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École doctorale Cancérologie : biologie-médecine-santé (Villejuif, Val-de-Marne / 2015-....).

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Works: 145 works in 145 publications in 2 languages and 147 library holdings
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Most widely held works by Val-de-Marne / 2015-....) École doctorale Cancérologie : biologie-médecine-santé (Villejuif
Dosimétrie des émetteurs bêta à l'échelle tissulaire et cellulaire par méthode de Monte-Carlo by Jérémy Coulot( )

in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Internal dosimetry is necessary both for radiation protection and for therapy. To calculate the dose, the physicist uses different dosimetric tools, including mathematical phantoms and algorithm, and a reference formalism, provided in part by the Medical Internal Radiation Dose (MIRD) comity. However, these tools are limited when focusing on beta emitters, particularly when they are heterogeneously distributed in tissues. Although many studies have been performed to assess the dosimetric consequences of such heterogeneity at the tissue and cellular level, there is a lack of tools as general as those developed at the organ level. In the present work, we established a global method to solve these problems, based on the Monte Carlo method. First, we adapted and validated at the required length scales a Monte Carlo particle transport code written at the Institut Gustave-Roussy (DOSE3D). Then, we developed a software dedicated to the mathematical description of biological structures, CLUSTER3D. These tools allowed us to define a mathematical model of the follicular structure of the thyroid gland, and to investigate the dosimetric consequences of a heterogeneous distribution of radioiodine isotopes in the thyroid. Finally, we present the study of the biological distribution of a radiolabeled monoclonal antibody (⁹⁰Y-Zevalin™), using digital autoradiography. Results represent the first mandatory step of a dosimetric study which will allows, using the developed tools, a better understanding of radioimmunotherapy treatments consequences
Genetic Susceptibility and Molecular Characterization of Glioma by Karim Labreche( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les gliomes constituent les plus fréquentes des tumeurs malignes primaires du système nerveux central. Les liens qui existent entre ces tumeurs et un certain nombre de cancers rares héréditaires, comme les Neurofibromatoses I et II ou les syndromes de Turcot et de Li-Fraumeni, attestent d'une prédisposition génétique aux gliomes. L'observation d'un risque deux fois plus élevé de développer un gliome chez les parents de premier degré de patients atteints suggère aussi une possible prédisposition génétique dans les gliomes sporadiques. Par ailleurs, l'analyse à haut débit permet de préciser le profil somatique des gliomes et d'identifier des biomarqueurs pronostiques voire prédictifs et s'inscrire dans une démarche de traitement personnalisé du patient. Durant ma thèse, je me suis focalisé sur deux axes de recherches complémentaires; l'identification de gènes de susceptibilité et la découverte de nouveaux gènes fréquemment mutés dans les gliomes, afin de déterminer les voies de signalisation contribuant à la gliomagenèse. Dans leur ensemble, les résultats obtenus dans cette thèse apportent non seulement des informations importantes sur la nature de la prédisposition génétique aux gliomes mais également de son association spécifique pour les différents sous-types de tumeurs. La découverte d'un nouveau gène muté, offre la perspective à plus long terme d'un traitement personnalisé pour chaque patient sur la base du profil génétique de sa tumeur
Etude d'une enzyme de déubiquitination comme cible thérapeutique dans le Médulloblastome avec une activation de la voie Sonic Hedgehog by Sara Maria Cigna( )

1 edition published in 2016 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Medulloblastoma (MB) is the most common malignant tumor of the nervous system in children. Among the four molecular subgroups of MB, we focus on the one characterized by the activation of the Sonic Hedgehog pathway (SHH). In this subgroup, the degradation of the transcription factor Atoh1 through the proteasome prevents proliferation of medulloblastoma cells in vivo, which makes Atoh1 a potential therapeutic target in the SHH MB subgroup. In this context, using an Atoh1 purification approach followed by Mudpit (Multidimensional Protein Identification Technology) analysis, we discovered a new Atoh1 partner belonging to the ubiquitin-proteasome system (UPS). This protein is a deubiquitinating enzyme (DUB) that cleaves the polyubiquitin chains from its substrates and thus inhibits their degradation via the proteasome.During my PhD, I first confirmed the physical and functional interaction between Atoh1 and the DUB enzyme. In addition, in order to investigate its role in SHH MB, we validated that its knockdown induces Atoh1 degradation and tumor growth arrest in vivo. In parallel, our results show that its pharmacological inhibition triggers Atoh1 degradation in vitro, followed by an inhibition of MB proliferation, and regulates negatively tumor progression in vivo.Altogether, this present work allowed the identification of a new molecular mechanism that defines the transcription factor Atoh1 as new therapeutic strategy to treat SHH MB patients
Modélisation de la leucémie myelomonocytaire chronique par reprogrammation de cellules de patients. by Allan Beke( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC) est une hémopathie myéloïde rare attribuée à l'accumulation d'évènements génétiques et épigénétiques dans une cellule souche ou progénitrice hématopoïétique. Les altérations génétiques somatiques récurrentes qui caractérisent cette maladie ont été identifiées: elles associent des altérations cytogénétiques non spécifiques chez 30% des patients et des mutations des gènes de la régulation épigénétique, de l'épissage, de la signalisation et de la transcription. Si certaines mutations influencent le phénotype (les mutations de RUNX1 génèrent une thrombopénie, celles de la signalisation une maladie proliférative, celles de KIT une mastocytose), elles ne sauraient résumer à elles seules l'expression phénotypique de la maladie. D'ailleurs, les médicaments hypométhylants restaurent une hématopoïèse équilibrée en modifiant le contexte épigénétique des cellules malades sans les éliminer. Il n'existe pas de lignée cellulaire de LMMC et les modèles murins n'en récapitulent que très partiellement les caractéristiques. L'objectif de mon travail de thèse a été de générer des cellules modélisant la maladie. J'ai transformé les cellules CD34+ de 2 patients en clones de cellules souches induites reprogrammées. Les clones obtenus à partir de l'un des patients ont été écartés du fait d'altérations génétiques supplémentaires acquises lors de la reprogrammation. Nous avons focalisé nos travaux sur 5 clones établis à partir des cellules CD34+ de l'autre patient et de 5 clones établis à partir de cellules CD34+ de deux sujets sains. Nous avons capturé 2 étapes de l'évolution moléculaire du clone, sans puis avec mutation KRASV12G. La différenciation hématopoïétique de ces clones en milieu semi-solide ou liquide récapitule les principales caractéristiques phénotypiques de la maladie. Par édition de gènes, nous avons ajouté dans certains clones la mutation SRSF2P95H observée dans les cellules de 50% des patients atteints de LMMC mais absente des cellules de la patiente étudiée. Nous montrons que l'hétérogénéité fonctionnelle et épigénétique des clones obtenus dépasse la seule hétérogénéité génétique et que la decitabine, un agent hypométhylant, a un effet cytotoxique faible mais améliorer l'équilibre de la production des cellules hématopoïétiques matures par des cellules génétiquement altérées
Conséquences cellulaires de la formation de translocations chromosomiques : le modèle du lymphome anaplasique à grandes cellules (ALCL) by Marion Piganeau( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les translocations chromosomiques sont des événements cellulaires rares signatures de nombreux cancers, pouvant mener à l'expression de nouveaux gènes de fusion oncogènes ou à la dérégulation d'un oncogène existant. Cependant, le lien direct entre la formation de translocations et la tumorigenèse n'est pas toujours bien établi. Jusqu'à présent, la modélisation de translocations se limitait principalement à la surexpression du gène de fusion créé. Pour mieux comprendre leur contribution à l'oncogenèse, nous avons développé une nouvelle méthode pour induire des translocations oncogéniques de novo, afin de recréer plus fidèlement les premières étapes de la transformation cellulaire.Pour cela, nous nous appuyons sur la technologie des nucléases artificielles telles que les nucléases à doigt de zinc, les TALEN (TALE Nucleases) et le système CRISPR/Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats) pour générer des cassures ciblées de l'ADN et induire la formation de remaniements chromosomiques. Nous nous sommes particulièrement concentrés sur l'induction de la translocation modèle t(2;5)(p23;q32) et du gène de fusion NPM-ALK, associés au Lymphome Anaplasique à Grandes Cellules (ALCL), dans divers modèles cellulaires. Nous avons ainsi mis en évidence des propriétés oncogéniques du gène de fusion NPM-ALK exprimé sous son promoteur endogène suite à la formation du réarrangement chromosomique. Cependant, l'induction de la translocation dans des lymphocytes T primaires suggère que cet événement ne suffit pas à lui seul à initier l'oncogenèse, et nécessite probablement un contexte génétique ou épigénétique favorable
Apport du séquençage d'exomes constitutionnels dans l'identification de nouveaux gènes de prédisposition aux cancers, sarcomes et mélanomes pédiatriques. by Fanélie Jouenne( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The aim of this thesis was to identify by sequencing of exomes new predisposing genes in 2 rare pathologies whose etiology is not well known.The first project involved a family with 3 cases of sarcomas, without mutation of TP53 gene. We identified a pathogenic mutation of the CDKN2A gene, in the 3 cases. Since CDKN2A gene is the major melanoma predisposing gene, we have searched in 3 different collections, sarcoma cases link to CDKN2A mutations. In total, we have identified 8 independent sarcomas cases, carrying a germline mutation of the CDKN2A gene and showed a loss of heterozygosity at the site of the constitutional mutation of CDKN2A in 5/7 cases, thus proving a complete loss of function. Since sarcomas are rare in carriers of CDKN2A mutations, we looked for potential modifying rare variants, by sequencing constitutional exomes of the 8 index cases, and identified 3 variants of the PDGFRA gene. Modeling studies have shown that 2 of these variants could have an impact on the structure of the extracellular domain of the PDGFRA protein. We have thus demonstrated that the CDKN2A gene can predispose to sarcomas and identified PDGFRA as a potential modifier gene. In the second project, we worked on childhood melanomas, of sporadic appearance. Our working hypothesis was that these melanomas occur as a result of a de novo genetic accident. We analyzed constitutional exomes of 41 trios (affected child and his 2 healthy parents). Our bioinformatics analyzes identified the existence of de novo post-zygotic mutations of genes involved in neural crest development or cancer, in 5 cases. More complete analyzes of tumor exomes are underway, as well as functional studies of genes and their mutations, in a chick embryo model.This work improves the understanding of molecular and cellular mechanisms that are deregulated in these diseases, thus opening up new therapeutic perspectives
Role of Confinement on Clathrin-mediated Endocytosis by Dahiana Le devedec( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'endocytose dépendante de la clathrine (EDC) est la principale voie d'internalisation des récepteurs de surface et de leurs ligands. L'internalisation se fait suite à l'invagination de la membrane plasmique vers l'intérieur de la cellule suite à la formation, dans un premier temps, de puits recouverts de clathrine (PRCs) qui bourgeonnent ensuite en vésicules recouvertes de clathrine dans le cytosol. L'EDC est un processus très dynamique qui a lieu en l'espace de 30 sec-1mn. Elle est impliquée dans de multiples fonctions et permet ainsi à la cellule de réguler l'expression de ses protéines en surface, de répondre aux signaux de prolifération ou migration envoyés par l'environnement immédiat via l'activation de voies de signalisation spécifiques ou encore de réguler le renouvellement des composants de la membrane plasmique. De par son importance, des dérégulations de l'endocytose dépendante de la clathrine ont déjà été observées dans les cancers. Ces modifications peuvent impliquer directement l'EDC en modifiant ses composants ou indirectement lors d'altérations de récepteurs régulés par celle-ci. La progression tumorale est elle-même régulée par de multiples facteurs, notamment l'accumulation de mutations qui ont des conséquences sur les cellules cancéreuses elle-même ou bien sur l'environnement immédiat, formant ainsi la « niche tumorale ». Ces changements agissent réciproquement sur la progression tumorale afin de l'amplifier. Lors de la croissance tumorale, les cellules cancéreuses recrutent des fibroblastes qui vont participer au remodelage et à l'augmentation de la rigidité autour de la tumeur. La rigidité de la matrice extracellulaire est détectée par les cellules ce qui envoie des signaux déclencheurs de prolifération et de migration en conséquence. Cette détection passe essentiellement par les intégrines à la surface membranaire qui vont s'agréger et induire des cascades de signalisation impliquées dans ces réponses. Ces intégrines peuvent se regrouper dans deux types de structures, les adhésions focales et les structures recouvertes de clathrine. En ce qui concerne ces dernières, il a été démontré précédemment que la rigidité du substrat augmente sa force d'interaction avec les intégrines, et empêche ainsi l'internalisation des vésicules recouvertes de clathrine, on parle alors d' « endocytose frustrée ». Cette rétention des structures recouvertes de clathrine à la surface provoque une signalisation soutenue à la surface au lieu de l'arrêter par dégradation ultérieure des récepteurs dans les lysosomes. Le laboratoire a démontré que les structures de clathrine frustrées capturent ainsi différent récepteurs conduisant à une signalisation accrue dans la voie de la MAP Kinase Erk. Mon projet de thèse repose sur ces observations en s'intéressant plus particulièrement au rôle d'une autre modification induite par la croissance tumorale, le confinement. En effet, en se multipliant de manière incontrôlée dans un environnement spatialement restreint, les cellules tumorales se retrouvent soumises à des forces de compression. Les résultats mis en évidence au cours de ma thèse ont montré que le confinement provoque, comme la rigidité, une frustration des structures de clathrine qui ne sont donc plus capables de soutenir l'endocytose des récepteurs. De plus, la compression cellulaire induit le clivage d'un pro-ligand de l'EGFR, le HB-EGF, ce qui conduit à l'activation paracrine de l'EGFR et à l'activation de la voie Erk. En effet, l'absence de facteurs de croissance dans le milieu ainsi que l'inhibition de ce clivage démontrent la nécessité de la mise en place de ce mécanisme. En résumé, le confinement induit le clivage du pro-ligand HB-EGF, qui à son tour va activer le récepteur à l'EGF. En parallèle, l'endocytose est ralentie et provoque une signalisation accrue à la membrane. Ces deux évènements coopèrent pour mener à une très forte activation de la voie Erk
Analyse intégrative de données génomiques et pharmacologiques pour une meilleure prédiction de la réponse aux médicaments anti-cancer by Yu Fu( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Integrated analysis of genomic and pharmacological data to better predict the response to targeted therapiesThe use of targeted therapies in the context of cancer personalized medicine has shown great improvement of patients' treatment in different cancer types. However, while the therapeutic decision is based on a single molecular alteration (for example a mutation or a gene copy number change), tumors will show different degrees of response. In this thesis, we demonstrate that a therapeutic decision based on a unique alteration is not optimal and we propose a mathematical model integrating genomic and pharmacological data to identify new single predictive biomarkers as well as combinations of biomarkers of therapy response. The model was trained using two public large-scale cell line data sets (the Genomics of Drug Sensitivity in Cancer, GDSC and the Cancer Cell Line Encyclopedia, CCLE) and validated with cell line and clinical data. Additionally, we also developed a new method for improving the detection of somatic mutations using whole exome sequencing data and propose a new tool, cmDetect, freely available to the scientific community
Division of Labor Between Distinct Human Plasmacytoid Dendritic Cell Subsets Following Viral Activation by Solana Alculumbre( )

1 edition published in 2015 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Implication de la protéine suppresseur de tumeurs p53 dans la mort cellulaire induite par les lymphocytes T cytotoxiques et les cellules NK : rôle dans la régulation de l'apoptose dépendante du granzyme B by Thouraya Ben Safta( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les lymphocytes T cytotoxiques (CTL) et les cellules tueuses naturelles (NK) éliminent leurs cellules cibles tumorales grâce à l'exocytose et à la libération du contenu des granules cytotoxiques contenant une protéine formant des pores, appelée perforine (PFN), et une famille de serine-protéases induisant la mort cellulaire, appelés granzymes (Gzms). Ces Gzms, pénètrent dans les cellules cibles de manière dépendante de la PFN et activent diverses voies de signalisation apoptotiques aboutissant à la mort de la cellule cible. Au cours de ce travail, nous avons étudié le rôle de la protéine suppresseur de tumeurs p53 dans la cascade moléculaire conduisant à l'apoptose induite par les effecteurs cytotoxiques via la voie PFN/Granzyme B (GzmB). Nous avons ainsi pu montrer qu'en réponse au GzmB ou à des effecteurs cytotoxiques, la forme sauvage de p53 s'accumule dans les cellules cibles au niveau des mitochondries afin d'interagir avec la protéine anti-apoptotique Bcl-2 et de réguler positivement la perméabilisation de la membrane mitochondriale externe induite par le GzmB. L'activité non transcriptionelle de p53 au niveau des mitochondries joue donc un rôle clé dans le contrôle de l'apoptose induite par les CTL et les NK (Ben Safta et al. J Immunol 2015). Etant donné que le gène TP53 est muté dans plus de 50% des tumeurs humaines, nous avons également cherché à déterminer si la restauration d'une p53 sauvage dans des cellules tumorales portant une p53 non fonctionnelle pourrait potentialiser la réponse cytotoxique antitumorale. Nos résultats montrent qu'effectivement, la réactivation pharmacologique de l'activité sauvage de p53 dans une lignée d'adénocarcinome mammaire possédant une p53 mutée sensibilise ces cellules tumorales à la lyse induite par les cellules NK via l'activation d'un processus d'autophagie et d'une cascade d'événements moléculaires qui sont en cours d'identification
Développement et caractérisation de modèles vitro et vivo de cancers pédiatriques infiltrant du tronc cérébral (DIPG) by Alexandre Plessier( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les gliomes infiltrants du tronc cérébral (DIPG) sont les gliomes pédiatriques les plus agressifs. Leur localisation dans le pont de Varole et leur caractère infiltrant les rendent inopérables. Le manque de matériel biologique et l'absence de modèles pertinents ont longtemps freiné le développement de nouvelles thérapies. Le séquençage du génome entier de ces tumeurs a identifié la substitution K27M des gènes d'histone HIST1H3B/C et H3F3A comme mutation somatique initiatrice des DIPG. Bien que partageant la mutation sur le même résidu, notre laboratoire a montré que les tumeurs mutées dans le gène codant H3.1 ou H3.3 définissent des sous-groupes de DIPG avec des programmes oncogéniques, propriétés d'invasion et survies différents.Dans ce contexte, le premier objectif de ma thèse a consisté à développer des modèles in vitro et in vivo pertinents de la maladie. Pour ce faire, nous avons dissocié des biopsies fraiches de DIPG naïves de tout traitement et avons, de manière systématique, mis en culture une moitié de la suspension dans du milieu sans sérum pour permettre l'expansion de cellules souches de gliomes (GSC). En parallèle, l'autre moitié a été directement injectée par stéréotaxie dans le cerveau de souris immunodéprimées, pour obtenir des modèles de xénogreffes dérivés de patients (PDX). De plus, nous avons obtenu un second type de modèle in vivo de DIPG à partir des cellules tumorales en culture greffées dans le tronc par stéréotaxie (CDX). Au préalable, les GSC ont été modifiées pour exprimer de manière stable la protéine fluorescente mKate2 et l'enzyme Luciférase, permettant le suivi longitudinal de la croissance tumorale. Nous avons pu générer des GSCs issues de 26 patients différents mutées dans le gène codant H3.1 ou H3.3 et qui maintiennent leurs propriétés de cellules souches in vitro. De plus, nous avons généré 8 modèles PDX et 6 modèles CDX développant des tumeurs infiltrantes et présentant les mêmes symptômes neurologiques que les patients. Conformément aux données cliniques, nos modèles in vivo mutés H3.3 ont développé des tumeurs infiltrant le parenchyme plus rapidement que les modèles H3.1. En somme, ces résultats indiquent que nous avons réussi à générer des modèles de DIPG à partir d'échantillons naïfs de tout traitement, et qui récapitulent les aspects cliniques et moléculaires de ce cancer.Nous avons ensuite profité des modèles GSCs pour étudier les mécanismes moléculaires qui conduisent au phénotype invasif. Dans un premier temps, nous avons montré que l'expression de CXCR4, un récepteur de chimiokines, est corrélée à la capacité migratoire des GSC in vitro. Cependant, l'inhibition de CXCR4 par un antagoniste n'a montré d'efficacité que dans une partie des GSC testées, suggérant l'implication d'autres voies de signalisations dans leur motilité. Aussi, dans le but d'identifier de manière non biaisée de nouveaux mécanismes moléculaires impliqués dans la migration des GSC, nous avons analysé le profil transcriptomique de 13 GSC présentant une mutation K27M dans les gènes codant H3.1 ou H3.3 par séquençage de l'ARN. Nous avons ensuite sélectionné les gènes dont le niveau d'expression était corrélé à la vitesse de migration des différentes GSCs. Ainsi, nous avons découvert plusieurs candidats, parmi lesquels CXCL10, le ligand du récepteur aux chimiokines CXCR3, et SPSB4, une ubiquitine-ligase, qui sont surexprimés dans les tumeurs migrant rapidement. L'implication de ces 2 gènes dans la migration sera étudiée in vitro et in vivo dans des expériences de perte de fonction en utilisant des constructions exprimant des shARN inductibles.Au total, ce travail a permis le développement de modèles pertinents de DIPG qui récapitulent les caractéristiques de la tumeur dont ils dérivent et qui reflètent l'hétérogénéité interindividuelle observée chez les patients. De plus, cette étude a permis la découverte de nouveaux mécanismes moléculaires qui favorisent la migration de ces cellules tumorales très particulières
Evaluation préclinique d'une nouvelle stratégie de radiosensibilisation pharmacologique : l'inhibition des histones désacétylases by Sofia Rivera( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les résultats insuffisants de la radiochimiothérapie conventionnelle dans les cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) ont motivé l'évaluation d'une nouvelle stratégie de modulation pharmacologique de la radiosensibilité tumorale basée sur les modifications épigénétiques. Pour cela nous avons évalué la combinaison de la radiothérapie et d'un nouvel pan-inhibiteur des histones déacétylases (HDACi), l'abexinostat en préclinique in vitro et in vivo sur deux modèles de CBNPC puis en phase clinique précoce chez l'homme dans le cadre d'un essai de phase I. Nous avons d'abord montré que l'abexinostat augmente la radiosensibilité des cellules de CBNPC de manière dépendante de la séquence thérapeutique en normoxie et en hypoxie en augmentant l'apoptose caspase dépendante ainsi que les cassures doubles brins radio-induites et en réduisant la signalisation et la réparation de ces dommages de l'ADN. L'abexinostat potentialise également le retard de croissance tumorale induit par la radiothérapie in vivo dans des xénogreffes sous-cutanées de CBNPC avec un profil de toxicité acceptable. Nous avons également montré pour la première fois que la triple combinaison de radiothérapie, abexinostat et cisplatine potentialise le retard de croissance tumorale in vivo.Les premiers résultats in vitro et in vivo confortant le rationnel pour la combinaison abexinostat-radiothérapie nous avons réalisé étude de phase I exploratoire d'escalade de dose combinant l'abexinostat à la radiothérapie palliative hypofractionnée standard délivrant 30y en 10 fractions pour des tumeurs solides métastatiques. Parmi les 58 patients traités, d'âge médian 61 ans (20-82), on note 71% de stade M1 et 88% de patients ayant déjà reçu des traitements préalables par chimiothérapie et/ou radiothérapie et/ou chirurgie. La dose recommandée pour un essai de phase 2 que nous avons établie est de 90mg/m². Sur les 51 patients évaluables, on observe un taux de réponse globale de 7,8% (1 réponse complète (RC) et 3 réponses partielles (RP)) et un taux de réponse locorégionale de 11,8% (1 RC et 5 RP) avec un suivi médian de 16 semaines. Les patients présentant des lésions (cibles ou non) cérébrales ont présenté des taux de réponse encourageant avec notamment un patient en RC. Nous avons retrouvé peu d'effets secondaires de grade ≥3, les plus fréquents étant la thrombopénie (17,2%), la lymphopénie (12,1%) et l'hypokaliémie (6,9%). Au total, 6 patients (10%) ont interrompu leur traitement du fait des effets secondaires. Nous n'avons pas observé de prolongation de l'intervalle QTc de grade ≥3 et il n'y a pas eu d'interruption de traitement en rapport avec cet effet secondaire. Dans l'ensemble nos données in vitro et in vivo montrent une potentialisation de l'effet antitumoral par la combinaison d'abexinostat et radiothérapie. Chez les patients présentant des tumeurs solides avancées l'abexinostat oral en combinaison à la radiothérapie est bien toléré. Cette combinaison pourrait avoir un potentiel particulièrement intéressant dans le traitement des métastases cérébrales.De plus nos travaux précliniques suggèrent pour la première fois un effet prometteur d'une triple combinaison avec HDACi, cisplatine et radiothérapie qui justifie de plus amples investigations et pourrait guider de nouvelles stratégies thérapeutiques dans les CBNPC.Nos travaux s'inscrivent dans une stratégie de recherche translationnelle et montrent l'importance de la recherche préclinique pour les études d'association aux rayonnements ionisants. Seuls un développement préclinique rationnel et un développement clinique méthodique permettront l'émergence de combinaisons modulant la radiosensibilité tumorale de manière suffisamment efficace pour modifier nos standards de traitement et améliorer le pronostic de nos patients
Role de l'autophagie dans la réponse immunitaire anti-tumorale des cellules NK by Takouhie Mgrditchian( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

One of the major obstacles to define an efficient cancer immunotherapy protocol is the capacity of hypoxic tumor microenvironment to inhibit the host immune response. In line with this concept, we have shown that hypoxia impairs natural killer (NK) cell-mediated killing of cancer cells. This impairment was not related to a defect in NK cell function, but was strikingly dependent on the induction of the autophagic degradation process in hypoxic tumor cells. Genetic or pharmacological inhibition of autophagy restored NK-mediated killing of hypoxic tumor cells. . We have validated this concept in vivo by showing that targeting autophagy enhanced the NK-mediated regression of breast and melanoma tumors in mice. This regression was related to an increase in NK cells infiltrating autophagy defective tumor as demonstrated by immunohistochemistry staining of NK cells. The present project aims to investigate how autophagy inhibition increases tumor infiltration by NK cells leading to an improvement of NK-mediated anti-tumor immune response et to identify fectors which may be implicated in the infiltration of NK cells into the tumors
Etude du mécanisme d'action de l'interféron alpha dans les néoplasmes myéloprolifératifs classiques by Matthieu Mosca( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les néoplasmes myéloprolifératifs classiques sont des maladies clonales dues à des mutations acquises de JAK2V617F ou de la Calréticuline (CALRm) au niveau des cellules souches hématopoïétiques (CSH) et conduisant à une surproduction de cellules myéloïdes. L'interféron alpha (IFNa) est le seul traitement curatif qui induit une réponse hématologique et moléculaire. Le but de notre projet est de comprendre son mécanisme d'action en utilisant une cohorte de 47 patients, des lignées cellulaires et des modèles de souris JAK2V617F. Ainsi, nous avons constaté que l'IFNa cible plus rapidement les CSH que les cellules matures chez les patients JAK2V617F, ce qui semble différent des patients CALRm. Grâce aux lignées cellulaires et aux souris, nous avons montré que JAK2V617F induit une pré-activation des voies de l'IFNa et une inhibition du cycle cellulaire des CSH. La découverte complète de ce mécanisme d'action conduira à l'amélioration du traitement
Comprehensive Molecular and Clinical Characterization of Retinoblastoma by Meriem Sefta( )

1 edition published in 2015 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le rétinoblastome est un cancer pédiatrique rare de la rétine en cours de développement. Si dans les pays développés, le taux de survie avoisine 100%, une énucléation de l'oeil atteint est cependant nécessaire dans plus de 70% des cas.En 1971, Knudson émit l'hypothèse des deux “hits”, qui permit de comprendre que le rétinoblastome s'initie généralement après une perte bi-allélique du gène RB1. Cependant, les autres mécanismes moléculaires qui régissent ce cancer restent depuis peu connus. Par exemple, peu d'études génomiques ont été conduites. Ainsi, la nature de la cellule d'origine, ainsi que la présence ou non d'une hétérogénéité intertumorale, font encore débat. Dans cette étude, nous avons dressé un portrait génomique et clinique complet du rétinoblastome; plusieurs observations ont montré qu'il s'agit bien d'une maladie hétérogène, avec deux sous-types distincts. Nous avons d'abord identifié les deux sous-types avec à une approche couplant une analyse en composantes indépendantes (ACI) de transcriptomes tumoraux avec des marquages immunohistochimiques. Les rétinoblastomes du premier sous-type, dits “cone-like” expriment uniformément des marqueurs de cônes, tandis que ceux du second sous-type, dits “bivalent-type”, ont une forte hétérogénéité intratumorale, avec un enchevêtrement de zones de différenciation ganglionnaire ou cône. Grâce à une étude plus approfondie des transcriptomes et de données d'altérations génomiques, nous avons ensuite montré que les sous-types dépendent de voies de signalisation et d'oncogènes différents. Les bivalent-type ont notamment une présence quasi-systématique de gains de MDM4 ou d'amplifications de MYCN. Nous nous sommes ensuite tournés vers les méthylomes des rétinoblastomes, et constaté une forte hétérogénéité entre les sous-types. Nous avons décomposé cette hétérogénéité grâce à une ACI, et constaté qu'elle n'était pas liée uniquement à la différenciation cône ou ganglion. Nous avons ensuite étudié les données cliniques de la cohorte, et constaté que les sous-types avaient des âges au diagnostic et des formes de croissance différents, les tumeurs cone-like se developpant généralement chez des patients jeunes avec des tumeurs exophytiques, et les bivalent-type chez des patients plus âgés avec des tumeurs endophytiques. De plus, les patients avec des inactivations constitutionnelles du gène RB1 développent majoritairement des tumeurs cone-like; les cone-like s'initieraient donc plus tôt durant le développement de la rétine. Nous avons finalement séquencé les exomes de 74 paires tumeur-normal. Les rétinoblastomes avaient un taux de mutations extrêmement faible (0.1 mutations par mégabase), comme beaucoup de cancers pédiatriques. Nous avons identifié des mutations somatiques récurrentes dans RB1, BCOR et ARID1A. Ces gènes se trouvaient de plus dans des régions minimales de pertes chromosomiques. Surtout, les inactivations des deux gènes avaient souvent de fortes fréquences alléliques. Ceci indique que ces inactivations ont lieu précocément dans la tumorigénèse. En conclusion, notre étude a permis de dresser un premier portrait génomique complet du rétinoblastome, a révélé l'existence de deux sous-types distincts, ainsi que fourni des indices quant à la cellule d'origine de chaque sous-type, et les mécanismes moléculaires les régissant
Caractérisation phénotypique et fonctionnelle de sous-populations Natural Killer (NK) chez des patients atteints d'un cancer bronchique non à petites cellules et impact d'une vaccination avec des exosomes de cellules dendritiques (Dex) autologues by Mélinda Charrier( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Recently, immunotherapy has emerged as a new strategy in Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC) patients, confirming the key role of the immune system in this disease. Despite these new treatments (targeted therapies, immunotherapy), response rates remain low with a modest impact on overall survival. Biomarkers are needed to define the target population of these treatments. One of the options explored is the immune status; indeed the immune status of cancer patients has a prognosis impact and may influence the response to standard treatments such as chemotherapy, targeted therapies and even immunotherapy. Among the immune cells, Natural Killer cells (NK) have an effector role in NSCLC. It is now established that NK cells can promote a functional and efficient adaptive immunity. Therefore, an impaired NK functions could be a mechanism associated with the escape from adaptive immunity of the tumor. In our first study, we demonstrated that exosomes from dendritic cells stimulated NK cells through NKp30, this activity is being associated with improved survival in advanced NSCLC. Our second project has revealed, for the first time, a independent prognostic role of NCR3 transcript (NKp30 gene) for naïve advanced NSCLC. Activation of NK cells via NKp30 could be an effective strategy for immunomodulation in advanced NSCLC patients. These studies confirm a major role of NK cells in advanced NSCLC
Identification de la protéine chaperonne FKBP7 comme une nouvelle cible thérapeutique dans le cancer de la prostate résistant à la chimiothérapie by Marine Garrido( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Prostate cancer is the second cancer diagnosed among men worldwide. Beside approval of new therapies in the last five years, chemotherapeutic agents, docetaxel and cabazitaxel taxanes remain key treatments for metastatic castration resistant prostate cancers. However, primary and acquired resistance to taxanes still emerged in about half of patients. There is therefore an urgent need to discover and understand the taxane resistance mechanisms in order to identify new therapeutic targets. Indeed, targeted therapies that exploit the signaling pathways involved in prostate cancer are required to overcome chemoresistance and improve treatment outcomes. Molecular chaperones play a key role in the regulation of cellular homeostasis and the development of treatment resistance, and are promising therapeutic targets. Using high throughput siRNA functional screening based on a gene expression signature, we identified FKBP7, involved in acquired resistance to docetaxel and cabazitaxel. FKBP7 is a molecular chaperone that has not been studied in human so far. FKBP7 is overexpressed in prostate tumors and its expression is correlated with recurrence in patients who received docetaxel as neoadjuvant therapy. Moreover, FKBP7 is upregulated in taxane resistant prostate cancer cell lines and its expression sustains their growth in vitro and in a mice model of Docetaxel resistance. Using a high throughput proteomic approach, we identified the signaling pathway regulated by FKBP7 which is responsible for the survival of chemoresistant cells. Finally, we proposed a promising therapeutic strategy to overcome both docetaxel and cabazitaxel chemoresistance by targeting the downstream effector of FKBP7
Halfway Between 2D Models and Animal Models : a New Multicellular 3D Spheroid Model Organized to Study Tumor-Endothelium Interactions in Ovarian Cancer by Jessica Hoarau( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Ovarian cancer (OC) is the most lethal gynecologic malignancy in developed countries and the fifth cause of death among women. OC is a heterogeneous disease, which is characterized by its late diagnosis (FIGO III and IV stages) and the importance of abdominal metastases often observed at the time of diagnosis. The mainstay of treatment involves complete cytoreductive surgery associated with platinum and taxane-based chemotherapy. Unfortunately, among patients achieving complete clinical remission after completion of initial treatment, 60% with advanced epithelial ovarian cancer (EOC) will relapse within five years.The importance of neo-angiogenesis in tumor formation, growth and dissemination has driven researchers to investigate into alternative strategies. Anti-angiogenic therapies targeting tumor vasculature are now used in combination with standard cytotoxic therapy in the treatment of EOC. Unfortunately, the progress achieved by this approach still offers limited success which can partly be explained by the heterotypic interaction between the tumor and endothelial cells. Evidence suggests a complex cross-talk between ovarian cancer cells (OCCs) and endothelial cells (ECs) that can result in the emergence of a heterogeneous tumoral and endothelial population with different sensitivity to chemotherapy and anti-angiogenic therapies leading to an increase of OCC proliferation and dissemination.The objective of the present study is to investigate the role of ECs and OCCs interactions in the proliferation and chemoresistance of EOC. To model tumor endothelium, we used our model of Akt-activated endothelial cells (E4+ECs). We demonstrated using a 2D co-culture model that activated endothelium induces increased proliferation and chemoresistance in EOC through the activation of Notch signaling. We showed that Notch receptor expression and activation are increased in co-culture and in OCCs resistant to chemotherapy.The accumulation of ascites in the abdomen of an OC patient seems to play a key role in the mechanism of OCC spreading. Detached cancer cells usually float in ascites and form multicellular spheroids. In this context, we developed a new model of organized multicellular 3D spheroid to study tumor-endothelium interactions in a model closer to in vivo conditions. We demonstrated that when cocultured in 3D condition, E4+ECs and OCCs formed organized tumor angiospheres with a core of endothelial cells surrounded by highly proliferating OCCs. We established that AKT activation in ECs was mandatory for the formation of organized angiospheres. Interestingly, in EOC patient ascites, we were able to find structures that were very similar to our angiospheres. In addition, in a retrospective cohort of 59 patients, we showed that ECs were AKT activated in EOC patients which support the importance of AKT activation in EC in EOC. Besides, we demonstrated the importance of FGF2, Pentraxin 3 (PTX3), PD-ECGF and TIMP-1 in angiosphere organization. Finally, we confirmed the role of Notch3/Jagged1 in OCCs-ECs crosstalk for OCC proliferation but also during peritoneum invasion.Altogether, our study illustrates the importance of AKT activated ECs in EOC. In a context of poor results of anti-angiogenic therapies in clinical settings, focusing on vascular normalization in pathological angiogenesis could be more efficient. While AKT is hardly targetable, the genetic characterization of tumors could potentially identify a subset of tumors with aberrant NOTCH signaling that would constitute an ideal target for specific inhibitors. As we move toward personalized and precision medicine, there might be a place for notch inhibition in advanced ovarian cancer in combination with other therapeutic strategies
La protéine kinase D1, PKD1, un acteur essentiel de la physiologie du mélanome et une cible de perturbateurs endocriniens dans les tumeurs du sein by Messaouda Merzoug( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Protein kinase D1, PKD1, is a serine/threonine kinase which can be activated by mitogens and that regulates various functions involved in the development of tumors. However, its precise role and targets are still unclear. Our study demonstrates that PKD1 inhibition in melanoma cells decreased cell growth and motility, and reversed the E- to N-cadherin switch. On the other hand, we examined the role of endocrine disruptors (EDs) in breast cancer cells and identified PKD1 as a target of these compounds. EDs, such as bisphenol A (BPA) and phthalates, have been found molecular mechanisms are still ubiquitously throughout our environment. Their role in breast tumor growth has been well documented. However, their precisemolecular mechanisms are still unknown. Our study demonstrates that EDs induce dose-dependently MCF-7 cell growth and that this biological process is dependent upon PKD1expression. Thus, this work may define PKD1 as a novel potential anti-tumor therapeutic target in melanoma and identifies PKD1 as a new molecular target of some EDs in breast cancer cells
 
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Cancérologie : biologie-médecine-santé

CBMS

École doctorale 582

École doctorale de Cancérologie, biologie, médecine, santé

ED 582

ED Cancérologie : biologie-médecine-santé

ED582

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