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Tonon, Thierry (1972-....).

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Works: 14 works in 19 publications in 2 languages and 24 library holdings
Roles: Contributor, Thesis advisor, Author, Other, Opponent
Classifications: QH541.5.W3, 570
Publication Timeline
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Most widely held works by Thierry Tonon
Etude du catabolisme de l'arginine par les bactéries lactiques du vin : aspects physiologique, enzymatique et génétique chez Œnococcus œni by Thierry Tonon( )

2 editions published in 2000 in French and held by 4 WorldCat member libraries worldwide

La fermentation malolactique est une étape nécessaire de la vinification de la plupart des vins de garde. Elle est réalisée par les bactéries lactiques, en particulier Œnococcus œni, chez lesquelles le catabolisme des acides aminés a été peu étudié. Or, il peut entraîner l'apparition de composés dont l'impact hygiénique et toxicologique est non négligeable. La dégradation de l'arginine, un des acides aminés majeurs du vin, par la voie de l'arginine deiminase (voie ADI), conduit notamment à la libération de citrulline qui réagit avec l'éthanol pour former du carbamate d'éthyle (ou uréthane). Cette substance, à fortes doses, présente des effets cancérigènes mis en évidence sur des animaux de laboratoire et sa teneur pourrait être réglementée. Après avoir mis en évidence la dégradation de l'arginine dans le vin, la présence de la voie ADI a été recherchée chez plusieurs espèces de bactéries lactiques. Puis l'étude s'est concentrée sur l'espèce Œnococcus ceni. L'influence de certains composés du vin sur ce catabolisme a été testée. Les activités enzymatiques sont induites en présence d'arginine. Leur cinétique a été étudiée. Puis la comparaison de souches positives et négatives vis-à-vis de ce caractère a révélé que l'utilisation de l'arginine entraîne la production d'ATP. Cette énergie est consommée par des cellules en croissance et par des cellules viables non cultivables. Le clonage des gènes codant pour les enzymes de la voie ADI a permis l'isolement de l'opéron arc. Ces données moléculaires n'ont pour le moment pas permis de mettre au point un test spécifique pour déterminer la capacité des souches à dégrader l'arginine. En amont d'arcA, un gène codant pour une protéine présentant des homologies de séquence et un lien phylogénétique avec des activateurs de la transcription a été identifié. Les premières expériences sur la régulation de l'opéron arc ont montré que ce locus est aussi induit en présence d'arginine
Abiotic Stress Response in Ectocarpus siliculosus : a global approach by Simon Dittami( Book )

2 editions published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les algues brunes représentent une composante importante de l'écosystème côtier, au sein duquel elles ont développé des mécanismes uniques leur permettant de vivre dans la zone intertidale, habitat caractérisé par des fluctuations fréquentes des conditions environnementales (stress biotique et abiotique). L'objectif de cette thèse était l'exploration des mécanismes permettant l'acclimatation et l'adaptation des algues brunes à certains stress abiotiques, en utilisant le modèle génétique et génomique Ectocarpus siliculosus. Dans ce but, trois axes de recherche ont été suivis : le métabolisme primaire chez Ectocarpus, la réponse à court terme à des stress salins et oxydatifs, et l'adaptation à long terme d'une souche isolée dans de l'eau douce. Ils ont été abordés en combinant plusieurs approches : la détermination de paramètres physiologiques, des expériences de profilage métabolique et transcriptomique, et l'annotation du génome d'Ectocarpus. Les résultats obtenus démontrent une grande plasticité transcriptomique et métabolique chez Ectocarpus siliculosus, et mettent en évidence plusieurs caractéristiques intéressantes : l'absence probable d'un mécanisme classique de concentration du carbone, l'induction de la production de l'acide gamma-aminobutyrique (un neurotransmetteur chez les animaux et une hormone de stress chez les plantes) en condition de stress (malgré l'absence des enzymes du GABA shunt, sa voie principale de synthèse), la présence d'un groupe de FCP (fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein) induit par les stress, et l'utilisation de NaC1 comme osmolyte primaire dans les conditions de stress salins
<> by Ester Santigosa( )

1 edition published in 2010 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Chlorophyll-binding proteins revisited - a multigenic family of light-harvesting and stress proteins from a brown algal perspective by Simon M Dittami( )

1 edition published in 2010 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Allocation du carbone et métabolisme azoté chez l'haptophyte Tisochrysis lutea by Matthieu Garnier( )

2 editions published in 2016 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The aim of this thesis is to improve knowledge on mechanisms involved in the response to nitrogen limitation and in lipid accumulation in the microalgae haptophyte Tisochrysis lutea. The wild type strain and a lipid accumulating mutant strain were grown under different nitrogen limitation and starvation and analyzed by functional genomics. Four genes of high-affinity nitrate/nitrite transporter (Nrt2) were identified and characterized to reveal the mechanisms involved in mineral absorption in this species. Transcriptomes of both strains were sequenced and proteins affected by nitrogen starvation and differentially expressed between the two strains were identified. We so identified the functions regulated by nitrogen deficiency and potentially involved in the accumulation of storage lipids. The responses of both strains to thin variations of nitrogen limitation were studied. The results of high-throughput proteomic analyzes suggest that the lipid-accumulation in the mutant strain is the result of carbon metabolism impacted overall, this spurred on signaling mechanisms. Two proteins have been studied since probably involved in carbon and nitrogen remobilization from amino acids catabolism during nitrogen limitation. This work increases knowledge on haptophytes, and brings assumptions on metabolic key involved in nitrogen limitation and carbon allocation in microalgae
Transcriptomic and metabolomic analysis of copper stress acclimation in Ectocarpus siliculosus highlights signaling and tolerance mechanisms in brown algae by Andrés Ritter( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude des glutathion S-transférases chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus Siliculosus by Pierre-Olivier de Franco( Book )

2 editions published in 2009 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus siliculosus, les trois principales familles de GST ont été identifiées et annotées. La famille des GST cytosoliques est constituée de 12 gènes chez E. siliculosus, et à ce jour, de 4 gènes chez L. digitata, tous appartenant à la classe Sigma. Cette classe est essentiellement rencontrée chez les métazoaires, où elle joue un rôle dans le métabolisme des dérivés d'acides gras oxydés (oxylipines). La famille des GST microsomales, appartenant à la superfamille des MAPEG (Membrane Associated Protein in Eicosanoid and Glutathione metabolism), est représentée par trois gènes chez E. siliculosus, qui appartiennent à la classe MGST3. Cette classe est la seule à être présente dans la plupart des lignées eucaryotes. La famille des GST Kappa a été identifiée chez E. siliculosus, et représente le premier gène de ce type identifié chez un organisme photosynthétique. L'analyse des génomes, les reconstructions phylogénétiques, et la conservation de la position d'introns dans les gènes de GST Sigma, suggèrent que le protiste ancestral commun aux lignées eucaryotes possédait dans son génome des GST cytosoliques Theta, Zeta et Sigma, des MAPEG de type MGST3, et une GST Kappa. L'organisation génomique des gènes de GST dans le génome d'E. siliculosus est révélateur d'événements de duplications multiples ayant conduit à la diversification des familles multigéniques. L'analyse des profils d'expression obtenus par PCR quantitative, et les tests d'activités enzymatiques menés sur des protéines recombinantes tendent à démontrer que les GST sont impliquées dans le métabolisme des oxylipines chez les algues brunes et rouges
Global expression analysis of the brown alga Ectocarpus siliculosus (Phaeophyceae) reveals large-scale reprogramming of the transcriptome in response to abiotic stress by Simon M Dittami( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Genomes of extremophile crucifers: new platforms for comparative genomics and beyond by Simon M Dittami( )

1 edition published in 2012 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude des glutathion S-transférases chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus Siliculosus by Pierre-Olivier de Franco( )

1 edition published in 2009 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Among the cellular defense systems, glutathione transferase (GST) form a highly diverse family of protein with various biological functions. The three main families of GST have been identified and annotated in the brown algae Ectocarpus siliculosus and Laminaria digitata. The cytosolic GSTs are represented by 12 genes in the brown algal model and to date, by four genes in L. digitata. All of these genes belong to the Sigma class, which is mainly found in metazoan an involved in the oxylipins metabolism. Three genes of the MGST3, one of the classes among the MAPEG family of GST, have been identified in E. siliculosus. This class is suggested to be ancestral as it is conserved in different eukaryotic lineages. Moreover, the Ectocarpus genome contains one gene of the Kappa class, giving the first evidence of such a gene in a photosynthetic organism. Genome content, phylogenetic analyses and the conserved position of introns in Sigma GST genes suggest that the ancestral eukaryotic protist contains at least the cytosolic GST of the Theta, Zeta and Sigma class, the microsomal MGST3, and the Kappa class. Genomic organization of GST genes in E. siliculosus genome reveals multiple duplication events that have extended the diversity of the multigenic families. Transcripts accumulation profiling and enzymatic activities of recombinant proteins tend to demonstrate that GST may be involved in oxilipins metabolism in red and brown algae
Etude du métabolisme du mannitol chez l'algue brune modèle Ectocarpus siliculosus : caractérisation de l'enzyme clé mannitol-1-phosphate déshydrogénase. by Patricia Bonin( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Brown algae are multicellular photosynthetic organisms belonging to the stramenopile lineage and which are mainly found in the intertidal zone. One of their metabolic characteristics is to store carbon fixed by photosynthesis through the production of mannitol, a 6-carbon non-cyclic polyol. Synthesis and recycling of mannitol in these organisms occur through the mannitol cycle, which includes two steps for synthesis and two for recycling. Among brown algae, Ectocarpus siliculosus represents the model organisms to study different aspects of their biology. During the PhD thesis, three genes coding for the enzymes involved in the first step of the mannitol cycle, the mannitol-1-phosphate dehydrogenase (M1PDH), were studied (EsM1PDH1, EsM1PDH2, and EsM1PDH3). M1PDHs catalyze a reversible reaction between fructose-6-phosphate and mannitol-1-phosphate. One modified version of the EsM1PDH1 gene, coding for a N-terminal truncated protein in order to deleted a domain of unknown function, was overexpressed in the bacteria Escherichia coli. The truncated recombinant protein was purified and biochemically characterized, notably to determine kinetic parameters in both directions of the reversible reaction catalyzed by M1PDH. These results were completed by analysis of changes in expression of genes encoding enzymes involved in the mannitol cycle during the diurnal cycle. These observations contribute to increasing the understanding of a key metabolic pathway in brown algal physiology
Abiotic Stress Response in Ectocarpus siliculosus a global approach by Simon Dittami( )

1 edition published in 2009 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les algues brunes représentent une composante importante de l'écosystème côtier, au sein duquel elles ont développé des mécanismes uniques leur permettant de vivre dans la zone intertidale, habitat caractérisé par des fluctuations fréquentes des conditions environnementales (stress biotique et abiotique). L'objectif de cette thèse était l'exploration des mécanismes permettant l'acclimatation et l'adaptation des algues brunes à certains stress abiotiques, en utilisant le modèle génétique et génomique Ectocarpus siliculosus. Dans ce but, trois axes de recherche ont été suivis : le métabolisme primaire chez Ectocarpus, la réponse à court terme à des stress salins et oxydatifs, et l'adaptation à long terme d'une souche isolée dans de l'eau douce. Ils ont été abordés en combinant plusieurs approches : la détermination de paramètres physiologiques, des expériences de profilage métabolique et transcriptomique, et l'annotation du génome d'Ectocarpus. Les résultats obtenus démontrent une grande plasticité transcriptomique et métabolique chez Ectocarpus siliculosus, et mettent en évidence plusieurs caractéristiques intéressantes : l'absence probable d'un mécanisme classique de concentration du carbone, l'induction de la production de l'acide gamma-aminobutyrique (un neurotransmetteur chez les animaux et une hormone de stress chez les plantes) en condition de stress (malgré l'absence des enzymes du GABA shunt, sa voie principale de synthèse), la présence d'un groupe de FCP (fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein) induit par les stress, et l'utilisation de NaC1 comme osmolyte primaire dans les conditions de stress salins
Les nouvelles formes d'entreprises en Wallonie by Thierry Tonon( Book )

2 editions published in 1982 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus by Sylvain Prigent( )

1 edition published in 2014 in French and held by 0 WorldCat member libraries worldwide

In this thesis we focused on the development of a comprehensive approach to reconstruct metabolic networks applied to unconventional biological species for which we have little information. Traditionally, this reconstruction is based on three points : the creation of a metabolic draft from a genome, the completion of this draft and the verification of the results. We have been particularly interested in the hard combinatorial optimization problem represented by the gap-filling step. We used Answer Set Programming (or ASP) to solve this combinatorial problem. Changes to an existing method allowed us to improve both the computational time and the quality of modeling. This entire process of metabolic network reconstruction was applied to the model of brown algae, Ectocarpus siliculosus, allowing us to reconstruct the first metabolic network of a brown macro-algae. The reconstruction of this network allowed us to improve our understanding of the metabolism of this species and to improve annotation of its genome
 
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Thierry Tonon ricercatore

Thierry Tonon wetenschapper

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