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Geffard, Olivier (1973-....).

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Works: 29 works in 34 publications in 2 languages and 43 library holdings
Roles: Other, Opponent, Thesis advisor, Contributor, Author
Publication Timeline
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Most widely held works by Olivier Geffard
Toxicité potentielle des sédiments marins et estuariens contamines : évaluation chimique et biologique, biodisponibilité des contaminants sédimentaires by Olivier Geffard( Book )

3 editions published in 2001 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Les sédiments marins et estuariens sont un réservoir pour de nombreux polluants, constituant non seulement une source de contamination pour les organismes aquatiques, mais pouvant également poser un problème de santé publique. La toxicité potentielle de ces sédiments a été déterminée à l'aide de bioessais et d'études sur la biodisponibilité des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) et métaux contenus dans ces derniers. En comparant les différents stades de développement testés chez l'huître Crassostrea gigas et l'oursin Paracentrotus lividus, les embryons et les larves d'huître sont apparus les plus sensibles et les mieux adaptés pour évaluer la qualité des sédiments vis à vis des organismes benthiques (sédiment contact ; test d'embryotoxicité) et pélagiques (élutriat ; tests d'embryotoxicité et de croissance larvaire). Il est apparu que d'un point de vu environnemental, les sédiments devaient être testés à l'état frais. La biodisponibilité des HAP et des métaux sédimentaires a été abordée via des études de bioaccumulation et, dans le cas d'une contamination métallique aussi via l'induction de métallothionéines (MT) chez les larves de C. gigas et de la moule Mytilus galloprovincialis. Bioaccumulation et induction de MT se sont révélés plus sensibles, avec des réponses plus précoces, en comparaison des simples bioéssais correspondants. Ils permettent, de plus, de faire le lien entre effets au niveau moléculaire (MT), cellulaire (bioaccumulation), individuel (anomalies larvaires et effets sur la croissance) et populationnel (puisque la survie des larves conditionne le recrutement et par suite le maintien de la population). Une démarche pour l'évaluation de la qualité des sédiments lors d'études de biomonitoring est proposée, l'intérêt des embryons et des larves de bivalves comme outil en écotoxicologie marine est confirmé, notamment par leur utilisation lors d'un test embryo-larvaire in situ
Multiplexed assay for protein quantitation in the invertebrate Gammarus fossarum by liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry by Aurore Charnot( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Application of a multidisciplinary and integrative weight-of-evidence approach to a 1-year monitoring survey of the Seine River by Iris Barjhoux( )

1 edition published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Additive effect of calcium depletion and low resource quality on Gammarus fossarum (Crustacea, Amphipoda) life history traits by Marc Rollin( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude mécaniste des effets transgénérationnels des radiations ionisantes alpha et gamma chez Daphnia magna by Florian Parisot( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les activités anthropiques liées à l'industrie nucléaire contribuent à des rejets continus de radionucléides dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. Les travaux réalisés au cours de ce doctorat visent à apporter de nouvelles connaissances relatives aux effets des radiations ionisantes au cours d'une exposition multigénérationnelle de l'invertébré aquatique, Daphnia magna. Une irradiation gamma externe à des débits de doses pertinents du point de vue environnemental a été réalisée sur D. magna pendant trois générations successives. Les résultats mettent en évidence une accumulation et une transmission d'altérations de l'ADN au fil des générations, en parallèle d'une augmentation de la sensibilité des daphnies. Les données d'irradiation gamma et celles d'une étude antérieure de contamination alpha ont été analysées à l'aide du modèle mathématique DEBtox. Le modèle montre que les deux types de rayonnements agissent différemment sur les daphnies au cours des générations. Ce projet de recherche indique clairement qu'à l'avenir il est important d'étudier et de comprendre les effets transgénérationnels des radiations ionisantes à faibles doses
Evaluation of psychiatric hospital wastewater toxicity: what is its impact on aquatic organisms? by Jean-Yves Mazzitelli( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Co-expression network analysis identifies gonad- and embryo-associated protein modules in the sentinel species Gammarus fossarum by Davide Degli Esposti( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Un biomarqueur de génotoxicité chez Gammarus fossarum : développement, signification fonctionnelle et application au milieu naturel by Emilie Lacaze( Book )

2 editions published in 2011 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les substances génotoxiques ont la capacité d'altérer l'intégrité de l'ADN, support biochimique de l'hérédité et présentent un risque mutagène et tumorigène avéré pour de nombreuses espèces. Dans le milieu aquatique, les invertébrés sont d'une importance capitale pour le bon fonctionnement de l'écosystème, mais très peu d'outils sont disponibles pour évaluer la génotoxicité chez ces espèces. Pourtant, les nouvelles obligations réglementaires telles que la Directive Cadre Européenne acceptée en 2000, vont de pair avec le développement d'outils sensibles, fiables et précoces à même de proposer un diagnostic robuste de la qualité biologique des écosystèmes. Dans ce contexte, ce travail de thèse a porté sur le développement, la validation, l'interprétation et l'application au milieu naturel d'un biomarqueur de génotoxicité chez une espèce sentinelle du milieu dulçaquicole, le gammarus fossarum. Ces travaux sont à notre connaissance la première évaluation de la génotoxicité chez un crustacé d'eau douce d'intérêt écologique, par le test Comet. L'aspect novateur de ce travail repose sur la mise en évidence d'une relation entre endommagement de l'ADN des spermatozoïdes et succès reproducteur. En s'appuyant sur un protocole standard, nous avons établi une valeur de référence tenant compte de la variabilité spatio-temporelle de la réponse du biomarqueur, ainsi qu'un seuil de dommages à l'ADN au delà duquel des effets significatifs sur la descendance sont observés. Suite aux résultats obtenus sur le terrain par des méthodes d'encagement, l'intérêt d'utiliser ce biomarqueur à vocation écologique dans un cadre d'évaluation du risque environnemental est confirmé
Développement de marqueurs de neurotoxicité et de perturbations endocrines chez l'amphipode d'eau douce Gammarus fossarum by Benoît Xuereb( Book )

2 editions published in 2009 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The aim of this works was to develop specific biomarkers of neurotoxicity (cholinesterase activity) and endocrine disruptions linked to reproduction (vitellogenine synthesis) in freshwater amphipod Gammarus fossarum. G. fossarum owns only an isoforme of cholinesterase of type acetylcholinesterase (AChE). Biotic factors have been shown as the main source of natural variability of the activity AChE in this species. Therefore, the selection of organisms with male phenotype and a body-weight of 15-20 mg allowed to propose a methodology of reliable and strong dosage. A reference value and a threshold value were described. Our works on the AChE, also demonstrated that there is no relation between the inhibition of this enzymatic activity and the mortality. On the other hand, a direct relation was observed between the activity AChE and behaviours. Finally, the coupled use of in situ bioassays and measure of the activity AChE showed to be a relevant tool for the environmental assessment of anti-ChE compound impact. The description of the physiological processes, bound to the reproduction cycle of females (moult cycle, oocyte growth and embryonic development), brought bases for the development of the Vtg gene expression as biomarker. It also allowed to develop a robust and reproducible reprotoxicity-test displaying a very weak variability of the basic values observed in the non-impacted organisms. Females present an important rise of the Vtg synthesis during their reproduction cycle, corresponding with the implementation of the secondary vitellogenesis process. The induction of the Vtg gene expression was observed in males exposed in laboratory to model endocrine disrupters and in organisms exposed in situ, in areas subjected to an anthropological pressure
Trophic transfer and effects of gold nanoparticles (AuNPs) in Gammarus fossarum from contaminated periphytic biofilm by Magalie Baudrimont( )

1 edition published in 2017 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Impact of cadmium on the ecdysteroids production in Gammarus fossarum by Sondes Abidi( )

1 edition published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Biomarkers as tools for monitoring within the Water Framework Directive context: concept, opinions and advancement of expertise by Thomas Milinkovitch( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La voie de signalisation type insuline dans la différenciation sexuelle chez les Crustacés isopodes - intégration de l'hormone androgène et de facteurs féminisants dans un nouveau contexte by Benjamin Herran( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Sexual differentiation in Isopods relies on a proteinaceous sex hormone called androgenic hormone (AH), specific to Malacostracans. This Insulin-Like Peptide induces male differentiation by its mere presence in these Crustaceans. We identified in silico the circulating carrier of the AH, called IGFBP-rP1, in many Isopod species, but also on the crustacean scale. Similarly, we identified two transmembrane receptors, IR1 and IR2, coming from a gene duplication specific to Malacostracans. The expression patterns of these genes were investigated in our model species, Armadillidium vulgare. Av-IGFBP-rP1 and Av-IR1 are broadly expressed in the animal and throughout development. Av-IR2 is also expressed at each developmental stage but this transcript is almost specific to androgenic glands and ovaries. An RNAi approach has confirmed the implication of these three proteins in the AH signalling pathway. Indeed, the inhibition of AH, Av-IGFBP-rP1 and Av-IR1 induces androgenic gland hypertrophy, suggesting their implication in an AH feedback loop. Av-IR2 inhibition seems to provoke the differentiation of female genital apertures only. These phenotypes are similar to those of male intersexes induced by the endogenous feminizing bacterium Wolbachia. Yet, we show that the bacterium alters the expression of the AH only and not the one of its receptors. Finally, we have tested the effect of bisphenol A but we observe no alteration of the sexual differentiation in larvae upon exposition to this exogenous endocrine disruptor
Approches protéomiques pour le développement de biomarqueurs chez l'amphipode d'eau douce Gammarus fossarum : découverte et caractérisation de protéines impliquées dans la fonction reproductrice by Judith Trapp( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Among the tools for assessing biologic quality of aquatic ecosystems, biomarkers are ideally suited for the early detection of contaminant exposure and/or effects. Yet, because of the lack of fundamental knowledge of their molecular regulation, few specific developments have been carried out on invertebrates even though they account for more than 95% of animal biodiversity. Thanks to recent technological advances in nucleic and proteic information sequencing, discovery of new proteins is now possible for these organisms. Focussed on the use of an ecotoxicologically relevant species, the freshwater amphipod Gammarus fossarum and the problem of endocrine disruption, this doctoral thesis aims to discover new proteins involved in gammarid reproductive function and to propose specific biomarkers of endocrine disruption. With a first proteogenomic approach, an important protein catalogue was generated. Next, to identify proteins involved in gammarid reproduction, male and female reproductive tissue proteomes were compared, followed by the study of proteome dynamics in several physiological processes: oogenesis, embryogenesis and spermatogenesis. Finally, a last experiment on male gammarids challenged with different endocrine disrupter chemicals identified several candidate biomarkers of reprotoxicity. This study paves the way for quick developments of specific biomarkers for organisms of interest in ecotoxicology
Approches moléculaires pour la découverte, le développement et l'application de biomarqueurs de toxicité chez les gammaridéscité spécifiques applicables au sein de la diversité des gammaridés by Duarte Domingos Gouveia( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The routine use of biomarkers in environmental biomonitoring faces several drawbacks, especially in invertebrates. Among these limitations, the lack of validated species-specific biomarkers and multibiomarker methodologies comprise major constraints. Based on gene and protein catalogs obtained from proteogenomics experiments previously performed on the ecotoxicological-relevant species Gammarus fossarum, this thesis aimed at identifying and validating molecular biomarkers for the diagnostic of toxic perturbations in this species. Following recent methodologies for the development of biomarkers in human disease diagnosis, we implemented a fast, specific, quantitative multiplexed targeted proteomics assay (using Selected Reaction Monitoring mass spectrometry) to study dozens of protein biomarker candidates simultaneously. The assay was applied to assess the physiological importance of protein candidates, and to assess their pertinence as biomarkers after laboratory and field exposures to chemical contamination. The second part of this thesis aimed at the development of specific endocrine disruption biomarkers, through two complementary approaches. The first approach, based on a comparative shotgun proteomic analysis using a known endocrine disruptor for arthropods, allowed exhaustively increasing the whole-proteome analysis through the detection of roughly 4000 proteins (53 modulated by the exposure). The second comprised sequence homology searches, phylogenetic analyses, and gene expression studies for proposing new biomarker candidates identified from literature searches
Modélisation toxico-cinétique de la bioaccumulation de composés organiques persistants par des invertébrés benthiques d'eau douce by Aude Ratier( )

1 edition published in 2019 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La présence de contaminants dans le milieu aquatique soulève la question de leur toxicité pour les organismes. Dans l'évaluation du risque environnemental, les effets d'une contamination sur des organismes sont évalués en deux temps. Tout d'abord, une étude de la toxico-cinétique (TK) du composé d'intérêt a lieu, c'est-à-dire établir le lien entre la concentration d'exposition et la concentration bioaccumulée par l'organisme. Par la suite, une étude toxico-dynamique (TD) est réalisée pour établir le lien entre la concentration du contaminant bioaccumulé dans l'organisme et sa toxicité. La bioaccumulation est un phénomène variable, qui dépend des propriétés physico-chimiques des contaminants, de l'espèce considérée et des conditions environnementales. Des outils mathématiques, comme les modèles TK, ont été développés pour expliquer cette variabilité et paraissent de nature à pallier cette difficulté. Toutefois, l'implémentation de ces modèles impose de lever des verrous, comme l'estimation du taux de biotransformation et le devenir des métabolites, et d'estimer précisément l'incertitude sur les valeurs des paramètres toxico-cinétiques. Ces travaux de thèse ont permis de développer un cadre générique de modélisation et d'inférence associée pour décrire et prédire la bioaccumulation de composés persistants (hexachlorobiphényl, hexabromocyclododécane, pentabromodiphényl-éther, pyrène) par différentes espèces d'invertébrés benthiques (insecte Chironomus riparius, crustacé amphipode Gammarus fossarum, mollusque gastéropode Radix auricularia). La démarche adoptée au cours de cette thèse a consisté en la mise en œuvre d'essais de bioaccumulation au laboratoire, qui ont fournis les données expérimentales permettant de développer le cadre de modélisation et de tester différentes hypothèses sur les voies d'exposition des organismes. L'estimation des paramètres TK est réalisée par inférence Bayésienne, qui permet entre autres d'estimer simultanément tous les paramètres à partir de toutes les données disponibles, ce qui permet d'obtenir précisément l'incertitude autour de leur valeur et des prédictions du modèle. Les différentes hypothèses testées à partir des données expérimentales correspondent à autant de modèles, dont on peut comparer les « performances ». Dans l'ensemble, ces modèles ont permis d'obtenir une estimation précise des paramètres et de leur incertitude. De plus, leurs prédictions s'ajustaient correctement aux données expérimentales, sauf dans le cas de l'HBCD. Une fonction de biotransformation a également été implémentée avec succès sur la base de données issues de la littérature (produits phytopharmaceutiques, médicaments, HAP). L'inférence bayésienne appliquée au modèle générique a permis d'obtenir une incertitude réduite concernant le taux de biotransformation par rapport à celle des modèles originaux reposant sur une inférence classique. Ce cadre générique de modélisation et d'inférence associée, développé dans une approche bayésienne et pouvant s'adapter à chaque couple espèce-contaminant que l'on souhaite étudier, se révèle être un outil performant dans la description des toxico-cinétiques de contaminants ainsi que dans l'évaluation de l'incertitude sur les paramètres et les prédictions
Développement de la mesure de la vitellogénine chez les invertébrés & utilisation de marqueurs de la perturbation endocrinienne chez le crustacé amphipode gammarus fossarum by Guilaume Jubeaux( )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Parmi les substances polluantes, les perturbateurs endocriniens (PE) sont au coeur des préoccupations scientifiques en raison du risque de ces composés pour l'environnement, et en particulier les écosystèmes aquatiques. L'étude de la disponibilité et de l'impact des PE sur les vertébrés aquatiques, en particulier les poissons, a fait l'objet de nombreux projets et publications. Ces travaux ont conduit au développement d'outils de diagnostic pouvant être utilisés in situ, comme par exemple l'induction de la vitellogénine (Vg) chez les mâles, l'inhibition de la croissance ovarienne et testiculaire, le retard dans la maturité sexuelle, la présence d'individus intersexués et les concentrations anormales en hormones stéroïdiennes. En revanche, peu d'attention a été portée aux invertébrés qui représentent pourtant plus de 95 % des espèces animales et jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement et la santé des écosystèmes aquatiques. Par conséquent, il en résulte un manque d'outils spécifiques de la perturbation endocrinienne chez ces espèces. Dans ce contexte, le travail proposé se focalise tout d'abord sur l'intérêt et la pertinence de la spectrométrie de masse (LC-MS/MS) pour développer ou transférer entre espèces une méthode de mesure de la Vg chez les invertébrés, incluant les crustacés, les mollusques et les insectes. Ensuite, ce travail s'est intéressé à un crustacé amphipode modèle (Gammarus fossarum) et avait pour objectifs (1) de développer le biomarqueur Vg, via la validation de son rôle fonctionnel dans la reproduction (vitellogenèse, embryogenèse et différences inter-sexe), de sa sensibilité à des composés modèles et jusqu'à son utilisation dans le cadre d'études de terrain à l'aide d'organismes encagés et (2) de développer l'utilisation d'une approche chez la femelle permettant de caractériser le potentiel PE de composés et des systèmes aquatiques, à partir de l'étude de marqueurs individuels
Effets directs, multi et trans-générationnels de perturbateurs endocriniens chez Xenopus tropicalis : désordres développementaux, reproducteurs et métaboliques by Marie Usal( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

En zones humides, un déclin massif des populations d'amphibiens est décrit au niveau mondial depuis les années 80. Malgré de nombreuses données, il n'y a pas eu de consensus scientifique autour des causes de ce déclin et notamment concernant l'impact réel de la pollution des eaux de surface par les perturbateurs endocriniens (PE).Les effets de deux PE, l'hydrocarbure aromatique polycyclique benzo[a]pyrène (BaP) et l'organochloré triclosan (TCS), ont ainsi été étudiés sur trois générations d'une espèce modèle d'amphibien (Xenopus tropicalis). Les xénopes ont été exposés à des concentrations environnementales (50 ng/L), de BaP, de TCS et du mélange BaP/TCS, du stade têtard au stade adulte mature (génération F0). Les individus F0 ont été accouplés pour obtenir une génération F1 indirectement exposée (seulement au stade gamète). Ces derniers ont été également accouplés pour obtenir une génération F2 qui n'a jamais été en contact avec les PE. L'impact des contaminants a été étudié à différentes échelles d'organisation, de la transcriptomique à la fitness des individus F0 exposés et de leur descendance F1 et F2. Un syndrome de pré-diabète de type 2 associé à une pathologie hépatique de type stéatopathie non alcoolique a été observé chez les femelles de la génération F0 exposée aux PE seuls ou en mélange. Ces désordres métaboliques ont également été transmis aux femelles des générations F1 et F2. En plus de ces désordres, les xénopes F0 exposés et F1 et F2 issus d'exposition aux PE ont montré des perturbations du développement et de la reproduction. Le point le plus marquant concerne notamment l'absence de descendance viable F3 pour l'exposition des individus F0 au BaP.L'ensemble de ces résultats démontre que les amphibiens sont particulièrement sensibles aux PE même à des concentrations environnementales. Elle pourra servir de point de départ pour d'autres études portant sur la contribution directe des PE dans le déclin des populations d'amphibiens au travers d'une perturbation du métabolisme énergétique
Impact des polluants et du changement climatique sur les capacités de reproduction et le développement embryo larvaire de l'huître creuse Crassostrea gigas dans le Bassin d'Arcachon by Perrine Gamain( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'huître creuse du Pacifique constitue une part importante de la production aquacole mondiale, avec 555 913 tonnes produites en 2013. La France est le quatrième producteur mondial d'huîtres et Crassostrea gigas est la principale espèce cultivée dans le bassin d'Arcachon. Cependant, ces dernières années, des problèmes de recrutement et de captage des naissains de certaines cohortes d'huîtres sont survenus. L'augmentation de la fréquence de ces événements peut être révélatrice de changements dans la qualité du milieu. Dans ce contexte de crise, ces travaux se sont intéressés à l'impact de deux polluants, le cuivre et le S-métolachlore, majoritairement retrouvés dans les eaux du Bassin d'Arcachon sur le développement embryo-larvaire des larves D de l'huître creuse (24h post -fécondation). Dans un contexte de changement climatique, une approche multifactorielle a été adoptée afin d'étudier les effets combinés des polluants et de l'accroissement des températures ou des changements de salinité susceptibles d'altérer le développement et la survie des embryons et des larves en période estivale. Dans un premier temps, les effets embryo-toxiques d'une pollution par le cuivre ou le S-métolachlore couplés ou non à la salinité ou à différentes températures ont été étudiés sur des huîtres en provenance d'une écloserie. Pour cela le test embryo-larvaire a été utilisé, et ses limites d'application précisées. Dans un deuxième temps, les effets des polluants couplés ou non à des températures et salinités environnementales ont été analysés sur les embryons provenant d'huîtres sauvages ou cultivées prélevées directement dans le milieu en différents sites du Bassin d'Arcachon. Le pourcentage de malformations ainsi que l'expression différentielle de gènes cibles ont été déterminés chez les larves tandis que la bioaccumulation du cuivre et du S-métolachlore et le pourcentage d'occupation gonadique ont été analysés chez les géniteurs. Ces résultats ont ensuite été comparés afin de déterminer la capacité des huîtres d'écloserie à représenter un modèle alternatif aux huîtres autochtones. Dans l'objectif d'étudier les impacts liés au changement climatique, des conditions un peu plus extrêmes ont été testées, à savoir des températures supérieures de 26 °C, des salinités inférieures de 24 u.s.i et des concentrations en polluants supérieures aux conditions actuelles du bassin. La mise au point d'un logiciel d'analyse du comportement natatoire des larves D a également été réalisée. Nos résultats indiquent une bioaccumulation plus grande du Cu et S-métolachlore dans les huîtres cultivées par rapport aux huîtres sauvages. Par ailleurs cette étude indique clairement que les larves issues des huîtres autochtones (sauvages et cultivées) sont sensibles à des concentrations environnementales en cuivre et en S-métolachlore. Cependant, il a été montré que les gènes impliqués dans divers mécanismes de défense sont surexprimés, avec une plus grande capacité de défense des larves issues des huîtres sous l'influence des tributaires mais également des huîtres sauvages par rapport aux cultivées. En présence de concentrations environnementales de Cu comme de S-métolachlore, une augmentation des trajectoires erratiques circulaires a été constatée. De plus, les larves, bien que capables de se développer normalement dans une gamme de températures allant de 22 °C à 26 °C, sont sensibles à l'action combinées des hautes/basses températures et des polluants. De la même manière, elles sont sensibles aux effets combinés de la dessalure et de l'exposition aux polluants. Les huîtres d'écloserie se sont révélées être une bonne alternative à l'utilisation des huîtres autochtones. Finalement, au vu des prédictions concernant l'évolution du climat, nos résultats indiquent qu'il faut s'attendre à un accroissement des malformations larvaires et donc à une diminution du recrutement des naissains dans les années futures dans le Bassin d'Arcachon
 
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