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Bonin, Patricia

Overview
Works: 31 works in 38 publications in 2 languages and 46 library holdings
Genres: Academic theses 
Roles: Thesis advisor, Other, Author, Opponent
Classifications: QH541.5.W3, 570
Publication Timeline
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Most widely held works by Patricia Bonin
Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) by Maxime Fuduche( )

2 editions published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les bactéries magnétotactiques (MTB) ont la particularité de s'orienter le long des lignes de champ magnétique terrestre. Ce comportement est lié à la présence d'organites intracellulaires appelés magnétosomes, constitués d'un nanocristal de fer magnétique enveloppé d'une membrane biologique. L'un des obstacles majeurs rencontrés dans l'étude des MTB microaérophiles réside dans la difficulté à les cultiver, notamment du fait de leur extrême sensibilité à l'oxygène, nécessaire pour la croissance mais qui en même temps inhibe fortement la synthèse des magnétosomes. Dans ce travail, un protocole d'incubation en bioréacteur d'une MTB marine récemment isolée, Magnetospira sp. (QH-2), a été développé. Le contrôle précis des conditions de croissance a permis de déterminer finement la gamme de sensibilité de la souche à la pression partielle d'oxygène (pO2) et de préciser son métabolisme hétérotrophe, basé sur la consommation concomitante du succinate et de l'histidine. Dans un autre volet, l'analyse par RT-qPCR du niveau d'expression des gènes impliqués dans la synthèse des magnétosomes a permis de démontrer chez QH-2 une régulation extrêmement fine de ce processus de biominéralisation, dépendante de la présence de fer et des conditions d'oxygénation. Nos résultats mettent en évidence un lien indirect entre la synthèse des magnétosomes et le métabolisme général du fer chez QH-2. La mise au point d'un nouveau dispositif de culture a permis de multiplier le taux de croissance de QH-2 par cinq comparé aux cultures traditionnelles réalisées en flacons. Cet outil pourra être utilisé à l'avenir pour isoler et cultiver d'autres microorganismes ayant des besoins en oxygène spécifiques
Hydrocarbon influence on denitrification in bioturbated Mediterranean coastal sediments by Franck Gilbert( )

1 edition published in 1997 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Impact des fluctuations de salinité sur le cycle de l'azote dans les sédiments de l'étang de berre by Imen Zaghmouri( Book )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Dans l'étang de Berre, les apports excessifs en eau douce entraînent souvent des variations brusques de la salinité et des apports en azote parfois abondants. Les processus de régénération sédimentaire et d'élimination d'azote constituent des phénomènes majeurs pouvant expliquer le développement phytoplanctoniques et contrôler l'eutrophisation. L'étude de ces processus a été réalisée dans 2 stations ayant subi des historiques de variations de salinité différents. RDNA et anammox étaient négligeables. La dénitrification (couplée à la nitrification) serait le principal processus de sortie de N2 de l'étang. La forte production primaire pélagique utilisant l'ammonium a pu être expliquée par les processus de régénération, contrairement au nitrate dont la demande pélagique serait soutenue par des apports externes. Comme la salinité est susceptible d'influencer les processus d'azote, des microcosmes ont été utilisés afin d'évaluer la sensibilité de ces processus (résistance, résilience, shift) face aux variations à court terme de la salinité. Les 2 stations ont présenté des réponses différentes (dénitrification et nitrate réduction plus résilientes que la nitrification), suggérant que les stress halins à long terme influencent les réponses à court terme. Une hypothèse serait que la diversité et la structure des communautés joueraient un rôle crucial dans le maintien des taux d'activité. Dans cette étude, seule la communauté nitrifiante (AO) a été étudiée. Les AO et leurs transcrits étaient spécifiques aux sites et leurs abondances changeaient faiblement entre les microcosmes (résistance plus forte dans le site fréquemment soumis à des fluctuations de salinité)
Desulfosoma profundi sp. nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France by Patrick Grégoire( )

1 edition published in 2011 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Biodiversité des virus géants et biomarqueurs de l'environnement by Gabriel Doutre( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

This thesis which takes place between two doctoral schools, allowed us to study viral diversity and to suggest the use of a biomarker to answer environmental questions. The first part presents a work on the characterization of two giant virus families isolated in the IGS laboratory. The first family, Pandoraviruses, questions the definition of virus, their origin and the way they evolve. This virus' genome is bigger than 2,5 Mb, which codes for more than 2,500 proteins, of which 90% were unknown before. The isolation of new members of this family could allow us to study their evolution. Another virus family, Marseilleviridae, allowed me to study their evolution speed. This family features are (i) to have highly conserved genomes and (ii) the family is separated in three lineages, according to their nucleotide identity percentage. I thus studied the evolution of this family, showing that most genes of these viruses are conserved between lineages and under selection pressure, therefore necessary for their replication. The second part describes a work to validate the use of a biologic marker in order to respond an environmental question. We tried to identify the origin of underground river brackish water flowing from a submarine karstic spring in Port-Mio, Cassis. For that we initiated a comparison of prokaryotic community from various springs of fresh water, sea water, and the underground river. This method, coordinated to biogeochemical data allowed us to identify biomarkers which are specific of each sample. We can then conclude that this brackish water finds an origin in both fresh and sea water. Hypothesis on the way these waters flows in the spring are also proposed
Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3 by Axel Aigle( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Meta-omics Provides Insights into the Impact of Hydrocarbon Contamination on Microbial Mat Functioning by Johanne Aubé( )

1 edition published in 2020 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Simultaneous occurrence of denitrification and nitrate ammonification in sediments of the French Mediterranean Coast by Patricia Bonin( )

1 edition published in 1998 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Biodégradation des hydrocarbures en milieux sursalés by Yannick Corsellis( )

2 editions published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

This work performed on a thalassohaline hypersaline lake firstly considered seasonal dynamics of microbial communities (flow cytometry and MiSeq on 16S rRNA). Despite salinity fluctuations (15.5-32 %), a microbiome core highly stable at the genus level (97.2 ± 2.1 %) and dominated by Haloquadratum (40.3-57.4 %) and Salinibacter (4.9-21.8 %) was described. Interestingly, some halotolerant phylotypes exhibited rapid growths during dilutions episodes. In a controversial context concerning high salinity effects on hydrocarbons (HC) biodegradation, a study was conducted on close to salts-saturation brines (31 %) to gain insight into the fate of oil and it effects on active microbial communities after 15- and 30-days incubations. Significant oil biodegradation (12.8 %) was detected only after a 30-days incubation in LOM-amended microcosms while phylotypes belonging to Halobacteriaceae (Haloarcula, Halobacterium and Halorubrum) appeared as major active phylotypes. However, these low rates suggested that oil biodegradation should be lower under in situ conditions (lower temperature). Thus, among biostimulation approaches (mineral (-NS) or organic (-DS) amendments; dilution) used to improve self-cleaning processus, DS- or NS-amendments added to diluted brines (27.7 % to 14.0 %) allowed high attenuation rates of aliphatic HC with 97.8 % and 54.5 % respectively. Bacterial phylotypes belonging to Marinobacter and Flavobacteriaceae (e.g. Psychroflexus) were detected in NS- and DS-amended microcosms in which petroleum biodegradation occurred. This strategy will have, however, to be tested in other hypersaline systems (natural or industrial) in order to test its operational efficiency
Ice biota degradation in the Arctic environment : impact of bacterial stress state on this material's preservation and burial by Rémi Amiraux( )

2 editions published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

L'océan Arctique, particulièrement sensible au changement climatique, a vu lors des dernières décennies une augmentation de sa température deux fois supérieure à la moyenne mondiale. Certains scientifiques prévoient la disparition complète de la banquise pour 2050. Du fait de la future disparition des algues de glace et de l'augmentation de la fonte du pergélisol, une réévaluation de leurs contributions respectives au stockage de CO2 est nécessaire. Dans cette étude, nous avons ainsi montré que les algues de glace possèdent une forte capacité de préservation dans les sédiments (et donc de stockage du CO2) due à l'incapacité de leurs bactéries à les reminéraliser. A l'inverse, les quantités grandissantes de pergélisol rejetées en mer sont fortement reminéralisables. L'effet conjoint de l'augmentation du rejet de CO2 lors de la dégradation du pergélisol et de la diminution de son stockage par les algues de glace devrait donc contribuer à une amplification du réchauffement climatique
Etude de l'effet des processus diagénétiques sur les alcénones : impact sur les estimations de paléotempératures by Nathalie Zabeti( Book )

2 editions published in 2010 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Alkenones constitute a class of long-chain unsaturated ketones (C35 to C41) synthesized by alimited number of haptophytes. The proportion of C37 di- and tri-unsaturated alkenones varies according to the growth temperature of the haptophytes. From this characteristic and theubiquity of alkenones in the marine environment, an index named '37U K = [C37: 2] / ([C37: 2 + C37:3]) is used since the late 1980s as paleomarker of sea surface temperatures. Selective biotic and abiotic degradation processes, previously ignored in the literature, canlead to significant biases (due to the preferential loss of the more unsaturated alkenones) in paleotemperature values estimated from the '37U K . This work was undertaken to estimate theimpact of diagenetic processes on alkenones in the marine environment.During the first part of this work, we isolated and identified various bacterial strains from cultures of Emiliania huxleyi, which were tested for their ability to degrade alkenones. Thestrain Dietzia maris sp. S1 appeared to be able to degrade selectively di- and tri-unsaturatedalkenones. This selective degradation involves an initial epoxidation of alkenone doublebonds, which is probably induced by a monooxygenase showing a greater affinity for the w29double bond and leads to increases of the '37U K values ranging from +0.05 to +0.10 units(corresponding to an overestimation of temperatures of 1.5 - 3°C).The impact of these biotic and abiotic degradation processes in situ was more or lesssignificant depending on the area considered. In Mediterranean Sea, increasing values of '37U Kwith depth (0.43 to 0.55) seemed to mainly result from an intense autoxidation of alkenones.The detection of stereomutated alkenones in surface sediments also attested to the importanceof these processes in this region (increased in '37U K values of +0.05 units). In contrast, in Alaska and Equatorial Pacific, the biases observed (+0.7 to +2.4°C and +2°C, respectively) appeared to be mainly induced by selective bacterial degradation of alkenones.Analyses of particulate matter from the Equatorial Pacific Ocean, revealed a relationshipbetween the state of photo-oxidation of senescent phytoplankton cells and the physiologicalstate of associated bacteria. A transfer of singlet oxygen (1O2) from phytodetritus to thebacteria may induce damages in bacteria and thus significantly limit biodegradation. This transfer of 1O2 appeared to be more effective in suspended particles (high photo-oxidation ofbacteria and preservation of phytodetritus) than in the sinking particles (weak photo-oxidationof bacteria and high biodegradation of phytodetritus). These differences were attributed to theabundance of particles rich in silica in sinking particles (dominated by agglomerates ofdiatoms), whose the polar character could reduce lifetime of 1O2.Our results confirm that the process of (i) selective bacterial degradation, (ii) autoxidation and(iii) stereomutation may introduce significant biases in the reconstruction ofpaleotemperatures. Some tools were proposed to correct some of these biases and thus toimprove the paleotemperature reconstructions based on alkenones
Environmental microbiology reveals the Earth secret life by Denis Faure( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Flux d'azote dans les sédiments marins sous influence de la conchyliculture et processus microbiens associés by Laura Minjeaud( )

2 editions published between 2008 and 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

L'excès de nitrate et d'ammonium dans le sédiment côtier peut être la cause de développement phytoplanctonique important, avec potentiellement une production de toxine causant l'arrêt des ventes des produits de la conchyliculture du fait de risques sanitaires et ainsi avoir des répercussions économiques négatives. L'étude des processus microbiens permettant l'entrée ou l'élimination de l'azote des écosystèmes a donc été entreprise dans deux zones côtières présentant des activités conchylicoles : le golfe de Fos et le bassin d'Arcachon. Les processus impliqués dans les flux d'azote ont été déterminés en utilisant une nouvelle méthode d'appariement isotopique mise au point dans cette étude et prenant en compte non seulement la dénitrification mais également la nitrification et le processus d'Anammox. Les calculs théoriques ont été validés par des données expérimentales. L'application de cette méthode sur des sédiments de l'anse de Carteau (Golfe de Fos) étudiés au cours d'un cycle annuel nous a permis de montrer que la dénitrification, processus principal d'élimination de l'azote dans cette zone, a vu son activité multipliée par 20 au cours des dix dernières années pour atteindre, à l'heure actuelle, sa potentialité maximale. A l'heure actuelle, les flux sortant d'azote restent supérieurs à la fixation du N2, ce qui permet l'élimination de nitrate du sédiment. La nitrification et l'Anammox n'étant détectés qu'occasionnellement, l'ammonium du sédiment n'est quasiment pas éliminé par les processus bactériens. Dans le bassin d'Arcachon, zone conchylicole soumise à la marée, des études ont été menées au cours de deux missions, l'Anammox peut constituer jusqu'à 58% de la production de N2 même si le processus de dénitrification reste majoritaire dans la plupart des cas. Un impact de la marée et de l'année sur la production de N2 a été remarqué sans que soit notée une variation de la structure quantitative et qualitative de la communauté dénitrifiante. De même les effectifs des procaryotes nitrifiants et fixateurs d'azote n'ont pas présenté de variation importante. Dans cette zone l'activité fixatrice d'azote est plus importante et a entraîné des flux positifs d'azote en 2005. Enfin une production d'oxyde nitreux intermédiaire de la dénitrification a été démontré, montrant que ce type de sédiment pouvait dans certaines conditions, être une source non négligeable de biogaz
Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus by Patricia Bonin( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Effect of bioturbation on denitrification in a marine sediment from the West Mediterranean littoral by Franck Gilbert( )

1 edition published in 1995 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Le genre Shewanella : de l'optimisation des systèmes respiratoires à la dépollution du milieu by Olivier Lemaire( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La respiration sur l'oxyde de triméthylamine (TMAO) est un processus bactérien bien décrit. Cette molécule est commune en milieu marin. Sa respiration est donc importante pour la microflore océanique. Chez les Shewanella, le principal système respiratoire impliqué est le système TMAO réductase Tor. Ce système est un excellent modèle d'étude puisqu'il est l'un des plus simples connus à ce jour. Il est constitué du cytochrome TorC et de la molybdoenzyme TorA. Le système est codé par l'opéron torECAD, le rôle des produits des gènes TorE et TorD a été l'objet de cette étude. Ainsi, j'ai déterminé que la protéine TorD assure la fonction de chaperon spécifique, nécessaire pour la protection et la maturation de l'apoenzyme TorA dans le cytoplasme. La protéine TorE est une petite hélice hydrophobe de 56 acides aminés absente des systèmes précédemment étudiés. J'ai montré qu'elle est un élément commun du système Tor des protéobactéries et permet une croissance optimale sur TMAO, apportant un important avantage sélectif. TorE modifie l'activité du système Tor en formant un complexe avec le cytochrome TorC, modifiant l'ancrage du cytochrome. La protéine NapE, homologue de TorE, joue un rôle identique.J'ai pu isoler grâce à cet avantage sélectif une nouvelle sous-espèce, S. decolorationis sesselensis (SDS), qui est une des Shewanella les plus thermorésistante. Cette souche présente également une grande résistance au chrome, un toxique fréquent en milieu aquatique qu'elle peut détoxifier. SDS est donc une souche extrêmement intéressante du point de vue biotechnologique pour la bioremédiation d'eaux polluées par des métaux lourds
La bioluminescence bactérienne, des océans à Biolum-Archi : un phénomène biologique fascinant au service d'un modèle d'habitat durable méditerranéen? by Lisa Tanet( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La bioluminescence, production de lumière visible par des organismes vivants, est un phénomène fascinant, en particulier chez les bactéries qui l'émettent de façon continue. Pour ce projet interdisciplinaire, ces travaux de thèse ont mêlé recherche fondamentale et appliquée, et se sont articulés autour de la problématique suivante : la bioluminescence bactérienne peut-elle être mise au service d'un modèle d'habitat durable ?Ce manuscrit se compose (i) d'un premier chapitre introductif sur le phénomène de bioluminescence, intégrant notamment une synthèse bibliographique sur l'importance écologique des bactéries bioluminescentes dans le milieu marin ; (ii) d'un second chapitre montrant que les gènes impliqués dans la bioluminescence ne sont pas toujours régulés par le quorum sensing ; (iii) d'un troisième chapitre se focalisant sur les effets de l'oxygène sur la physiologie de la souche modèle (iv) d'un quatrième chapitre regroupant les informations relatives à une application de la bioluminescence bactérienne et les prototypes développés au cours de cette thèse. Dans ce dernier chapitre, les avantages, ainsi que les limites actuelles, de l'utilisation de la bioluminescence comme source d'éclairage sont énoncés. Les résultats obtenus au cours de ces trois années ont mis en avant des premiers éléments de réponse et ont permis d'acquérir de nouvelles connaissances sur la souche utilisée, et sur les bactéries bioluminescentes d'une façon générale. Ces travaux visent à être poursuivis et approfondis par d'autres recherches, davantage encore axées vers un objectif pratique et appliqué de la bioluminescence
Dynamique spatiale et temporelle des communautés mircrobiennes dans les édifices hydrothermaux actifs by David François( )

1 edition published in 2021 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

In deep-sea hydrothermal vents, the mixing between hot, acidic and anoxic hydrothermal fluid with seawater leads to the formation of hydrothermal chimneys. These are porous structures whose mineralogical composition changes over time.Thermal and chemical gradients are favourable to the growth of microbial communities, that present a high taxonomic, physiologic and metabolic diversity.Despite numerous studies about the microbiology of hydrothermal environments, the spatial and temporal dynamics of microbial communities in hydrothermal vents remain relatively unknown. Our study was based on a rigorous sampling of hydrothermal chimneys from six sites in the Lucky Strike hydrothermal vent field, and the associated proximal plume.The mineralogical composition of hydrothermal chimneys, determined by X-ray diffraction, was used to estimate the growth stage of the chimneys.Complementary approaches were implemented to study and compare the microbial communities in chimneys and proximal plume. The phylogenetic diversity and the structure of these communities was studied by a metabarcoding approach, and functional information were obtained by realizing continuous cultures in bioreactor, MPN enrichments and metabolic activities measurements. A strain of the genus Persephonella was isolated and described.The investigation of its physiological and metabolic capacities has highlighted its adaptation to the hydrothermal environment
 
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