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Lett, Marie-Claire (1954-....).

Overview
Works: 20 works in 29 publications in 2 languages and 30 library holdings
Roles: Thesis advisor, Other, Author, Opponent
Publication Timeline
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Most widely held works by Marie-Claire Lett
Etude moléculaire du transposon de résistance au mercure TN3926 chez Yersinia enterocolitica by Marie-Claire Lett( Book )

3 editions published in 1986 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Arsenic oxidation of Cenibacterium arsenoxidans : Potential application in bioremediation of arsenic contaminated water by Diliana Dancheva Simeonova( Book )

2 editions published in 2004 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Décontamination photocatalytique d'un bioaérosol contaminé par Legionella pneumophila et autres agents biologiques : contribution à la conception de photoréacteurs de décontamination de l'air by Sébastien Josset( Book )

2 editions published in 2008 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

The treatment of the air at the biological level has become since a few decades a need for public health and an economic issue. The discovery in 1985 of the bactericidal properties of TiO2 enlightened by UV started a new way of decontamination, whose effectiveness has been proven in aqueous phase on a large variety of micro-organisms, including spores, bacteria and viruses. One of the objectives of this thesis consisted in the development of photoreactors able to treat bioaerosols in spite of very short passage times, and without generating noticeable pressure drops. With this intention, several geometries, as well as a three-dimensional alveolar garnishing, were proposed and tested on various micro-organisms. It could be shown that the devices photocatalytic were perfectly able to treat effluents contaminated with high flows, but also to highlight which the limitations were of an aerodynamic nature
Analyse génétique et moléculaire de stress arsenic de souches bactériennes isolées d'environnements contaminés par l'arsenic by Daniel Muller( Book )

2 editions published in 2004 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

L'arsenic est un métalloïde présent dans différents compartiments de l'environnement, provenant de sources naturelles ou de sources anthropiques. Les formes inorganiques, l'arsénite (As[III]) et l'arséniate (As[V]), sont les plus abondantes et aussi les plus toxiques. La proportion relative de ces états d'oxydation dans un environnement donné sera fonction de transformations chimiques spontanées, et surtout de biotransformations liées aux métabolismes bactériens, tels que la réduction et l'oxydation.Ce travail de thèse a eu comme objectif principal l'étude moléculaire et génétique de l'arsénite oxydase d'une ß-protéobactérie, Cenibacterium arsenoxidans. L'analyse de mutants obtenus par transposition aléatoire d'un mini-Tn5 a conduit à l'identification de deux gènes aoxA et aoxB, organisés en opéron et codant les deux sous-unités de l'arsénite oxydase. L'analyse phylogénétique des deux sous-unités de cette enzyme a révélé que celle-ci possède des homologues dans d'autres familles enzymatiques assurant des fonctions diverses. La comparaison entre ces différentes familles suggère une apparition très ancienne des enzymes de type arsénite oxydase (pré-LUCA). Par ailleurs nous avons étudié la réponse globale des bactéries se trouvant en contact avec l'arsenic. Pour ce faire, nous avons combiné deux approches, d'une part l'analyse des mutants dont le gène rapporteur est induit par l'arsenic, d'autre part l'étude des protéines dont la synthèse est régulée par l'arsenic. Nous avons montré que les gènes régulés par l'arsenic interviennent dans une grande variété de fonctions incluant l'information, le métabolisme intermédiaire, la structure des enveloppes, la transformation de différentes formes d'arsenic. Cette étude suggère, que la bactérie C. arsenoxidans, est capable de réaliser également la réduction de l'arséniate en arsénite en plus de l'oxydation de l'arsénite en arséniate. Au moins trois opérons de type ars (réduction de l'As[V]) seraient présents dans cette souche
Devenir de l'arsenic dans une papeterie : étude de cas by Clémence Michon( Book )

2 editions published in 2011 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

This study was about the sources and the fate of arsenic in a pulp and paper mill located in the Vosges, and particularly in the wastewater treatment plant, in order to understand the variations of the arsenic concentration in the treated effluent discharged in the Moselle River.The recovered papers used for the production of deinked pulp are the main source of arsenic for the pulp and paper mill, followed by the solid fuels incinerated in the boiler of the energy area of the mill. The main outputs are the ashes produced by the boiler, then the produced paper. The fate of the arsenic in the deinking process is complex and involves transfer phenomena between the pulp and the white water of the process. Arsenic present in white water could come from the suspended solids. Malfunctions in the energy area have caused the departure of ashes to the wastewater treatment plant via the washing water of the flue gas washer. Those ashes may contain a high arsenic concentration and could be one of the sources of the large variations of the arsenic concentration in the effluent of the wastewater treatment plant. This wastewater treatment plant is able to eliminate up to 50% of arsenic of the effluent thanks to neutralization/decantation and biotreatment by activated sludge. A tertiary treatment by coagulation (with aluminum salts) / flocculation / flotation permits to decrease the arsenic concentration in the effluent according to the operating conditions
ANALYSE DES ELEMENTS GENETIQUES MOBILES D'UNE SOUCHE BACTERIENNE KLEBSIELLA PNEUMONIAE OZENAE, ISOLEE D'UN ENVIRONNEMENT POLLUE by BARBARA ALBIGER( Book )

2 editions published in 1998 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

DANS LE BUT D'ETUDIER LES ECHANGES POTENTIELS DE GENES ENTRE SOUCHES BACTERIENNES DE L'ENVIRONNEMENT AQUATIQUE ET GENETIQUEMENT MODIFIES, NOUS AVONS ETUDIE UNE SOUCHE DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE OZENAE KIIIA, QUI PERMET LA MOBILISATION DE PLASMIDES NON CONJUGATIFS. NOS RESULTATS MONTRENT QUE LA SOUCHE KIIIA, ISOLEE D'UN ENVIRONNEMENT POLLUE, POSSEDE PLUSIEURS ELEMENTS GENETIQUES MOBILES (PLASMIDES CONJUGATIFS ET TRANSPOSONS) IMPLIQUES DANS LA DISPERSION DE MATERIEL GENETIQUE INTERSPECIFIQUE. LES MECANISMES ET LES ELEMENTS MIS EN JEU DANS CES TRANSFERTS NE CORRESPONDENT PAS A DES MECANISMES CONNUS. NOUS AVONS IDENTIFIE DANS LA SOUCHE KIIIA QUATRE PETITS PLASMIDES NON CONJUGATIFS ET TROIS PLASMIDES DE GRANDE TAILLE. CES TROIS PLASMIDES DE GRANDE TAILLE, APPELES PK225, PK130 ET PK45, ONT UNE TAILLE RESPECTIVE DE 225 KB, 130 KB ET 45 KB. LES PLASMIDES PK225 ET PK45 SONT CONJUGATIFS. CEPENDANT, SEUL LE PLASMIDE PK225 EST RESPONSABLE DE LA MOBILISATION DE REPLICONS NON CONJUGATIFS. CE PLASMIDE APPARTIENT A UN NOUVEAU GROUPE D'INCOMPATIBILITE, TANT POUR SES FONCTIONS DE REPLICATION QUE POUR SES FONCTIONS DE TRANSFERT / MOBILISATION. LORS DE LA MOBILISATION D'UN PLASMIDE NON CONJUGATIF, PUB2380, NOUS AVONS MIS EN EVIDENCE UNE NOUVELLE CLASSE DE TRANSPOSONS QUI PRESENTENT UNE STRUCTURE HYBRIDE ENTRE LES TRANSPOSONS COMPLEXES ET LES TRANSPOSONS COMPOSES. CES ELEMENTS SONT FORMES PAR DEUX COPIES DU TRANSPOSON COMPLEXE TN5403 EN REPETITION INVERSE ENCADRANT UNE REGION D'ADN. CETTE REGION D'ADN NE POSSEDE AUCUN MARQUEUR FACILE A SELECTIONNER. CES TRANSPOSONS SONT LES PREMIERS ELEMENTS IDENTIFIES CAPABLES DE MOBILISER UNE REGION ADJACENTE QUELCONQUE. NOUS PROPOSONS DE LES NOMMER TRANSPOSONS COMPLEXES COMPOSES
Diversité des mécanismes d'oxydo-réduction de l'arsenic chez les bactéries : des souches cultivables aux communautés by Audrey Heinrich-Salmeron( Book )

2 editions published in 2009 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Microorganisms are found in several environments from the friendliest to the most extreme such as arsenical environment as french mining sites of Carnoules, Salsigne or Sainte-Marie-aux-Mines. Some of them are involved in arsenic biochemical cycle and play a crucial role in its mobilization/immobilization and thus in its biodisponibility. These bacteria contain arsenite oxidase (coded by aox genes) catalyzing the oxidation of As III in As V. This oxidation constitutes the first arsenical environment detoxification stage. The aim of this work is the study of the diversity of bacterial arsenic oxido-reduction mechanisms. This study focuses on the diversity of aoxB genes from isolated strains or complex communities. Physiological characterizations of three strains have been first realized on Pseudomonas S11, Leptothrix S1.1 and Thiomonas 3As. A genetic approach supplements the physiological data of Thiomonas 3As. Particular arsenite oxidases demonstrating a high or a constitutive arsenite oxidase activity have been highlighted. In a second time AoxB sequences analyses from cultivable bacteria or bacterial communities have underlined a sequence variability and allowed to consider aoxB gene as molecular marker for aerobic arsenite oxidizing strains. Lastly an environmental genomic approach on bacterial community from Carnoulès mining site allowed to decipher the bacterial trophic interactions and the key role of the arsenite oxidizing strain Thiomonas sp. in this study site
Etude des biofilms bactériens arsénite-oxydants by Marie Marchal( Book )

2 editions published in 2010 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

A biofilm is a highly organized microbial community, allowing the resident cells to persist in a given ecological niche. These structures are able to trap toxic compounds such as arsenic. In addition, bacterial biofilms catalyzing arsenite [As(III)] oxidation into the more easily immobilized form arsenate [As(V)] are also of particular interest for their use in an arsenic bioremediation system. The aim of this work was to characterize strains of the Thiomonas genus, which seem to be well-suited for the treatment of arsenic contaminated waters, and to assess As(III) effects on the formation and development of arsenite oxidizing biofilms. The physiology and genomics of the Thiomonas strains were investigated using differential proteomics analyses and a comparative genomic hybridization (CGH) approach. These studies highlighted strong physiological differences between these closely related strains. These divergences may be explained, at least in part, by a high genome plasticity and the horizontal transfer of genomic islands. As(III) effects on arsenite oxidizing biofilms development were then assessed using confocal microscopy. This approach revealed various As(III) induced mechanisms affecting multiple biofilm developmental steps. Indeed, As(III) induces Herminiimonas arsenicoxydans flagellar motility what delays biofilm formation, whereas in Thiomonas sp. CB2 it promotes biofilm development through the induction of exopolysaccharides synthesis. These results highlight the high diversity existing in the bacterial adaptive responses to arsenic. Moreover, they might be helpful to develop a bioremediation process, allowing the anticipation of the bacterial population behavior
Contribution à l'étude biochimique des étapes initiales de la différenciation cellulaire chez Nicotiana sylvestris by Marie-Claire Lett( Book )

1 edition published in 1979 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Etude des biofilms bactériens arsénite-oxydants by Marie Marchal( )

1 edition published in 2011 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les biofilms sont des communautés hautement organisées permettant aux cellules de se maintenir dans une niche écologique donnée. Ces structures sont capables de séquestrer des composés toxiques tels que l'arsenic. Des biofilms bactériens présentant en plus une activité d'oxydation de l'arsénite [As(III)] en arséniate [As(V)], qui est une forme moins mobile de l'arsenic, pourraient être avantageusement mis à profit dans un procédé de bioremédiation. Le but de ce travail de thèse était de caractériser les souches du genre Thiomonas, considérées comme particulièrement adaptées pour le traitement d'eaux arséniées, et d'étudier l'impact de l'As(III) sur la formation et le développement de biofilms arsénite-oxydants. La physiologie et la génomique de ces souches ont été étudiées par des analyses de protéomique différentielle et à l'aide de puces CGH (Comparative Genomic Hybridization). Ces approches ont souligné de fortes différences physiologiques entre ces souches phylogénétiquement proches, qui peuvent être expliquées en partie par la grande plasticité de leur génome qui évolue par l'acquisition d'ilots génomiques. L'impact de l'As(III) sur la cinétique de développement des biofilms a ensuite été analysé par microscopie confocale. Cette étude a mis en évidence divers mécanismes induits en présence d'As(III) et contrôlant l'initiation, la maturation et la dispersion des biofilms. Ainsi, l'As(III) retarde la formation du biofilm d'Herminiimonas arsenicoxydans en induisant la mobilité des cellules, alors qu'il favorise le développement d'un biofilm chez Thiomonas sp. CB2 en induisant la synthèse d'exopolysaccharides. Ces travaux soulignent la diversité des réponses adaptatives des souches bactériennes au stress arsénié. A terme, ils devraient faciliter la mise en œuvre d'une stratégie de bioremédiation des eaux arséniées en permettant d'anticiper le comportement de la population bactérienne d'intérêt
La diversité bactérienne dans les sols de surface de San Rafael Swell (Utah, USA) et le Desert de Maine (USA) by Yang Wang( )

1 edition published in 2015 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les zones arides couvrent environ un tiers de la surface terrestre de la planète. Des études visant à comprendre la dispersion microbienne dans les déserts ont été réalisées. En effet, les communautés microbiennes du sable des déserts peuvent jouer un rôle important dans la stabilité des sols. Le pyroséquençage pour les ARNr 16S à partir de l'ADN total extrait des sols des échantillons de sable peut donner des renseignements clés sur la structure des communautés bactériennes qui les composent. Dans cette étude, la diversité et la structure des communautés bactériennes de la surface du sol des déserts des l'États de l'Utah et du Maine ont été mises en évidence. Nous avons mise en œuvre une procédure permettant l'analyse des séquences de l'ADNr 16S en combinant des outils préexistants dédiés à la métagénomique. Ainsi, des corrélations entre certains facteurs environnementaux et la diversité bactérienne dans les deux déserts, ont pu être établis.Le désert du Maine situé dans le nord-est Etats-Unis est une étendue de boue glaciaire, entourée par une forêt de pins. Le sol de ce désert possède les caractéristiques d'on sable avec de très faibles capacités de rétention d'eau, d'une rétention des éléments nutritifs, ainsi qu'une valeur de pH relativement faible (pH 5,09). Les échantillons provenant de ce site présentent donc des propriétés particulièrement intéressantes à étudier en lieu avec la diversité bactérienne. Deux échantillons de sable de la surface du désert du Maine ont été obtenus, et le pyroséquençage des gènes d'ADNr 16S obtenus après amplification par PCR à partir de l'ADN total extrait a été utilisé pour évaluer la diversité bactérienne, la structure de la communauté bactérienne et l'abondance relative des principaux taxons. Nous avons observé que les échantillons de sol provenant du désert du Maine présentent une diversité bactérienne singulière, avec une prédominance de Proteobacteria et Actinobacteria. Les bactéries du genre le plus abondant, Acidiphilium, représentent 12,5% du total des séquences d'ADNr 16S. Au total, 1 394 OTU ont été comptabilisées. En comparant les résultats de notre population bactérienne avec des études portant sur des sols avec caractéristiques similaires, nous avons constaté que les échantillons du Maine contiennent une faible diversité du phylum Acidobacteria que les sols acides des certains forêts, et moins de Firmicutes ainsi que plus de Proteobacteria que les sols des déserts oligotrophes.Le Désert de l'Utah présente des caractéristiques géographiques qui ressemblent à Mars. En effet il est caractérisé par la présence de collines de couleur rouge et de sols constitués de grès. Les sites d'échantillonnage couvrent le Gobblin Valley State Park et autour, notamment sur le plateau du Colorado. Avec des approches similaires à ceux utilisés pour le désert du Maine, des corrélations entre facteurs environnementaux (paramètres physico-chimiques) et diversité de structure des communautés bactériennes obtenus, ont été étudiés. Les phylums prédominants sont les Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes et Gemmatimonadetes. Les genres les plus abondants dans nos échantillons sont Cesiribacter, Lysobacter, Adhaeribacter, Microvirga et Pontibacter. Mais de façon notable, il semble que l'abondance relative des Alphaproteobacteria et des Gemmatimonadetes est significativement corrélée aux certains facteurs environnementaux des sols, par exemple de pH et des concentration des matières organiques
Composition et fonctionnement d'une communauté microbienne au sein d'un drainage minier acide : approches culturales et fonctionnelles by François Delavat( )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le drainage minier acide de Carnoulès est caractérisé par un pH très acide et une forte concentration en métaux et en arsenic. Par différentes approches moléculaires, des études précédentes ont montré une faible biodiversité et ont permis d'établir un modèle de fonctionnement de la communauté bactérienne. Le but de ce travail de thèse a été de préciser la composition et le fonctionnement de cette communauté bactérienne, en utilisant pour cela des approches culturales et fonctionnelles, en se focalisant particulièrement sur le recyclage de la matière organique. L'élaboration de différents milieux a permis l'isolement de 49 souches bactériennes appartenant à 19 genres, augmentant ainsi de 10 % la diversité bactérienne détectée à Carnoulès par rapport aux approches métagénomiques précédentes. Parmi les 19 genres, 3 sont nouveaux dont un, inféodé aux écosystèmes acides, a été caractérisé taxonomiquement et dénommé Acidiminas carnoulesii. La capacité de l'isolat Q8 appartenant au genre Paenibacillus à dégrader I'amidon et la xylane, dans de larges gammes de pH et de concentrations en arsenic, a permis d'attribuer à Paenibacillus un rôle dans la résilience de la communauté pour ces fonctions. Un criblage fonctionnel de I'ADN de Q8 dans Escherichia coli apermis d'isoler les gènes codant les protéines de dégradation de ces polymères. Par ailleurs, un criblage de 80000 clones de la banque d'ADN métagénomique de Carnoulès a permis la détection de 28 clones positifs pour l'activité amylolytique. Deux protéines ne présentant aucune similarité de séquence avec des amylases connues ont été caractérisées in vitro, confirmant leurs activités amylolyiques et démontrant que la bioprospection dans des sites a priori incongrus, autorise des découvertes insoupçonnées. Ces travaux ont ainsi permis de montrer que les approches culturales et fonctionnelles apportent des informations nouvelles par rapport à celles obtenues par les approches moléculaires. La complémentarité de ces approches est vérifiée, et elle apparaît indispensable dans l'analyse de la complexité des écosystèmes. Cependant, la compréhension de leur fonctionnement exigera des efforts redoublés
Arsenic oxidation of Cenibacterium arsenoxidans Potential application in bioremediation of arsenic contaminated water by Diliana Dancheva Simeonova( )

1 edition published in 2004 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Étude de la survie de contaminants bactériens modèles d'origine industrielle, isolés d'environnements oligotrophes, et élaboration de milieux synthétiques permettant leur croissance by Antoine Gillmann( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La mise au point de milieux de culture permettant de mettre en évidence rapidement et de manière reproductible des micro-organismes exigeants représenterait une évolution significative dans le contrôle des produits et procédés industriels. Deux milieux de culture synthétiques ont été élaborés pour répondre à ce besoin. Le développement des milieux de culture a été réalisé en combinant l'analyse de composés nutritionnels à l'étude de certains métabolismes bactériens. Les formulations des milieux de culture obtenues permettent ainsi la croissance de micro-organismes aux exigences nutritionnelles très variées comme ceux fréquemment isolés dans l'eau industrielle. En parallèle, des expériences sur des biofilms multi-espèces, utilisant des bactéries isolées de systèmes d'eau industrielle, ont permis d'observer que la survie des bactéries en milieu pauvre en nutriments, est dépendante d'interactions coopératives, basées sur le « swarming » et le « hitchhiking »
Diversité des mécanismes d'oxydo-réduction de l'arsenic chez les bactéries des souches cultivables aux communautés by Audrey Heinrich-Salmeron( )

1 edition published in 2010 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Microorganisms are found in several environments from the friendliest to the most extreme such as arsenical environment as french mining sites of Carnoules, Salsigne or Sainte-Marie-aux-Mines. Some of them are involved in arsenic biochemical cycle and play a crucial role in its mobilization/immobilization and thus in its biodisponibility. These bacteria contain arsenite oxidase (coded by aox genes) catalyzing the oxidation of As III in As V. This oxidation constitutes the first arsenical environment detoxification stage. The aim of this work is the study of the diversity of bacterial arsenic oxido-reduction mechanisms. This study focuses on the diversity of aoxB genes from isolated strains or complex communities. Physiological characterizations of three strains have been first realized on Pseudomonas S11, Leptothrix S1.1 and Thiomonas 3As. A genetic approach supplements the physiological data of Thiomonas 3As. Particular arsenite oxidases demonstrating a high or a constitutive arsenite oxidase activity have been highlighted. In a second time AoxB sequences analyses from cultivable bacteria or bacterial communities have underlined a sequence variability and allowed to consider aoxB gene as molecular marker for aerobic arsenite oxidizing strains. Lastly an environmental genomic approach on bacterial community from Carnoulès mining site allowed to decipher the bacterial trophic interactions and the key role of the arsenite oxidizing strain Thiomonas sp. in this study site
Analyse génétique et moléculaire de stress arsenic de souches bactériennes isolées d'environnements contaminés par l'arsenic by Daniel Muller( )

1 edition published in 2007 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Arsenic is ubiquitous in the biosphere and frequently reported as an environmental pollutant. Many studies have shown that arsenic is cytotoxic at micromolar concentrations. Bacteria overcome the toxic effects of arsenic by either reducing arsenate (As[V]) to As[III], which is actively exported (ars operon), or by oxidizing As[III] to the lesser toxic form As[V]. In a first part, the effects of arsenic stress on the arsenic oxidizing ß-proteobacterial strain C. arsenoxidans were studied. More than 4000 mutants were generated by random insertion of the lacZ-based reporter gene transposon Tn5lacZ2. Increased gene expression in the presence of As[III] was observed in twenty-two mutants. Two were deficient in As[III] oxidation. Sequence analysis of the DNA flanking the inserted transposon insertions allowed us to characterise for the first time two adjacent genes coding the two subunit of the arsenite oxidase, named aoxA and aoxB, organised in an operonic structure. Phylogenetic analysis for the two constituent subunits of the arsenite oxidase indicate an early origin of this enzyme, before the divergence of Archaea and Bacteria. In a second part, the global response to arsenic stress was studied by combining a proteomic approach with the mutants analysis. Twenty-two proteins and sixteen genes were identified as differentially expressed in cells grown in the presence of As[III]. We identified genes and proteins belonging to various functional classes including information and regulation pathways, intermediary metabolism, cell envelope and cellular processes. Moreover, the presence of As[V] reduction mechanisms in a As[III] oxidizing bacteria was shown for the first time.Our results suggest that the adaptation of C. arsenoxidans to an arsenic-contaminated environment is not limited to transformation of arsenic species, but is rather pleiotropic, since a great variety of biological effects were involved
Sequencing and functional analysis of cT-DNAs in Nicotiana by Ke Chen( )

1 edition published in 2016 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The bacterium Agrobacterium tumefaciens is well-known for its utilisation in plant genetic engineering where it serves as a gene vector. This bacterium and the related species Agrobacterium rhizogenes are phytopathogens that induce tumors and hairy roots respectively on susceptible plants like grapevine or fruit trees. Their phytopathogenicity is due to horizontal transfer of bacterial genes to the plant host, from a plasmid called the Ti (tumor-inducing) or Ri (root-inducing) plasmid. The subject of my Thesis concerns two particular aspects of this bacterium.1. Their capacity to stably transform several plant species in nature, thereby yielding naturally transformed plants, especially in the genus Nicotiana. We have shown by deep sequencing of the Nicotiana tomentosiformis genome and by analysis of other recently published Nicotiana sequences the presence of five different Agrobacterium-derived sequences (cT-DNAs), totalling 65 kb, some of which carry intact genes. We have shown that two of them (TB-mas2' from N. tabacum and TE-6b from N. otophora) have biological activity. A detailed comparative study has allowed us to better understand the evolution of these cT-DNAs (Chen et al., 2014). The mas2' gene is well-known, it codes for the synthesis of desoxyfructosyl-glutamine (DFG) in tumors or roots induced by Agrobacterium. Recent work in our group has shown that the TB-mas2' gene is highly expressed in some N. tabacum cultivars and leads to the accumulation of detectable amounts of DFG. This work is presented as a manuscript to be submitted.2. A second part of the Thesis describes new properties of the T-6b gene, which is part of the DNA transferred by A. vitis strain Tm4 and leads to abnormal growth caracterized by the appearance of enations, so far the mode of action of this gene is unknown. The 6b gene is part of the so called plast family (for phenotypic plasticity), with different and often remarkable growth effects on plants. The T-6b gene wasearlier placed under control of a dexamethasone-inducible promoter, and tobacco plants transformed with this construct have now been studied in detail, at different times after the start of induction. A large number of changes was analyzed, both at the morphological and anatomical level, these include various unprecedented morphological changes, like for example the appearance of shoot primordia at the base of trichomes, or the appearance of ectopic vascular strands parallel to the normal strands with a regular development leading to complex but predictable structures (Chen and Otten, 2015). The TE-6b gene from N. otophora was placed under strong and constitutive promoter control and introduced into tobacco, where it was found to cause new types of morphological change, different from those observed for T-6b. The latter results are preliminary and will be presented as a complement to the work on T-6b. They indicate that the introduction of the TE-6b gene in the N. otophora ancestor could have caused a change in growth pattern, and might have favored the appearance of a new species
Analysing the effect of industrial and urban polluted zones on microbial diversity in the SaiGon -DongNai river system (Vietnam) by Thi Tuyet Nga Nguyen( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The SaiGon-DongNai (SG-DN)river system is the most important major water source for all twelve Southern Vietnam cities and provinces and is now dramatically polluted by industrial and living activities, giving “a threat” to the lives of millions people sharing this water source. The Ministry of Natural Resources and Environment of Vietnam reported that the rivers received around 1.54 billion liters of waste water from 70 industrial parks per day, including 35 percent of untreated medical waste, and tests since 2006 have found pollution in this river has increased to “serious levels”, an especially high concentration of organic toxic substances. Until now, there is no data on the microbial diversity in SG-DN river system especially in the sediments, where most of the microbial biomass is generally located. The sediment samples were collected in 13 locations across the rivers representing warning polluted locations done by Mr. Nguyen Thanh Hung of the National Water Qualifying in SG-DN river system. In order to characterize the microbial populations present at our chosen sites, the total DNA from the environmental samples were extracted and amplified at the V3 to V1 regions of the 16S rDNA. The study revealed that microbial population changed from upstream to downstream at the phylum, genus and OTUs levels after running through the industrial and dense population zone. Moreover, the canals of the SG-DN river catchment are heavily polluted with high concentrations of organic compounds (PAHs) and possessed different bacterial communities compared to the samples from the rivers
Décontamination photocatalytique d'un bioaérosol contaminé par Legionella pneumophila et autres agents biologiques contribution à la conception de photoréacteurs de décontamination de l'air by Sébastien Josset( )

1 edition published in 2008 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le traitement de l'air au niveau biologique est devenu depuis quelques décennies une nécessité de santé publique et un enjeu économique de premier plan. La découverte en 1985 des propriétés bactéricides du TiO2 illuminé par des UV a lancé une nouvelle voie de décontamination dont l'efficacité a été prouvée en phase aqueuse sur une grande variété de microorganismes, incluant des spores, des bactéries et des virus. L'un des objectifs de cette thèse a consisté en la mise au point de photoréacteurs capables de traiter des bioaérosols malgré des temps de passage très courts, et sans engendrer de pertes de charges notables. Pour ce faire, plusieurs géométries, ainsi qu'un garnissage alvéolaire tridimensionnel, ont été proposés et testés sur différents microorganismes. Il a pu être montré que les dispositifs photocatalytiques étaient parfaitement capables de traiter des effluents contaminés à haut débits, mais aussi de mettre en évidence que les limitations étaient d'ordre aérodynamique
Étude des populations bactériennes des écosystèmes des sols oligotrophes en utilisant des technologies de séquençage à haut débit by Jorge Osman Naoum( )

1 edition published in 2016 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

“What microbes are where, and how do they live there” is now an essential question to understand life on Earth, even when comparing seemingly similar ecosystems in different locations. Soil bacterial populations are known to play important roles in biogeochemical cycles, soil maintenance, climatic effects and agriculture. I used pyrosequencing of PCR amplified 16S rDNA from total extracted DNA in order to reveal the bacterial populations living in four different unusual and oligotrophic environments: A. Saline areas are widely distributed on Earth's and are represented by both saline lakes and saline soils. We examined the bacterial composition of estuary sediments, brackish and sandy soil samples from the Camargue region (Rhône delta in southern France) sampled in two consecutive years. Members belonging to the Proteobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Firmicutes, Acidobacteria and Actinobacteria phyla were found principally in saline sediment and soil samples. We found that members from these phyla were associated principally to halophilic bacteria, sulphate reducing bacteria (SRB), nitrate reducing bacteria and coliforms, and that their varying proportions were likely affected by salinity and geographical location. B. Bacterial populations associated with the rhizosphere of plants are known to play essential roles in biogeochemical cycles, plant nutrition and disease biocontrol. We examined the bacterial populations of the rhizosphere of rice (Oryza sativa) growing in the Camargue region in 2013 and 2014. The most abundant bacterial populations were found to be members belonging to the Proteobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi and Gemmatimonadetes phyla. The genera members belong these phyla were found to participate in soil biogeochemical processes such as nitrification, denitrification, oxidation, as well as act as biocontrol agents. The bacterial populations were found to significantly vary by geographical location as well by year of collection. C. We examined the surface soils from “Padza de Dapani” on the island of Mayotte off the east coast of Africa, as this region is not a true (hot) desert, but resembles one due to extensive soil erosion. In the acidic, oligotrophic and mineralized soil samples from Mayotte, members of the Actinobacteria, Proteobacteria and Acidobacteria phyla dominated the bacterial populations. Interestingly, members of the genera Acinetobacter, Arthrobacter, Burkholderia and Bacillus were found to be predominant in our samples, as is also observed in hot (Asian) deserts and may play roles in soil mineral weathering, thus helping to understand desertification processes. D. Earth's arid regions comprise >30% of the continental surface and the oligotrophic soils are subjected to harsh environmental factors such as low average annual rainfall, high UV exposure and large temperature fluctuations. We examined the bacterial populations present in the rhizosphere of pioneer plants and surface soils in the Jizan desert of Saudi Arabia. The most abundant bacterial phyla belonged to the Bacteroidetes, Proteobacteria and Firmicutes phyla that were different between the rhizosphere of plant versus these from surface sand, with the exception of the plant “Panicum Turgidum”, which contain in its rhizosphere high proportions (70%) of members belonging to the Flavobacterium genus
 
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