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Dolla, Alain

Overview
Works: 12 works in 16 publications in 2 languages and 21 library holdings
Roles: Thesis advisor, Contributor, Other, Author, Opponent
Publication Timeline
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Most widely held works by Alain Dolla
Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia by Wajdi Ben Hania( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis by Romain Pardoux( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Comparative secretome analyses of two Trichoderma reesei RUT-C30 and CL847 hypersecretory strains by Isabelle Herpoël-Gimbert( )

1 edition published in 2008 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

A quick solution structure determination of the fully oxidized double mutant K9-10A cytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans and mechanistic implications by Michael Assfalg( )

1 edition published in 2002 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Adaptation à la pression hydrostatique chez les bactéries sulfato-réductrices piézophiles du genre Desulfovibrio by Amira Amrani( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Sulfate-reducing bacteria are widely distributed in deep marine environments These biotopes are characterized by a very important physical parameter, the hydrostatic pressure, which increases by 1 MPa each 100 m depth. To better understand adaptation of sulfate-reducing bacteria to high pressure, RNAseq and metabolic analyses were used to study the response of the piezophilic strains of the genus Desulfovibrio, D. hydrothermalis and D. piezophilus to various hydrostatic pressure growth conditions. The transcriptomic datasets obtained revealed that amino acids metabolisms and transport, energy metabolism and signal transduction are important for adaptation to hydrostatic pressure. Glutamate quantification showed its accumulation at high hydrostatic pressure in both strains, suggesting its role as piezolyte in Desulfovibrio species. Metabolic analyses showed that energy production of those bacteria is optimized for deep-sea life conditions and more efficient at the optimum pressure growth of each strain. Moreover, these analyses provide new insights into mechanism of metabolism pathway modification in response to hight hydrostatic pressure in the strain D. piezophilus. Analysis of hight pressure co-regulated genes in the strain D. piezophilus, allowed us to identify a regulatory motif in the upstream of genes essentially involved in energy production. This motif could be a binding site for a regulatory protein involved in the adaptation to high hydrostatic pressure in D. piezophilus that need to be identified
Un cytochrome polyhémique : le cytochrome C3 de Desulfovibrio desulfuricans Norway : identification du site d'interaction avec la ferredoxine et rôle des quatre hèmes by Alain Dolla( Book )

2 editions published in 1989 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

LE CYTOCHROME C3 (MR=13000) DE DESULFOVIBRIO DESULFURICANS NORWAY CONSTITUE UN MODELE D'ETUDE DES RELATIONS STRUCTURE/FONCTION CHEZ LES PROTEINES D'OXYDOREDUCTION A CENTRE MULTIREDOX. CE TRANSPORTEUR D'ELECTRONS, CARACTERISE PAR LA PRESENCE DE QUATRE HEMES DE BAS POTENTIELS D'OXYDOREDUCTION LOCALISES DANS DES ENVIRONNEMENTS PROTEIQUES DIFFERENTS, POSE LE PROBLEME DU ROLE FONCTIONNEL DE QUATRE SITES REDOX DANS LA MEME MOLECULE. LE CYTOCHROME C3 INTERVIENT DANS DEUX CHAINES DE TRANSFERT D'ELECTRONS DU METABOLISME DE DESULFOVIBRIO EN TANT QU'INTERMEDIAIRE ENTRE UNE FERREDOXINE ET UNE HYDROGENASE. PAR LA MODIFICATION CHIMIQUE DE L'ARGININE 73 PAR LE CYCLOHEXANE 1-2 DIONE, NOUS AVONS PU ATTRIBUER LE PLUS HAUT POTENTIEL D'OXYDOREDUCTION (165 MV) A L'HEME 4 DANS LA STRUCTURE. L'ANALYSE D'UN COMPLEXE CYTOCHROME C3-FERREDOXINE I PONTE, OBTENU PAR UN CARBODIIMIDE, CONDUIT A L'IDENTIFICATION DE CET HEME (HEME 4) COMME SITE ACTIF DANS LA REACTION DE TRANSFERT D'ELECTRONS AVEC LE CENTRE (4FE-4S) DE LA FERREDOXINE. CETTE CONCLUSION, EN ACCORD AVEC LES DONNEES DEDUITES DE LA MODIFICATION CHIMIQUE DE L'ARGININE 73, CONFIRME LA STRUCTURE HYPOTHETIQUE DU COMPLEXE PROPOSEE PAR LA MODELISATION GRAPHIQUE. UN CHEMIN HYPOTHETIQUE DE TRANSFERT INTRAMOLECULAIRE D'ELECTRONS, DONNANT UN ROLE PRIVILEGIE A LA TRIADE HEMIQUE 4-3-1, EST PROPOSE. L'ETUDE DE L'INTERACTION ENTRE LE CYTOCHROME C3 ET D'AUTRES PARTENAIRES PHYSIOLOGIQUES (HYDROGENASE ET FLAVODOXINE) PERMET DE FORMULER DES HYPOTHESES SUR LE ROLE FONCTIONNEL DES QUATRE HEMES
Anaérobiose et stress oxydant : étude chez "Desulfovibrio vulgaris" Hildenborough par approches génétique et protéomique by Marjorie Fournier( Book )

2 editions published in 2004 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The sulfate-reducing bacteria (SRB) are strictly anaerobic prokaryotes. Surprisingly, the abundance and activity of SRB in oxic zones have been shown. Desulfovibrio are the most aerotolerant. They have also developed several systems to scavenge Reactive Oxygen Species (ROS), like superoxide anion (O2-.), hydrogen peroxide (H2O2) and hydroxyl radical (OH.). The objectives of this work were to study the oxidative stress in Desulfovibrio species and to get some clues on the toxicity of the oxygen. In this way, genetic and proteomic approaches have been developed. Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH) has been chosen as a model organism. Desulfovibrio species are among the rare organisms that contain defense systems typical for aerobic (superoxide dismutase (Sod) and catalase) as well as anaerobic worlds (superoxide reductase (Sor) and rubrerythrin). The importance of each of these defense systems was one of the major question in this study. We have demonstrated that the periplasmic Sod protects iron-sulfur clusters enzymes and the cytoplasmic Sor protect the DNA and proteins involved in the essential cellular functions. Morever we proposed a new function of the iron hydrogenase in the protection of cells against oxidative stress. The global cellular response of DvH to oxygen has been studied by a proteomic approach. New systems involved in the protection against oxidative stress have been identified, like the thiol peroxidase and the Bacterioferritin Comigratory Protein (BCP). On other hand, proteins of which the amount decreased in the presence of oxygen are involved in the essential cellular functions. This feature could explain the toxicity of the oxygen in SRB
Orange protein from Desulfovibrio alaskensis G20: insights into the Mo-Cu cluster protein-assisted synthesis by Marta S. P Carepo( )

1 edition published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Ecologie des micro-organismes producteurs d'hydrogène des sources hydrothermales alcalines associées à la serpentinisation en Baie de Prony, Nouvelle-Calédonie by Nan Mei( )

2 editions published in 2016 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Le système hydrothermal de la baie de Prony en Nouvelle-Calédonie est composée de plusieurs sources émettant à faible profondeur des fluides hyperalcalins, mesothermiques, et anoxiques riches en hydrogène (H2) et méthane, produits par la réaction de serpentinisation. Dans le cadre de ces travaux de thèse, la capacité potentielle des microorganismes à produire de l'H2 dans ces écosystèmes a été évaluée par des analyses moléculaires et culturales. Nos premières analyses moléculaires ont mis en évidence une grande diversité de bactéries et une faible diversité d'archées. La diversité et la distribution des populations productrices d'H2 a ensuite été spécifiquement évaluée par des analyses métagénomiques et basées sur la PCR. Les séquences de gènes hydA, utilisés comme marqueur moléculaire des bactéries productrices d'H2, étaient principalement associées à celles du phylum des Firmicutes. Deux groupes de séquences hydA se sont distinguées en fonction de l'origine des échantillons. De plus, plusieurs nouvelles bactéries alcalophiles ont été isolées de différents sites. Parmi elles, la souche alcalophile et anaérobie, PROH2 est capable de produire efficacement de l'H2 par voie fermentaire en condition alcaline (pH 9,5), de façon comparable aux espèces de Clostridium neutrophiles. Ces travaux présentent également la caractérisation d'une nouvelle espèce bactérienne anaérobie, mésophile et alcalophile (pH optimum de 9,5) d'un nouveau genre, nommée Serpentinicella alkaliphila, isolée d'un site intertidal de la baie de Prony. L'ensemble des données démontre la capacité des Firmicutes des environnements associés à la serpentinisation à produire de l'H2 par voie fermentaire
Le système multiprotéique ORP spécifique de l'anaérobiose : mécanisme de régulation et fonction chez Desulfovibrio vulgaris Hildenborough by Anouchka Fievet( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Environ 30% des CDS prédits d'un génome code pour des protéines de fonction inconnue ou hypothétiques. La compréhension du rôle de ces protéines est donc l'un des grands challenges de la communauté scientifique.L'objectif principal de cette thèse est de comprendre la fonction de six protéines de fonction inconnue spécifiques de l'anaérobiose formant un complexe, appelé complexe ORP chez Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH). Ce système est répandu dans de nombreuses espèces anaérobies, et certaines de ses protéines possèdent des homologies significatives avec des protéines impliquées dans la division cellulaire.Des outils de microscopie dédiés à l'anaérobiose ont été développés au cours de cette thèse et ont permis, pour la première fois, l'observation du cycle cellulaire de DvH. L'étude de l'effet de l'oxygène à l'échelle de la cellule unique a montré une inhibition réversible de la division cellulaire en présence d'oxygène révélant une nouvelle stratégie impliquée dans l'aérotolérance de DvH.Chez DvH, le complexe ORP est codé par des gènes organisés en deux opérons divergents, orp1 et orp2, dont la transcription est gouvernée par l'ARN polymérase sigma54, le facteur de transcription IHF et l'activateur de transcription DVU2106.La diminution de la quantité de complexe ORP conduit à une hétérogénéité de la taille des cellules en accord avec un rôle potentiel du complexe dans le contrôle de la division cellulaire. Alors que l'absence de certaines protéines ORP n'affecte pas de manière significative la division de la bactérie en anaérobiose, la protéine DVU2109 présente une localisation dynamique au cours du cycle cellulaire et semble être essentielle chez DvH
Greigite et magnétite : les déterminants environnementaux et génétiques contrôlant la biominéralisation chez les bactéries magnétotactiques by Elodie Descamps( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Magnetotactic bacteria represent a phylogenetically and ecologically diverse group of prokaryotes able to biomineralize magnetic nanocrystals composed of magnetite [an iron oxide (Fe(II)Fe(III)2O4)] or greigite [an iron sulfide (Fe(II)Fe(III)2S4)] in their magnetosomes, a prokaryotic organelle whose cytoplasmic alignement in chain allows the cell to navigate along the Earth's magnetic field lines. Until recently, only magnetite-producing strains were available in pure culture. Thus, only the magnetite biomineralization has been studied. In 2011, a new bacterium able to form both magnetite and greigite, Desulfamplus magnetovallimortis strain BW-1, was isolated from Death Valley, California and cultivated in pure culture. In this work, we propose to use an integrated and multidisciplinary approach to understand the mechanisms involved in greigite biomineralization in BW-1 strain. First, we determined the environmental and biological conditions in which magnetite and greigite are formed. This first part of my thesis also contributed to the physiologic and phylogenetic characterization of this bacterium. Secondly, we used global and targeted transcriptomic approaches to evaluate the transcription levels of genes putatively involved in magnetosomes formation (magnetite vs. greigite) under various growth conditions. A proteomic approach provided additional informations to this study.Results obtained during my thesis contribute to the understanding of in vivo biomineralization, particularly for greigite production in magnetotactic bacteria
Etude de l'effet de l'oxygène sur la physiologie et le métabolisme de la bactérie hyperthermophile anaérobie thermotoga maritima by Raja Lakhal( )

1 edition published in 2011 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Batch cultures of the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima were performed in a bioreactor where O2 concentrations in the gas phase were strictly controlled. At 80°C and pH 7, we demonstrated that T. maritima survived despite being exposed to oxygen at different times and that it consumed it. O2 uptake rate was estimated at 73.6 µmoles O2 min-1g proteins-1 during a short exposure to O2 (30 minutes). A long time exposure of T. maritima cultures to oxygen (20h) led to a drastic reduction in growth, together with a shift in glucose metabolism towards lactate instead of acetate production and a stop in H2 production. Under these conditions, it has been observed that 73% of glucose was partially oxidised by using both Embden-Meyerhof and Entner-Doudoroff glycolytic payhways. Uncomplete oxidation of glucose is correlated to a reduction of O2 to H2O. Transcription analyses revealed that this reductive process of O2 involved enzymes like peroxidases [activation of alkyl hydroperoxide reductase (ahp), bcp1 and thioredoxin-dependent thiol peroxidase (bcp 2)]. Moreover, genes encoding reactive oxygen species (ROS)-scavenging systems (neelaredoxin and rubrerythrin), were found to be upregulated during oxygen exposure. The oxygen reductase FprA, which expression was shown to depend on the redox level of the culture medium, is proposed as a primary consumer of O2. All these enzymes are essential for T. maritima to consume O2 consumption and to fight against the toxic effects of ROS in cells
 
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