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Biogéosciences (Dijon)

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Most widely held works by Biogéosciences (Dijon)
Intérêts du phénotypage de la personnalité pour améliorer la lutte biologique : cas d'étude chez l'auxiliaire Trichogramma evanescens by Silène Lartigue( )

2 editions published in 2021 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Une approche prometteuse pour améliorer l'utilisation des agents de lutte biologique en protection des cultures repose sur la prise en compte de leurs variations intra-spécifiques sur des traits liés aux capacités des agents de lutte à être élevés en masse ou à contrôler les ravageurs au champ. Dans ce contexte, les variations comportementales interindividuelles qui sont stables au cours du temps et des situations (appelées aussi personnalité) n'ont jamais été considérées dans les programmes de lutte biologique, alors qu'elles (i) peuvent être héritables et (ii) sont corrélées à des traits liés à la valeur sélective et peuvent donc impacter l'efficacité des auxiliaires des cultures. Les deux objectifs majeurs de cette thèse étaient (i) de développer des protocoles expérimentaux permettant de mesurer les traits de personnalité chez l'auxiliaire de lutte biologique parasitoïdes d'œufs Trichogramma evanescens, et (ii) d'évaluer la faisabilité et l'intérêt de l'utilisation des phénotypages de personnalité dans des programmes d'amélioration génétique de cet auxiliaire : estimer l'héritabilité des traits de personnalité et étudier leurs relations avec des traits liés à la fitness et aux performances de lutte biologique. Dans ce but, nous avons développé un protocole de suivi vidéo permettant de mesurer des traits de personnalité et avons pu caractériser des traits liés à la personnalité (mais également la fécondité, la longévité et la taille) sur plus de mille femelles issues de 24 lignées isogéniques de T. evanescens. Nous avons mis en évidence pour la première fois chez cette espèce l'existence de variations interindividuelles stables dans des traits comportementaux liées à l'audace, à l'activité et à l'exploration. Nous avons montré des différences de personnalité entre les 24 lignées isogéniques utilisées, ce qui souligne que les variations comportementales observées ont une part d'origine génétique (les valeurs d'héritabilité au sens large que nous avons estimées varient de 0,06 à 0,11). Nous avons également mis en évidence l'existence d'un compromis évolutif (ou trade-off) entre l'exploration et la fécondité chez ces lignées. Nous avons ensuite mené des expérimentations dans des champs de maïs, sur 38 points de lâchers, afin d'attribuer à ces lignées des variables liées à leurs mouvements et parasitisme sur le terrain, comme le nombre d'agrégats d'œufs hôtes parasités et les distances moyenne et maximale observées le point de lâcher et les sites de ponte. Nos résultats suggèrent que la personnalité a un effet sur la distance entre point de lâcher et site de ponte chez T. evanescens sur le terrain, alors que nous n'avons observé aucun effet des variables liées à des traits classiquement considérés dans les programmes de lutte biologique (fécondité, longévité et taille). Pour conclure, nous avons pour la première fois évalué le lien entre des traits de personnalité mesurés en laboratoire et le mouvement d'un auxiliaire de lutte biologique sur le terrain, et nous discutons des perspectives d'études à venir et de développements nécessaires pour permettre d'intégrer les traits de personnalité dans les programmes de sélection des auxiliaires de lutte biologique dans le but d'augmenter l'efficacité de ces derniers
Origine sédimento-diagénétique de réservoirs carbonatés microporeux : exemple de la formation Mishrif (Cénomanien) du Moyen-Orient by Matthieu Deville de Periere( Book )

2 editions published in 2011 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La microporosité représente jusqu'à 95% de la porosité totale des réservoirs à hydrocarbures et des aquifères dans les calcaires crétacés du Moyen-Orient. Dans ces sédiments microporeux, la porosité est modérée à excellente (jusqu'à 35%), tandis que la perméabilité est faible à modérée (jusqu'à 190mD). A l'inverse, mes faciès microporeux peuvent former des niveaux denses, avec de très faibles porosité et perméabilité (respectivement 2-8% et 0,01-2mD). Dans ce travail, les échantillons proviennent essentiellement de la Formation Mishrif (Cénomanien), mais aussi de la Formation Habshan (Berriasien/Valanginien), afin d'examiner les grandes différences verticales et latérales des propriétés pétrophysiques. Le MEB a été utilisé pour étudier deux contrôles potentiels des qualités réservoir : (1) la morphologie des particules micritiques (forme et contacts intercristallins), et (2) la cristallométrie des micrites, définie comme la taille médiane des particules mesurées sur les clichés MEB. Les données morphométriques ont été comparées avec trois paramètres pétrophysiques (porosité, perméabilité, distribution des rayons de seuil de pore). Les résultats montrent que les matrices micritiques peuvent être subdivisées en trois classes pétrophysiques. La Classe C (micrites strictement microporeuses avec des cristaux grossiers ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents) est composée de particules grossières (>2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (8-28%), des perméabilités faibles à modérées (0,2-190mD), et des rayons de seuils de pores (PTR) moyens supérieurs à 0,5µm. Cette Classe C est généralement observée dans les shoals bioclastiques riches en rudistes, où de nombreux facteurs sédimentaires (hydrodynamisme...) peuvent défavoriser le dépôt des particules les plus fines. L'étude diagénétique montre que ces micrites grossières peuvent aussi être expliquées par une dissolution précoce des fines particules d'aragonite et de HMC dans des fluides météoriques oxydants, permettant la formation in-situ de surcroissances sur les particules de LMC au sommet de la nappe phréatique météorique. Ces processus induisent une augmentation de la taille des particules micritiques, une lithification précoce de la boue carbonatée, et donc une stabilisation minéralogique précoce des micrites grossières de la Classe C. La Classe F (micrites strictement microporeuses avec des cristaux fins ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents, est composée de particules fines (<2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (3-35%), mais des valeurs de perméabilité souvent inférieures à 10mD, et des PTR inférieurs à 0,5µm. Cette Classe F est souvent observée dans les sédiments déposés en domaine de plate-forme interne boueuse. La formation de ces micrites fines est aussi expliquée par une stabilisation minéralogique précoce des particules micritiques dans des eaux météoriques confinées, favorisant les processus de néomorphisme, pouvant continuer au cours de l'enfouissement. Plus tard, au cours de l'enfouissement de la série, les qualités réservoirs des Classes C et F sont localement améliorées par de la dissolution mésogénétique (probablement liée à des acides organiques) affectant la matrice micritique durant la mise en charge des réservoirs. La Classe D est formée par des matrices micritiques denses, composées de cristaux anhédraux ou subhédraux avec des contacts fusionnés. Elle présente de très faibles données de porosité et de perméabilité. Ces micrites sont uniquement observées dans les niveaux de plate-forme interne et forment des intervalles inter-réservoirs, généralement en association avec des stylolites et un contenu argileux important, pouvant dépasser 10%. Quelque soit leur mode de formation, ces trois classes peuvent être incorporées dans les futures études de rock-typing portant sur les réservoirs carbonatés microporeux du Moyen-Orient
Personnalité, stratégies d'approvisionnement et d'appariement chez les diamants mandarins (Taeniopygia guttata) by Morgan David( Book )

2 editions published in 2011 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

En biologie évolutive, la variation phénotypique a longtemps été réduite au substrat sur lequel agissait la sélection naturelle. Toutefois, la constance intra-individuelle et le maintien intra-populationnel de certains comportements conduisirent au milieu des années 90 au développement du concept de personnalité animale, basé sur la caractérisation de traits tels que la néophobie, l'agressivité, les tendances exploratoires ou la prise de risque. De nombreuses études montrent que la personnalité est soumise à la sélection naturelle et est reliée à certaines stratégies biodémographiques, telles que la dispersion ou le comportement anti-prédateur.Les liens entre la personnalité animale et les stratégies d'appariement et d'approvisionnement, deux composantes fondamentales de la vie des organismes, ont pourtant été négligés jusqu'ici. Nous nous sommes donc attachés au cours de cette thèse à déterminer l'influence de la personnalité sur certains comportements sexuels et alimentaires à l'aide d'un organisme modèle en écologie comportementale : le Diamant mandarin (Taeniopygia guttata). Puis, à l'inverse, nous avons souligné le rôle des sélections naturelle et sexuelle dans le maintien des variations de personnalité.Nos principaux résultats indiquent que certains traits de personnalité mesurés sont inter-corrélés au niveau de notre population captive d'oiseaux, définissant un syndrome comportemental. De plus, la personnalité prédit de manière différentielle le succès d'approvisionnement entre les contextes de compétition par exploitation et par interférence. Ainsi, les individus proactifs sont dominants lors d'épisodes de compétition par interférence mais souffrent d'un plus faible succès d'approvisionnement lors de jeux producteur-chapardeur. Ces résultats soulèvent la possibilité que la sélection naturelle favorise différentes personnalités dans différents contextes, offrant un mécanisme d'explication du maintien des variations intra-populationnelles de personnalité. De plus, ils suggèrent que la personnalité contraint l'optimalité des comportements à travers les situations. Enfin, dans un contexte de choix du partenaire, nous avons montré que la personnalité des femelles utilisées dans des tests de préférence par association influence les mesures de la sélectivité, des scores de préférence et de leur répétabilité.L'étude conjointe de la personnalité animale et des stratégies d'appariement et d'approvisionnement constitue ainsi une voie prometteuse dans l'explication du maintien des variations de personnalité par sélections naturelle et sexuelle, ainsi que dans l'étude de l'influence de la personnalité sur les stratégies biodémographiques des organismes en contextes alimentaire et sexuel
Dynamique et génétique des populations de cistude d'Europe Emys orbicularis by Sébastien Ficheux( Book )

2 editions published in 2013 in French and English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La dispersion, caractérisée par les mouvements d'individus dans l'espace conduisant à la production d'un flux de gènes, permet la connectivité des populations. L'étude de la dispersion est devenue d'une importance primordiale pour prédire les conséquences des changements globaux sur la structure et la dynamique des populations. Les espèces à dispersion limitées, comme les chéloniens, sont particulièrement menacées par ces phénomènes. Cette étude se propose d'analyser la dispersion chez la Cistude d'Europe (Emys orbicularis), en régression en Europe, dans un contexte de fragmentation d'habitats et de déterminer les causes de ce comportement via l'analyse de la dynamique et de la génétique des populations. Nos résultats montrent, d'une part, que les temps de générations lents chez les cistudes (environ 12 ans) peuvent ralentir les phénomènes d'érosion génétique par dérive. Cette érosion lente est accentuée en présence de grandes populations même en milieu très fragmenté. D'autre part, la sélection aurait favorisée la philopatrie chez les femelles cistudes dans les milieux peu riches en site de ponte et de faible densité d'individus car elles ont un avantage à la territorialité. A l'inverse, le coût à la dispersion diminuerait pour les mâles car ce comportement éviterait la consanguinité. Les cistudes semblent donc très sensibles à la compétition intra-spécifique. En effet, la relaxation de la densité-dépendance des adultes permet un recrutement important de juvéniles. Cette dynamique favoriserait une récupération rapide des effectifs après une importante perturbation, ce qui est surprenant pour une espèce longévive dont les temps de résilience sont supposés lents
Diversité génétique individuelle, différenciation morphologique et comportementale entres les sexes, patterns d'appariement et paramètres démographiques chez une espèce d'oiseau tropicale et monogame, la tourterelle à queue carrée, Zenaida Aurita by Aurélie Quinard( Book )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Research in avian behavioral ecology is affected by a known bias in favour of temperate species despite the greatest diversity of tropical species and the radically remote natural conditions which make knowledge of temperate species hardly relevant to tropical species.We propose to reduce the lack of information about tropical birds through the study of a socially monogamous species, reproducing and defending an all-purpose territory all year round, the Zenaida dove, Zenaida aurita. We used monitoring data from a population of ringed birds in Barbados for six years. First, we focused on plumage coloration both to ascertain their sexually mono- or dichromatic nature and whether plumage colour reflects individual quality. We then explored pairing patterns in relation to genome-wide heterozygosity and body size (tarsus length, wing chord). To determine the strength of pair bonding, we assessed divorce rate, evaluated which hypotheses could explain divorce cases and listed the consequences of mate loss and mate switching. It was followed by the characterization of sex roles within pairs during various activities (singing, nest building, juvenile care, territorial defence). Capture-mark-recapture analysis allowed us to estimate survival rate as well as influence of heterozygosity degree and wing chord on individual survival. Zenaida dove appears to conform to the behavioral, ecological and demographic features characterizing tropical species with perennial monogamy
Diversity and phylogeography of Southern Ocean sea stars (Asteroidea) by Camille Moreau( )

2 editions published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

How is life distributed on the Southern Ocean sea floor? How can we explain species distribution patterns, their origin and the underpinning drivers? These questions are central to macroecological studies, especially in regions facing fast environmental changes. The main objective of this thesis was to describe and characterise distribution patterns of sea stars species (Echinodermata: Asteroidea) with regards to reproductive strategy (i.e. brooding versus broadcasting), a key life history trait for species dispersal. I tested whether contrasting dispersal abilities between direct developers (brooders) and species with pelagic larvae in their development (broadcasters) result in distinct diversity and distribution patterns. At the scale of the Southern Ocean, I used both biogeographic (14,000 occurrence records) and phylogeographic approaches (five genera - Diplasterias, Notasterias, Lysasterias, Bathybiaster, Psilaster) to show that 1) biogeographic patterns are highly linked to reproductive strategy but these patterns also vary according to taxonomic levels, revealing the importance of historical factors. 2) Main biogeographic patterns are congruent with results obtained in previous works for other benthic taxa highlighting the prevalence of common biogeographic patterns like: the isolation of New Zealand fauna from the Antarctic, the high richness in the Scotia Arc region (particularly in brooders), the differentiation between East and West Antarctic species, and faunal affinities between southern South America and sub-Antarctic Islands. Overall, asteroids show low endemism levels compared to previously reported values, with 29% of species only occurring in the Antarctic Zone. 3) Phylogeographic patterns indicate that reproductive strategy is not directly related to the levels of genetic diversity nor to species richness but rather to the spatial structure of species distribution. Phylogeographic patterns analysed in broadcasters can be explained by different scenarios including deep-sea colonisation routes, bipolarity or cosmopolitanism, and sub-Antarctic emergence for the genus Bathybiaster; faunal exchanges between the Antarctic and New Zealand across the Polar Front for the genus Psilaster. Phylogeography of brooders support the hypothesis of a past trans-Antarctic seaway established between the Ross and the Weddell seas during the Plio-Pleistocene. These results also show, for the first time, that the Weddell Sea is composed of a mixed asteroid fauna originating from both the East and West Antarctic. Finally, I use an exploratory approach to investigate the phylogeny and phylogeography of the entire class Asteroidea and try to reveal their origin and evolution in the Southern Ocean. I demonstrate that species richness in asteroids has been overlooked and misunderstood in the Southern Ocean and possibly also all around the world. I then argue that modern Southern Ocean sea star fauna result, for the most part, from recent diversifications. These results, altogether, raise questions about commonly accepted principles on biogeographic patterns in the Southern Ocean. This stresses the need for more global and integrative approaches for such studies
Conception et implémentation semi-automatique des entrepôts de données : application aux données écologiques by Lucile Sautot( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

This thesis concerns the semi-automatic design of data warehouses and the associated OLAP cubes analyzing ecological data.The biological sciences, including ecology and agronomy, generate data that require an important collection effort: several years are often required to obtain a complete data set. Moreover, objects and phenomena studied by these sciences are complex and require many parameter recording to be understood. Finally, the collection of complex data over a long time results in an increased risk of inconsistency. Thus, these sciences generate numerous and heterogeneous data, which can be inconsistent. It is interesting to offer to scientists, who work in life sciences, information systems able to store and restore their data, particularly when those data have a significant volume. Among the existing tools, business intelligence tools, including online analytical systems (On-Line Analytical processing: OLAP), particularly caught our attention because it is data analysis process working on large historical collections (i.e. a data warehouse) to provide support to the decision making. The business intelligence offers tools that allow users to explore large volumes of data, in order to discover patterns and knowledge within the data, and possibly confirm their hypotheses.However, OLAP systems are complex information systems whose implementation requires advanced skills in business intelligence. Thus, although they have interesting features to manage and analyze multidimensional data, their complexity makes them difficult to manage by potential users, who would not be computer scientists.In the literature, several studies have examined the automatic multidimensional design, but the examples provided by theses works were traditional data. Moreover, other articles address the multidimensional modeling adapted to complex data (inconsistency, heterogeneous data, spatial objects, texts, images within a warehouse ...) but the proposed methods are rarely automatic. The aim of this thesis is to provide an automatic design method of data warehouse and OLAP cubes. This method must be able to take into account the inherent complexity of biological data. To test the prototypes, that we proposed in this thesis, we have prepared a data set concerning bird abundance along the Loire. This data set is structured as follows: (1) we have the census of 213 bird species (described with a set of qualitative factors, such as diet) in 198 points along the river for 4 census campaigns; (2) each of the 198 points is described by a set of environmental variables from different sources (land surveys, satellite images, GIS). These environmental variables address the most important issue in terms of multidimensional modeling. These data come from different sources, sometimes independent of bird census campaigns, and are inconsistent in time and space. Moreover, these data are heterogeneous: they can be qualitative factors, quantitative varaibles or spatial objects. Finally, these environmental data include a large number of attributes (158 selected variables) (...)
Modèles de distribution et changements environnementaux : Application aux faunes d'échinides de l'océan Austral et écorégionalisation by Salomé Fabri-Ruiz( )

2 editions published in 2018 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les modifications environnementales qui affectent aujourd'hui les milieux marins recouvrent des problématiques scientifiques et sociétales majeures, d'autant que ces changements devraient s'accélérer au cours du 21ème siècle. Comprendre et anticiper la réponse de la biodiversité marine à ces changements représente un enjeu scientifique d'actualité. Les approches biogéographiques et macroécologiques constituent un cadre scientifique dans lequel il est possible d'étudier, de décrire, et de comprendre les motifs de distribution des espèces à large échelle et d'estimer leur évolution possible face aux changements environnementaux. C'est notamment le cas dans l'océan Austral où les effets du changement climatique se font déjà sentir et où les modifications environnementales associées pourraient avoir des effets profonds sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Malgré de récents efforts d'échantillonnage, nos connaissances sur la distribution des espèces dans l'océan Austral comptent encore de nombreuses lacunes attribuables au caractère récent des découvertes, à l'isolement et à l'éloignement de cet océan d'accès difficiles. Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse consistaient à mieux comprendre les motifs de distribution d'espèces à l'échelle de l'océan Austral, à mettre en évidence les facteurs qui en sont à l'origine et enfin, à évaluer l'impact du changement climatique sur leur distribution. Pour cela, différents types de modèles de niche écologique (MNE) ont été employés. Les échinides (oursins), organismes communs des communautés benthiques de l'océan Austral ont servi de modèle d'étude pour ce travail
Ecologie évolutive du transfert trans-générationnel d'immunité chez un insecte by Caroline Zanchi( Book )

2 editions published in 2012 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Trans-generational immune priming (TGIP) is defined as the plastic enhancement of offspring's immunocompetence following an immune challenge of the females of the parental generation. In vertebrates, this phenomenon is well described, and is achieved by the maternal transfer of antibodies. In invertebrates however, it has only recently been described. Since invertebrates do not possess antibodies, the mechanism of this transmission remains unknown. If the offspring is exposed to the maternal infection, an elevated immunocompetence can help it cope better with it. Nonetheless, apart from this benefit, several cues indicate that the TGIP bears some fitness costs for individuals. The evolution of TGIP will be favoured when its benefits outweigh its fitness costs. Thus, studying its costs and benefits can lead us to a better understanding of the selection pressures that lead to its evolution in invertebrates. During my thesis, I associated the occurrence of TGIP in an insect, the mealworm beetle Tenebrio molitor, to several fitness costs for the females transmitting it as well as for the offspring receiving it.In the first chapter, we stimulated the adult female's immune system with a non pathogenic immunogene, and studied several aspects of the subsequent transfer of antibacterial activity to the eggs. We saw that the transmission of antibacterial activity inside the eggs started two days after the immune challenge, and stopped at ten. Then, we highlighted a cost for the females on their fecundity to this transmission.In the second chapter, we stimulated the immune system of the females with three different heat-killed microorganisms, and exposed their larval progeny to living microorganisms. We did not see any benefit of the TGIP on the young larvae of T. molitor. However, we saw that the exposure of young larvae to an entomopathogenic fungus decreased the time-lap between the two first larval moults.In the third chapter, we stimulated the immune system of either the adult females or the males of T. molitor, and we observed several immune parameters in their adult offspring. This allowed us to see that maternally and paternally-derived TGIP affected different immune effectors in the adult offspring, and that maternally-derived TGIP bear a cost on the developmental time of the offspring.These fitness costs to the TGIP suggest that it is not just a side-effect of the immune reaction of the females, but rather an investment that has been selected because of the benefits it represents for the offspring in certain ecological conditions
Impacts du changement climatique sur la disponibilité de la ressource en eau en Bourgogne : aspects quantitatifs et qualitatifs by Etienne Brulebois( Book )

2 editions published in 2016 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Numerous studies dealing with climate change impacts on water ressources have been done at global scale, but the moderated size watersheds scale is less studied. The Burgundy region is located over several hydrographical basins (Seine, Loire and Rhône river), and provides a great diversity of hydrogeological and climate contexts. For these reasons, impacts of climate change on water resources are expected to be very different in space, and require an entire hydroclimatic modelling chain at local scale to be assessed. The main objective of this thesis consisted of the implementation of a modelling tool at the moderated-size watersheds scale of Burgundy. In this way, several watersheds and two hydrological models have been chosen : a global and empirical rainfall-runoff model (GR4J) and a physical based and semi-spatialised model (SWAT). These two models allow us to assess every aspects of climate change impacts : quantitative (streamflow and spatialised ressource) and qualitative impacts. Models have been calibrated, including a cross calibration/validation test in climate contrasted periods, to confirm their robustness. A disaggregation of global climate data has been done in order to feed models during projection. Observations analysis highlighted a climate shift (in Burgundy as well as over the entire french territory), resulting in a modification of hydrological regime. Models projection over the XXIth century showed i) not much evolution of annual streamflow, but an accented seasonality, with an increase of winter streamflow, and a decrease of summer streamflow, linked with the rainfall regime and the evapotranspiration increase, ii) drought flow indices showing an increase of severity of the drought flow period, iii) a decrease in water quality. In order to explore the capacities of the modelling chain, several sensibility tests have been done, based on management practices scenarios
Effect of the environment on the interaction between gammarids (Crustacea : Amphipoda) and their manipulative acanthocephalan parasites by Sophie Labaude( Book )

2 editions published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Beaucoup de parasites à cycle complexe ont développé la capacité d'altérer le phénotype de leurs hôtes. Il est reconnu que ces modifications d'apparence ou de comportement sont responsables d'une augmentation de la probabilité de prédation de l'hôte intermédiaire par l'hôte définitif. Ce phénomène de manipulation parasitaire peut avoir de nombreuses conséquences à l'échelle de l'écosystème, modifiant les interactions entre les populations d'hôtes et bouleversant leur rôle écologique. Cependant, les parasites manipulateurs sont peu étudiés sur le plan écologique, et l'effet de l'environnement sur l'interaction entre ces parasites et leurs hôtes, notamment en termes de manipulation, est encore largement inconnu. Au cours de cette thèse, j'ai étudié l'effet de l'environnement sur l'interaction entre les gammares, des crustacés amphipodes de grande importance écologique dans les rivières, et leurs parasites acanthocéphales. Mes travaux ont montré que les conditions de ressources alimentaires et de température subies par les hôtes durant le développement des parasites influençaient plusieurs paramètres de l'infection mais n'affectaient pas la manipulation en termes d'utilisation de refuges. Toutefois, tandis que la géotaxie ne dépendait pas non plus de la température, l'impact des parasites sur la phototaxie des gammares était plus fort à haute température. De plus, mes travaux ont montré que l'impact conjoint de la température et des parasites pouvait modifier le rôle détritivore des gammares. Dans un contexte de changements globaux, ces travaux permettent de mieux comprendre l'importance de l'impact des parasites sur leurs hôtes et en prévoir les conséquences écologiques
Effet de la plante hôte sur l'immunité des insectes phytophages : influence du cépage de vigne sur la capacité des vers de la grappe à se défendre contre des bio-agresseurs by Fanny Vogelweith( )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Lors des interactions tri-trophiques impliquant une plante hôte, ses insectes phytophages et leurs ennemis naturels (parasitoïdes, prédateurs...), chaque niveau trophique est fortement dépendant des autres. La plante hôte peut influencer directement les traits d'histoire de vie des insectes phytophages et indirectement les ennemis naturels se développant aux dépens de ces insectes phytophages. Lorsque qu'un ennemi naturel comme un parasitoïde attaque l'insecte phytophage, son système immunitaire constitue sa dernière chance de survie. Une grande variation dans l'immunité des insectes est généralement observée dans les populations naturelles, suggérant que différentes pressions de sélection peuvent moduler et conduire à une adaptation des paramètres immunitaires. Ma thèse vise à déterminer les influences conjointes de la plante hôte et des parasitoïdes, sur les paramètres immunitaires des chenilles de deux ravageurs de la vigne, Cochylis (Eupoecilia ambiguella) et Eudémis (Lobesia botrana).Durant ces 3 années, nous avons mis en évidence une forte influence du cépage de vigne sur les effecteurs immunitaires des chenilles de vers de la grappe. De plus, le cépage de vigne semble être à l'origine d'un compromis entre les voies immunitaires constitutives et induites. La présence variable de bactéries à la surface des baies ne semble pas être à l'origine de ce compromis. Outre le cépage de vigne, nous avons démontré une forte action des parasitoïdes sur l'immunité des vers de la grappe. A l'échelle nationale, les populations d'Eudémis les plus immunocompétentes sont également les populations les plus parasitées. Cette corrélation positive entre le succès de parasitisme et les paramètres immunitaires des chenilles ne semble pas expliquée par une réponse plastique du système immunitaire des chenilles à la présence des parasitoïdes, mais plutôt par une sélection locale du système immunitaire, en réponse à la pression de parasitisme subie par ces chenilles sur plusieurs années. Les différentes études réalisées dans le cadre de ma thèse confirment la complexité des relations tri-trophiques entre la plante hôte, l'insecte phytophage et ses ennemis naturels. L'intégration du système immunitaire de l'insecte phytophage semble primordiale dans la compréhension des interactions unissant ces trois protagonistes
Mating strategies and resulting patterns in mate guarding crustaceans : an empirical and theoretical approach by Matthias Galipaud( Book )

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En raison des forts coûts en temps et en énergie associés à chaque reproduction, les femelles ne sont généralement pas aussi disponibles que les mâles pour se reproduire. Les mâles entrent donc souvent en compétition pour accéder aux femelles disponibles. Ceci conduit à une forte sélection sexuelle chez les mâles. Un des exemples les plus frappants de compétition entre mâles peut être observé chez certaines espèces de crustacés chez qui les femelles ne sont sexuellement réceptives que pour un temps très limité. Les mâles ont donc évolué une stratégie de gardiennage précopulatoire grâce à laquelle ils monopolisent une femelle plusieurs jours avant qu'elle ne devienne réceptive. Ce comportement mâle est lui-même coûteux en temps et en énergie. En conséquence, il a été suggéré que les mâles devraient devenir sélectifs envers les femelles du fait du fort investissement que chaque reproduction représente pour eux. A l'aide d'un modèle mathématique, nous prédisons que les mâles effectuant de longs gardiennages précopulatoires devraient préférer s'apparier avec les grandes femelles plus fécondes. Toutefois, cette sélectivité devrait rester faible du fait de la forte compétition pour accéder aux femelles libres. Nous suggérons plutôt que les mâles devraient chercher à s'apparier avec des femelles de bonne qualité après s'être initialement apparié avec une femelle. Quand les mâles en couple rencontrent une femelle libre de meilleure qualité que leur propre femelle, ils devraient quitter leur femelle pour s'accoupler avec la nouvelle femelle. Contrairement à cette prédiction, nos expériences ont montré que les mâles en couple d'un crustacé amphipode Gammarus pulex ne changeaient pas systématiquement de femelle quand nous leurs proposions une femelle de meilleure qualité que leur propre femelle. Ils décidaient de changer de partenaire uniquement quand leur femelle était de mauvaise qualité, indépendamment de la qualité de la nouvelle femelle libre. D'autres expériences sont nécessaires pour comprendre le caractère adaptatif de ce comportement de changement de partenaire, seulement basé sur une partie de l'information disponible. Ces deux études soulignent la difficulté d'inférer des patrons de reproduction uniquement à partir des préférences individuelles. Dans la première étude, les mâles étaient contraints par la compétition pour accéder aux femelles libres. Dans la seconde, le processus de prise de décision des mâles conduisait à un comportement de choix apparemment sous-optimal. Ces contraintes n'ont que rarement été prises en compte malgré leur grande importance lorsqu'il s'agit de comprendre les causes comportementales d'un patron de reproduction très répandus chez les crustacés à gardiennage précopulatoire : l'homogamie pour la taille. Il a principalement été suggéré que ce patron de reproduction était issu d'une préférence mâle pour les grandes femelles associée à un avantage des grands mâles pour accéder aux femelles. Cette hypothèse n'a malgré tout reçu que peu de support empirique. A l'aide d'un modèle par simulation individu centrée, nous avons donc testé l'hypothèse selon laquelle une préférence mâle pour la distance à la mue des femelles serait à l'origine de l'homogamie pour la taille chez les crustacés à gardiennage précopulatoire. Quand les mâles préfèrent s'apparier avec des femelles qui sont strictement plus proches de la mue qu'eux, les couples formaient un patron d'homogamie pour la taille. Puisque plusieurs préférences différentes peuvent conduire à un même patron de reproduction, ce résultat souligne l'importance de considérer le processus complet de mise en couple pour étudier le lien entre les préférences individuelles et les patrons de reproduction. Les stratégies de femelles peuvent aussi jouer un rôle important dans les processus de mise en couple. Contrairement aux mâles, les femelles ont été décrites comme préférant les gardiennages courts du fait des coûts associés à la mise en couple. Un tel conflit sexuel sur la durée du gardiennage peut avoir des effets importants sur l'évolution de traits chez les deux sexes. Prouver empiriquement la présence d'un conflit sexuel est pourtant difficile puisque cela nécessite une étude systématique de tous les coûts et bénéfices associés au gardiennage pour la survie et la reproduction chez les deux sexes. Dans les études précédentes, les bénéfices pour les femelles associés aux longs gardiennages précopulatoires ont été négligés. Dans notre étude, nous proposons l'existence de plusieurs bénéfices potentiels pour les femelles effectuant de longs gardiennages
Emotions et personnalité : au cœur des décisions chez un poisson monogame by Chloé Laubu( )

2 editions published in 2018 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

During their lives animals constantly need to make decisions that influence their survival and their reproductive success. The objective of this thesis was to evaluate the role of two variability sources in decision-making -- personality and emotional states -- in a sexual context in a monogamous fish, the convict cichlid. Our work about personality highlights its importance on pair compatibility and reproductive success. We also observe that reactive individuals adjusted their behaviour to their partner and thus increased their reproductive fitness. This result supports the hypothesis that reactive individuals are more flexible and thus compensate for their weak competitiveness.Personality traits are thus to be considered as co-existing alternative strategies. The maintenance of this inter-individual variability can be results from their equal success on the long run. Emotional states are source of intra-individual variability that has been largely underestimate. However they may represent an internal information used by individuals to make choice. We developed a protocol of cognitive judgment bias test in fish to evaluate their emotional states, and we observed a strong relationship with the presence/absence of the preferred partner. These results suggest that emotions is a key component of pair-bonding and then question how animals use them to make decision. Do they choose a partner based on their emotional states in an adaptive way? Through these different studies, we have shown that behavioural variability is not randomly distributed. On the contrary, it is linked to different strategies and it can influence reproductive success. It is thus crucial to take this parameter into account in order to understand the evolution of decision processes
Influence des facteurs biotiques et abiotiques sur la dynamique de la matière organique du sol à partir de la caractérisation biogéochimique des matières organiques solubles by Julien Guigue( Book )

2 editions published in 2014 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Soils are the greatest reservoir of C on the continents, and organic matter mineralisation bymicrobial activity represents the major part of the CO2 emitted by terrestrial ecosystems.In this work, we studied water-extractable organic matter (WEOM), which corresponds to themore reactive fraction of soil organic matter (SOM). Our objectives were (i) to identify therelationships of WEOM dynamics with bacterial communities, and with soil physico-chemicalparameters; (ii) to provide a precise chemical characterisation of WEOM.There is a strong link between SOM solubility and the structure of bacterial communities, andan erosion of their diversity has an impact on SOM and WEOM dynamics, and leads to adecrease in organic matter mineralisation. A study at the regional scale then allowed us to identifythat the SOM and clay contents control the quantities of WEOM and its aromaticity. TheWEOM characterisation at the molecular level revealed the presence of a large number ofubiquitous molecules in the WEOM. Based on these analyses, we were also able to describe theeffects of vegetation and soil physico-chemical properties on the chemical composition ofWEOM
Ilot de chaleur, croissance urbaine et climat urbain : simulations sur Dijon Métropole by Thibaut Vairet( )

2 editions published in 2020 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Dans cette thèse, le milieu urbain est considéré comme un système complexe, situé au carrefour de deux dimensions aux temporalités différentes et multiples : le climat et la société. Le climat urbain est le fruit de la rencontre entre une des expressions les plus abouties de notre société, la ville, et le climat. Le climat urbain est une modification du climat, provoquée par la présence d'une ville qui peut se résumer par la notion d'Îlot de Chaleur Urbain (ICU). Dans un contexte global de changement climatique combinant adaptation, atténuation et croissance urbaine, l'ICU tend à s'amplifier. Ses impacts sanitaires sur les populations deviennent préoccupants. Ce travail se situe dans une optique d'amélioration des connaissances de l'impact de la forme urbaine et de la croissance urbaine sur l'intensité de l'ICU à travers la mise en place d'une méthode permettant d'intégrer le climat urbain dans les processus décisionnels. Pour ce faire, une approche “modèle-dépendante” est adoptée. Cinq scénarios de croissance urbaine reposent sur un nombre de logements identiques mais correspondent à des Local Climate Zones différentes (Logements individuels groupés - LCZ 9, Logements individuels en bandes - LCZ 6, Collectifs peu denses - LCZ 3, Collectifs - LCZ 2, Collectifs denses - LCZ 4). Ceux-ci sont élaborés, à l'horizon 2050, en fonction des données d'entrées des modèles de croissance (MUP-City) et de climat urbain (Meso-NH/TEB). Afin d'évaluer la capacité de Meso-NH/TEB à reproduire les températures sur Dijon Métropole, une simulation de contrôle, portant sur la ville actuelle, est préalablement confrontée aux données du réseau MUSTARDijon pour la période caniculaire du 22 au 26 Juillet 2018. La comparaison des résultats avec le réseau in situ MUSTARDijon montre que les températures simulées sont spatialement et temporellement cohérentes avec les observations. Le cycle diurne est correctement modélisé ainsi que les milieux urbains et ruraux. Un biais important est présent les nuits en milieu rural où les températures restent élevées, limitant l'intensité de l'ICU simulé. Les températures simulées des cinq scénarios sont, temporellement cohérentes, les maximums et minimums de températures coïncident avec la simulation de contrôle. Comparées à la simulation de contrôle, pour les journées (12h à 18h), les zones scénarisées avec les LCZs 3 et 2 présentent des températures plus chaudes que les zones scénarisées avec les LCZs 9 et 6. Les scénarios pour lesquels le pourcentage de bâti est le plus faible présentent des augmentations de températures les moins importantes. Enfin, il semblerait que construire, quelle que soit la forme urbaine, en périphérie des zones bâties déjà existantes, impacte peu la température de celles-ci
Environnement sédimentaire, stratigraphie séquentielle et paléogéographie du Paléozoique de succession pré-Khuff dans le sud de l'Iran (Zagros et le Golfe Persique) by Afshin Asghari( Book )

2 editions published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

During the Precambrian and trough the Palaeozoic, the Zagros area was part of the Arabian platform (Beydon, 1993). The Palaeozoic succession of the Zagros extends from Cambrian to well-developed Permian deposits. The study area ranges from the Lurestan to Southern Fars onshore and to the Persian Gulf offshore wells. From Ordovician to Early Permian Palaeozoic succession of the Zagros area comprises four second-order tectonostratigraphic depositional cycles separated by major unconformities. Eustatic sea-level variation is the main controlling factor for accommodation space changes, whereas in West High Zagros and Kuh e Gahkum, the role of regional and salt tectonic activities may be also important. The first cycle (Ordovician) is composed of the Seyahou (Floian-Katian) and Dargaz (Hirnantian) Formations. They are characterized by deep- to shallow-water (offshore to shoreface) siliciclastic deposits. The Seyahou Formation contains seven 3rd-order depositional sequences. The glaciogenic Dargaz Formation consists of one 3rd- order sequence. The second cycle (Early Silurian) corresponds to the Sarchahan Formation is composed of two 3rd-order depositional sequences. They are characterized by deep-marine offshore to upper offshore environments. Locally in Kuh e Gahkum the base of the Formation presented continental fan delta deposits due to the salt tectonic activity.The third cycle (Devonian) corresponds to the Zakeen Formation and divided in three 3rd-order depositional sequences. It started with the deposition of continental to near-shore marine clastic deposits. In Late Devonian, it evolved to carbonate marine deposits in the south of Fars area and the Persian Gulf. The lack of Zakeen Formation in Kuh e Surmeh and Kuh e Siah, and is presence in neighboring areas (Naura, Aghar, etc...), suggests structural salt plug activities (Jahani, 2008). This megasequence is capped by a major unconformity related to the Hercynian orogeny.The last deepening-upward cycle of the Pre-khuff succession in the study area is the Early Permian Faraghan Formation. It capped the Hercynian orogeny and deposited throughout the Zagros area from Lurestan (west) to Bandar Abbas (East) areas as well as in Persian Gulf. The Faraghan Formation divided into three 3rd-order depositional sequences and deposited in coastal plain to shallow-marin near-shore environment. Basinward, in the deeper part (e.g. Kuh e Faraghan), they are replaced by marine upper offshore deposits. The Palaeozoic succession is marked by several major unconformities associated with hiatus. They resulted from: (i) major sea level drops at the end of the Ordovician related to the Hirnantian glaciation (Ghavidel Syooki et al., 2011) and of during the Carboniferous related to the southern Hemisphere glaciation (Golonka, 2000); (ii) An uplift of the Middle East area at the end of the Silurian associated with epeirogenic movements (Ala et al., 1980; Berberian and King, 1981; Al-Sharhan and Nairn, 1997) and a major sea level drop at the end of Silurian (Al-Husseini, 1991,1992; Sharland et al., 2001; Konert et al., 2001; Haq and Al-Qahtani, 2005); and (iii) impact of the Hercynian orogeny spanning from the Late Devonian up to the Carboniferous (Al-Hosseini, 1992; Sharland et al., 2001; Konert et al., 2001, Faqira et al., 2009)
Identification et caractérisation de candidats d'origine naturelle à action herbicide pour contrôler les adventices by Marion Triolet( )

2 editions published in 2019 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Un projet visant à identifier des mycoherbicides pour lutter contre les adventices a été initié entre l'UMR Agroécologie de Dijon et la société DE SANGOSSE® (Agen). Trois volets ont structuré ce projet à l'issue d'une collecte de prélèvement de 475 plantes représentatives de 23 espèces d'adventices symptomatiques et asymptomatiques en Bourgogne et en Beauce. Le 1er volet reposait sur une approche de type metabarcoding (technologie Illumina), pour évaluer et comparer la diversité des communautés fongiques endophytes des plantes symptomatiques et asymptomatiques. 542 genres fongiques ont ainsi été identifiés. Des taxons associés aux plantes symptomatiques ont été identifiés. Parmi ceux-ci, certains sont des pathogènes connus, d'autres non et ils constituent des pistes à exploiter pour la recherche de candidats mycoherbicides. Le deuxième volet repose sur une approche conventionnelle de microbiologie et pathologie. Une collection de 194 champignons associés aux symptômes des adventices a été constituée. La pathogénicité de ces isolats a été testée grâce à une série de screenings de plus en plus sélectifs qui ont abouti à la sélection de cinq souches, identifiées par séquençage de l'ITS ou d'autres marqueurs taxonomiques. Une souche appartient à l'espèce Boeremia exigua var exigua, une autre à l'espèce Alternaria alternata, deux appartiennent à l'espèce A. penicillata et la dernière au genre Alternaria. Le troisième volet visait à identifier le mode d'action d'une souche par une double approche, métabolomique et microscopique. La souche de B. exigua var exigua secrète des métabolites phytotoxiques mais également infeste et semble détruire les tissus végétaux sous-épidermique de la plante hôte.Ce projet exploratoire a fourni des pistes de taxons fongiques associés à des symptômes observés sur adventices en analysant la diversité par une approche moléculaire et a fourni des souches fongiques, mycoherbicides potentiels, par une approche microbiologique dont on voit bien qu'elle reste une méthode incontournable, malgré ses limites, pour obtenir des candidats fongiques à action herbicide
Contexte sédimentologique et tectonique du bassin paléoprotérozoïque de Franceville (Gabon) : structures de surpression fluide, bitumes et minéralisation uranium by Alexis Ndongo( )

2 editions published in 2016 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Metallogenic deposits within paleproterozoic basins depend on generation and migration of fluids. The aim of this study is to provide a better understanding of tectonic, sedimentological and diagenetic setting of the uranium deposits in the Franceville basin and to characterize hydraulic fracturing impact on fluid migration processes in sandstone reservoirs.Tectonic study define the N180-170° transfer faults, associated with Archean tectonic and the N110-120° longitudinal normal faults. These two fault directions split the Franceville basin into small sub-basins. The longitudinal normal faults are associated with footwall anticlines and hanging wall synclines. The uranium deposits of Franceville basin are located in footwall anticlines of longitudinal normal faults.Sedimentological analysis allows to describe four depositional environments: Fluvial (lower FA), deltaic (middle FA), tidal (upper FA), and open marine environments (FB). Facies distribution in the FA-FB transition promotes the establishment of permeability barriers. These latter are responsible of the increase in fluid pressure and of the formation of fluid pressure structures (dykes, stylolites, quartz veins), in footwall anticlines of longitudinal normal faults. Increase in fluid pressure allows the migration of uranium-fluids, and hydrocarbon from the deep basin to the footwall anticline. Hydraulic fracturing processes lead the precipitation of uranium mineralization, associated with bitumen, in microfractures
Dépôts carbonatés microbiens en domaine lacustre et fluviatile : fabriques et facteurs de contrôle by Adeline Roche( Book )

2 editions published in 2020 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The non-marine carbonates related to microbial activity display a large range of morphologies and compositions and accumulate in various settings (freshwater, alkaline, and saline lakes, fluvial environments, thermal and freshwater springs, ...). The variety of non-marine microbial carbonates and their particularity led to propose numerous and complex terminologies and classifications, making their use complicated and restrictive for the interpretation of depositional settings. Mineralization of these carbonates results from the interaction between biotic factors (intrinsic) and environmental factors (extrinsic and external) at multi-scales. The first aim of this work was to characterize morphologies and compositions of microbial carbonates, through a detailed analysis of these deposits at macro-, meso- and microscales. The second aim was to identify the controlling factors acting on the development and preservation of microbial carbonates. To develop these topics, three examples have been studied: two ancient lacustrine systems: the microbial-metazoan buildups from the Limagne Basin (France), the Pleistocene microbial deposits from the dry Winnemucca Lake (Nevada, USA) and one modern fluvial system: the microbial-tufa of the Mérantaise Valley (France). From these examples, a new classification of the fabrics of microbial deposits ranging from macro to micro-scale has been proposed. Based on descriptive criteria, this classification is helpful for the characterization of microbial deposits and improves the discussion about depositional settings. The study of the mineralized deposits of the Mérantaise Valley and results from microbial culture experiments in the laboratory extracted from the same environment showed the implication of microorganisms in mineralization. The microfabrics from Limagne and Winnemucca Basin reveal a likely biotic origin of these carbonates even if doubt remains on the direct biotic origin in the fossil record. Several environmental factors control the distribution, morphologies, development, and preservation of microbial deposits in the three studied settings: climate and variation of accommodation influence the geometries (at the million- or thousand-years scale) and the microfabrics (seasonal scale), the geodynamic context (tectonics and volcanism) controls the geometry and the distribution of microbial deposits at the basin-scale and faults form drains for fluids circulation. Physico-chemical parameters of waters appear to be a major factor for the mineralization of microbial carbonates. They result from changes in the ion balance depending on surface and sub-surface inputs in these different systems. Finally, the presence of hard and stable substrates improves the mineralization and preservation of microbial deposits and impact their morphologies. To better understand the origin and diversity of non-marine microbial carbonates, a multi-scale approach is crucial to discuss the influence of controlling factors
 
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Alternative Names
Biogéosciences facility in Dijon, France

Centre National de la Recherche Scientifique (France). Biogéosciences

Centre National de la Recherche Scientifique (France). Unité Mixte de Recherche (5561)

Institut Agriculture, Biodiversité, Environnement, Comportement, Aliment. Biogéosciences

Institut Agriculture, Biodiversité, Environnement, Comportement, Aliment . Unité Mixte de Recherche (5561)

UMR 5561

Université de Bourgogne. Biogéosciences

Université de Bourgogne. Unité Mixte de Recherche (5561)

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