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Jonquet, Clement

Overview
Works: 10 works in 10 publications in 1 language and 16 library holdings
Roles: Contributor, Other, Author
Publication Timeline
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Most widely held works by Clement Jonquet
Harnessing the Power of Unified Metadata in an Ontology Repository: The Case of AgroPortal by Clement Jonquet( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Ontology-driven indexing of public datasets for translational bioinformatics by Nigam H Shah( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Comparison of concept recognizers for building the Open Biomedical Annotator by Nigam H Shah( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

PGxO and PGxLOD: a reconciliation of pharmacogenomic knowledge of various provenances, enabling further comparison by Pierre Monnin( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

SIFR annotator: ontology-based semantic annotation of French biomedical text and clinical notes by Andon Tchechmedjiev( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

NCBO Ontology Recommender 2.0: an enhanced approach for biomedical ontology recommendation by Marcos Martínez-Romero( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

ViewpointS: capturing formal data and informal contributions into an adaptive knowledge graph( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Formal data is supported by means of specific languages from which the syntax and semantics have to be mastered, which represents an obstacle for collective intelligence. In contrast, informal knowledge relies on weak/ambiguous contributions e.g., I like. Reconciling the two forms of knowledge is a big challenge. We propose a brain-inspired knowledge representation approach called ViewpointS where formal data and informal contributions are merged into an adaptive knowledge graph which is then topologically, rather than logically, explored and assessed. We firstly illustrate within a mock-up simulation, where the hypothesis of knowledge emerging from preference dissemination is positively tested. Then we use a real-life web dataset (MovieLens) that mixes formal data about movies with user ratings. Our results show that ViewpointS is a relevant, generic and powerful innovative approach to capture and reconcile formal and informal knowledge and enable collective intelligence
Dynamic service generation : agent interactions for service exchange on the Grid by Clément Jonquet( Book )

in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'objet de cette thèse est la modélisation de l'échange dynamique de services. La notion de service joue désormais un rôle clé dans le développement, la diffusion et l'implémentation des systèmes distribués. Cette thèse propose une réflexion sur la notion de service et introduit le concept de Génération Dynamique de Service (GDS) comme une approche différente de l'échange de service en informatique, dans laquelle des services sont dynamiquement construits, fournis et utilisés par des agents (humains ou artificiels). Ces échanges de services sont basés sur des conversations qui ont lieu au sein de différentes communautés. Deux caractéristiques de la GDS sont particulièrement mises en avant~: l'aspect orienté agent et l'aspect orienté Grid. La thèse se situe donc à l'intersection de trois domaines : le Service-Oriented Computing (SOC), les Systèmes Multi-Agents (SMA) et GRID. Les trois contributions majeures sont : (i) la proposition d'un nouveau modèle de représentation et de communication agent, appelé STROBE, qui permet aux agents de développer dynamiquement un langage différent pour chacun de leurs interlocuteurs. Ils sont capables d'interpréter des messages et d'exécuter des services dans des contextes de conversation dédiés; (ii) une fonction, appelée i-dialogue, qui modélise les conversations agents à l'aide des principes de la programmation applicative/fonctionnelle (i.e., flots, évaluation paresseuse, procédures de première classe) ; (iii) un modèle d'intégration GRID-SMA qui représente les capacités des agents par des services Grid. Dans ce modèle, un langage formel, appelé Agent-Grid Integration Language (AGIL), décrit sémantiquement et graphiquement les concepts clés de GRID et SMA, leurs relations, ainsi que les règles de leur intégration. AGIL intègre tous les résultats de la thèse en proposant une formalisation des interactions entre agents pour l'échange de services sur le Grid
Enhanced functionalities for annotating and indexing clinical text with the NCBO Annotator+( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Abstract Summary Second use of clinical data commonly involves annotating biomedical text with terminologies and ontologies. The National Center for Biomedical Ontology Annotator is a frequently used annotation service, originally designed for biomedical data, but not very suitable for clinical text annotation. In order to add new functionalities to the NCBO Annotator without hosting or modifying the original Web service, we have designed a proxy architecture that enables seamless extensions by pre-processing of the input text and parameters, and post processing of the annotations. We have then implemented enhanced functionalities for annotating and indexing free text such as: scoring, detection of context (negation, experiencer, temporality), new output formats and coarse-grained concept recognition (with UMLS Semantic Groups). In this paper, we present the NCBO Annotator+, a Web service which incorporates these new functionalities as well as a small set of evaluation results for concept recognition and clinical context detection on two standard evaluation tasks (Clef eHealth 2017, SemEval 2014). Availability and implementation The Annotator+ has been successfully integrated into the SIFR BioPortal platform--an implementation of NCBO BioPortal for French biomedical terminologies and ontologies--to annotate English text. A Web user interface is available for testing and ontology selection (http://bioportal.lirmm.fr/ncbo_annotatorplus); however the Annotator+ is meant to be used through the Web service application programming interface (http://services.bioportal.lirmm.fr/ncbo_annotatorplus). The code is openly available, and we also provide a Docker packaging to enable easy local deployment to process sensitive (e.g. clinical) data in-house (https://github.com/sifrproject). Contact andon.tchechmedjiev@lirmm.fr Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online
Towards a collaborative framework for ontology engineering : Impact on ontology evolution and pitfalls in ontology networks and versioned ontologies by Omar Alqawasmeh( )

1 edition published in 2020 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les ontologies sont au cœur du web sémantique. L'utilisation d'ontologies permet de mieux comprendre, partager et analyser les connaissances dans un domaine spécifique. Cependant, la description des domaines est sujette à modifications, d'où la nécessité de faire évoluer des ontologies afin d'avoir une représentation adéquate du domaine visé. Dans cette thèse, nous supposons que l'étude du développement et l'évolution des ontologies affectent et sont affectées par l'évolution des artefacts peut aider les ingénieurs du savoir dans leurs tâches. Par conséquent, nous nous appuyons sur un cycle de vie complet d'évolution d'ontologie. Nos contributions sont les suivantes: 1. une définition d'une situation pour détecter le besoin d'évolution des ontologies, 2. une approche originale pour l'enrichissement des ontologies utilisant des bases de connaissances externes, 3. une nouvelle définition liée à l'évolution des ontologies, nommée “co-évolution d'ontologie” est utilisé pour évaluer l'impact de l'évolution des ontologies, et 4. une nouvelle catégorisation des écueils dans le développement ou l'évolution des ontologies ainsi qu'une évaluation de leur importance et de leur impact potentiel sur les ontologies versionnées et les réseaux d'ontologies
 
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0
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  General Special  
Audience level: 0.96 (from 0.88 for ViewpointS ... to 0.97 for Dynamic se ...)

Alternative Names
Clement Jonquet researcher

Clement Jonquet wetenschapper

Languages
English (10)