéries du sol nommées Rhizobia. Lors de cette interaction symbiotique, un nouvel organe est formé, la nodosité. Dans cet organe, les bactéries fixent l'azote atmosphérique au profit de la plante hôte. Pendant la symbiose Rhizobia-Légumineuse, deux grands changements transcriptômiques ont été observés par différentes technologies, comme le RNASeq (Maunoury et al., 2010) ou les expériences de microarrays (Benedito et al., 2008). Ces grands changements interviennent aux différentes étapes de développements des nodosités et sont médiés par différents régulateurs de l'expression génique comme certains FTs clés et des petits ARN. Ces petits ARN régulateurs sont produits après le clivage de précurseurs de long ARN double brin ou d'ARN en épingle à cheveux par des enzymes particulières de la famille des ribonucléases de type III (RNase III), nommées DICER-LIKE (DCL). De plus, des gènes codant des RNases III additionnelles sont présents dans le génome de plantes et leurs rôles restent encore à être déterminés.Dans cette étude, nous avons caractérisés la famille des RNases III chez Medicago truncatula mais aussi chez d'autres espèces de légumineuse. Nous avons également recherchés l'implication de MtRTL1b, une RNase III, lors du développement des nodosités.Cette RNase III est un orthologue spécifique des nodosités d'AtRTL1, un répresseur de silencing chez Arabidopsis thaliana. Tout d'abord, nous avons montré que l'expression de ce gène est activée juste avant la différenciation et est principalement restreinte à l'interzone, là où les bactéroïdes deviennent totalement différenciés dans les cellules hôtes, et dans la zone de fixation de la nodosité. La répression de l'expression de MtRTL1b, par ARN interférence dans des racines transgéniques, affecte le développement de la nodosité, la fixation de l'azote et la viabilité des bactéroïdes. Un phénotype opposé est observé lorsque MtRTL1b est exprimé de façon ectopique dans la racine. Les analyses des données de séquençage nous ont permis de mettre en évidence que le RNAi conduit à la sous-expression de 1038 gènes, incluant plus de 109 gènes codant des NCRs qui sont des peptides intervenant dans le développement des bactéroïdes et/ou pour leur viabilité dans les nodosités indéterminées. De plus,des gènes impliqués dans les voies métaboliques et la régulation de l'état d'oxydo-réduction mais aussi dans le processus symbiotique, comme la leghémoglobine, sont également sous-exprimés. Des données de séquençage de petits ARN et d'ARN double brins sont en cours d'analyse afin de caractériser les changements dans les populations de petit ARN et identifier les substrats ARN double brin de cette RNase III lors du développement des nodosités
La biogenèse des galles induites par des phyto-nématodes dépend de l'hyperactivation du cycle cellulaire : études fonctionnelles des nouveaux acteurs du cycle mitotique et de l'endocycle dans les cellules géantes by Danila Cabral do Nascimento( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Lors des vingt dernières années, l'utilisation d'Arabidopsis thaliana en tant que plante modèle a permis d'accélérer les découvertes biologiques dans l'étude de nombreuses interactions plante-pathogènes tant au niveau moléculaire que cellulaire. Arabidopsis réagis de manière similaire aux plantes cultivées face aux attaques de nombreux pathogènes, y compris les nématodes. Meloidogyne incognita est un nématode endoparasite de la racine des plantes causant de lourdes pertes agronomiques estimées à plusieurs milliards de dollars par an. Afin d'induire la formation de sites nourriciers dans la racine de l'hôte, les nématodes à galles. Ceci a pour effet d'induire la formation de cellules géantes à l'origine des nodosités observées sur la racine de l'hôte communément appelées galles. Lors de la formation des sites nourriciers, les cellules géantes ont pour caractéristiques d'être hypertrophiées et poly-nucléés du fait de l'absence ou de l'interruption de la cytokinèse et de nombreux cycles successifs d'endoreduplication. Ainsi, une caractéristique cruciale du développement du nématode est l'hyper activation du cycle cellulaire dans les galles. Le cycle cellulaire eucaryote est conservé et caractérisé par la phase S (réplication de l'ADN), suivie par la phase mitose (M), la cytokinèse et la division cellulaire. Celles-ci sont entrecoupées par la phase G1 (Gap 1) qui relie la fin de la mitose, et la phase G2 (Gap 2) qui relie la fin de la synthèse de l'ADN. L'endocycle est une variante du cycle cellulaire dans laquelle la réplication se produit sans mitose, induisant le doublement du contenu en ADN cellulaire pour chaque endocycle. L'hyper activation du cycle cellulaire est essentielle pour la biogenèse de la galle induite par les nématodes et un équilibre précis entre les phases mitotiques et endocycliques est essentiel pour la réussite du parasitisme. Dans le cadre de ma thèse de doctorat, nous avons étudié les conditions préalables nécessaires à l'établissement d'une galle fonctionnelle induite par M. incognita. Je me suis particulièrement concentrée sur l'étude fonctionnelle de gènes du cycle cellulaire de la plante jouant un rôle dans la mitose et l'endoreduplication lors de l'interaction plante-nématode. Pour répondre à cette question j'ai réalisé des études fonctionnelles de nouveaux acteurs du cycle cellulaire chez Arabidopsis stimulant (E2F), inhibant (ABAP1 et son-interactor) ou contrôlant (WEE1) le cycle cellulaire des galles. Les résultats obtenus démontrent que les gènes étudiés ici sont essentiels pour la formation et le maintien des sites nourriciers des nématodes. Notre étude fonctionnelle et notre analyse moléculaire montrent que l'absence ou la surexpression de facteurs de transcription E2Fa et E2Fb affectent gravement le développement de la galle et la reproduction des nématodes et perturbent le cycle cellulaire des galles, validant ainsi leur importance pour le développement du site d'alimentation des nématodes. Nous avons également cherché à déterminer si le stress induit par les nématodes déclenche un checkpoint control pendant la progression du cycle cellulaire dans les galles. Par conséquent, une analyse fonctionnelle du facteur de transcription WEE1 a été réalisée et a montré que son absence induit une mitose plus précoce dans les sites nourriciers, affectant ainsi le développement des galles et la reproduction des nématodes. L'utilisation de drogues, d'un marqueur de stress SMR7, ainsi que d'une lignée exprimant un gène rapporteur sous le contrôle du promoteur du gène PARP1 (impliqué dans la réparation de l'ADN) ont suggéré l'activation du checkpoint control G1/S dans les galles. Les données présentées dans cette thèse ont apporté des connaissances fondamentales pour une meilleure compréhension du contrôle du cycle cellulaire lors de la biogenèse de la galle, ainsi que lors du développement de la plante
Rôle du facteur de remodelage de la chromatine BAF60 au cours de la progression du cycle cellulaire et du développement chez Arabidopsis thaliana by Teddy Jégu( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Bien que l'ADN contenu dans les cellules eucaryotes permette le stockage de l'information génétique, c'est l'empaquetage de l'ADN en chromatine qui permet d'organiser finement cette information au cours du développement des organismes. Cependant cette structure constitue une barrière pour l'accessibilité de séquences d'ADN régulatrices. Ainsi, il existe différents mécanismes qui permettent de moduler la structure de la chromatine afin de définir le programme transcriptionnel spécifique de chaque cellule durant le développement des organismes. Dans cette étude nous avons montré que BAF60, une sous unité des complexes de remodelage de la chromatine de type SWI/SNF, favorise la transition florale en réprimant l'expression du gène FLC, répresseur de la floraison, et en contrôlant la formation d'une boucle intra-génique sur ce gène via la modulation de la condensation de la chromatine, la composition en histone et la régulation de marques épigénétiques au niveau de ce locus. De plus, nous avons mis en évidence que BAF60 agit sur la croissance des racines en régulant négativement la production de cytokinines et en favorisant la progression du cycle cellulaire grâce à son rôle sur l'architecture chromatinienne. Nous avons également montré que BAF60 se fixe préférentiellement sur les G-box des gènes actifs au niveau des régions sans nucléosome. BAF60 est exprimé durant le jour et favorise la répression de gènes impliqués dans l'élongation de l'hypocotyle. L'ensemble des résultats obtenus dans cette étude a montré que BAF60 régule des étapes clés du développement d'Arabidopsis thaliana en modulant l'architecture chromatinienne afin de réguler l'expression de nombreux gènes indispensables à différentes voies développementales de la plante. Comprendre comment BAF60 peut réguler l'organisation chromatinienne au sein de tissus spécifiques constituera le prochain défi
Untersuchung des Skalierungsgesetzes der Mikrostrukturen von Schmetterlingsschuppen by Andreas Niebel( Book )

1 edition published in 2009 in German and held by 1 WorldCat member library worldwide

 
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Andreas Niebel researcher

Andreas Niebel wetenschapper

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