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École doctorale Environnements, Santé (Dijon / Besançon) (2012-....).

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Most widely held works by Santé (Dijon / Besançon) (2012-....) École doctorale Environnements
Implications du stress oxydant et du fer dans la cardiotoxicité des anthracyclines et du trastuzumab by Charles Guenancia( )

2 editions published in 2015 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Cancer treatment has advanced considerably in recent years, allowing a reduction in mortality. Longer life expectancy of patients has helped to highlight the delayed onset of cardiovascular toxicity induced by these chemotherapies. The pathophysiological mechanisms responsible for these cardiac dysfunctions are complex, entangled and remain partially unknown. A better understanding of the phenomena involved in these cardiotoxicities is needed to prevent their occurrence. Therefore, we have developed two different experimental approaches to understand the pathophysiological mechanisms involved in the cardiac toxicity of anthracyclines and trastuzumab.A first experimental study aimed to clarify the role of iron in heart failure induced by anthracyclines. We have demonstrated that a tissular iron overload in mice prior to doxorubicin injection does not increase the cardiotoxicity of chemotherapy. On the contrary, the involvement of anti-radical defenses following the iron load could reduce cardiac oxidative damage generated by doxorubicin. In view of these data, the role of iron chelators in cardioprotection against anthracyclines has to be questioned.Our second experimental work was to elucidate the role of overweight in the development of anthracycline and trastuzumab cardiotoxicity. Using a mouse model of moderate overweight and of increased risk of cardiometabolic induced postnatal programming, we have highlighted the role of overweight on the development of anthracycline cardiotoxicity; whereas trastuzumab cardiotoxicity did not appear to be increased by overweight. Our work also clarified the conditions in which there are cumulative cardiac alterations when doxorubicin and trastuzumab are associated
Conséquences de la mise en place des bandes enherbées sur l'évolution de la flore adventice by Stéphane Cordeau( Book )

3 editions published in 2010 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

The intensification of the management of weed populations, led by a potential decrease in the yield and quality of crop harvest, has largely induced their decline in arable zones across the last decades. This floristic decline in arable landscape, has induced a loss of a larger biodiversity because the presence of others organisms (birds, insects, mammals) are strongly linked with the abundance of trophic resources as weed are. To counter with this loss of biodiversity and to limit the negative impacts of farming practices on environment, numerous agri environmental schemes were launched through Europe. In France, sown grass strips were established by farmers along streams and rivers to limit the pesticide drifts and the hydric soil erosion. The field margin strips are mainly sown with grass mixtures and do not receive neither pesticides nor fertilizers. Consequently, their establishment in the arable landscape for many years, without compensation payments for farmers, spark many fears concerning the weed risk that they could represent for adjacent field. At the opposite, these non-cropped areas adjacent to cultivated fields could be an opportunity to maintain weed populations providing ecosystem services for agriculture which were more and more highlighted.This PhD work shows that sown grass strips harbour large flora diversity. The weed communities are mainly structured by the type of adjacent boundary (hedge, river, ditch, etc.). The succession of disturbance and competition phase caused by mowing and competition of sown species respectively, do not allow annual species to maintain their populations in this habitat where they rarely reach fructification stages. The frequently observed species are perennials but rarely dominated over the sown cover. Even if the sown grass strips show high level of species richness, mainly composed by arable species, these strips do not enhance the spread of species from the boundary to the field core. Indeed, at least at short term, the sown grass strips decrease the edge effect because they were established where the flora transition between the boundary and the field previously occurred. Moreover, the establishment and management practices cost for farmers, reasonably at the farm scale.Although some fears on the decline of annual species, the sown grass strips represent an opportunity for the weed management at the field scale as well as at the landscape scale. Joint study linking the flora with other organisms (soil microflora, grasshoppers) have been initiated and could allow to put the environmental sown grass strips to good use for biodiversity
Intérêts du phénotypage de la personnalité pour améliorer la lutte biologique : cas d'étude chez l'auxiliaire Trichogramma evanescens by Silène Lartigue( )

2 editions published in 2021 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Une approche prometteuse pour améliorer l'utilisation des agents de lutte biologique en protection des cultures repose sur la prise en compte de leurs variations intra-spécifiques sur des traits liés aux capacités des agents de lutte à être élevés en masse ou à contrôler les ravageurs au champ. Dans ce contexte, les variations comportementales interindividuelles qui sont stables au cours du temps et des situations (appelées aussi personnalité) n'ont jamais été considérées dans les programmes de lutte biologique, alors qu'elles (i) peuvent être héritables et (ii) sont corrélées à des traits liés à la valeur sélective et peuvent donc impacter l'efficacité des auxiliaires des cultures. Les deux objectifs majeurs de cette thèse étaient (i) de développer des protocoles expérimentaux permettant de mesurer les traits de personnalité chez l'auxiliaire de lutte biologique parasitoïdes d'œufs Trichogramma evanescens, et (ii) d'évaluer la faisabilité et l'intérêt de l'utilisation des phénotypages de personnalité dans des programmes d'amélioration génétique de cet auxiliaire : estimer l'héritabilité des traits de personnalité et étudier leurs relations avec des traits liés à la fitness et aux performances de lutte biologique. Dans ce but, nous avons développé un protocole de suivi vidéo permettant de mesurer des traits de personnalité et avons pu caractériser des traits liés à la personnalité (mais également la fécondité, la longévité et la taille) sur plus de mille femelles issues de 24 lignées isogéniques de T. evanescens. Nous avons mis en évidence pour la première fois chez cette espèce l'existence de variations interindividuelles stables dans des traits comportementaux liées à l'audace, à l'activité et à l'exploration. Nous avons montré des différences de personnalité entre les 24 lignées isogéniques utilisées, ce qui souligne que les variations comportementales observées ont une part d'origine génétique (les valeurs d'héritabilité au sens large que nous avons estimées varient de 0,06 à 0,11). Nous avons également mis en évidence l'existence d'un compromis évolutif (ou trade-off) entre l'exploration et la fécondité chez ces lignées. Nous avons ensuite mené des expérimentations dans des champs de maïs, sur 38 points de lâchers, afin d'attribuer à ces lignées des variables liées à leurs mouvements et parasitisme sur le terrain, comme le nombre d'agrégats d'œufs hôtes parasités et les distances moyenne et maximale observées le point de lâcher et les sites de ponte. Nos résultats suggèrent que la personnalité a un effet sur la distance entre point de lâcher et site de ponte chez T. evanescens sur le terrain, alors que nous n'avons observé aucun effet des variables liées à des traits classiquement considérés dans les programmes de lutte biologique (fécondité, longévité et taille). Pour conclure, nous avons pour la première fois évalué le lien entre des traits de personnalité mesurés en laboratoire et le mouvement d'un auxiliaire de lutte biologique sur le terrain, et nous discutons des perspectives d'études à venir et de développements nécessaires pour permettre d'intégrer les traits de personnalité dans les programmes de sélection des auxiliaires de lutte biologique dans le but d'augmenter l'efficacité de ces derniers
Isolement et caractérisation des saponosides de plantes de la famille des Alliaceae, Caryophyllaceae et Polygalaceae, et évaluation de leurs activités cytotoxiques sur cellules tumorales by Gaoussou Timite( )

2 editions published in 2012 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

This thesis was realized in the laboratory of Pharmacognosy, in the Pharmacy section of the Bourgogne University. The main theme of this laboratory is the research of natural saponins from the tropical biodiversity, with antitumoral activities. These molecules are triterpenic or steroidic glycosides, well known for their various pharmacological activities. The study of 6 species belonging to 3 different families : Acanthophyllum elatius, A. lilacinum, A. sordidum and Arenaria montana (Caryophyllaceae), Securidaca welwitschii (Polygalaceae) and Allium schoenoprasum (Alliaceae), led to the isolation and characterization of 24 natural glycosides. Among them, 13 were triterpenic saponins with 10 new structures and 11 were steroidic saponins with 7 new structures. The spectral analysis was achieved using mainly 2D NMR and mass spectrometry. The cytotoxic activities of 10 isolated compounds were evaluated on 2 strains of human colon cancer cells (HT-29 et HCT 116) and 9 were active ones. Structure/activity relationships were also proposed
Conséquences de l'altération du métabolisme des macronutriments sur la prise alimentaire, le risque de carcinome hépatocellulaire et l'état nutritionnel au cours de la cirrhose by Thomas Mouillot( )

2 editions published in 2021 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Liver is an essential organ for the regulation and metabolic synthesis linked to food. In cirrhosis, this metabolism, which is deeply linked to intake and diet, is altered. This alteration can lead to an increased risk of protein-energy malnutrition and the development of hepatocellular carcinoma (HCC). The risk of developing an HCC, a cancer that is common in cirrhosis and with a poor prognosis, seems to be linked to a change in diet but also to alterations in lipid metabolism. Indeed, different profiles in the plasma levels of several phospholipids and in the composition of the fatty acids in erythrocyte membrane appear to be associated with the occurrence of HCC in cirrhotic patients. These profiles could serve as biomarkers to prevent and anticipate the risk of tumor development. In addition, changes in metabolism process (especially amino acids and certain regulatory hormones) may be responsible for a change in eating behavior and taste sensitivity, leading to anorexia and protein-energy malnutrition. This frequent and severe malnutrition must be diagnosed and treated as early as possible to avoid worsening the prognosis. The mechanisms behind this undernutrition must be understood to better anticipate and prevent its occurrence. Many studies are still needed to better understand the link between diet and hepatic metabolism in cirrhosis
Etude chimique et biologique de saponines isolées de trois espèces malgaches appartenant aux familles des Caryophyllaceae, Pittosporaceae et Solanaceae by Mahenina Jaovita Manase( )

2 editions published in 2013 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de la thématique du Laboratoire de Pharmacognosie de l'UFR Pharmacie, au sein de l'Université de Bourgogne. Elle vise essentiellement la recherche de molécules d'origine végétale principalement des saponines biologiquement actives issues de la biodiversité tropicale. Dans ce contexte l'étude de plantes malgaches, Polycarpaea corymbosa Lamk. (CARYOPHYLLACEAE), Pittosporum verticillatum Bojer subsp. verticillatum (PITTOSPORACEAE), Solanum incanum L. et S. heteracanthum Dunal. (SOLANACEAE) a conduit à l'isolement de quinze glycosides naturels par les techniques de chromatographie solide-liquide, de chromatographie liquide à moyenne pression, de flash chromatographie, et de chromatographie liquide sous vide. Les structures ont été élucidées principalement par les techniques spectroscopiques de RMN-1D et -2D, et de spectrométrie de masse. Il s'agit de neuf saponines triterpéniques de type oléanane, parmi lesquelles sept sont des nouveaux composés naturels, ainsi que cinq saponines stéroïdiques de type spirostane et furostane, dont une nouvelle, et un glycoalcaloïde stéroïdique connu. Treize molécules isolées ont été testées en vue d'évaluer leurs activités cytotoxiques sur six lignées cellulaires cancéreuses humaine et animale. Nos résultats montrent que quatre d'entre elles possèdent une cytotoxicité significative sur les lignées HT-29, HCT 116, SW480, DU145, EMT6, et H9c2
Etude des interactions plantes-microbes et microbes-microbes au sein de la rhizosphère, sous un aspect coûts-bénéfices, dans un contexte de variation environnementale by Clémentine Lepinay( Book )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La compréhension des interactions qui associent les plantes et les microorganismes du sol est une étape incontournable pour une gestion durable de nos écosystèmes notamment en agriculture. Parmi les services écosystémiques résultant de leurs interactions, on peut citer la productivité végétale répondant, en partie, aux besoins alimentaires de la population mondiale et la régulation des cycles biogéochimiques. Les services écosystémiques, qui émergent de telles interactions, reposent sur des liens trophiques pouvant être représentés par un compromis entre coûts et bénéfices pour les différents partenaires de l'interaction. Les plantes, organismes autotrophes ou producteurs primaires, sont des organismes clefs qui font entrer le carbone dans l'écosystème, via la photosynthèse. Une partie de ce carbone est libérée sous forme de molécules plus ou moins complexes, au niveau de leurs racines, par le processus de rhizodéposition. Ces composés servent de molécules signal et de nutriments pour les microorganismes du sol, essentiellement hétérotrophes, c'est l'effet rhizosphère. Ce processus est donc coûteux pour la plante mais bénéfique aux microorganismes. Les microorganismes contribuent, en retour, à la nutrition et la santé des plantes ce qui est coûteux mais leur assure une source bénéfique de nutriments. Ces échanges trophiques reposent néanmoins sur un équilibre dépendant des conditions biotiques et abiotiques qui affectent chaque partenaire. La biodiversité microbienne, de par la multitude d'interactions au sein des communautés microbiennes, est un facteur biotique important. Parmi les facteurs abiotiques, le contexte environnemental actuel, soumis aux changements globaux, est propice à une déstabilisation de ces interactions. L'objectif de ce travail est donc de comprendre comment vont varier les coûts et bénéfices, pour chaque partenaire, suite à des modifications de l'environnement affectant l'un ou l'autre. L'intérêt étant de savoir si les bénéfices pour les plantes et les microorganismes, qui permettent les services écosystémiques, seront affectés. Pour répondre à cet objectif, un cadre d'interaction plantes-microbes simplifié a été choisi et une déstabilisation, au niveau de la plante, a été effectuée au moyen d'une augmentation en CO2 atmosphérique. L'interaction entre Medicago truncatula et Pseudomonas fluorescens a ainsi été étudiée. Les interactions ont ensuite été complexifiées en utilisant une communauté microbienne dans son ensemble et, cette fois, la modification a été appliquée au compartiment microbien soumis à une dilution de sa diversité. L'effet du gradient de diversité microbienne obtenu a été mesuré sur la croissance et la reproduction de trois espèces végétales modèles (Medicago truncatula, Brachypodium distachyon et Arabidopsis thaliana). Enfin, l'analyse s'est focalisée sur la communauté microbienne en identifiant la part active, c'est-à-dire les microorganismes qui utilisent les composés libérés par la plante. Ces microorganismes, qui interagissent réellement avec la plante, ont été détectés grâce à une analyse ADN SIP utilisant l'isotope 13C. Les principaux résultats observés, que la modification affecte l'un ou l'autre des partenaires, sont une déstabilisation des coûts et bénéfices. La première étude montre une variation temporaire des interactions en faveur de la plante en condition de CO2 augmenté. Dans le cas d'une dilution de la diversité microbienne, les coûts pour la plante sont conditionnés par la dépendance naturelle des plantes vis-à-vis des microorganismes symbiotiques qui interagissent avec le reste de la communauté. Cela est confirmé par la dernière expérimentation qui met en évidence les interactions microbes-microbes qui conditionnent la structure de la communauté microbienne interagissant avec la plante. [...]
La stimulation transcrânienne par courant continu (tDCS) dans la dépression : ses effets comportementaux et les modifications physiologiques qui les sous-tendent chez l'animal by Tanat Peanlikhit( Book )

2 editions published in 2018 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Transcranial direct current stimulation (tDCS) is a non-invasive method with increasing interest for the treatment of several brain disorders, such as major depression. Despite great enthusiasm and promising results, some studies report discrepant findings and no consensus exists for the clinical use of tDCS. The present work aims (i) to determine the most effective stimulation parameters to optimize antidepressant-like effect of tDCS in the forced-swim test in naïve mice and to evaluate the ability of tDCS to reverse depressive-like behaviors in different mouse models of depression, and (ii) to identify some of the mechanisms of action of tDCS to enhance our knowledge on this therapeutic strategy, and thus its clinical effects. We reported that tDCS induced long-lasting antidepressant-like effect, which varied as a function of stimulation settings including number, duration, intensity and polarity of stimulation. Interestingly, the present study also demonstrated that tDCS reduced depressive-like behaviors in different mouse models of depression (UCMS, chronic corticosterone exposure and acute LPS administration). Using cFos immunohistochemistry, we reported that behavioral outcomes induced by a single stimulation were associated with neuronal activation in several brain area involved in emotional regulation. Surprisingly, ten stimulations failed to modulate neuronal activation suggesting the development of other mechanisms behind the long-term effect of repeated tDCS, probably associated with plastic changes in the neuronal response. Interestingly, tDCS have the ability to reverse the UCMS-induced inflammatory response, particularly the number of cells and the polynuclear cell percentage in the spleen. This work brings new insights for a better understanding of the behavioral effects of tDCS and its underlying physiological processes
Analyse écologique des points chauds de choléra en Afrique. by Doudou Batumbo Boloweti( )

2 editions published in 2021 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Le choléra est une maladie diarrhéique aigue sévère causée par Vibrio cholerae, bactérie Gram négatif qui colonise les eaux de surface, chaudes, salines, alcalines, souvent en association avec le phyto ou le zooplancton. Après 50 ans d'introduction du choléra en Afrique, la maladie affecte de manière très forte les pays d'Afrique. Le travail de doctorat a eu pour objectif de tenter d'élucider les causes de l'endémicité du choléra en Afrique et à l'échelle d'un secteur du rift, le lac Kivu et la zone de santé de Katana, située en république démocratique du Congo.Une carte des espaces géographiques à risque a été élaborée pour le continent africain qui montre un plus grand nombre au niveau de la vallée du Rift et autour du bassin du lac Tchad. Cette première étude a mis en évidence la relation entre l'existence de masses d'eau salées (lagunes, lacs, cours d'eau) et l'endémicité de la maladie. Dans ces conditions environnementales, le risque cholérique est exacerbé dans les pays économiquement faibles, et instables. En Afrique continentale, l'étude a permis de montrer une bonne superposition entre les secteurs de forte activité volcano-tectonique (Vallée du Rift Africain, bassin du lac Tchad) et l'endémicité du choléra. L'étude de la dynamique du choléra dans une zone de santé de la vallée du Rift (province de Katana en RDC) a démontré que l'activité volcanique joue un grand rôle dans la survenue et le maintien des épidémies de choléra dans la vallée du Rift Africain. Ainsi, le travail a pu démontrer que l'activité volcano-tectonique (mesurée par la concentration en SO2 du panache de fumée du volcan Nyiragongo) régissait la température et la salinité des eaux du lac Kivu, et la présence du bacille dans l'eau du lac et les poissons. L'étude a pu montrer que la présence environnementale du bacille dans le lac était très fortement liée aux données épidémiologiques de la zone de Katana. Une étude portant sur les pratiques des habitants de Bukavu a pu démontrer que la contamination individuelle au choléra est liée à la manipulation et consommation des produits du lac (eau ou poissons).Ce travail de doctorat a permis de cibler des espaces à risque de choléra en Afrique, et l'impact de l'activité volcanique dans la dynamique du choléra en Afrique continentale, Ces informations sont nécessaires pour bâtir des stratégies efficaces et ciblés de lutte contre le choléra dans le continent Africain conformément à la feuille de route mondiale élaboré par le groupe de travail mondial sur la lutte contre le choléra en 2017
Ecologie des bactéries N2O réductrices dans les sols agricoles by Luiz A Domeignoz Horta( Book )

2 editions published in 2016 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Le protoxyde d'azote (N2O) est un gaz à effet de serre (GES) important et la principale substance attaquant la couche d'ozone. Les sols agricoles sont la principale source anthropique de ce GES. La concentration de N2O dans l'atmosphère est en constante augmentation, mais nous manquons de connaissances sur les facteurs contrôlant sa production et sa consommation dans les sols. La réduction du N2O en N2 par des microorganismes porteurs du gène codant pour la N2O réductase (nosZ) est le seul processus biologique capable de réduire ce GES. Des études récentes ont mis en évidence un clade précédemment inconnu de réducteurs du N2O qui interfère de manière significative avec la quantité de N2O produite dans les sols. Cette thèse a cherché à mieux comprendre l'écologie des réducteurs du N2O dans les sols agricoles.Une combinaison d'expériences d'incubation en laboratoire mais aussi d'expériences en plein champs a été utilisée pour essayer de mieux comprendre la production de N2O dans le sol, en analysant l'influence conjointe des producteurs et réducteurs de N2O. Nous avons aussi évalué l'impact des pratiques agricoles et leurs potentiels à modifier ces communautés microbiennes. Suite aux essais réalisés en laboratoire, nous avons montré que l'ajout d'une souche non-dénitrifiante Dyadobacter fermentans,possédant la N2O réductase NosZII, permettait de réduire la production de N2O dans 1/3 des sols testés. Certains sols sont même devenus consommateurs de N2O suite à l'ajout de la souche nosZII. Cette expérience a démontré la contribution des bactéries nosZII non-dénitrifiantes dans la consommation de N2O dans le sol.D'autre part, nos analyses en contexte agricole ont montré que les pratiques agricoles testées ont peu d'influence sur les communautés microbiennes considérées, les exceptions étant le travail du sol (labour), et le système de culture (annuel ou pérenne). L'intensifiant du travail du sol induit une augmentation de la diversité de nosZII. Nous observons le même phénomène dans le système de culture annuel comparé au système de culture pérenne. D'autres résultats nous permettent aussi d'affirmer que le clade récemment identifié de réducteurs du N2O est plus sensible aux variables environnementales que le clade précédemment connu (nosZI). Les variations de propriétés du sol, notamment pH et C:N structurent les communautés microbiennes appartenant à ces 2 clades indiquant une spécialisation de niche pour chacun de ces deux clades de N2O-réducteurs.Pour mieux comprendre les relations entre les communautés microbiennes et les processus impliqués, nous avons évalué les activités potentielles de dénitrification et de nitrification, et les émissions de N2O in situ. La production potentielle de N2O et l'activité potentielle de dénitrification ont été utilisées pour calculer le ratio de production de N2O (N2O:N2). La diversité du clade nosZII est négativement corrélée au ratio N2O:N2, et explique à elle seule la plus grande part de variance observée du ratio N2O:N2. Les variations de production potentielle de N2O et d'activité potentielle de dénitrification sont elles expliquées principalement par les variations de propriétés du sol. Afin de mieux évaluer la contribution des différents facteurs édaphiques et microbiologiques aux variations d'émission in situ de N2O, 70000 mesures ont été subdivisées en différentes gammes d'émission de N2O, d'émissions dites de base à des émissions élevées. Fait intéressant, les variations d'émissions in situ de N2O dites de base sont seulement liées à des variations du pH du sol, alors que les variations d'émissions dites élevées sont également fortement associées aux variations de diversité des communautés microbiennes. Parmi les variables microbiennes importantes, nous avons constaté que la diversité des nosZII est négativement liée aux émissions de N2O in situ dites élevées.En conclusion, nos résultats mettent en évidence l'importance du clade nosZII pour le cycle du N2O dans le sol (...)
Caractérisation d'une collection de variétés anciennes de blé pour leur réponse à la mycorhization et impact sur la qualité du grain by Olivier Essiane Ondo( Book )

2 editions published in 2014 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Wheat (kind Tritucum aestivum, Poaceae family) is a very important cereal ofagronomic interest. Some very ancient varieties are set aside for recent varieties often selected to meet a consumer intensive cultivation of pesticides. Organic farming production system assuming a reduction of synthetic chemical inputs in order to preserve the ecosystem can be defined as a practice where the use of synthetic fertilizers, chemical pesticides and genetically modified organisms is prohibited. This practice is gaining more and more popularity and the amount of land cultivated in this way has increased by 60% between 2000 and 2004. Constraints associated with the production of organic grains include lower yields due to nutrient deficiencies in the soil and weed competition. During the past 90 years, the international efforts in wheat breeding have focused on increasing yield and quality parameters The establishment of a wheat database based on morphological, taxonomic and ecological criteria and the introduction of arbuscular mycorrhizal (AM), known to help in the selection and induce an increase in yield and quality of production with a perspective to increase production in an agriculture that respects the environment, could be an integral part of an appropriate strategy. However, mycorrhizal effects on yield and quality of production are not always predictable and the mechanisms that regulate these qualitative parameters are largely unknown. Field screening of 53 ancient wheat varieties showed differences in their ability to interact with endogenous mycorrhizal fungi. Among the analysed plants, only five varieties were mycorrhized for all samples at tillering. All samples were mycorrhized at the heading stage for all varieties. Nineteen showed a decrease in the number of mycorrhized samples at the ears maturity. Inoculation with a laboratory inoculum during a greenhouse experiments in pots, containing either the wheat field soil or Ò EpoissesÓ soil, showed that all wheat varieties form mycorrhizal symbiosis. Between varieties tested, recent wheat varieties used in organic farming were better in forming symbiosis than the old, but the mycorrhizal effect on plant yield is seen only for old varieties. Demonstrating a variety effect on the development and 6 expression of symbiosis. The benefits of mycorrhizal symbiosis are more pronounced for the qualitative phenomena as the seed viability. The addition of a commercial inoculum in a similar greenhouse experiment modified these observations. This inoculum helped to improve wheat development but also the seed quality of some varieties, demonstrating both the importance of the plant genome in the beneficial expression of the symbiosis and the impossibility of indigenous mycorrhizal fungi to ensure optimal development of symbiosis. The previously observed field varietal effect was confirmed even after adding an exogenous inoculum as, excepted for one variety, inoculation has improved yield. This was especially noticeable in the variety that was most productive, stressing the importance to develop crossing strategies to increase the wheat response to mycorrhiza
Prévalence de pathogènes humains dans les sols français, effet des facteurs pédoclimatiques, biologiques et du mode d'utilisation des sols by Aude Locatelli( Book )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Soil contamination by bacterial pathogens can occur through manure, sewage sludge spreading or irrigation using waste water treatment plants effluents. Agricultural soils may act as reservoirs for these pathogens, play a significant role in their dissemination, leading to the potential contamination of food and water resources. Health risk associated with the occurrence of pathogens in environmental matrices has to be thoroughly evaluated. In this context, the objectives of this work were: i) to determine the prevalence of two pathogenic bacterial species (Listeria monocytogenes and Enterococcus faecalis) in a large collection of French soils originated from a systematic soil survey of the territory, called RMQS (16x16 km grid), ii) to determine major biotic and abiotic parameters driving the survival of bacterial pathogens in soils. Two approaches were used to reach these objectives: i) the prevalence of the two pathogens was monitored in 1200 soils using specific molecular detection tools (real time PCR using TaqMan probe detection system) and ii) the survival of the 2 pathogens, inoculated in soil microcosms, was determined over a 84 days incubation period under laboratory conditions, on a subset of 100 soils from the RMQS survey, using classical microbiological methods. L. monocytogenes was not detected in the set of 1200 soils (with a detection limit estimated to be 104 bacteria per gram of soil) using the molecular detection method, while E. faecalis was detected in approximately 4% of the soils tested (on a smaller set of 150 RMQS soils). The two bacterial pathogens were able to survive in the majority of soil, although L. monocytogenes survived in a greater number of soils. Soils where both pathogens survived represented 44% of soils. The survival of both pathogens is strongly impaired in sandy acidic soils. However, textural and chemical parameters driving survival of the two pathogens differed: L. monocytogenes survival is increased in soils with higher BCSR (basic cation saturation ration) and CEC (cation exchange capacity). L. monocytogenes long-term survival is favored by higher soil clay content. E. faecalis survival is impaired in soils with high total Ca content (calcareous soils). Soil microflora inhibits survival of both pathogens especially in soil with alcaline pH's. The results of our study will allow implementing survival models for these two pathogens. Such data is invaluable for a better and safer managment of soil manuring using various organic residues
Étude de la régulation transcriptionnelle des lymphocytes Th9 by Etienne Humblin( )

2 editions published in 2017 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

CD4 helper T cells support a wide range of functions due to their ability to differentiate into different effector subsets depending on the antigen encountered and the cytokine environment in which they are. Current knowledge on the differentiation of helper T cells highlights the existence of complex transcriptional networks specific to each T helper subset. In 2008, IL-9 secreting CD4 T cells (Th9) are identified as a new helper T cell subtype. Differentiated in the presence of IL-4 and TGF-[beta], Th9 cells secrete IL-9 and IL-21, and contribute to the development of autoimmune and allergic diseases. Th9 lymphocytes also exhibit strong anti-tumor properties.The transcriptional network of the Th9 cells results from a balance between the signaling pathways induced by the different cytokines required for its polarization. IL-4 allows activation of STAT6 and expression of GATA3 and IRF4, whereas TGF-[beta] leads to activation of the Smad pathway and expression of the transcription factor PU.1. The IRF4 / BATF transcriptional module and the PU.1 factor are essential messengers for the development of Th9 cells and IL-9 secretion.IRF8 is a crucial transcription factor for the development of myeloid cells and B lymphocytes. Recently it appeared that IRF8 was involved in helper T subset polarization. Indeed, IRF8 limits the secretion of IL-17 by Th17 cells, as well as repressing the expression of Il4 and Il17 in Treg cells. Structurally close to IRF4, IRF8 interacts with cofactors such as PU.1 or BATF in order to regulate transcriptional activity.This work reveals that the IRF8 transcription factor contributes to the polarization of Th9 cells in vitro and in vivo. The TGF-[beta] needed for Th9 cell differentiation activate Smad3 pathway which directly modulates the Irf8 expression. As in many cellular subtypes, the transcriptional function of IRF8 is dependent on these interaction partners. We show that in the presence of the transcription factors PU.1, IRF4 and BATF, IRF8 participates in a multiprotein complex essential for the induction of the Th9 cytokines, Il9 and Il21. We also demonstrate that in the presence of the ETV6 protein, IRF8 is able to form a complex responsible for the repression of Il4 expression. We underline the bivalent role played by IRF8 in the development of Th9 cells depending on its partners. Finally, expression of Irf8 is crucial for Th9 cells to exercise their antitumor functions
Compréhension des mécanismes physiologiques et génétiques impliqués dans l'activité réductrice de Lactococcus lactis by Célia Roussel( Book )

2 editions published in 2015 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Lactic acid bacteria, particularly Lactococcus lactis are used in dairy industry. These bacteria are known to have a reducing activity, indicating their ability to lower the redox potential (Eh) of a medium. L. lactis MG1363 genome encodes several proteins with a CXXC motif, potentially linked with a redox activity. To understand the role of proteins rich in cysteine located at the surface of L. lactis, two approaches were used, one bioinformatics and biochemical another. For bioinformatic approach, interest was focused on two proteins of unknown function and CX2CX10CX2C motif: Llmg_0524 and Llmg_0526. Their corresponding genes form an operon temporarily induces in early growth phase. In these two proteins, the pattern chelate a zinc ion via its cysteine residues. The zinc-cysteine complexe is very stable, it suggests a probable role in protein stability. Data suggest that this operon contributes to the cell wall integrity. The identification of exofacial thiol proteins by a biochemical approach indicates that AhpF is present at the surface of L. lactis. The ahpF gene deletion causes a strong sensitivity to the cumene hydroperoxide, but no sensibility for hydrogen peroxide. In the mutant ahpF incubation with cumene hydroperoxide modified fatty acid proportion, cyclopropanation mechanism thus contributes to the survival in response to oxidative stress. Understanding the lactococci functions involved in the reduction activity allows a better control of redox potentiel in the fermented food production and thus a better control of foodbornes microorganisms in these products. Food-Redox project is financially supported by the French National Research Agency
Ecologie comportementale des stratégies d'incubation des bécasseaux arctiques : contraintes et conséquences dans un écosystème en mutation by Nicolas Meyer( )

2 editions published in 2021 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

To help predict the effects of climate change on the biosphere, this work offers an original approach inspired from a behavioural ecology framework: studying parental care behaviour of sandpipers (genus Calidris), their constraints and their consequences on reproductive success. These long-distance migrants move to the Arctic, which currently experiences rapid changes, to breed during the short summer season. Under those latitudes, abiotic conditions as well as resource availability are highly variable and predation is the main cause of reproductive failure. Therefore, sandpipers' reproductive success depends on adults' ability to initiate reproduction and to provide their young with the care required for their survival and development. As sandpipers must forage, parental effort that enhances current reproductive success is traded-off against foraging that enhances adult's survival. Adults' behaviour hence results from the management of this steady trade off. Since incubation prevents the adult from foraging, sandpipers evolved two incubation strategies, defined as the partitioning of incubation duties between partners, which resolve this trade-off in different ways. The biparental strategy relies on the cooperation of both parents who take turns at the nest, while a single adult incubates in the uniparental strategy.The first chapter of my thesis aims at discussing the main evolutionary hypotheses formulated to explain the emergence of such a diversity of strategies in sandpipers and describes the incubation behaviour variability between strategies.The next two chapters rely on the monitoring of hundreds of nests (provide estimated laying date and nest fate as successful or predated) from a diversity of sandpiper species (from 7 to 9 species), which incubation behaviour was monitored using a standardized protocol (recording of nest temperature), at the circumpolar scale (12-15 study sites) and over several years (from 2016 to 2018 and from 2016 to 2019).The second chapter is devoted to the study of the relationships between incubation behaviour and two environmental variables: ground-surface temperature and primary productivity used as a proxy of terrestrial arthropods' abundance. From this work, we demonstrate that uniparental species show strong relationships between these variables and incubation behaviour, whereas biparental species do not.The third chapter deals with the relationships between incubation strategy, incubation behaviour, and the risk of nest predation. This work shows that the risk of nest predation varies with incubation behaviour. Moreover, the uniparental strategy constrains adults to adopt a riskier incubation behaviour.Finally, the fourth chapter discusses, in the form of a literature review, the relative advantages and drawbacks of each parental care strategy with regard to the abiotic and biotic changes predicted in the Arctic. Since parental care determines the number and quality of young recruited in the population, this review links the original results presented in my thesis with broader concerns in conservation biology.In summary, my work shows that incubation strategies, which result from a complex evolutionary history in extreme environments, determine incubation behaviour, influence the risk of nest predation and constrain adults' ability to buffer environmental conditions to enhance their offspring survival and development. Hence, my work questions the conservation of sandpipers and their reproductive strategies in arctic ecosystems that currently experience rapid changes
Ecologie évolutive du transfert trans-générationnel d'immunité chez un insecte by Caroline Zanchi( Book )

2 editions published in 2012 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Trans-generational immune priming (TGIP) is defined as the plastic enhancement of offspring's immunocompetence following an immune challenge of the females of the parental generation. In vertebrates, this phenomenon is well described, and is achieved by the maternal transfer of antibodies. In invertebrates however, it has only recently been described. Since invertebrates do not possess antibodies, the mechanism of this transmission remains unknown. If the offspring is exposed to the maternal infection, an elevated immunocompetence can help it cope better with it. Nonetheless, apart from this benefit, several cues indicate that the TGIP bears some fitness costs for individuals. The evolution of TGIP will be favoured when its benefits outweigh its fitness costs. Thus, studying its costs and benefits can lead us to a better understanding of the selection pressures that lead to its evolution in invertebrates. During my thesis, I associated the occurrence of TGIP in an insect, the mealworm beetle Tenebrio molitor, to several fitness costs for the females transmitting it as well as for the offspring receiving it.In the first chapter, we stimulated the adult female's immune system with a non pathogenic immunogene, and studied several aspects of the subsequent transfer of antibacterial activity to the eggs. We saw that the transmission of antibacterial activity inside the eggs started two days after the immune challenge, and stopped at ten. Then, we highlighted a cost for the females on their fecundity to this transmission.In the second chapter, we stimulated the immune system of the females with three different heat-killed microorganisms, and exposed their larval progeny to living microorganisms. We did not see any benefit of the TGIP on the young larvae of T. molitor. However, we saw that the exposure of young larvae to an entomopathogenic fungus decreased the time-lap between the two first larval moults.In the third chapter, we stimulated the immune system of either the adult females or the males of T. molitor, and we observed several immune parameters in their adult offspring. This allowed us to see that maternally and paternally-derived TGIP affected different immune effectors in the adult offspring, and that maternally-derived TGIP bear a cost on the developmental time of the offspring.These fitness costs to the TGIP suggest that it is not just a side-effect of the immune reaction of the females, but rather an investment that has been selected because of the benefits it represents for the offspring in certain ecological conditions
Les comportements préalables à la prise lactée chez le souriceau : caractérisation de sécrétions maternelles réactogènes et implication de l'expérience néonatale by Syrina Al Aïn( Book )

2 editions published in 2012 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Birth is one of the most delicate periods mammalian infants have to deal with. Newborns have then to adapt physiologically and behaviorally to the aerial environment, and one of their first challenges is to ingest colostrum and milk. It is paradoxical that the survival of pups is conditioned by the success of this first suckling, and that we have so little understanding of the stimuli that underlie and promote it. Thus, the present work aims to contribute to answer how immature and naïve newborns do manage to orient to a nipple, to grasp it, and to suckle efficiently? This general issue will be addressed in the mouse in focusing on: i) the nature of the chemical substrates that newborn mice use to reach nipples; ii) whether the attractive potency of these substrates changes as a function of development; and iii) whether exposure effects underly the establishment of early adaptive responses? The results highlight that mammary odors of lactating females are more behaviorally active for newly born pups than those of non-lactating females. Secondly, amniotic and milk odors provoke the first nipple grasping in newborns right at birth, while maternal and pup salivary odors induce this behavior after short sucking experience. Thirdly, younger pups on postnatal day (P) 0, 2 and 6 (with sucking experience), display a selective orientation toward the odor of milk collected during early-lactation rather than to the odor of late-lactation milk, whereas older pups P15 do not exhibit any selective attraction to these odors. To summarize, some of the biological substrates which are present on a nursing mouse nipples are attractive immediately after birth, while some others need to be postnatally learned to be active. Thus, the initial nipple search response of mouse pups is controlled by processes involving postnatal learning. At this stage, the involvement of prenatal learning and of predisposed processes that do not depend on previous exposure effect are not conclusive, although not excluded. These results show highly sophisticated learning abilities in a newborn mammal
Étude du rôle de HSF1 dans l'érythropoïèse by Steven De Almeida( )

2 editions published in 2021 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Le facteur de choc thermique -1 (HSF1) a été identifié initialement comme étant le facteur responsable de l'induction de la transcription des protéines de chocs thermique (HSP) en réponse à un stress. Ces protéines agissent comme des chaperons moléculaires et contribuent aurepliement des protéines néosynthétisées, mal repliées ou dénaturées, et peuvent également contribuer à leur orientation vers leprotéasome. Parmi les HSP, notre laboratoire à démontré l'implication d'HSP70 et d'HSP27 dans la régulation de l'érythropoïèse tardive.Tandis que HSF1 fait l'objet de nombreuses études en cancérologie et en neurologie, son implication dans d'autres pathologies en lien avec l'inflammation ou la prolifération cellulaire a récemment été démontrée. Compte-tenu de l'implication des HSP dans l'érythropoïèse tardive et de données préliminaires obtenues par notre laboratoire sur un rôle de HSF1 dans un modèle d'érythropoïèse embryonnaire de poisson zèbre, nous nous sommes demandé si HSF1 pouvait avoir un rôle dans l'érythropoïèse précoce murine et humaine, et si celui-ci serait dépendant ou non des HSP.Nous avons montré in vitro que durant la différenciation érythroïde précoce de cellules souches hématopoïétiques (CSH) humaines, HSF1 se retrouve rapidement sous une forme active phosphorylée localisée dans le noyau. De plus, une corrélation entre les voies de réponse l'érythropoïétine (EPO) et l'activation de HSF1 a été mise en évidence en utilisant différentes lignées cellulaires. En transduisant des CSHprimaires humaines avec des lentivirus portant un shARN contrôle ou dirigé contre HSF1, nous avons montré que la diminution de l'expressionde HSF1 entraine une baisse de la formation de BFU-E sans impact sur la formation des CFU-GM, tandis qu'un retard de différenciation estobservé entre le stade BFU-E et CFU-E. Ce retard est associé à une accumulation de cellules en phase G0/G1 et à une diminution de la proportion de cellules en phase S, traduisant un retard du cycle cellulaire. Des expériences de sauvetage visant à co-transduire shARN etmutant actif de HSF1 nous ont permis de récupérer le retard de différenciation. Le mutant actif seul quant à lui accroit la différenciation érythroïde.Nous avons montré in vivo (souris et poisson zèbre) qu'une délétion de HSF1 entraine une diminution du taux d'érythrocytes circulants ainsi que de l'hémoglobine. Chez la souris, nous avons montré que la formation des colonies érythroïdes (BFU-E) est diminuée en absence deHSF1.Un ChIP-seq dirigé contre HSF1 sur des CSH en différenciation érythroïde nous a permis d'identifier plus de 150 cibles de HSF1 durant l'érythropoïèse normale et qui différent de la réponse à un choc thermique. Parmi celles-ci, 40 gènes démontrés comme étant impliqué dans l'érythropoïèse ont fait l'objet d'analyses qPCR et 12 d'entre eux voient leur transcription altérée lorsque l'expression de HSF1 est diminuée.Nos résultats démontrent l'importance de HSF1 dans l'érythropoïèse précoce, notamment lors du développement des progéniteursérythroïdes. Ces travaux permettent de mieux comprendre le processus d'érythropoïèse et ouvre des perspectives d'études du rôle de HSF1dans des pathologies de l'érythropoïèse
Etude de l'écosystème bactérien dans les fèces du poulain de la naissance à un an d'âge : Impact de la supplémentation de la jument en produits alimentaires fermentés by Céline Faubladier( )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

La colonisation bactérienne du gros intestin chez le poulain a été très peu étudiée. Pourtant, elle pourrait jouer un rôle capital dans la composition et l'activité de la communauté bactérienne chez l'animal devenu adulte. L'objectif de ce travail a été de mieux décrire la mise en place de la communauté bactérienne et de son activité de dégradation des glucides pariétaux dans les fèces du poulain de la naissance au post-sevrage. La supplémentation maternelle en produits fermentés FAP® (Original Process, France) a été testée comme facteur de variation. Nos travaux confirment que la colonisation bactérienne dans les fèces du poulain est un processus séquentiel qui débute très rapidement après la naissance et s'achève autour d'un mois d'âge. Les bactéries maternelles contenues dans le lait pourraient jouer un rôle majeur dans l'origine des bactéries qui s'implantent chez le poulain au cours des cinq premiers jours de vie. La fonction de dégradation des glucides pariétaux se met en place à partir de la deuxième semaine de vie et est établie à deux mois d'âge. Le sevrage pratiqué à six mois n'a pas d'impact majeur sur la communauté bactérienne et son activité dans les fèces du poulain. Enfin, la supplémentation maternelle a stimulé la mise en place précoce des bactéries anaérobies totales et utilisatrices de lactate et le démarrage des activités fermentaires dans les fèces du poulain. Cependant, aucun effet n'a été rapporté au-delà de cinq jours de vie. Comme la supplémentation en produits fermentés n'a pas modifié la composition et la structure des communautés bactériennes des fèces et du lait de jument, les effets observés chez le poulain pourraient, en partie, s'expliquer par une modification du lait sur le plan qualitatif et/ou quantitatif. Une meilleure connaissance des mécanismes impliqués dans le transfert de bactéries maternelles au poulain est un préalable afin d'envisager de nouvelles pistes de recherche pour optimiser la colonisation bactérienne chez le poulain par la modulation de la microflore maternelle
 
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École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; Belfort)

ED 554

ED ES

ED554

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