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Coin, Frédéric

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Works: 16 works in 17 publications in 2 languages and 22 library holdings
Roles: Opponent, Thesis advisor, Other, Author
Publication Timeline
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Most widely held works by Frédéric Coin
LES HELICASES XPB ET XPD DU FACTEUR TFIIH ET LES MECANISMES DE TRANSCRIPTION ET DE REPARATION : ETABLISSEMENT D'UNE RELATION GENOTYPE/PHENOTYPE CHEZ LES MALADES ATTEINTS DE XERODERMA PIGMENTOSUM, GROUPES B ET D by Frédéric Coin( Book )

2 editions published in 2000 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

LE FACTEUR DE TRANSCRIPTION TFIIH EST IMPLIQUE DANS DIFFERENTS MECANISMES CELLULAIRES FONDAMENTAUX. ETUDIE TOUT D'ABORD POUR SON ROLE DANS LA TRANSCRIPTION DES GENES CODANT POUR LES PROTEINES, TFIIH POSSEDE EGALEMENT UNE FONCTION DANS LA REPARATION DE L'ADN PAR EXCISION-RESYNTHESE DE NUCLEOTIDES. DEUX DE SES NEUF SOUS-UNITES, LES HELICASES XPB ET XPD, Y JOUENT UN ROLE CENTRAL. EN TRANSCRIPTION, ELLES INITIENT L'OUVERTURE DE LA DOUBLE HELICE D'ADN AU NIVEAU DU PROMOTEUR ALORS QU'EN REPARATION, ELLES PERMETTENT LA CREATION D'UN COMPLEXE OUVERT NECESSAIRE A L'ETAPE D'EXCISION DU FRAGMENT D'ADN ENDOMMAGE. LES MUTATIONS DANS LES GENES CODANT POUR CES DEUX SOUS-UNITES SONT A L'ORIGINE DE TROIS MALADIES HEREDITAIRES CARACTERISEES PAR DES DEFAUTS DE REPARATION ET/OU DE TRANSCRIPTION : LE XERODERMA PIGMENTOSUM, LE SYNDROME DE COCKAYNE ET LA TRICHOTHIODYSTROPHIE. NOS TRAVAUX ONT AINSI PERMIS DE PRECISER LE ROLE DE CES DEUX HELICASES. NOUS AVONS TOUT D'ABORD MONTRE COMMENT L'HELICASE XPD ETAIT REGULEE PAR P44, UNE AUTRE SOUS UNITE DE TFIIH. CECI NOUS A PERMIS D'EXPLIQUER LA DEFICIENCE EN REPARATION DE L'ADN CHEZ LES PATIENTS XP-D ; CELLE-CI EST DUE A L'ABSENCE D'INTERACTION ENTRE L'HELICASE XPD ET SA SOUS-UNITE REGULATRICE P44 AU SEIN DE TFIIH. APRES AVOIR MIS AU POINT UN PROCEDE D'IMMUNOPURIFICATION DU FACTEUR TFIIH, NOUS AVONS EGALEMENT ETUDIE LE ROLE DE L'HELICASE XPB. CECI NOUS A CONDUIT A IDENTIFIER XPB COMME ETANT L'HELICASE RESPONSABLE DE L'OUVERTURE DE L'ADN AUTOUR DU SITE D'INITIATION DE LA TRANSCRIPTION POUVANT ENSUITE PERMETTRE LA SYNTHESE DE L'ARN PAR L'ARN POLYMERASE II. LES MUTATIONS NATURELLES IDENTIFIEES CHEZ LES PATIENTS XP-B EMPECHENT UNE OUVERTURE OPTIMALE DES PROMOTEURS ET UNE SYNTHESE ADEQUATE DES ARNS EXPLIQUANT TOUT DU MOINS EN PARTIE LA DIVERSITE ET LA SEVERITE DES PHENOTYPES ASSOCIES AUX PATIENTS XP-B. LE LIEN ENTRE CES MALADIES ET LE PHENOMENE DE VIEILLISSEMENT EST EGALEMENT ABORDE
Functional interplay between TFIIH and KAT2A regulates higher-order chromatin structure and class II gene expression by Jérémy Sandoz( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Orchestral maneuvers at the damaged sites in nucleotide excision repair by Sergey Alekseev( )

1 edition published in 2015 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Conducting the CTD orchestra by Carlos Mario Genes Robles( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

SerpinB2 is involved in cellular response upon UV irradiation by Hajnalka Majoros( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

TFIIE orchestrates the recruitment of the TFIIH kinase module at promoter before release during transcription by Emmanuel Compe( )

1 edition published in 2019 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Epigénétique : conception, synthèse et développement de nouveaux inhibiteurs ciblant les bromodomaines CBP/p300 by Pierre-Michel Regenass( )

1 edition published in 2021 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Nouveaux acteurs à l'interface de la transcription et de la réparation by Alexander Zhovmer( )

1 edition published in 2012 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les résultats du criblage siRNA destiné à identifier de nouveaux acteurs de la NER, sont en court d'exploitation mais nous mettons déjà en évidence le rôle de certains gènes impliqués dans la biochimie des ARNm comme ceux empêchant la formation des hybrides ARN/ADN dans l'efficacité de réparation des lésions UV. En étudiant le rôle de la methyltransférase DOT1L, nous avons montré que son absence dans des fibroblastes embryonnaires de souris (MEFDOT1L) conduit à une sensibilité de ces cellules aux irradiations UV alors que la réparation des lésions produites par cette irradiation est intacte. L'absence de DOT1L conduit en réalité à une inhibition de l'initiation de la transcription des gènes après irradiation. Au niveau mécanistique, des expériences de STRIP-FRAP ont établit que DOT1L assurait l'association de l'ARN polymérase II à la chromatine après irradiation UV. Dans une analyse plus détaillée, nous avons montré que DOT1L favorisait la formation du complexe de pré-initiation au niveau du promoteur des gènes de ménage ainsi que l'apparition de marques d'euchromatine transcriptionnellement actives. Bien que l'expression des gène de ménage soit inhibée, une analyse transcriptomique montre que les gènes pro-apoptotiques sont fortement transactivés chez les MEFDOT1L après irradiation. Le traitement à la trichostatine A, qui relaxe la chromatine, diminue la transactivation des gènes apoptotiques et restore l'initiation de la transcription et la survie aux UV. Sur la base de ces données, nous proposons que DOT1L garde structure de la chromatine ouverte après UV
Développement d'un modèle de correction génétique du xeroderma pigmentosum par recombinaison homologue ciblée par des endonucléases ingéniérées by Aurélie Dupuy( )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Xeroderma pigmentosum (XP) is a rare inherited genetic disorder characterized by an UV hypersensitivity and a severe predisposition to skin cancers. Cells from XP patients are deficient in nucleotide excision repair (NER) of UV-induced DNA lesions. Several complementation groups have been identified in the XP syndrome and the XP-C group represents the majority of XP patients around the world. During my PhD work, I developed a model of targeted correction by homologous recombination (HR) in order to correct a deletion of two nucleotides in the ninth exon in XPC gene leading to a premature stop codon. To stimulate HR, I used two types of engineered endonucleases : meganucleases and TALEN. I observed that the target methylation status could affect the endonuclease activities and therefore XPC gene correction. Nervertheless, I developed two approaches to overcome this methylation sensitivity : use of a demethylating agent (5-aza-2-deoxycytidine (5azadC)) or a specific engineering of TALEN. Using 5azadC with meganuclease allowed to stimulate the cutting frequency by nearly 20 fold in XPC fibroblasts and the engineered TALEN allowed a 40 fold-increase in frequency. With both strategies I obtained genetic correction events by repair matrix introduction in the targeted locus with a near 3% frequency. The characterization of corrected clones with the XPC TALEN shows genomic correction in the ninth exon, a restoration of the XPC protein expression and cell survival following UV exposure, thus demonstrating fully recovered normal repair activity by NER. This study represents the first evidence of genetic correction of XPC-deficient cells by a targeted approach
Rôles de TFIIH dans l'ouverture du promoteur et le remodelage de la chromatine lors la transcription des gènes de classe II by Jérémy Sandoz( )

1 edition published in 2019 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The synthesis of messenger RNA is a highly regulated process. During transcription initiation, a large number of proteins are recruited to gene promoter including RNA polymerase II, general transcription factors like TFIIH, co-activators and chromatin remodelers. The assembly of pre-initiation complex on promoters is followed by their opening. Accepted models to date suggested that transcription of class II genes requires TFIIH XPB subunit ATPase and helicase activities to actively open the promoter. However, we have observed that mRNA expression is compatible with the absence of XPB but requires its ATPase activity. These observations are consistent with an alternative model in which the ATPase activity of XPB is used to translocate the protein upstream of the initiation site, alleviating a block, imposed by the presence of XPB, of the promoter opening. Moreover, we found a new role for TFIIH in chromatin remodeling during transcription initiation. We highlighted a tight connection between TFIIH and the histone acetyltransferase KAT2A that controls higher-order chromatin structure and gene expression and provide new insights into transcriptional misregulation in combined Xeroderma Pigmentosum and Cockayne syndrome, a cancer-prone DNA repair-deficient disorder
Nucleotide Excision Repair at the crossroad with transcription by Elena Cerutti( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The integrity of DNA is continuously challenged by a variety of endogenous and exogenous agents (e.g. ultraviolet light, cigarette smoke, environmental pollution, oxidative damage, etc.) that cause DNA lesions which interfere with proper cellular functions. Nucleotide Excision Repair (NER) mechanism removes helix-distorting DNA adducts such as UV-induced lesions and it exists in two distinct sub-pathways depending where DNA lesions are located within the genome. One of these sub pathways is directly linked to the DNA transcription by RNA Polymerase 2 (TCR). In the first part of this work, we demonstrated that a fully proficient NER mechanism is also necessary for repair of ribosomal DNA, transcribed by RNA polymerase 1 and accounting for the 60 % of the total cellular transcription. Furthermore, we identified and clarified the mechanism of two proteins responsible for the UV-dependent nucleolar repositioning of RNAP1 and rDNA observed during repair. In the second part of this work, we studied the molecular function of the XAB2 protein during NER repair and we demonstrated its involvement in the TCR process. In addition, we also shown the presence of XAB2 in a pre-mRNA splicing complex. Finally, we described the impact of XAB2 on RNAP2 mobility during the first steps of TCR repair, thus suggesting a role of XAB2 in the lesion recognition process
Etude du complexe de réparation par excision de nucléotides by Salim Ziani( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

During my thesis I worked on two projects, the first one was focused on the functional study of TTDA subunit of TFIIH, which is a general transcription factor involved in NER, we made a double hybrid screening to identify new interactants of TTDA subunit, and we could select ZBTB38, which is known to be implicated in methyl dependant gene repression; we confirmed its interaction with TTDA and its involvement in NER. The second project was entiteled Molecular Insights into the formation of the nucleotide excision repair complex revealed on undamaged chromatin. we analyzed the formation of the PInC independently of DNA damage by using the LacO-LacR system. We observed a sequential and ordered self-assembly of the PInC operating upon immobilization of individual NER factors on undamaged chromatin and mimicking that functioning on a bona fide NER substrate. We also revealed that the recruitment of TTDA, involved in Trichothiodystrophy disorder, was key in the completion of the PInC
Mediator and NER factors in transcription initiation by Baptiste Bidon( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The synthesis of messenger RNA is a highly regulated process. During transcription initiation, a large number of proteins are recruited to gene promoter, including the RNA polymerase II, general transcription factors, co-activators, chromatin remodellers and the Mediator complex. Some DNA repair factors from the NER pathway are also recruited. Using cells derived from patients bearing mutations in either MED12 gene or XPC gene, we studied the roles of such proteins in transcription. MED12 patients are mostly characterised by intellectual disability and developmental delay. We showed that MED12 is implicated in the transcription regulation of immediate early genes like JUN, known for its role in neurological development and neuronal plasticity. JUN expression is markedly altered by MED12 mutations. We also showed that the position of the mutation influences this alteration, bringing possible explanation for inter-patients symptom variability. Meanwhile, XPC patients are mostly characterized by photosensitivity. We showed that XPC protein, which engages one of the NER pathways, is implicated in chromatin post-translational modification. Together with E2F1, it helps the recruitment of GCN5 acetyl-transferase to promoter of a certain set of genes. On the promoter, GCN5 notably cooperates with TFIIH to modify the chromatin environment during transcription initiation. In addition to help the comprehension of the transcription mechanisms, these results bring knew insight into the aetiology of mutations associated diseases
Une nouvelle voie de déposition de H2A.Z impliquant l'hétérodimère Ku70/Ku80' by Arslan Iftikhar( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The Ku heterodimer, consisting of Ku70 and Ku80 subunits, is an evolutionary conserved complex with a prominent raie in NHEJ repair. The Ku heterodimer is a highly abundant chromatin associated complex. How the Ku proteins are recruited to chromatin in the absence of DNA damage is still unknown. Using tandem-affinity purification procedure, we identified the Ku heterodimer as one of the major component of the H2A.Z predeposition complex. Using deletion mapping, we identified the vWA demain of Ku80 as the primary motif responsible for its interaction with H2A.Z/H2B dimers. This interaction is mediated essentially by H2B in the presence of H2A.Z but not in the presence of H2A or H2AX. Analysis of H2A.Z localization in Ku80-/- cells by chromatin immunoprecipitation followed by sequencing shows specific depletion of H2A.Z from promoters but not from enhancers or insulators. Collectively, our data uncover a navel function of the Ku complex in the mechanism of H2A.Z/H2B deposition at promoters
Le facteur de réparation XPC est un cofacteur de l'ARN polymérase II régulant les modifications post-traductionnelles des histones lors de la transcription by Maryssa Semer( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La voie de réparation NER implique une cascade de complexes protéiques dont le senseur des dommages de l'ADN (XPC/HR23B). Des mutations dans les gènes de la NER (TTD-A, XPA-G, XPV, CSA et CSB), sont associées à des maladies génétiques humaines dont le Xeroderma Pigmentosum (XP), la Trichothiodystrophie (TTD) et le syndrome de Cockayne (CS). L'ensemble des symptômes des patients ne peut être expliqué seulement par un défaut de la réparation de l'ADN. Or depuis quelques années, il a été prouvé que les facteurs de la NER sont aussi impliqués lors de la transcription. Dans le cadre de ma thèse, je me suis particulièrement intéressé à la protéines XPC en déterminant son rôle transcriptionnel à l'échelle génomique afin de mieux comprendre les conséquences de sa dérégulation dans un contexte pathologique. En ce sens, mon second objectif a été de caractériser au niveau moléculaire l'étiologie de nouveaux patients XP en analysant de manière combinée les évènements moléculaires de la NER et la transcription associés à XPC. Nos différentes approches expérimentales ont permis d'identifier au niveau génomique un ensemble de gènes sont les promoteurs sont régulés aussi bien positivement que négativement par XPC dans un contexte RAR dépendant. De plus, nous montrons que XPC interagit avec KAT2A contenu dans le complexe ATAC, ainsi que qu'avec le facteur de transcription E2F1, le facteur de remodelage de la chromatine BRD2 et le variant d'histone H2A.Z. Via KAT2A, ce complexe va acétyler non seulement H2A.Z mais également H3K9 au niveau des promoteurs ciblés par E2F1
Altérations de la chromatine endommagée aux UVC dans les cellules humaines : une histoire d'histones by Juliette Dabin( )

1 edition published in 2018 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Dans les noyaux cellulaires des organismes eucaryotes, l'organisation de l'ADN avec des protéines histones sous forme de chromatine est une source d'information dite épigénétique, qui dicte l'expression des gènes et l'identité cellulaire. Cependant, la chromatine est déstabilisée lors des activités de transcription, réplication et réparation de l'ADN. Ces évènements nucléaires sont donc susceptibles d'affecter l'information épigénétique. Pendant ma thèse, je me suis intéressée à la dynamique de la chromatine en réponse aux dommages à l'ADN générés par les UVC dans les cellules humaines. En particulier, j'ai cherché à comprendre comment le maintien de l'intégrité du génome et de l'épigénome sont coordonnés lors de la réparation des dommages de l'ADN. Pour répondre à cette question, j'ai développé des approches innovantes combinant l'irradiation locale de cellules humaines aux UVC et le suivi en temps réel des histones parentales, porteuses de l'information épigénétique d'origine. Ces méthodes m'ont permis de caractériser la dynamique des histones parentales dans les régions de chromatine endommagée aux UVC et d'en identifier les mécanismes sous-jacents. Ainsi, j'ai montré que les histones parentales sont rapidement redistribuées de manière conservative à la périphérie des zones de dommages à l'ADN puis recyclées en quasi-totalité. La contribution majeure des histones parentales à la chromatine réparée facilite vraisemblablement le maintien de l'intégrité de l'épigénome lors de la réparation des dommages à l'ADN. La réparation de la chromatine s'accompagne également de l'incorporation d'histones néo-synthétisées dont l'importance fonctionnelle n'est pas encore caractérisée. Pour explorer la fonction de ces nouvelles histones mises en place aux sites de dommages à l'ADN, j'ai étudié leur impact sur les modifications post-traductionnelles d'histones dans les régions endommagées. J'ai ainsi identifié leur contribution à un défaut local de phosphorylations d'histones associées à la condensation des chromosomes en mitose précoce. Ce mécanisme pourrait servir de base à un point de contrôle du cycle cellulaire retardant la ségrégation des chromosomes en réponse aux dommages à l'ADN. Ces travaux soulignent l'importance de la dynamique des histones accompagnant la réparation des dommages à l'ADN dans la coordination du maintien de l'intégrité du génome et de l'épigénome, et ouvrent de nouvelles perspectives quant au rôle de la plasticité de la chromatine dans le maintien de l'homéostasie cellulaire
 
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