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Michotey, Valérie (19..-)

Overview
Works: 17 works in 19 publications in 2 languages and 25 library holdings
Roles: Other, Thesis advisor
Publication Timeline
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Most widely held works by Valérie Michotey
Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus by Patricia Bonin( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Flux d'azote dans les sédiments marins sous influence de la conchyliculture et processus microbiens associés by Laura Minjeaud( )

2 editions published between 2008 and 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The excess of nitrate and ammonium in coastal sediment can have as consequences an important phytoplanctonic development with potential production of toxin causing the stopping of shellfish sales due to health risks and so can have adverse economic repercussions. The study of the microbial processes allowing the entrance or the elimination of nitrogen from ecosystems was therefore undertaken in two coastal shellfish zones: Fos and Arcachon Gulf. Processes implicated in nitrogen fluxes were determined by using a new method of isotope paring developed in this study and taking into account not only denitrification but also nitrification and Anammox process. Theoretical data was validated by experiments. The application of this method on the sediment of the Carteau gulfe (Gulf of Fos) studied in the course of an annual cycle allowed us to show that the denitrification, that is the main process of elimination of nitrogen in this zone, saw its activity multiplying by 20 in the course of last ten years to reach its maximum potentiality, in present time. In present time, out going nitrogen fluxes remain higher than N2 fixation rate, having as consequence the elimination of nitrate from sediment. The nitrification and Anammox being only occasionally detected, the ammonium of sediment is not efficiently eliminated by bacterial processes. In the basin of Arcachon, shellfish zone subjected to the tide, studied in the course of two missions, Anammox could constitute up to 58 % of the production of N2 although denitrification process remained majority in most cases. An effect of the tide and of the year on the N2 production has been noticed without notable variation of qualitative or quantitative structure of the denitrifying community. In the same way, the number of nitrifying or N2-fixing prokaryotes did not show important variation. In this area, the N2-fixation activity was more intense and has lead to positive flux in 2005. A Nitrous oxide production, a by product of denitrification, has been highlighted showing this kind area, under certain condition, could emit this green house gas
Evidence of high N 2 fixation rates in productive waters of the temperate Northeast Atlantic by Debany Fonseca-Batista( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Ice biota degradation in the Arctic environment : impact of bacterial stress state on this material's preservation and burial by Rémi Amiraux( )

2 editions published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

With a rise in Arctic temperatures almost twice as large as the global average in recent decades, it is at high latitude that the effects of global warming are the most evident. Thus, some scientists have already predicted the complete disappearance of sea ice for 2050. Due to the future disappearance of ice algae and the increase of permafrost thawing, a reassessment of their respective contributions to CO2 storage was required. We have shown that unlike permafrost, ice algae are highly preserved in sediments (allowing CO2 storage) due to the inability of their bacteria to remineralize them. The combined effect of increasing discharge of permafrost by Arctic rivers and decreasing storage of ice algae due to the disappearance of sea ice should thus contribute to increase the global warming
Desulfosoma profundi sp. nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France by Patrick Grégoire( )

1 edition published in 2011 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments by Robert Duran( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3 by Axel Aigle( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Greigite et magnétite : les déterminants environnementaux et génétiques contrôlant la biominéralisation chez les bactéries magnétotactiques by Elodie Descamps( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Magnetotactic bacteria represent a phylogenetically and ecologically diverse group of prokaryotes able to biomineralize magnetic nanocrystals composed of magnetite [an iron oxide (Fe(II)Fe(III)2O4)] or greigite [an iron sulfide (Fe(II)Fe(III)2S4)] in their magnetosomes, a prokaryotic organelle whose cytoplasmic alignement in chain allows the cell to navigate along the Earth's magnetic field lines. Until recently, only magnetite-producing strains were available in pure culture. Thus, only the magnetite biomineralization has been studied. In 2011, a new bacterium able to form both magnetite and greigite, Desulfamplus magnetovallimortis strain BW-1, was isolated from Death Valley, California and cultivated in pure culture. In this work, we propose to use an integrated and multidisciplinary approach to understand the mechanisms involved in greigite biomineralization in BW-1 strain. First, we determined the environmental and biological conditions in which magnetite and greigite are formed. This first part of my thesis also contributed to the physiologic and phylogenetic characterization of this bacterium. Secondly, we used global and targeted transcriptomic approaches to evaluate the transcription levels of genes putatively involved in magnetosomes formation (magnetite vs. greigite) under various growth conditions. A proteomic approach provided additional informations to this study.Results obtained during my thesis contribute to the understanding of in vivo biomineralization, particularly for greigite production in magnetotactic bacteria
Étude génomique des interactions diatomées-bactéries by Adrien Villain( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les diatomées sont des algues microscopiques qui contribuent à hauteur de 25% environ à la production primaire planétaire. Les diatomées sont très souvent entourées d'une flore bactérienne, avec laquelle de nombreuses interactions ont été documentées. Les génomes de diatomées contiennent par ailleurs de nombreux gènes dont l'origine prédite est bactérienne.Nous avons étudié Asterionella formosa, une diatomée pennée présente dans de nombreux lacs et cours d'eau à l'aide de données omiques. L'utilisation de la métagénomique a permis de reconstruire 30 génomes bactériens, utilisés pour prédire d'éventuelles interactions avec la diatomée. Le séquençage de la sous-unité 16S de l'ARN ribosomique a montré que les différentes espèces bactériennes avaient une abondance variable au cours des phases de croissance de la diatomée, et que certaines étaient plus souvent au contact de la diatomée que libres dans le milieu. Le génome d'A. formosa a ensuite été séquencé à l'aide de la technologie Pacbio et comparé à ceux d'espèces proches. Enfin, l'impact des bactéries sur les diatomées a été abordé sous l'angle de l'évolution et des transferts horizontaux de gènes, qui ont été prédits à partir des données transcriptomiques d'une centaine de diatomées marines.Ce travail représente une première étape dans l'étude de la communauté bactérienne associée à A. formosa. Des expériences complémentaires incluant l'utilisation de transcriptomique ou métabolomique sont maintenant envisageables. Les données collectées et/ou analysées dans ce travail contribuent d'ores et déjà à l'effort global de caractérisation génomique des diatomées
Quantification et prévalence de Flavobacterium psychrophilum chez les truites arc-en-ciel d'aquaculture : relation hôte-pathogène et réponse immunitaire by Nicolas Orieux( )

1 edition published in 2011 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Analyses physiologiques, biochimiques et génétiques pour appréhender la diveristé fonctionnelle des bactéries dénitrifiantes en milieu marin côtier by Christelle Goregues( Book )

1 edition published in 2004 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La dénitrification est un processus respiratoire réalisé par des bactéries hétérotrophes anaérobies facultatives dites dénitrifiantes. En absence d'oxygène, des oxydes d'azotes (nitrate ou nitrite) sont alors utilisés comme accepteurs terminaux d'électrons alternatifs et sont réduits en composés gazeux (oxyde nitrique, oxyde nitreux et azote moléculaire). La dénitrification est un processus clef du cycle de l'azote dans les sédiments marins puisqu'elle diminue la quantité d'azote disponible pour la production primaire par diffusion dans l'atmosphère. Cependant, dans zones cotières qui reçoivent d'importantes quantités d'azote d'origine anthropique, la dénitrification permet d'éliminer l'excès d'azote et par conséquent de limiter l'eutrophisation de l'écosystème. [...] La première partie de ce travail a permis de développer une méthode originale de DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) pour analyser la diversité fonctionnelle des bactéries dénitrifiantes via l'étude des gènes codant pour les nitrite réductases. Nous avons comparé la diversité structurale et fonctionnelle de 89 bactéries dénitrifiantes isolées à partir de sédiments et associé cette diversité aux caractéristiques biochmiques et physiologiques de ces isolats. Les résultats révèlent qu'il n'existe pas de correspondance entre les arbres phylogénétiques construits à partir des séquences du gène nirS et du gène codant pour l'ARNr 16s. Des souches taxonomiquement proches peuvent aussi présenter une physiologie et un métabolisme azoté différent. [...]
Etude de la production d'un antioxydant le 3,4-DHPA par Sulfolobus solfataricus, archée hyperthermophile par des approches multidisciplinaires. by Alexia Comte( )

1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'objectif est de produire un antioxydant puissant, l'acide 3,4-dihydroxyphénylacétique (3,4-DHPA) à partir de la L-tyrosine chez l'archée hyperthermophile et acidophile, Sulfolobus solfataricus 98/2. Les microorganismes extrêmophiles possèdent des enzymes particulièrement résistantes et intéressantes pour l'industrie.Des cultures ont donc été réalisées en fermenteur contrôlé dans 4 conditions : (i) en présence de glucose avec ou sans L-tyrosine, (ii) en présence de phénol avec ou sans L-tyrosine. Il a été montré que le 3,4-DHPA est synthétisé seulement en présence de phénol et de L-tyrosine. Les gènes codant pour les enzymes impliquées dans cette voie métabolique et potentiellement responsables de la synthèse du 3,4-DHPA ont été identifiés par homologie de séquence chez cette archée.Des études transcriptomiques et protéomiques ont donc été initiées pour confirmer ces hypothèses et tenter de caractériser les enzymes impliquées dans ces voies métaboliques. Plusieurs toluène-4-monooxygénases (T4MO) et une catéchol 2,3-dioxygénase, impliquées dans le métabolisme du phénol et potentiellement dans la voie de dégradation de la L-tyrosine ont été identifiées. Leur production est soumise à une régulation transcriptionnelle dépendant de la présence de phénol. L'analyse des régions génomiques correspondantes a permis de mettre en évidence une région consensus qui pourrait être impliquée dans la fixation d'un facteur de transcription lors de la régulation par le phénol. Ces différentes études ont permis, de déterminer d'une part dans quelles conditions le 3,4-DHPA est synthétisé, d'autre part d'identifier les enzymes qui interviendraient dans le métabolisme de la L-tyrosine
Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes by Guillaume Pillot( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les sources hydrothermales profondes sont des édifices géologiques formés par l'infiltration d'eau de mer dans la croûte océanique, formant un fluide chaud (>400 °C), riche en métaux qui précipite pour former des cheminées dans lesquelles circulent un courant électrique. Les travaux de recherche présentés ici avaient pour objectif de révéler la présence de microorganismes capable de participer à la production de ce courant électrique ou d'utiliser cette électricité pour vivre au sein de ces cheminées électriquement conductrices. Nous nous sommes focalisés sur les microorganismes capables de survivre à haute température (entre 60 et 95°C). Différentes communautés microbienne en interaction et électroactives ont pu être cultivées permettant de poser des hypothèses crédibles quant à la colonisation primaire de ces environnements extrêmes. Ces hypothèses pourraient également s'appliquer aux théories d'origine de la vie en contexte hydrothermal
Analysis, occurence, release and degradation of phthalate esters (PAEs) in Mediterranean coastal sea by Andrea Paluselli( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les phtalates (PAEs) sont un groupe de contaminants organiques émergents qui sont devenus une préoccupation majeure en raison de leur omniprésence dans le milieu marin et de leurs effets perturbateurs sur le système endocrinien. Cependant, leur répartition en Méditerranée est assez mal connue, principalement en raison des difficultés analytiques et du risque élevé de contamination des échantillons lors du processus analytique. En outre, les débris de plastique en milieu marin contiennent des additifs comme les PAEs, qui sont ajoutés lors de l'étape de fabrication du plastique. Dans la première partie de cette thèse, une méthode analytique a été optimisée et validée pour la détermination de 8 PAEs à l'état de traces en milieu marin. Brièvement, 1L d'échantillon filtré est passé à travers des cartouches de verre contenant 200 mg d'Oasis HLB, puis élué à l'aide de 6mL d'acétate d'éthyle. Notre méthode donne des rendements d'extraction compris entre 95 et 115 % et des blancs acceptables. Dans un second temps, un suivi annuel de la contamination de la Baie de Marseille a été effectué de décembre 2013 à novembre 2014. Les résultats ont montré la présence de 7 PAEs, avec des concentrations totales variant de 130 à 1330 ng L-1. Dans la dernière partie de cette thèse, deux échantillons de plastique communs (sac de poubelle et gaine de câble électrique) ont été incubés dans de l'eau de mer naturelle dans des conditions contrôlées de laboratoire, de manière à évaluer la migration de PAEs depuis ces matériaux en fonction de différentes conditions environnementales comme la température, la présence de lumière, ou encore la présence de bactéries
Etude du métatranscriptome de la digestion anaérobie du développement bioinformatique à l'étude expérimentale en conditions inhibitrices by Julie Hardy( )

1 edition published in 2021 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La digestion anaérobie (DA) est un procédé de dégradation de la matière organique en absence d'oxygène qui conduit à la valorisation énergétique des résidus organiques sous forme de biogaz riche en méthane. L'optimisation de ces procédés nécessite une meilleure connaissance du fonctionnement des communautés complexes et de leur réponse fonctionnelle face à des perturbations. Un des principaux objectifs de cette thèse était la construction et la validation d'un pipeline bio-informatique dédié à l'analyse comparative de métatranscriptomes provenant de digesteurs anaérobies soumis à des perturbations. Les approches méta-omiques basées sur le séquençage haut débit, produisent de grandes quantités de données, mettant leur traitement au défi. Un pipeline efficace pour analyser les fonctions des communautés microbiennes actives a été développé durant cette thèse. Le pipeline est conçu pour contrôler la qualité des séquences, éliminer l'ARNr, réaliser une annotation fonctionnelle des lectures en fonction de bases de données fonctionnelles et traiter l'analyse différentielle de l'expression génique. Son efficacité a été validée par l'analyse de données provenant (i) de communautés synthétiques, (ii) d'une étude métatranscriptomique précédente et (iii) de 7 échantillons en triplicats issus un méthaniseur expérimental continu (CSTR) dans lequel nous avons simulé différents épisodes de stress
Connexion entre les cycles de l'azote et du manganèse chez shewanella algae C6G3, isolée de sédiments marins côtiers by Axel Aigle( Book )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

 
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