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Pollet, Nicolas

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Works: 13 works in 16 publications in 2 languages and 23 library holdings
Roles: Contributor, Opponent, Other, Thesis advisor
Classifications: QH491, 570
Publication Timeline
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Most widely held works by Nicolas Pollet
Détection et analyse du mode d'action de perturbateurs de l'axe thyroïdien chez Xenopus laevis by Jean-Baptiste Fini( Book )

2 editions published in 2008 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Les pouvoirs publics ont pris conscience du problème des perturbateurs du système endocrinien il y a une dizaine d'années. Ces substances, ou mélange de substances, peuvent interférer avec le système endocrinien d'un individu, en induisant des effets délétères pour sa santé ou celle de ses descendants. Des nombreuses substances, présentes dans l'air, l'eau ou la nourriture sont retrouvées dans les fluides humains et seulement 1% des 100.000 substances présentes sur le marché ont fait l'objet de tests toxicologiques. Chez les vertébrés, les hormones thyroïdiennes sont impliquées dans divers processus de développement, notamment du système nerveux, de la croissance et du métabolisme. Des études de terrain ou de laboratoire ont révélé que des substances, telles que les polychlorobiphényles (PCBs) ou des pesticides répandus il y a trente ans, pouvaient interagir avec la signalisation thyroïdienne. Pour pallier le manque d'informations disponibles sur les substances présentes sur le marché et leur potentiel modulateur de l'activité thyroïdienne, nous avons mis au point un test rapide de détection des perturbateurs thyroïdiens. L'association de la transgenèse germinale chez l'amphibien X.laevis avec la connaissance de la physiologie des hormones thyroïdiennes, nous a permis de créer un outil unique. En effet, grâce à ce test, les perturbateurs peuvent être détectés d'une manière compatible avec une lecture automatique, et ceci quel que soit leur niveau d'action sur l'axe thyroïdien, en intégrant les propriétés d'absorption, de distribution, de métabolisation, de transport et d'excrétion (ADMET). Le caractère in vivo du test a également permis des études sur la métabolisation de deux substances, identifiées comme perturbateurs potentiels lors d'un crible de composés chimiques, et dosées en proportions non négligeables dans les fluides humains. Le Bisphénol A (BPA) et son dérivé halogéné, le Tetrabromobisphenol A (TBBPA), sont métabolisés chez le X.laevis par des voies de détoxification identiques à celles utilisées chez l'homme ou chez les rongeurs. Ainsi, le X.laevis est un modèle tout à fait adapté aux études de biotransformation de ces xénobiotiques. Nous avons montré que le TBBPA, rapidement absorbé et métabolisé par les têtards de X.laevis, forme quatre métabolites, tous identifiés lors d'études réalisées chez l'homme. Cependant, nous avons pu préciser que ces métabolites ne sont pas à l'origine des effets inhibiteurs de l'axe thyroïdien révélé par notre test. Une action rapide du TBBPA ou l'activation des voies de détoxification, également impliquées dans le métabolisme des hormones thyroïdiennes (T3 et T4) sont de possibles explications. Par ailleurs, le fœtus humain a un besoin indispensable d'hormones thyroïdiennes à un moment clé du développement. Le TBBPA est retrouvé dans le sang du cordon ombilical et peut passer la barrière placentaire. Nous avons montré que cette substance peut perturber la prolifération cellulaire et l'expression de gènes cibles de la T3 durant une fenêtre de temps précise lors de la neurogenèse chez le xénope. L'ensemble des résultats présentés dans cette thèse permet d'affirmer que le test développé est fiable et puissant. Il est en cours de validation par l'OCDE
The mariner Transposons Belonging to the irritans Subfamily Were Maintained in Chordate Genomes by Vertical Transmission by Ludivine Sinzelle( )

1 edition published in 2006 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Evaluation of time profile reconstruction from complex two-color microarray designs by Ana C Fierro( )

1 edition published in 2008 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

NcRNAclassifier: a tool for detection and classification of transposable element sequences in RNA hairpins by Sébastien Tempel( )

1 edition published in 2012 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Reduced levels of survival motor neuron protein leads to aberrant motoneuron growth in a Xenopus model of muscular atrophy by Qods Ymlahi-Ouazzani( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Evading the annotation bottleneck: using sequence similarity to search non-sequence gene data by Michael J Gilchrist( )

1 edition published in 2008 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Etudes des transcriptomes de Xenopus tropicalis au cours de la métamorphose by Raphaël Thuret( Book )

2 editions published in 2007 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La métamorphose des amphibiens est un ensemble de programmes développementaux complexes initiés par un signal unique, les hormones thyroïdiennes et ses récepteurs qui sont des facteurs de transcription. Ce processus implique de nombreux évènements cellulaires incluant l'apoptose ainsi que la prolifération et la différenciation cellulaire. Ainsi, la métamorphose des amphibiens est un modèle de choix pour étudier la fonction des hormones thyroïdiennes in vivo. De nombreuses études se sont concentrées sur les aspects physiologiques et morphologiques de la métamorphose, mais la régulation génétique permettant ces changements reste méconnue. Nous avons décidé d'étudier les modifications de l'expression génique par une approche de génomique utilisant des puces à ADN. Le modèle Xenopus laevis classiquement utilisé présente des désavantages dûs à son génome. Ainsi, le modèle proche Xenopus tropicalis a été préféré. Un répertoire de transcrits spécifiques du système nerveux chez Xenopus tropicalis a été constitué par construction et séquençage de banques d'ADN complémentaires. Ce répertoire de transcrits, combiné aux autres données de séquences a ensuite été utilisé pour construire une puce à ADN de type oligonucléotides longs représentant 2900 transcrits impliqués dans différents processus biologiques ou dont la fonction reste encore inconnue. Ce microréseau a été utilisé pour étudier les modifications des transcriptomes de trois organes (i.e. la queue, le foie et le système nerveux central) pendant la métamorphose. Les transcrits identifiés sont impliqués dans de nombreux processus biologiques comme la régulation de la transcription, la signalisation Wnt ou le cycle cellulaire. La comparaison de ces trois répertoires montre que ces transcrits sont régulés de manière ubiquitaire ou tissu spécifique. Nous avons ensuite utilisé la séquence du génome de X.tropicalis pour identifier des cibles directes des hormones thyroïdiennes parmi les transcrits régulés. Les données d'expression produites vont par ailleurs être utilisées pour inférer le réseau de régulation transcriptionnel qui est mis en place à la métamorphose
Contribution à l'étude de l'expression des peptides de la famille de l'urotensine II chez les vertébrés : utilisation des séquences régulatrices du gène de l'urotensine II-related peptide pour la construction d'un rapporteur transgénique motoneuronal chez le xénope by Marion Bougerol( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Urotensin II (UII) is a cyclic neuropeptide which was first isolated from the urophysis of the teleost fish on the basis of its spasmogenic activity. Subsequently, UII was characterized in tetrapods including humans. Recently, the occurrence of a UII-related peptide (URP) was reported in tetrapods. In mammals, it was shown that UII and URP are primarily expressed in the motoneurons of the brainstem and the spinal cord. In teleosts, UII is specifically expressed in the Dahlgren cells of the neurosecretory system. In the first part of our work, we investigated the expression of the UII and URP genes (called uts2 and uts2b, respectively) in a non-mammalian tetrapod, the African clawed frog (Xenopus laevis).We first cloned the uts2 and uts2b cDNAs in xenopus. Then, a combination of various approaches (in situ hybridization, immunohistochemistry, retrograde labeling) was employed to characterize the expression patterns of the corresponding genes. We showed that the uts2 and uts2b genes are differentially expressed in the central nervous system. At the level of the spinal cord, uts2 and uts2b genes are both expressed in motoneurons however in different subpopulations of these cells and in distinct temporal dynamics. At the level of the brainstem, they are also expressed in distinct temporal dynamics but in cells that mainly do not correspond to motoneurons. In the second part of our work, we assessed the ability of the uts2b promoter to drive the expression of a fluorescent reporter in the motoneurons by recombineering a green fluorescent protein (GFP) into a bacterial artificial chromosome (BAC) clone containing the entire X. tropicalis uts2b locus. After injecting the construction in one-cell stage embryos, a transient GFP expression was observed in the spinal cord of about a quarter of the resulting animals, starting from the early tailbud stage and up to juveniles. The GFP expression pattern was globally consistent with that of the endogenous uts2b in the spinal cord except in the brainstem where no fluorescence was observed. These transgenic animals are a great potential tool for visualizing and analyzing the behavior of motoneurons during the xenopus development, both in physiological and pathological conditions. During the initial stages of our work, URP was unknown in teleosts which suggested that the uts2b gene had been lost in the teleost lineage during evolution. A search in the genome database of several teleost species led us to identify a URP-like sequence contradicting our initial conclusion. The aim of the third part of our work was to characterize the uts2b gene in the zebrafish (Danio rerio). We cloned the cDNA encoding URP in zebrafish and showed that the primary structure of this peptide was quite different to that of the tetrapod URP, particularly at its N-terminus. The expression pattern of the uts2b gene was studied in zebrafish embryo using in situ hybridization. We showed that uts2b-expressing cells also expressed the motoneuronal marker Hb9, indicating that they likely correspond to motoneurons. Taken together, our results showed that the motoneuronal expression of the uts2b gene is well conserved both in tetrapods and teleosts
An ontology for Xenopus anatomy and development by Erik Segerdell( )

1 edition published in 2008 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Modélisation et vérification des réseaux de Petri hybrides temporisés : application à la métamorphose amphibienne by Sylvie Troncale( )

1 edition published in 2008 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The formalism of Hybrid Functional Petri Nets (HFPN) has proved its convenience for simulating biological systems. The drawback of the noticeable expressiveness of HFPN is the difficulty to perform formal verifications of dynamical properties. In this thesis, we propose a model-checking procedure for Timed Hybrid Petri Nets (THPN), a sub-class of HFPN. This procedure is based on the translation of the THPN model and of the studied property into real-time automata. It is applied to model regulations responsible for amphibian metamorphosis
Implication of thyroid hormone signaling in neural crest cells migration: Evidence from thyroid hormone receptor beta knockdown and NH3 antagonist studies( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Abstract: Thyroid hormones (TH) have been mainly associated with post-embryonic development and adult homeostasis but few studies report direct experimental evidence for TH function at very early phases of embryogenesis. We assessed the outcome of altered TH signaling on early embryogenesis using the amphibian Xenopus as a model system. Precocious exposure to the TH antagonist NH-3 or impaired thyroid receptor beta function led to severe malformations related to neurocristopathies. These include pathologies with a broad spectrum of organ dysplasias arising from defects in embryonic neural crest cell (NCC) development. We identified a specific temporal window of sensitivity that encompasses the emergence of NCCs. Although the initial steps in NCC ontogenesis appeared unaffected, their migration properties were severely compromised both invivo and invitro . Our data describe a role for TH signaling in NCCs migration ability and suggest severe consequences of altered TH signaling during early phases of embryonic development. Highlights: Altered TH signaling impairs early developmental processes in the amphibian Xenopus . Phenotypic manifestations are obtained following NH-3 treatment or THRB knockdown. The temporal window of sensitivity encompasses the emergence of neural crest cells. Neural crest cell migration but not their induction or specification are compromised. Early TH signaling alteration leads to malformations related to neurocristopathies
Méthodologie d'extraction et d'analyse de réseaux de régulation de gènes : analyse de la réponse transcriptionnelle à l'irradiation chez S. cerevisiæ by Mohamed Nizar Touleimat( )

1 edition published in 2008 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La réponse cellulaire aux dommages de l'ADN provoqués par l'irradiation (IR) est relativement bien étudiée mais de nombreuses observations montrent l'implication de l'expression de nombreux gènes. Nous souhaitons identifier les différentes formes de la réponse transcriptionnelle à l'IR et reconstruire un réseau de régulation génique impliqué dans son contrôle. La problématique réside dans l'exploitation de dynamiques d'expression de gènes dans des conditions de perturbations génétiques et dans l'intégration d'informations biologiques systémiques. Nous définissons une approche constituée d'une étape automatisée de déduction de régulations à partir de perturbations et de deux étapes d'induction qui permettent d'analyser la dynamique d'expression des gènes et d'extraire des régulations des données additionnelles. Cela nous a permis d'identifier, chez la levure, une réponse complexe à l'IR et de proposer un modèle de régulation dont certaines relations ont été validées expérimentalement
Etude de l'impact d'un changement de régime alimentaire sur le microbiome intestinal de Podarcis sicula by Chloé Vigliotti( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

We collected and compared intestinal microbiota and microbiomes from several Podarcis sicula lizards, which live in Croatian continental and insular populations. One of these populations has recently changed its diet over an 46 years timespan, switching from an insectivorous diet to an omnivorous one (up to 80% herbivorous). Diversity analyses of these microbial communities, based on the V4 region of their 16S rRNA, showed that the microbiota taxonomic diversity (or alpha diversity) is higher in omnivorous lizards (enrichment in methanogenic archaea) than in insectivorous ones. Besides, microbial communities seem weakly structured: 5 enterotypes are detected at the phylum level, and 3 major phyla (Bacteroidetes, Firmicutes and Proteobacteria) are present. However, neither diet, spatial or temporal origin, nor lizard gender correlate with significant differences in microbiota. Linear discriminant analyses with size effect, based on OTUs and functionally annotated reads from the microbiomes, suggest that Podarcis sicula diet change is associated to targeted changes of the abundance of some enzymes in the microbiomes. Such a result leads us to propose a hypothesis of targeted changes in the microbial communities of this non-model holobiont, instead of more radical transformations. On a more theoretical level, this thesis also proposes network models (Reads similarity networks and bipartite graphs) that can help improving microbiome analyses
 
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Nicolas Pollet wetenschapper

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