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École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne / 2015-....).

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Works: 110 works in 112 publications in 2 languages and 112 library holdings
Roles: Other, 996
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Most widely held works by Essonne / 2015-....) École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette
Infection par le virus de l'Hépatite B à Madagascar : prévalence, facteurs de risque d'infection, diversité génétique, origine et dynamique de transmission by Soa Fy Andriamandimby( Book )

2 editions published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Madagascar is part of endemic region of HBV. Distribution is different in rural and urban area. The historic of human settlement and its insularity might impact distribution and molecular characteristic of HBV in Madagascar, we then supposed that difference observed in distribution and prevalence of HBV were due to viral variability and different pattern of viral transmission. Therefore, the main objective of this thesis was to determine molecular and epidemiological pattern that may influence dynamic transmission and complications of infection. Results: weighted prevalence of HBsAg was 6.9%. It varied from 3% to 26% according to area of sampling. Populations with a low socio-economic status and those living in rural areashad a significantly higher seroprevalence of HBsAg. Gene flow study showed rural area remain important in virus diffusion.HBV infection was found to be responsible of 31% of chronic liver disease encountered in the main public hospital in the capital of the country. Because of its recent emergence, its introduction dated from XIX century during colonization period. Its expansion during 1980s might be due to use of unsafe injection material mainly during malaria epidemic. Conclusion: The result of these work allowed us to advocate for a policy of struggle, in particular in the very remote areas of the island where the HBsAg prevalence is the most important and where care and preventive measures such as vaccinations are scarce
Étude des activités du FGF1 dans les tumeurs ovariennes by Sevasti Manousakidi( Book )

2 editions published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Ovarian cancer is an heterogenous group of tumors, able to affect epithelial, stromal or germ cells. The treatment of these tumors is a major challenge as a high rate of relapse is observed in ovarian cancer patients following chemotherapy.Fibrobast growth factor 1 (FGF1) is overexpressed in numerous tumors such as high grade ovarian epithelial tumors. Previous work realized in our laboratory showed that FGF1 has an anti-apoptotic activity which is mediated by the regulation of p53 stability and transcriptional activities. The aim of my work was to understand whether FGF1 overexpression is sufficient to induce resistance to chemotherapy-induced apoptosis in ovarian tumors and if FGF1 could modulate the activities of p53 protein.For this purpose, we used three ovarian cell lines; the COV434 ovarian granulosa cell line, the ovarian epithelial A2780 cell line and its counterpart A2780cis cell line which is resistant to ciplatin and overexpresses FGF1.FGF1 knock out experiments in A2780cis cell line, using the CRISPR/Cas9 system, did not show any restoration of the sensibility of these cells to cisplatin. Moreover, we showed that FGF1 overexpression in COV434 cell line renders these cells resistant to apoptosis while no effect was observed in A2780 cells. The molecular mechanisms underlying this anti-apoptotic activity differed from those identified in other cell lines previously. Indeed, in COV434 cell line, FGF1 overexpression has only a small impact on p53 stability and it does not reduce its transcriptional activity. Furthermore, we show here that p53 mitochondrial translocation plays an important role in the induction of apoptosis by etoposide in COV434 cells. Moreover, we provide evidence that FGF1 anti-apoptotic activity in COV434 cells relies upon the attenuation of p53 mitochondrial localization. Our preliminary results suggest that FGF1 could be found at the mitochondria. In conclusion, our findings let us propose a novel mode of action for FGF1 which has never been described previously
Rôles du locus bric à brac durant la formation des niches de cellules souches germinales dans l'ovaire chez Drosophila melanogaster by Laurine Miscopein Saler( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Etude de l'homéostasie lipidique chez Drosophila melanogaster by Damien Garrido( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le métabolisme des acides gras (AG) est crucial dans le maintien de l'homéostasie. Son implication dans des processus tels que la signalisation, le stockage énergétique, l'isolation thermique, la régulation du comportement ne révèle qu'une fraction de la complexité et de la variabilité des rôles dans lesquels il peut être associé. En outre, ce métabolisme est dérégulé dans de nombreuses pathologies, diabète, obésité, cancers,... C'est pourquoi les enzymes de ce métabolisme constituent des cibles attractives pour développer de nouveaux traitements. Cependant les conséquences de ces dérégulations sur l'organisme sain sont encore mal connues, surtout à l'échelle de chaque organe.L'objectif de ma thèse était d'évaluer comment le métabolisme des AGs participe à la régulation de l'homéostasie au sein d'un organisme entier. Pour cela, j'ai utilisé les possibilités génétiques du modèle drosophile dont le métabolisme est comparable à celui des mammifères. J'ai ainsi montré que la synthèse d'AGs contribue à neutraliser les effets toxiques du sucre alimentaire. Ce processus se fait en coopération avec la voie de la détoxification du méthylglyoxal qui permet de prévenir la formation de composés issus de la glycation non enzymatique. J'ai aussi contribué à montrer que les précurseurs des hydrocarbures et phéromones ont une origine flexible, qui dépend du maintien de l'homéostasie et qui peut perturber les interactions entre individus. Je suis actuellement en train d'étudier la sensibilité à l'inhibition de la synthèse d'AG de différents modèles de croissance dérégulée. Enfin, dans un travail préliminaire, j'ai montré que le métabolisme des AGs est essentiel dans le tube digestif, possiblement en perturbant l'homéostasie hydrique de la larve.L'ensemble de ces résultats aidera à mieux cerner l'importance du métabolisme des AGs dans le maintien de l'homéostasie d'un organisme sain et dans des processus dérégulés
Towards combinatorial biosynthesis of pyrrolamide antibiotics in Streptomyces by Céline Aubry( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

For more than 80 years, specialized metabolism has provided us with many molecules used in medicine, especially as anti-infectives. Yet today, with the rise of antimicrobial resistance worldwide, new antibiotics are crucially needed. One of the answers to this serious shortage could arise from synthetic biology. In the field of specialized metabolism, synthetic biology is used in particular to biosynthesize unnatural metabolites. Among specialized metabolites, non-ribosomal peptides constitute an attractive target as they have already provided us with clinically valuable molecules (e.g. the vancomycin and daptomycin antibiotics). In addition, most are synthesized by multimodular enzymes called non-ribosomal peptide synthetases (NRPS) and further diversified by tailoring enzymes. Thus, such biosynthetic pathways are particularly amenable to combinatorial biosynthesis, which consists in combining biosynthetic genes coming from various gene clusters or, in the case of NRPSs, combining modules or domains to create a new enzyme. Yet, if several studies have established the feasibility of such approaches, many obstacles remain before combinatorial biosynthesis approaches are fully effective for the synthesis of new metabolites. The work presented here is part of a project aiming at understanding the limiting factors impeding NRPS-based combinatorial biosynthesis approaches, using a synthetic biology approach. We chose to work with the NRPSs involved in the biosynthesis of pyrrolamides. Indeed, these NRPS are solely constituted of stand-alone modules and domains, and thus, particularly amenable to genetic and biochemical manipulations. The characterization of the biosynthetic gene cluster of the pyrrolamide anthelvencin constitutes the first part of this thesis, and provided us with new genes for our study. The second part involved the construction of modular integrative vectors, essential tools for the construction and assembly of gene cassettes. The final part presents the successful refactoring of the congocidine pyrrolamide gene cluster, based on the construction and assembly of synthetic gene cassettes. Altogether, this work paves the way for future combinatorial biosynthesis experiments that should help deciphering the detailed functioning of NRPSs
Analysing the effect of industrial and urban polluted zones on microbial diversity in the SaiGon -DongNai river system (Vietnam) by Thi Tuyet Nga Nguyen( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The SaiGon-DongNai (SG-DN)river system is the most important major water source for all twelve Southern Vietnam cities and provinces and is now dramatically polluted by industrial and living activities, giving “a threat” to the lives of millions people sharing this water source. The Ministry of Natural Resources and Environment of Vietnam reported that the rivers received around 1.54 billion liters of waste water from 70 industrial parks per day, including 35 percent of untreated medical waste, and tests since 2006 have found pollution in this river has increased to “serious levels”, an especially high concentration of organic toxic substances. Until now, there is no data on the microbial diversity in SG-DN river system especially in the sediments, where most of the microbial biomass is generally located. The sediment samples were collected in 13 locations across the rivers representing warning polluted locations done by Mr. Nguyen Thanh Hung of the National Water Qualifying in SG-DN river system. In order to characterize the microbial populations present at our chosen sites, the total DNA from the environmental samples were extracted and amplified at the V3 to V1 regions of the 16S rDNA. The study revealed that microbial population changed from upstream to downstream at the phylum, genus and OTUs levels after running through the industrial and dense population zone. Moreover, the canals of the SG-DN river catchment are heavily polluted with high concentrations of organic compounds (PAHs) and possessed different bacterial communities compared to the samples from the rivers
Mapping Topoisomerase IV Binding and Activity Sites on the E. coli genome by Hafez El Sayyed( )

1 edition published in 2016 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Des liens de caténation sont progressivement crées lors de la réplication de l'ADN et sont responsables de la cohésion des chromatides sœurs. La topoisomérase IV est une topoisomérase de type II impliquée dans la résolution de ces liens de caténation accumulés derrière la fourche de réplication, et lors de la dernière étape de séparation des chromatides sœurs à la fin de la réplication. Nous avons étudié la liaison de la topoIV à l'ADN ainsi que son activité catalytique à l'aide de méthodes de biologie moléculaire et de génomique. Une expérience de ChIPseq a révélé que l'interaction de la topoIV de chez E.coli avec l'ADN est contrôlée par la réplication. Durant la réplication, la topoIV a accès à des centaines de sites sur l'ADN mais ne se lie qu'à quelques sites où elle exerce son activité catalytique. La conformation locale de la chromatine et l'expression des gènes influencent la sélection de certains sites. De plus, une forte liaison et une activité catalytique renforcée a été trouvée au site de résolution des dimers, dif. Le site dif est situé à l'opposé de l'origine de réplication dans le macrodomaine ter. Nous avons montré qu'il existe une interaction physique et fonctionnelle entre la topoIV et la recombinase XerCD, qui agit au site dif. Cette interaction est médiée par MatP, une protéine essentielle dans l'organisation du macrodomaine ter. L'ensemble de ces résultats montre que la topoIV, XerCD/dif et MatP œuvrent ensemble pour permettre l'étape finale de ségrégation des chromosomes lors du cycle cellulaire
Mechanisms and function of mitophagy in adaptation to heat stress during development of C. elegans by Yanfang Chen( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le stress thermique résulte d'une exposition à une température située au-delà de la plage optimale pour un organisme. L'impact du stress thermique est variable selon son intensité, allant d'un effet bénéfique à la mort de l'organisme. Mon travail de thèse a établi un modèle de stress thermique aigu (aHS pour acute Heat Stress) chez C. elegans et a étudié ses effets sur l'homéostasie cellulaire, le développement des vers et la réponse autophagique. Un aHS au cours du 4ème stade larvaire induit un retard de développement, mais aucune létalité ni stérilité. Ce stress de développement entraîne la fragmentation massive mais transitoire des mitochondries, la formation d'agrégats dans la matrice et la diminution de la respiration mitochondriale. En outre, l'aHS déclenche un flux autophagique associé à des événements de mitophagie dans de nombreux tissus et en particulier dans l'épiderme. Nous avons montré que la réponse autophagique à l'aHS était protectrice pour les animaux. De plus, nous avons découvert que dans l'épiderme, les mitochondries sont les principaux sites de biogenèse des autophagosomes, en conditions physiologique et en aHS. Nous avons également constaté que la protéine DRP-1 (dynamin related protein 1) est impliquée dans le processus de mitophagie induite par l'aHS. Chez les animaux mutants drp-1 soumis au aHS, la fission mitochondriale est impossible, l'autophagie est induite mais les autophagosomes sont anormaux et agrégés sur la mitochondrie. À partir de ces données, nous proposons que DRP-1 participe au contrôle de la qualité des mitochondries stressées en coordonnant la fission mitochondriale et la biogenèse des autophagosomes. J'ai également étudié plusieurs protéines pouvant être impliquées dans les zones de contact entre le réticulum endoplasmique et les mitochondries, ainsi que leurs rôles sur la morphologie mitochondriale et l'autophagie, dans des conditions physiologiques ou d'aHS. De plus, nous avons développé de nouveaux outils pour analyser les sites de contact ER-mitochondries
Rôles du Facteur PréImplantatoire (PIF) dans le placenta humain normal et pathologique by Hadia Moindjie( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le placenta humain est un organe indispensable au bon déroulement de la grossesse. La villosité choriale est l'unité structurale et fonctionnelle du placenta. Elle est constituée essentiellement de cellules trophoblastiques. Les cytotrophoblastes extra-villeux (CTEV) présentent des propriétés invasives et assurent l'ancrage du placenta dans l'endomètre maternel. De plus, une apoptose physiologique assure le renouvellement des cytotrophoblastes tout au long de la grossesse.Le Facteur Préimplantatoire (PIF) est un peptide de 15 acides aminés, sécrété par des embryons viables. Le PIF exerce un effet autocrine positif sur le développement embryonnaire. Le PIF est également impliqué dans le contrôle de l'immunité et de l'inflammation dans divers types cellulaires.Au cours de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés aux rôles du PIF dans le développement placentaire humain. Dans un premier temps, nous avons caractérisé l'expression protéique du PIF dans des placentas humains de 1er et 3ème trimestre de grossesse.Nous avons montré que i) l'expression du PIF diminue au cours de la grossesse et ii) le PIF est majoritairement exprimé dans les CTEV.Dans un second temps, nous avons mis en évidence que le PIF i) favorise l'invasion trophoblaste et ii) inhibe l'apoptose des CTEV en régulant la voie de signalisation de p53.Par ailleurs, des altérations de l'invasion et de l'apoptose trophoblastiques sont associées à des pathologies de la grossesse telles que la pré-éclampsie et le retard de croissance intra-utérin. Ainsi, dans un dernier temps nous avons montré que l'expression du PIF est diminuée dans des placentas humains de 3ème trimestre issus de grossesses pathologiques par comparaison avec des grossesses normales.L'ensemble de ces résultats démontrent que le PIF est un nouvel acteur de la placentation humaine. De plus, le PIF pourrait être considéré comme un nouveau biomarqueur des pathologies de la grossesse
La construction du réseau de régulation transcriptionnelle by Islam Sultan( )

1 edition published in 2019 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Une part prépondérante de la régulation au niveau transcriptionnel passe par la modulation du taux d'initiation de la transcription. Chez les bactéries,l'initiation de la transcription implique la reconnaissance par le facteur sigma de l'ANR polymérase d'un motif de séquence particulier localisé approximativement10 bp en amont du site d'initiation de la transcription(TSS). Elle est modulée par la fixation de facteurs de transcription qui reconnaissent d'autres motifs à proximité. La technologie RNA-Seq donne accès au répertoire des TSS et des unités de transcriptions et offre donc des perspectives renouvelées pour s'attaquer au problème de l'identification des motifs de fixation des facteurs de transcription. Ce travail de thèse a visé à évaluer les outils existants et à développer de nouvelles méthodes pour la prédiction des sites de fixation des facteurs de transcription en combinant l'information des profils d'expression et des positions des TSS. Plusieurs approches fondées sur les modèles de matrices poids-position (PWM) vont être explorées pour étendre le modèle de mélange classiquement utilisé en relâchant l'hypothèse selon laquelle les motifs correspondants aux différents sites de fixations apparaissent indépendamment dans les différentes régions promotrices. Dans les nouveaux modèles, nous prendrons explicitement en compte une probabilité supérieure d'apparition d'un même motif dans des promoteurs dont les profils d'activité sont similaires. Une attention particulière sera aussi portée à la position du motif par rapport au TSS et au site de fixation du facteur sigma. En parallèle des développements méthodologiques nous travaillerons aussi sur l'utilisation de ces approches pour reconstruire le réseau des régulations transcriptionnelles chez L. monocytogenes en s'appuyant sur les données de la littérature et du projet List MAPS. Enfin,nous envisageons d'utiliser l'information sur le réseau de régulation pour étudier un point particulier qui serait pertinent
Développement d'une méthode SELEX pour l'identification de ribozymes pour l'aminoacylation et analyse d'ARN aminoacylés dans le transcriptome d'Escherichia coli by Ji Wang( )

1 edition published in 2016 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Ribozymes are natural or in vitro selected RNA molecules possessing a catalytic activity. Artificial ribozymes have been extensively investigated by in vitro SELEX experiments, and characterized by kinetic assays. Ribozymes are involved in RNA cleavage, ligation, capping, polymerization, phosphorylation and acyl activation. Because it is required for translation, RNA aminoacylation plays an important role in the evolution from the late RNA world to the modern DNA and protein world, and is central to the genetic code. Several ribozymes catalyzing amino acid transfer from various activating groups have already been selected and characterized in the past two decades, documenting the possibility of tRNA aminoacylation in the absence of aminoacyl tRNA synthetase. With a newly designed SELEX protocol based on periodate oxydation, the aim of our investigation is to uncover small ribozymes of the order of 20 nucleotides that could catalyze both amino acid activation and transesterification. Although molecules catalyzing either reaction have been identified, no existing ribozyme could use free amino acids and activating cofactor(s) as substrates for 3' esterification in a single reactional context. The selection of active molecules in a SELEX procedure requires the presence of constant tracks on both ends of the sequences constituting the initial random pools. These tracks are required for PCR amplification, but they impose significant burden to the identification of ribozymes because they can prevent any activity through structural inhibition. We present an optimized protocol that significantly minimizes the size of these constant tracks. At the same time, our newly design protocol is very specific for the selection of 3'-end aminoacylated RNA. Working with this protocol, we performed 6 to 7 cycles of selection with different pools, and observed an enrichement with specific sequences. Although some experiments performed with entire pools did reveal a possible activity, no activity could be so far confirmed with specific sequences. A similar protocol was also applied in a parallel study to identify aminoacylated RNA from total RNA in Escherichia coli. In this other approach, our goal is to possibly identify new classes of aminoacylated RNA while using the deep sequencing technology. Using tRNA to validate our protocol, we realized that a standard RNAseq procedure could not work due to the presence of modified bases. We established a new method for bank preparation to identify any sequence aminoacylated at the 3' end. Ultimately, this new approach will allow us to study the level of aminoacylation of any sequence present in total RNA
Synthetic Metabolic Circuits for Bioproduction, Biosensing and Biocomputation by Amir Pandi( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

La biologie synthétique est le domaine de la bioingénierie permettant de concevoir, de construire et de tester de nouveaux systèmes biologiques en réécrire le code génétique. Les circuits biologiques synthétiques sont des outils sophistiqués permettant de construire des réseaux biologiques pour des applications médicales, industrielles et environnementales. Cette thèse de doctorat porte sur le développement de voies métaboliques synthétiques conçues à l'aide d'outils informatiques. Ces voies métaboliques sont intégrées à la couche de régulation transcriptionnelle pour développer des biocircuits pour la bioproduction, la biodétection et la biocalcul dans des systèmes cellulaires et acellulaires. Les résultats obtenus durant cette thèse de doctorat révèlent le nouveau potentiel des voies métaboliques dans l'établissement de biocircuits synthétiques. Le volet bioproduction-biodétection de la thèse vise à développer un nouveau biocapteur pour un sucre rare utilisé pour améliorer l'activité catalytique d'enzyme dans la cellule (in vivo). Ce biocapteur a ensuite été implémenté dans un système acellulaire (in vitro) pour découvrir et optimiser le comportement de biocapteurs à base de répresseurs. Une fois optimisé en système acellulaire, notre biocapteur a été utilisé pour surveiller la production enzymatique de sucre rare. Le développement de biocapteurs procaryotes acellulaires, qui reposent principalement sur des répresseurs, permet d'accélérer et de rendre plus efficace le cycle “design-build-test” dans le prototypage des voies métaboliques dans les systèmes acellulaires. L'application de la biodétection des circuits métaboliques pour le diagnostic est la mise en œuvre et l'optimisation des transducteurs métaboliques dans le système acellulaire. Les transducteurs sont des voies métaboliques composées d'au moins une enzyme catalysant un métabolite indétectable en un inducteur transcriptionnel, augmentant ainsi le nombre de petites molécules biologiquement détectables. En tant que nouvelle approche pour effectuer des biocalculs, des circuits métaboliques ont été appliqués pour construire des additionneurs métaboliques et des perceptrons métaboliques. Dans la cellule, trois transducteurs métaboliques et un additionneur métabolique ont été construits et caractérisés. Les systèmes acellulaires permettent d'accélérer la caractérisation de circuits biologiques, de finement régler le niveau d'expression d'un ou plusieurs gènes et facilite l'expression de plusieurs plasmides simultanément. Ceci a permis de construire de multiples transducteurs pondérés et des additionneurs métaboliques. Le modèle basé sur des données expérimentales a permis de concevoir un perceptron métabolique pour construire des classificateurs binaires à quatre entrées. Les additionneurs, perceptrons et classificateurs peuvent être utilisés dans des applications avancées telles que la détection de précision et dans le développement de souches pour le génie métabolique ou la thérapeutique intelligente
Modulation de la balance Th17/Treg par l'IL-27 et ICOS dans un modèle animal de Spondyloarthrite by Quentin Jouhault( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Etude des relations biochimiques, moléculaires et fonctionnelles entre le facteur de transcription MiTF et la voie de réparation FANC. by Julie Bourseguin( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Proteins and pathways involved in DNA damage response (DDR), maintaining genetic stability and safeguarding DNA replication, act not only as caretakers against cancer initiation but also play a major role in sustaining cancer progression and resistance to pharmacological-based therapies. The FANC pathway is central in maintaining genetic stability under conditions of replication stress and its loss-of-function is causative of the cancer predisposition and chromosome fragility syndrome Fanconi Anemia (FA).We demonstrate here that FANC proteins are over-expressed and over-activated in metastatic melanoma cells expressing the oncogenic microphthalmia-associated transcription factor (MiTF), which high expression is maintained in 80% of melanoma cases. We identified MiTF as a critical regulator of the expression of the mRNAs coding key proteins of the FANC pathway in melanoma cells and demonstrated that MiTF-silenced cells display the primary characteristics of FA cells, i.e., the cellular and chromosomal hypersensitivity to DNA interstrand crosslink- inducing agents. Moreover, FANC pathway also modulates melanoma cell migration. Our observations point to a central role of the FANC pathway in cellular and chromosomal resistance to DNA damage in melanoma cells. Thus, the FANC pathway appears as a promising new therapeutic target for melanoma treatment.Inversely, we observed that FANC pathway loss-of-function is associated to increased expression of MiTF in both FA patient-derived and siRNA-downregulated cells. We demonstrated that the FANC pathway negatively regulates MiTF expression at the mRNA level and have obtained preliminary data suggesting that FANCD2 associates to the MiTF promoter, impeding the action of the NF-kB transcription factor. MiTF depletion increases MMC sensitivity in FANC pathway proficient cells, but does not modify the sensitivity of FA cells, supporting the hypothesis that MiTF acts on the DDR by regulating the expression of FANC proteins. Finally, we demonstrated that MiTF expression is induced in response to inflammatory stimuli, like TNF-a. Thus, altered MiTF expression in FA could be involved in the pigmentation defects and microphthalmia reported in patients.In conclusion, we will present a corpus of both validated and yet preliminary data that strongly supports the existence of an epistatic relationship between MiTF and the FANC pathway. This circuitry appears to have an important role in melanoma resistance to chemotherapies and in some FA pathological traits
Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la réponse des ARN messagers à la régulation par les petits ARN by Benoit Guillemardet( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Parmi les régulateurs nucléiques, les petits ARN régulateurs sont un moyen rapide d'adaptation. On les retrouve dans tous les domaines du vivant. Chez les bactéries, l'action d'un grand nombre d'entre eux dépend de la protéine chaperonne d'ARN Hfq. Leur mode d'action consiste à d'apparier directement à l'ARNm cible par complémentarité imparfaite de séquence. Il en résulte une régulation positive ou négative, de la traduction et/ou de la stabilité de l'ARNm cible.Au cours de la première partie cette thèse, nous avons essayé de caractériser la régulation des ARNm par les petits ARN régulateurs. Pour ce faire, nous avons étudiés les différents composants de cette régulation et nous avons pu montrer que les sites de fixation à la protéine Hfq sur les ARN devaient être compatibles pour obtenir une régulation optimale des ARNm par les petits ARN régulateurs.Lors de la seconde partie de la thèse, nous avons pu identifier un nouveau type de régulation des ARNm par les petits ARN régulateurs : la polarité transcriptionnelle. Nous avons pu montrer que la fixation du petit ARN ChiX sur la région 5'UTR de l'ARNm chiPQ entrainer l'inhibition de la traduction de chiP mais également une terminaison prématurée rho-dépendante de la transcription de l'ARNm.Nous avons par la suite cherché à savoir si ce type de régulation pouvait se retrouver dans la régulation d'autre ARNm comme l'opéron dppABCDF et l'opéron pgaABCD. En parallèle de ces études, nous avons également essayé de caractérisé la terminaison Rho-dépendante entre S. Typhimurium et E.coli au sein de l'ARNm chiPQ
Study of the mechanisms of sexual differentiation in the fission yeast S. pombe by Fabrizio Simonetti( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

In the fission yeast S. pombe, several meiotic mRNAs are constitutively expressed during the mitotic cell cycle. In order to avoid untimely entry into meiosis, cells have adopted a degradation system that selectively eliminates the corresponding mRNAs. The YTH family RNA-binding protein Mmi1 recognizes specific sequence motifs within these transcripts (UNAAAC) and allows their targeting to the nuclear exosome for degradation. Upon entry into meiosis, Mmi1 is sequestered in a ribonucleoprotein complex, composed by the meiotic protein Mei2 and the non-coding RNA meiRNA, allowing meiotic mRNAs to be exported and translated. During my PhD studies, I focused my interest on the role of Mmi1 in the degradation of meiotic transcripts during vegetative growth. In accord with recent studies, our results show that Mmi1 stably interacts with the mRNA deadenylation complex Ccr4-Not. This interaction has a functional relevance since Ccr4-Not is involved in the degradation of meiotic mRNAs. Surprisingly, however, the deadenylation activity is not required. Our genetic and biochemical analyses indicate that the E3 ubiquitin ligase Mot2, subunit of the Ccr4-Not complex, ubiquitinate a pool of the inhibitor of Mmi1, the Mei2 protein, to favor its degradation by the proteasome. This regulatory mechanism ensures the maintenance of Mmi1 in a functional state, leading to the persistent repression of meiotic mRNAs in mitotic cells. Thus, Mmi1 has a dual role: in nuclear mRNA surveillance, by targeting meiotic transcripts for degradation by the exosome, and in protein degradation, by recruiting Ccr4-Not to its own inhibitor Mei2. These results have also revealed a novel role for the ubiquitin ligase activity of the Ccr4-Not subunit Mot2 in the control of sexual differentiation in fission yeast. Our supplemental results indicate that the YTH RNA-binding domain of Mmi1, but not the non-coding RNA meiRNA, is required for the degradation of Mei2. Remarkably, our results also revealed that the YTH domain of Mmi1 has a key role in the interaction with Mei2. This strongly suggests that the YTH domain acts as a bifunctional module, allowing the binding not only to meiotic RNAs but also to proteins, such as Mei2. We discuss these results within the context of the current literature and we propose a novel model for the control of sexual differentiation by the Mmi1-Mei2 system
Development of a functional screen for MreB mutants in Bacillus subtilis and characterization of a putative MreB effector by Alba de San Eustaquio Campillo( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'acquisition et le maintien de la forme bactérienne ont été consciencieusement étudiés pendant une très longue période. Néanmoins, il reste encore beaucoup de questions sans réponse. Les bactéries Gram-positives présentent une couche externe rigide (la paroi cellulaire) qui permet de préserver la pression osmotique interne et la morphologie cellulaire. La paroi cellulaire (CW) est principalement formée par un maillage de polymères de sucres, le peptidoglycane (PG), sur lequel sont accrochés des acides téichoïques. L'absence de cette barrière essentielle provoque la perte de forme et, finalement, la lyse de la cellule. L'intégrité du CW est par conséquent d'une importance vitale pour les bactéries. La structure ainsi que la synthèse correcte du CW dépendent de supposées machineries d'élongation du peptidoglycane (PGEM) chargées d'assembler le réseau du PG. Le fonctionnement et la composition des PGEMs restent incertains, mais on sait qu'ils dépendent d'une protéine essentielle : MreB, une protéine procaryote similaire à l'actine. MreB est suspectée de contrôler l'activité et/ou l'assemblage des PGEMs, mais sa fonction exacte comme son mode de régulation sont actuellement inconnus. J'utilise Bacillus subtilis, le modèle des bactéries Gram-positives, pour mieux comprendre les fonctions de MreB via i- le développement et l'utilisation d'un criblage génétique pour l'identification de mutants de mreB non fonctionnels et ii- l'étude d'un effecteur potentiel de MreB.(i) MreB a été étudié pendant près de deux décennies et pourtant, sa (ses) fonction(s) reste(nt) mal comprise(s). Comme les approches biochimiques se sont révélées particulièrement difficiles jusqu'à présent, la plupart des études se sont concentrées sur la localisation cellulaire et la dynamique de la protéine. Au cours de mes travaux, j'ai conçu un criblage génétique au moyen duquel j'ai obtenu une collection de mutants de mreB fonctionnellement déficients, chez B. subtilis. La caractérisation de ces mutants a révélé de nombreux résidus importants pour le fonctionnement de la protéine. De façon intéressante, mes résultats indiquent que certains mutants ont conservé leurs propriétés dynamiques (suggérant une association fonctionnelle aux PGEMs) en plus d'une morphologie de type sauvage, tout en étant fortement affectés pour la croissance. Des résultats préliminaires indiquent que ces mutants sont compromis dans leur capacité à utiliser certaines sources de carbone, reliant MreB au métabolisme cellulaire. Ceci suggère l'existence soit d'un point de contrôle, soit d'un couplage entre le métabolisme du carbone et l'expansion du CW chez B. subtilis.(ii) Des résultats non publiés de notre groupe ont révélé l'existence d'un opéron non caractérisé (ydcFGH) dont l'expression est fortement induite en absence de MreB, par comparaison à la souche sauvage. J'ai 1- mis en évidence la cause probable de l'induction de cet opéron en l'absence de MreB, révélant ainsi l'existence de nombreuses mutations dans la souche MreB et 2- réalisé une caractérisation poussée de chaque gène de l'opéron ydcFGH. Bien que le lien exact entre MreB et ydcFGH soit encore inconnu, nos résultats suggèrent un rôle potentiel d'YdcH dans le contrôle du métabolisme du carbone et l'adaptation à la phase stationnaire. À la lumière de mes données issues du criblage génétique (i), ces résultats indiquent un lien fort entre MreB et le métabolisme du carbone
Stress oxydant et infarctus du Myocarde by Yosri Noichri( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Myocardial infarction is the leading cause of death in developed nations despite of recent advances in the management of this disease. Oxidative stress is involved in the physiopathology of Myocardial Infarction. Our study showed a decreased antioxidant activities in patients with Acute Myocardial Infarction. A part of the present study was designed to explore Peroxiredoxin Thioredoxin activity. It's considered as a major antioxidant system and it control hydrogen peroxide levels which mediate the signal transduction, including apoptosis signal. Molecular mechanisms underlying the oxidative stress toxicity in cardiomyocytes have to be more elucidated and may help the evolving of therapeutic care strategies of coronary heart disease
Management of E. coli sister chromatid cohesion in response to genotoxic stress by Elise Vickridge( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Maintaining genome integrity through replication is an essential process for the cell cycle. However, many factors can compromise this replication and thus the genome integrity. Mitomycin C is a genotoxic agent that creates a covalent link between the two DNA strands. When the replication fork encounters the DNA crosslink, it breaks and creates a DNA double strand break (DSB). Escherichia coli (E.coli) is a widely used model for studying complex DNA mechanisms. When facing a DNA DSB, E. coli activates the SOS response pathway. The SOS response comprises over 50 genes that are under the control of a LexA-repressed promoter. Upon a DSB induction, RecA, a central protein of the SOS response will trigger the degradation of LexA and all the SOS genes will be expressed.We have developed a novel molecular biology tool that reveals contacts between sister chromatids that are cohesive. It has been shown in the lab (Lesterlin et al. 2012) that during a regular cell cycle, the two newly replicated sister chromatids stay in close contact for 10 to 20 min before segregating to separate cell halves thanks to the action of Topoisomerase IV. This step is called sister chromatid cohesion. We have used this molecular biology tool to study sister chromatid cohesion upon a genotoxic stress induced by mitomycin C (MMC). We have shown that sister chromatid cohesion is maintained and prolonged when the cell is facing a DSB. Moreover, this sister chromatid cohesion is dependent on RecN, an SOS induced structural maintenance of chromosome-like (SMC-like) protein. In the absence of RecN, the proximity between both sister chromatids is lost and this has a deleterious effect on cell viability. By tagging the chromosome with fluorescent proteins, we have revealed that RecN can also mediated a progressive regression of two previously segregated sister chromatids and this is coordinated with a whole nucleoid compaction. Further studies showed that this genome compaction is orderly and is not the result of a random compaction in response to DNA damage.Interestingly, inhibiting TopoIV in a recN mutant fully restores viability and sister chromatid cohesion suggesting that RecN's action is mainly structural. Preserving cohesion through precatenanes is sufficient to favor repair and cell viability even in the absence of RecN.An RNA-seq experiment in a WT strain and a recN mutant revealed that the whole SOS response is downregulated in a recN mutant. This suggests that RecN may have an effect on the induction of the SOS response and thus RecA filament formation. This is in good agreement with the change in RecA-mcherry foci formation we observed. In the WT strain, the RecA-mcherry foci are defined as described in previous work. However, in the recN, the RecA-mcherry foci seemed to form bundle like structures. These RecA bundles were previsously described by Lesterlin et al. in the particular case of a DSB occurring on a chromatid that has already been segregated from its homolog. This could mean that in the absence of recN, the sister chromatids segregate and RecA forms bundle like structures in order to perform a search for the intact homologous sister chromatid.Altogether, these results reveal that RecN is an essential protein for sister chromatid cohesion upon a genotoxic stress. RecN favors sister chromatid cohesion by preventing their segregation. Through a whole nucleoid rearrangement, RecN mediates sister chromatid regression, favoring DNA repair and cell viability
Rôle de la phosphatase PRL-3 et de CRMP2 dans la migration et l'invasion du mélanome uvéal by Laura Duciel( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Uveal melanoma (UM) is a rare tumor (500 to 600 new cases by year in France) but this is the most common intraocular cancer in adult. This tumor is due to melanocytes transformation derived from neural crest and localized in uvea (choroid, ciliary body and iris). Despite the primary tumor treatment, up to 50% of patients will develop metastases mostly localized in liver within the years following diagnosis. The median survival rate of metastasis formation is only six months. Indeed, there are currently no effective treatments against metastasis. Therefore, a better comprehension of UM metastatic process and identification of the genes involved are major issues for the development of new therapies. A transcriptomic analysis done in our laboratory allows to identify the phosphatase PRL-3 whose overexpression is correlated with metastatic development and patients poor prognosis. Besides being a bad prognosis marker, functional studies showed that UM cells expressing PRL-3 migrate faster and are more invasive than cells expressing the catalytic dead mutant of the phosphatase. The role of PRL-3 in tumorigenesis and metastatic development is well described, and numerous studies investigate his mechanism of action and his intracellular substrates. Interestingly, some of the identified PRL-3's targets are cytoskeletal proteins. In order to identify new PRL-3's targets in UM, we realized a phosphoproteomic analysis that allows us to identify CRMP2. CRMP2 is a cytoskeletal protein that has been mostly described in the nervous system. CRMP2 plays a role in axonal guidance, neuritis extension, microtubules dynamics and vesicular trafficking. During my PhD, I confirmed that in UM cells, PRL-3 expression modify the phosphorylation state of CRMP2 in particular on T514 and S522 residues. Moreover, CRMP2 and PRL-3 interact together and CRMP2 is less phosphorylated on the T514 following the interaction, which suggests that CRMP2 is a target of PRL-3. Furthermore, we showed that CRMP2 KO by shRNA increases UM cells velocity and invasion in cells expressing PRL-3. So CRMP2 is a brake to the migration and invasion process in UM cells. These observations are correlated with a reorganization of actin cytoskeleton with a reduction of stress fibers. The study of the microrheological properties of UM cells showed that PRL-3 expression and/or CRMP2 KO increases the viscosity, elasticity and stiffness of the cytoplasm. CRMP2 KO changes these properties only when PRL-3 is not functional which suggests that concerning the micro-rheology, CRMP2 KO is equivalent the its dephosphorylation by PRL-3. Finally, in UM tumors, CRMP2 expression are correlated with good survival prognosis. My PhD also gave me the opportunity to participate to the creation of a map about interactions and signaling pathways involving PRL-3 in cancers as part of the NaviCell project. This map was integrated in ASCN database
 
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École doctorale 577

École doctorale SDSV

ED 577

ED Structure et dynamique des systèmes Vivants

ED577

EDSDSV

SDSV

Structure et dynamique des systèmes Vivants

Languages
French (13)

English (9)