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Bourlet, Thomas

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Works: 20 works in 21 publications in 2 languages and 66 library holdings
Roles: Editor, Contributor, Other, Thesis advisor, Opponent, Author
Publication Timeline
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Most widely held works by Thomas Bourlet
Référentiel en microbiologie médicale by Société française de microbiologie( Book )

1 edition published in 2018 in French and held by 24 WorldCat member libraries worldwide

Rémic : référentiel en microbiologie médicale by Société française de microbiologie( Book )

1 edition published in 2015 in French and held by 16 WorldCat member libraries worldwide

Détection, sélection et transmission de virus au niveau des muqueuses génitales : à propos de 3 modèles : virus de l'immunodéficience humaine, virus GBV-C/HGV et virus de l'hépatite C by Thomas Bourlet( )

2 editions published in 2002 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Les travaux presentes dans notre These s'inscrivent dans la Thematique du groupe de recherche GIMAP -Groupe Immunite des Muqueuses et Agents Pathogenes-, a savoir l'etude des interactions entre HIV et la muqueuse sexuelle, principale voie de contamination de cet agent. Nous nous sommes d'abord attaches a developper des techniques sensibles et reproductibles de detection et de qualification de l' ARN de HIV-1 dans le plasma seminal et la salive et au sein de differentes fractions cellulaires du sperme. Nos resultats suggerent l'existence d'un compartiment seminal au moins chez certains hommes "a risque" presentant une charge virale seminale plus elevee que dans le sang ; cette compartimentation apparaît plus marquee au niveau salivaire ou l'efficacite des antiretroviraux semble reduite. En parrallele, nous avons participe a la mise en evidence d'un co-recepteur CXCR4 fonctionnel a la surface de cellules de Langerhans en culture monocouche. Des travaux sont en cours pour preciser le role de ces cellules epitheliales dans la secretion des virus presentant un tropisme pour le corecepteur CCR5 lors de la transmission sexuelle. Les outils moleculaires developpes pour la detection et la quantification de HIV-1 au niveau d'echantillons muqeux nous ont ensuite permis de nous interesser a la transmission du GBV-C/HGV par voie sexuelle. Nos travaux conduits a partir d'une population d'hommes infectes par HIV-1 ont ete parmi les premiers a suggerer une transmission sexuelle de GBV-C/HGV par l'etude de la prevalence des marqeurs seriques de ce virus ( ARN et anticorps anti-E2) et par la detection chez 4 sujets d'ARN viral dans le sperme ou la salive. Par ailleurs, nous nous sommes interesses au risque de transmission de HCV chez les couples dont l'homme est porteur chronique de ce virus et candidats a une procreation medicalement assistee (PMA), par la recherche de l'ARN viral dans les differents fractions seminales. La detection d'ARN de HCV dans le plasma seminal d'environ 12% d'entre eux ainsi que,de facon transitoire, dans la fraction spermatozoides de l'un d'eux, incite a une vigilance quant au risque potentiel de contamination par l'acte de PMA. Nous poursuivons ces recherches dans le cadre de l'AC-11 de l'ANRS, par un travail de standardisation de technique de detection de l'ARN de HCV dans le sperme, notamment par la coordination d'un controle de qualite multicentrique, et dans le cadre d'un PHRC dont l'objectif est de valider un algorithme decisionnel pour la prise en charge en PMA des couples sero-differents pour HCV
Major influence of CD4 count at the initiation of cART on viral and immunological reservoir constitution in HIV-1 infected patients by Anne-Emmanuelle Depincé-Berger( )

1 edition published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Comparative evaluation of the QIAsymphony RGQ system with the easyMAG/R-gene combination for the quantitation of cytomegalovirus DNA load in whole blood by Sylvie Pillet( )

1 edition published in 2012 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Impact of the level of pre-ART CD4+ T cells in blood on the rectal HIV reservoir in long-term treated men (VIRECT study) by Delphine Vergnon-Miszczycha( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Modulation of oxidative stress and microinflammatory status by colloids in refractory dialytic hypotension by Guy Rostoker( )

1 edition published in 2011 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Kinetics of release of antiretroviral drugs through a silicone intravaginal ring by Bruno Pozzetto( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Prévalence des papillomavirus humains en assistance médicale à la procréation et leur impact sur les résultats en fécondation in vitro by Mohamed Ghazi( )

1 edition published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The average prevalence of Human papillomaviruses (HPV) carriage in the general population is estimated at 11.7% in women and 10% in men. The aim of this study was to evaluate the prevalence of genital HPV infection, its impact on sperm characteristics and on the outcome of the first ART attempt in couples undergoing IVF in the Department of Reproductive Medicine in Saint-Étienne. A total of 625 women and 560 men were included in the study. HPV prevalence in our population was 17.28% in female and 19.36% in male patients. The analysis of sperm parameters, pregnancy rates, delivery rates and obstetric complications showed no significant difference for these parameters in couples with one member or both carrying HPV. We also highlighted an HPV contamination of biological samples for Reproductive Biology techniques. In conclusion, there is a high prevalence of HPV in infertile couples but this increase does not directly affect the outcome of AMP attempts
DIAGNOSTIC DES PNEUMOPATHIES A CYTOMEGALOVIRUS CHEZ DES GREFFES PULMONAIRES, A PARTIR DU LAVAGE BRONCHOALVEOLAIRE : INTERET DE L'AMPLIFICATION GENIQUE by Thomas Bourlet( Book )

1 edition published in 1994 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Caractérisation quantitative et génétique de la dynamique sanguine et tissulaire du virus de l'immunodéficience simienne chez le macaque cynomolgus en histoire naturelle by Antoine Millet( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Simian Immunodeficiency Virus (SIV) infection persists in the body with infected cells containing the integrated viral genome. These cells called "reservoirs" constitute the major barrier to viral eradication and are focus of interest of new therapeutic challenges. The simian model enables the exploration of tissue reservoirs and viral evolution throughout the whole body. In a first part, the aim of our work was to characterize the dynamics of SIV in the blood and tissues in the absence of treatment. In the P-Visconti program, six macaques were infected by SIVmac251 and were followed 6 months before euthanasia. We developed ultrasensitive assays for the SIV DNA quantification (cell infection level) and cell-associated SIV RNA (caSIV RNA), expressing the transcriptional ability of infected cells. In addition, we developed a high throughput sequencing method and bioinformatics tools for in-depth analysis of more than 60 million reads, describing the evolution and number of viral variants in blood and tissues. We showed that the kinetics of the number of infected blood cells and their transcriptional level reflected the kinetics of plasma viremia. Moreover, the evolution of genetic diversity (number of variants and genetic distance) mimicked the evolution of the two markers. The variants constituting the inoculum tended to disappear as soon as day (D)28 in the plasma but persisted longer in the blood cells. The proportion of major variants evolved over time and, despite identical inoculum, a great heterogeneity of infection levels and genetic diversity could be observed among the monkeys. At 6 months post infection, many tissues were collected at euthanasia. We showed a disseminated and replicative infection over 26 anatomical sites, including skin and adipose tissues. Secondary lymphoid organs exhibited the highest levels of infection and transcriptional activity, which were associated with the most divergent viral quasi-species profiles from the inoculum, highlighting the major role of lymph nodes in the viral evolution. Infection level of many tissues was correlated with that observed in blood at the peak of replication. The different lymphoid tissues and several non-lymphoid tissues shared some major variants, indicating high exchanges of virions and/or infected cells between tissues (Manuscript 1). In a second part, we examined a model of SIVmac infected macaques, and 12 out of 16 animals exhibited spontaneous viral control (Simian "controllers": SIC). No difference of viral level was observed in blood at the peak (D15) between SIC and non-controller macaques. In contrast, SIC had a significantly lower level of infection in the lymph nodes since D15. Moreover, after 18 months, SIV DNA loads appeared lower in all SIC tissues. In addition, immunological studies (C. Pereira et al., I. Pasteur) showed that suppressive activity of SIV-specific CD8+ T cells has been developed over time and was related to lower viral reservoir levels (Manuscript 2). Mathematical modeling combining these immuno-virological data (V. Madelain et al., Univ Paris 7) showed a biphasic decay of SIV DNA after the peak of viremia in SIC, that could be related to 2 cell populations (one with short half-life and the other with a long half-life). These results indicate which cells have to been targeted in the context of remission and/or cure studies (Manuscript 3). All of these data demonstrate the key role of lymphoid tissues in the infection dynamics and in viral variants diffusion and diversification. The strong viral spread highlights the need to use molecules that penetrate throughout the whole body
Transmission hétérosexuelle de HIV : visualisation et modélisation de l'infection de la muqueuse génitale féminine by Rachel Terrasse( )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La transmission hétérosexuelle de HIV de l'homme vers la femme est le principal mode de contamination dans le monde. Il implique la mise en contact du sperme infecté avec la muqueuse génitale féminine saine, puis le passage du virus libre ou associé aux cellules à travers la muqueuse. Les mécanismes impliqués dans la transmission de HIV de l'homme vers la femme ainsi que l'impact du plasma séminal sur la transmission sélective des virus à tropisme R5 sont encore mal connus. Au cours de mon séjour doctoral nous avons visualisé le passage du virus associé aux cellules ainsi que du virus libre à travers la muqueuse génitale endocervicale. Dans un premier temps l'étude s'est focalisée sur la transmigration de cellules immunitaires infectées par HIV à travers un modèle in vitro de muqueuse endocervicale reconstruite, ainsi que sur le rôle du plasma séminal dans la transmission de HIV et la sélection des virus à tropisme R5. Par la suite, un virus chimérique fluorescent, réplicatif et infectieux, permettant sa détection par microscopie confocale sur plusieurs cycles de réplication, a été développé. Après mise en contact de ce virus chimérique, à tropisme X4 ou R5, avec la muqueuse endocervicale, nous avons visualisé par microscopie confocale l'infection des cellules épithéliales endocervicales et la transmission de HIV à des cellules immunitaires disposées au pôle basal. L'utilisation d'un modèle mathématique nous a permis de standardiser et quantifier la détection de cellules infectées dans la muqueuse. Mes travaux de thèse décrivent dans un premier temps l'importance du passage de HIV associé aux cellules dans la transmission hétérosexuelle, ainsi que l'implication du plasma séminal dans la sélection des virus à tropisme R5. De plus, le modèle virologique développé permet de visualiser directement la transmission hétérosexuelle de HIV à travers la muqueuse génitale féminine. J'ai ainsi démontré qu'il est possible de visualiser directement, de localiser et de quantifier la présence du virus au sein de la muqueuse. Cet outil virologique permettra d'approfondir les connaissances et la compréhension des mécanismes impliqués dans la transmission hétérosexuelle de HIV et dans la sélection des virus à tropisme R5
Développement et caractérisation d'anticorps monoclonaux dirigés contre le complexe de fusion de la protéine d'enveloppe du virus VIH-1 by Reham Dawood( )

1 edition published in 2011 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Envelope glycoprotein is the primary target for human immunodeficiency virus (HIV) vaccine design. The N-terminal and the C-terminal regions of the gp41 interact with each other to form six helix bundle which is responsible for the fusion between the viral membrane and the target cell membrane. Monoclonal antibodies that disrupt the formation of the six helix bundle inhibit the HIV fusion. During the last decade, several human monoclonal antibodies of potent antiviral capacity for neutralizing primary isolates of different clades have been developed. The most broadly neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) were screened from HIV-1 seropositive patients and recognized linear epitopes within the membrane proximal region of gp41. In this study, we developed a stable transfected eucaryot cell line expriming a well folded complex. Three mAbs against HIV-1 gp41 were prepared in mice. Our results show that the three mAbs were able to neutralize and inhibit the HIV-1 infection. Two of the mAbs bound to the recombinant folded gp140 and recognized HR1/HR2 regions while one of them recognized linear epitope within the HR2. Interestingly, the results showed that the three mAbs could inhibit the syncytium formation and block the interaction between the HR1 and the HR2 region
Impact de stratégies thérapeutiques sur le réservoir viral cellulaire dans l'infection par le VIH-1 by Héloïse Delagrèverie( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

In HIV-1 infection, the persistence of latent viral forms in infected cells precludes the cure. New cure strategies aim at reducing or inactivating this viral reservoir. We studied the impact of intensive chemotherapy and hematopoietic stem cell transplantation on the viral reservoir in 13 retrospective patients. Blood cell-associated viral DNA (CA-DNA) was quantified longitudinally by real-time PCR. Viral diversity and phylogeny were studied by deep sequencing the viral C2V3 region. Despite intensive chemotherapy, the viral reservoir was reconstituted within a few weeks following transplantation and its diversity was unaltered. The reconstitution was driven by the early homeostatic proliferation of infected memory T cells. In HIV gene therapy trials, it may therefore be relevant to administer modified T cells in addition to stem cells to achieve a better engraftment of resistant cells. We also studied the effect of antiretroviral initiation with either raltegravir (2 doses) or efavirenz on the reduction in CA-DNA and inflammation markers in 153 patients co-infected with tuberculosis, from the ANRS REFLATE-TB trial. CA-DNA decreased on treatment by -0.9 log10 copies/106CD4+ over 48 weeks. Plasma CRP, D-dimer, IL-6 and sCD14 levels were initially high. All decreased but had not reached normal values by 48 weeks. There were no differences according to treatment; raltegravir and efavirenz were equally effective. Finally, we studied anti-HIV-1-gp41 humoral responses in 683 patients with long-term suppressed viral replication. Persistent antibody levels correlated with both the duration of viral suppression and the size of the CA-DNA reservoir. Antibody levels were higher in participants with residual replication. Measuring anti-gp41 responses may be useful as a surrogate marker of the viral reservoir and of effective viral suppression
Investigation de la pathogenèse du syndrome de détresse respiratoire aiguë post-transfusionnel (TRALI) dans un modèle murin by Sofiane Tariket( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La transfusion sanguine permet de sauver des vies et réduit la morbidité pour un grand nombre de maladies et d'affections cliniques, mais elle n'est pas exempte de complications. Un incident néfaste lié à une transfusion, également appelé Effet Indésirable Receveur (EIR), est un incident défavorable survenant chez un patient pendant ou après une transfusion sanguine. Parmi eux, le TRALI est considéré comme l'une des réactions inflammatoires les plus critiques. Cette pathologie se développe généralement dans les 6 heures après transfusion. On en reconnaît deux types, les TRALI immunologiques et les TRALI non-immunologiques. En France, les premiers sont presque entièrement prévenus par une politique de sécurité des produits sanguins, tandis que la fréquence des seconds augmente. La physiopathologie du TRALI reste mal connue. Tandis que certains y accordent une place importante aux plaquettes sanguines du patient transfusé, d'autres les considèrent comme pas réellement impliquées. Le but de ce travail de thèse a été, dans un premier temps, d'investiguer le potentiel inflammatoire des plaquettes sanguines conservées dans les concentrés plaquettaires et l'influence de cette inflammation sur l'endothélium vasculaire général. Ensuite, sera évalué le rôle des plaquettes sanguines de l'organisme, notamment par l'intermédiaire de leurs produits de sécrétion, dans la pathogénie de cette complication transfusionnelle. Pour cela, un ALI (mimant un TRALI) a été déclenché, dans un modèle in vivo, par une injection d'anticorps anti-CMH I chez des souris préalablement stimulées avec du LPS. L'ensemble de nos résultats confirme le potentiel inflammatoire des plaquettes sanguines, au sein des concentrés plaquettaires, pouvant probablement assumer l'entière responsabilité du déclenchement d'un TRALI non-immunologique, ainsi qu'un rôle secondaire des plaquettes sanguines de l'organisme, participant activement à l'amplification de la sévérité de la pathologie. Cette thèse s'inscrit dans la continuité logique des études menées, au sein du laboratoire GIMAP-EA3064, investiguant la place des plaquettes sanguines au sein de l'inflammation, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives dans la sécurité transfusionnelle
Le taux de lymphocytes T CD4+ à l'instauration du traitement antirétroviral a un impact majeur sur la constitution du réservoir viral et immunologique chez les patients infectés par le virus VIH-1 by Anne-Emmanuelle Depince( Book )

1 edition published in 2015 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Objectifs : Au cours de l'infection par le VIH, l'intestin est le siège d'une activation immune persistante. Elle est liée à une déplétion précoce des lymphocytes T CD4+ (LT CD4+), à un important réservoir viral, à une altération du rapport Th17/T régulateur, en lien avec une perte d'intégrité de la barrière intestinale et une translocation microbienne. Le traitement antirétroviral (TARV) combiné ne permet pas une résolution complète de ces anomalies. Ici, nous avons analysé les caractéristiques immunologiques et virologiques du réservoir rectal viral de patients traités au long cours à partir du taux de LT CD4+ à l'instauration du TARV. Matériels et méthodes : Vingt-quatre patients sous TARV ont été inclus dans l'étude, 9 avaient été traités alors qu'ils avaient un taux sanguin de LT CD4+ >350/mm3 (groupe A) et 15 avaient un taux de LT CD4T+ <350/mm3 (groupe B). L'immunophénotypage de différentes populations lymphocytaires T (Th17, T régulateurs, cellules exprimant PD-1 et p24) et sous-populations lymphocytaires B (naïves IgD+, mémoire IgM+/CD27+ et activées IgD-) a été réalisé dans les compartiments sanguins et rectaux. L'expression des marqueurs de homing intestinal [alpha]4[beta]7 et CCR9 a aussi été analysée. L'ADN VIH total et l'ARN VIH intracellulaire ont été détectés dans les 2 compartiments par PCR en temps réel. Résultats : La reconstitution immune était significativement abaissée dans le sang, mais pas dans le rectum, des patients du groupe B. L'altération du homing intestinal des LT CD4+ [beta]7+ était plus marquée chez les patients du groupe B et était corrélée à une faible reconstitution immune dans le sang. Les populations lymphocytaires de phénotype « épuisé » et infectées, et l'altération du rapport Th17/Treg étaient similaires entre les 2 groupes. Une instauration tardive du TARV était associée à une altération de la maturation lymphocytaire B. Les réservoirs VIH sanguins et rectaux étaient plus importants chez les patients du groupe B. Dans le rectum, l'ARN VIH intracellulaire était détecté chez les patients ayant une importante charge ADN VIH. Conclusion : Une instauration précoce du TARV pourrait préserver l'immunité muqueuse intestinale et limiter la constitution du réservoir viral
Mise en évidence et caractérisation d'une spécificité anticorps "TcCRA" chez l'homme by Esber Saba( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les anticorps à réactivité croisée sont caractérisés par leur capacité à reconnaitre des épitopes différents de ceux qui ont causé leur induction. Cela se produit lorsque des similitudes structurales entre les deux déterminants antigéniques deviennent suffisantes pour permettre une liaison spécifique. Nous rapportons ici pour la première fois la présence, à une haute fréquence, d'anticorps dans des échantillons de sang provenant de sujets vivant en France avec une protéine de Trypanosoma cruzi. Nous avons appelé ces anticorps ''Trypanosoma cruzi Cross-reactive antibodies'' ou TcCRA. Nos résultats montrent une forte séroprévalence des anticorps à réaction croisée, suggérant qu'ils sont induits par un immunogène largement répandu, acquis dès l'enfance et qui ne semble pas être associé à des agents pathogènes communs en clinique humaine. Les recherches effectuées in silico orientent vers un virus de la famille des Herpesviridae. Cette hypothèse est renforcée par la documentation d'un profil sérologique de séroconversion chez un patient qui a subi une transplantation de cellules souches allogéniques. Ce premier travail va servir de base à la mise en oeuvre d'investigations cliniques rétrospectives et prospectives destinées à élucider l'étiologie et l'importance clinique du biomarqueur TcCRA
Influence du plasma séminal sur la transmission sexuelle du VIH-1 par les cellules dendritiques by Amélie de Saint Jean( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Impact de la réponse IgA dans une nouvelle stratégie de vaccination muqueuse contre Salmonella et dans la régulation de la réponse adaptative by Rémi Gayet( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The enterobacteria Salmonella species are divided into several serovars such as Typhimurium, Enteritidis, Typhi and Paratyphi which are the major causative agents of either gastroenteritis or typhoid fever. They are responsible for more than 90 million cases and 400 000 deaths each year. The increase in multi-drug resistant strains requires the implementation of prophylactic mucosal vaccines. Besides, the intestinal environment is characterized by a balance between immune tolerance and inflammatory response tightly regulated by secretory immunoglobulins (Ig) A. Mucosal IgA are mainly dimeric, serum IgA monomeric and two IgA isotypes have been described in humans: IgA1 and IgA2. We firstly explored the functions of the different isotypes and isoforms of human IgA. We pointed out a pro-inflammatory role of IgA2 whereas IgA1 rather oriented the immunity towards an anti-inflammatory response. We have also highlighted both the regulation of IgA receptors expression by IgA and an IgA/CD8 cytotoxic T cells axis. We also designed a multivalent vaccine against Salmonella by coupling two antigens - SseB and OmpC - to secretory Ig. We pointed out solid specific humoral and cellular responses against both these antigens coupled to either IgA or IgM after intra-nasal immunization in mucosal but also systemic compartments. We have also demonstrated the possibility to preserve and increase the antigen immunogenicity with a multivalent vaccine. This thesis thus paves the way for new secretory Ig-vectorized mucosal vaccines. In addition, the immune response could be modulated through the chosen isotype or isoform and the differences in immune activation generated by structural changes in IgA could shed some light on their role in mucosal homeostasis
 
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