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Chaumot, Arnaud

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Works: 15 works in 17 publications in 2 languages and 24 library holdings
Roles: Author, Other, Thesis advisor, Contributor, Opponent
Publication Timeline
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Most widely held works by Arnaud Chaumot
Écotoxicologie et modélisation spatiale en dynamique de population exemple d'une population de truites exposée à une pollution dans un réseau de rivières by Arnaud Chaumot( Book )

3 editions published in 2002 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

L'écotoxicologie vise aujourd'hui à prédire l'impact de pollutions de l'environnement sur les populations naturelles en s'appuyant sur des données toxicologiques obtenues sur des petits groupes d'individus isolés au laboratoire (i.e. bioessais). Une telle extrapolation fait l'hypothèse que les individus exposés au polluant accomplissent l'ensemble de leur cycle de vie en un lieu homogène quant aux conditions de pollution. Pourtant de nombreuses espèces occupent différents habitats du fait par exemple d'exigences écologiques spécifiques à chacun de leurs stades de développement, ceci impliquant alors des phénomènes migratoires entre ces différents habitats. Ainsi, pour étudier l'effet d'une pollution sur la dynamique d'une population exposée, nous devons travailler à une échelle spatiale plus large, tenant compte de l'hétérogénéité spatiale des conditions de milieu - notamment des teneurs en toxique. Aussi notre approche vise à étendre dans un tel contexte écotoxicologique, les modèles de dynamique de population utilisés habituellement en écologie pour étudier les populations fragmentées dans l'espace. Nous développons pour exemple un modèle décrivant une population de truites communes exposée à des pollutions de cadmium dans un réseau de rivière théorique. La démarche suivie est de coupler un modèle de type Leslie spatialisé traduisant l'ensemble du cycle de vie de la truite dans ce réseau hydrographique avec des courbes dose-réponse issues de bioessais faisant le lien entre concentration en toxique et effet sur le taux de survie et de fécondité. La structure d'âge, la distribution spatiale des différentes classes d'âge, les processus démographiques et migratoires, les régulations densité-dépendantes sont pris en compte pour estimer la réponse populationnelle à différents scénarios spatiaux d'émission du polluant. les sorties du modèle sont des variables populationnelles qui sont fonction des doses de cadmium émises ainsi que du point d'émission de celui-ci dans le réseau de rivières. Une analyse de sensibilité de ces variables à des paramètres d'ordre inférieur du modèle nous permet de faire le lien entre les effets locaux du cadmium et la réponse démographique de la population de truites à l'échelle du réseau, lien riche d'intérêts dans une perspective de gestion environnementale
Co-expression network analysis identifies gonad- and embryo-associated protein modules in the sentinel species Gammarus fossarum by Davide Degli Esposti( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Multiplexed assay for protein quantitation in the invertebrate Gammarus fossarum by liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry by Aurore Charnot( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Molecular adaptation and resilience of the insect's nuclear receptor USP by Arnaud Chaumot( )

1 edition published in 2012 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Biomarkers as tools for monitoring within the Water Framework Directive context: concept, opinions and advancement of expertise by Thomas Milinkovitch( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Additive effect of calcium depletion and low resource quality on Gammarus fossarum (Crustacea, Amphipoda) life history traits by Marc Rollin( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Application of a multidisciplinary and integrative weight-of-evidence approach to a 1-year monitoring survey of the Seine River by Iris Barjhoux( )

1 edition published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Approches moléculaires pour la découverte, le développement et l'application de biomarqueurs de toxicité chez les gammaridéscité spécifiques applicables au sein de la diversité des gammaridés by Duarte Domingos Gouveia( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The routine use of biomarkers in environmental biomonitoring faces several drawbacks, especially in invertebrates. Among these limitations, the lack of validated species-specific biomarkers and multibiomarker methodologies comprise major constraints. Based on gene and protein catalogs obtained from proteogenomics experiments previously performed on the ecotoxicological-relevant species Gammarus fossarum, this thesis aimed at identifying and validating molecular biomarkers for the diagnostic of toxic perturbations in this species. Following recent methodologies for the development of biomarkers in human disease diagnosis, we implemented a fast, specific, quantitative multiplexed targeted proteomics assay (using Selected Reaction Monitoring mass spectrometry) to study dozens of protein biomarker candidates simultaneously. The assay was applied to assess the physiological importance of protein candidates, and to assess their pertinence as biomarkers after laboratory and field exposures to chemical contamination. The second part of this thesis aimed at the development of specific endocrine disruption biomarkers, through two complementary approaches. The first approach, based on a comparative shotgun proteomic analysis using a known endocrine disruptor for arthropods, allowed exhaustively increasing the whole-proteome analysis through the detection of roughly 4000 proteins (53 modulated by the exposure). The second comprised sequence homology searches, phylogenetic analyses, and gene expression studies for proposing new biomarker candidates identified from literature searches
Capacités d'adaptation des populations naturelles à la contamination des milieux aquatiques : cas d'étude du cadmium chez le crustacé Gammarus fossarum by Amandine Vigneron( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Comme ils conduisent à des modifications de sensibilité toxicologique et de traits d'histoire de vie au sein des populations naturelles exposées, les phénomènes d'adaptation à la contamination questionnent la pertinence de l'évaluation du risque environnemental lié au rejet de contaminants chimiques et sont devenus un champ de recherche important à développer en écotoxicologie. Centrés sur l'étude des capacités d'adaptation de l'amphipode d'eau douce Gammarus fossarum, les travaux présentés ici ont eu pour objectif d'avancer dans la compréhension des effets d'une exposition à long terme au cadmium à l'échelle populationnelle et en milieu naturel. En recourant à des méthodologies de biomonitoring par encagement, de culture et d'exposition au laboratoire et de suivi démographique in situ, une démarche couplant études a priori et rétrospectives sur populations naturelles, a permis d'identifier un phénomène d'augmentation de la tolérance et de modification de traits d'histoire de vie chez une population exposée historiquement au cadmium. Des approches de génétique quantitative conduites sur trois populations ont dans un deuxième temps mis en évidence (1) une faible héritabilité de la sensibilité au cadmium au sein de populations naïves ; et (2) un rôle majeur des effets parentaux induits par l'exposition comme mécanisme populationnel soutenant l'évolution de la tolérance chez cette espèce. Enfin, la caractérisation de la variabilité de la sensibilité au cadmium au sein du genre Gammarus (dix-sept populations) et la mise en regard de la divergence de la population tolérante vis-à-vis de cette variabilité, ont permis de discuter des implications de ces processus évolutifs induits par des expositions environnementales pour l'évaluation du risque lié aux substances chimiques. Ainsi, il apparaît nécessaire de prendre en compte les réponses adaptatives induites par la contamination des milieux comme source de variabilité et d'incertitude afin de proposer une évaluation du risque pertinente intégrant pleinement l'ensemble des impacts des contaminations environnementales sur les populations naturelles
De l'acclimatation à l'adaptation : mécanismes évolutifs, conséquences populationnelles et implication en biosurveillance by Marine Potet( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The regulatory framework defined by the Water Framework Directive requires the development of reliable methodologies for assessing and / or characterizing the health status of aquatic ecosystems. The objective of this thesis was to identify the relative roles of environmental parameters (temperature, seasonal cycle, mineralization), population characteristics and anthropic pressures on biomarker responses in a model aquatic organism, the zebra mussel (Dreissena polymorpha). A sister species, Dreissena rostriformis bugensis, which invaded more recently our waterways, has been used in parallel and its potential as a biomonitor has also been evaluated. For this purpose, a battery of a dozen sub-cellular biomarkers was measured in different populations of the two species living in contrasting environments, at different times of the year, but also under laboratory stresses. The selected biomarkers corresponded to different physiological and / or antitoxic functions, and responses with high ecological relevance, such as oxygen consumption or filtration activity, were occasionally followed. These various parameters allowed to question the concepts of sensitivity and vulnerability of the populations and to understand the factors determining biomarker responses. Inter-population differences showed that the accumulation of contaminants by organisms and their biomarker responses depend on environmental quality at the originating site of each population, but also on the season, a confounding factor which must therefore be taken into account during biomonitoring programs. Strong differences in biomarker responses between the two species were also observed, both in situ and during laboratory experiments, emphasizing the need to differentiate the two species, so close they are. The recent invader, D. r. bugensis, presents more plastic responses in situ, but appears less able to manage acute stress in laboratory. Conversely, D. polymorpha, which is about 200 years old in France, appears to be better adapted, with less response variability and a better tolerance to contaminants. This thesis work is part of the BIOMICS convention, carried out in collaboration with ONEMA. It shows that these two species are able to inform about the contamination status of their environment. Variations in biomarker responses at the sub-cellular level indicate early changes in environmental quality. Some biomarkers, however, seem more informative than others do, so the measured battery could be reduced. In the future, this work will allow a better reading and interpretation of biomarkers measured in autochthonous or transplanted populations, and attest the value of biomarkers as tools for assessing aquatic environment quality
Ecotoxicoproteomics A decade of progress in our understanding of anthropogenic impact on the environment by Duarte Gouveia( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Anthropogenic pollutants are found worldwide. Their fate and effects on human and ecosystem health must be appropriately monitored. Today, ecotoxicology is focused on the development of new methods to assess the impact of pollutant toxicity on living organisms and ecosystems. In situ biomonitoring often uses sentinel animals for which, ideally, molecular biomarkers have been defined thanks to which environmental quality can be assessed. In this context, high-throughput proteomics methods offer an attractive approach to study the early molecular responses of organisms to environmental stressors. This approach can be used to identify toxicity pathways, to quantify more precisely novel biomarkers, and to draw the possible adverse outcome pathways. In this review, we discuss the major advances in ecotoxicoproteomics made over the last decade and present the current state of knowledge, emphasizing the technological and conceptual advancements that allowed major breakthroughs in this field, which aims to "make our planet great again". Significance Ecotoxicoproteomics is a protein-centric methodology that is useful for ecotoxicology and could have future applications as part of chemical risk assessment and environmental monitoring. Ecotoxicology employing non-model sentinel organisms with highly divergent phylogenetic backgrounds aims to preserve the functioning of ecosystems and the overall range of biological species supporting them. The classical proteomics workflow involves protein identification, functional annotation, and extrapolation of toxicity across species. Thus, it is essential to develop multi-omics approaches in order to unravel molecular information and construct the most suitable databases for protein identification and pathway analysis in non-model species. Current instrumentation and available software allow relevant combined transcriptomic/proteomic studies to be performed for almost any species. This review summarizes these approaches and illustrates how they can be implemented in ecotoxicology for routine biomonitoring
Impact of micropollutants on the life-history traits of the mosquito Aedes aegypti: On the relevance of transgenerational studies( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Modélisation et changements d'échelles pour l'évaluation écotoxicologique : application à deux macroinvertébrés aquatiques, Gammarus fossarum (crustacé amphipode) et potamopyrgus antipodarum (mollusque gastéropode) by Romain Coulaud( )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les réglementations conduisent à multiplier les évaluations du risque écologique lié au rejet des substances chimiques dans les milieux aquatiques avec pour objectif de protéger les populations naturelles. Cependant, ce niveau de protection visé ne peut être utilisé facilement pour établir un lien direct entre une contamination et ses effets. Pour palier cette difficulté, les approches multi-échelles basées sur l'étude des effets des contaminations sur des marqueurs individuels puis sur l'extrapolation de ces effets au niveau des poipulations à partir de modèles de dynamique de population représentent des démarches prometteuses et commencent à être bien acceptées dans les démarches prédictives.Cependant, leur utilisation pour le diagnostic de la qualité des milieux aquatiques reste pour le moment très rare, d'une part en raison de la forte variabilité des réponses des marqueurs individuels in situ liée à l'influence de divers facteurs environnementaux confondants pour l'évaluation de la toxicité, et d'autre part à cause du manque de pertinence environnementale des modèles actuellement proposés. Centré sur l'utilisation de deux espèces couramment observées dans les cours d'eau européens et présentant des caractéristiques écologiques et phylogéniques contrastées : le crustacé Gammarus fossarum et le mollusque Potamopyrgus antipodarum, ce travail doctoral a permis : 1- de proposer une méthodologie pour prendre en compte l'influence des facteurs de confusion dans le but d'améliorer la lecture des bioessais in situ basés sur la mesure des marqueurs individuels sur des organismes encagés et 2- de développer des modèles de dynamique de population écologiquemnt pertinents
 
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