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Institut de recherche sur le cancer et le vieillissement (Nice)

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Works: 36 works in 36 publications in 2 languages and 36 library holdings
Roles: Other
Publication Timeline
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Most widely held works by Institut de recherche sur le cancer et le vieillissement (Nice)
Facteurs cellulaires contrôlant la rétrotransposition du L1 by Ramona Nicoleta Galantonu( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Étude de l'origine moléculaire de l'hétérogénéité de réponse cellulaire à TRAIL et son rôle dans la résistance non-génétique by Mickaël Meyer( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The phenotypic heterogeneity observed in populations of isogenic cells is an immediate cause of non-genetic resistance to anticancer drugs which remains difficult to profile due to its transient nature. In a first part of this work, we have studied the molecular origins of the phenotypic heterogeneity observed in response to TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL). For that, we have developed a method to isolate resistant cells before they initiate genetic induction by the treatment, and sensitive cells before they deteriorate their content during cell death. The method is composed of three single-cell technologies: predictive measurement of cell response by video-microscopy, isolation of each cell in situ by laser capture, followed by transcriptomic profiling. The prediction of therapeutic response makes it possible to isolate and profile all the cells, regardless of the outcome of their late pharmacological response (cell death for sensitive cells), and thus enabled us to identify the genes at the origin of the difference in efficacy of TRAIL. Then in a second part of this work, we studied the transient resistance induced during treatment with TRAIL. We were able to demonstrate the role of TAK-1 in the establishment of this transient resistance. It has been described that the apoptotic pathway triggered by TRAIL could also branch off onto the pathway of necroptosis, a highly immunogenic cell death. We were able to demonstrate an antagonistic communication of these pathways: the resistance induced during apoptosis of cells treated with TRAIL made it possible to sensitize the surviving cells to the necroptotic treatment. This work could suggest new therapeutic strategies in order to overcome the resistance inherent in these signaling pathways
Le syndrome Xeroderma Pigmentosum-C - étude des mécanismes moléculaires impliqués dans la prédisposition des patients XP-C aux cancers cutanés non mélanocytaire agressifs by Margot Muller( )

1 edition published in 2019 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Skin as the outer layer of the body is constantly exposed to UV, the main cause of skin cancer. Non-Melanoma Skin Cancer are divided in two cancer types: Squamous cell carcinoma (SCC) and Basal cell carcinoma (BCC). BCC arise after early acute UV exposure during childhood and present a low metastatic potential; while SCC arise after low chronic UV exposure during life time, present higher metastatic potential. Ratio between BCC and SCC is 4 to 1 in general population.In the lab, we are interested in Xeroderma Pigmentosum (XP) pathology. XP is a rare autosomal recessive genetic disease. In Europe, a large majority of XP patients carry a mutation in XPC gene. resulting in the absence of XPC protein. Canonical role of XPC is to recognize UV DNA damage and allowed DNA reparation by Nucleotide Excision Repair mechanism (NER). XP-C patients present a hypersensitivity to UV radiations and develop very early skin cancer with a higher incidence. They develop 10 000 times more non-melanoma skin cancer (NMSC) compare to general population. Interestingly, we observe that XP-C patients develop 1 BCC for 4 SCC. The objective of my PhD is to decipher the molecular mechanisms underlying XP-C keratinocytes susceptibility to SCC.In our laboratory, we used human primary keratinocytes isolated from biopsies of XP-C patients or healthy individuals. We developed a protocol to mimic chronic solar exposure by exposing primary keratinocytes to chronic low UV irradiation. We have chosen to perform an unbiased approach using whole genomic sequencing (WGS) from XP-C and WT keratinocytes exposed or non-UV exposed. As expected, chronically irradiated XP-C keratinocytes presented an increase of mutation burden particularly in coding sequence. A gene network analysis of UV mutation shows a defect in chromatin organization. Very interestingly, without UV exposure, we saw already an increase of mutation in coding sequence even though no differences in mutation burden was observed. Then performing again, a network analysis focusing only on stop mutations, we highlighted a defect in chromatin organization. These results suggested a chromatin organization defect and a more open state of chromatin in XP-C keratinocytes. Our putative model is that open chromatin could be linked to a more stem cell state of XP-C keratinocytes, suggesting a new role of XPC in chromatin organization. To validate this putative model, we mimic chromatin organisation defects by using epigenetic modifier drugs on WT primary keratinocytes. After this treatment, WT cells presented terminal differentiation defect. We then checked our XP-C keratinocytes differentiation potential. And we observed a similar phenotype to treated WT cells. XP-C keratinocytes seems to have defect in cell differentiation and cell fate commitment. We showed that XP-C keratinocytes presented a higher percentage of stem cell, a higher expression of interfollicular epidermis markers and presented a defect in terminal differentiation program. These results strongly supported our hypothesis that the absence of XP-C leads to a switch in cell identity.In conclusion, the absence of XP-C reveals a stem cell like phenotype of XP-C deficient keratinocytes with a more open chromatin that could be linked to the more aggressive type of cancer observed in patients. Indeed, the cell of origin of NMSC are different. Thus, the aggressive one has a progenitor like cell as a cell of origin. Altogether, these data correlate nicely with our putative model, giving a first clue in the explanation of the inverted ratio of NMSC cancer in XP-C pathology
La rigidification de la matrice extracellulaire et la voie de signalisation de l'EGFR coopèrent pour induire l'expansion des carcinomes squameux par la régulation du canal calcique CaV1 by Eloïse Grasset( )

1 edition published in 2017 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) est une cible rationnelle pour les traitements anticancéreux des carcinomes épidermoïdes (CE). Cependant, seule une petite fraction de patients présente des avantages cliniques. Afin de comprendre l'échec de ces thérapies, j'ai étudié la voie de signalisation de l'EGFR en présence de fibroblastes associés aux carcinomes (FAC), principales cellules non malignes au sein des tumeurs. J'ai démontré que dans les CE, la voie de signalisation de l'EGFR coopère avec la rigidité de la matrice extracellulaire (MEC) induite par les FAC. Par la suite, j'ai cherché à résoudre les voies moléculaires qui sous-tendent cette coopération afin d'identifier de nouvelles cibles pharmaceutiques. Grâce à un criblage d'inhibiteurs pharmacologiques, j'ai identifié le vérapamil et le diltiazem, bloqueurs des canaux calcique CaV1, comme étant de puissants inhibiteurs de l'invasion des CE. Au niveau moléculaire, j'ai révélé que la rigidité de la MEC dérivée de la tumeur et la signalisation de l'EGFR déclenchent l'augmentation du calcium intracellulaire par le canal CaV1.1 dans les CE. Le blocage de l'activité de ces canaux inhibe l'invasion et la prolifération des cellules tumorale in vitro. Plus important encore, je démontre une forte réduction du développement des tumeurs dans deux modèles in vivo, à la fois dans un modèle de xénogreffe de cellules dérivées de patient atteint de carcinome de la tête et du cou, et dans un modèle CE cutané chez la souris. Par conséquent, je suggère une réaffectation du vérapamil et du diltiazem en tant qu'agents anticancéreux
Diversification génétique et phénotypique de la levure par réversion de la méiose : ubiquité, mécanisme et applications by Simone Mozzachiodi( )

1 edition published in 2021 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les hybrides constituent une source de variabilité génétique et phénotypique importante qui résulte de combinaisons alléliques uniques issues du mélange de génomes distincts. L'humanité a exploité pendant des milliers d'années l'hybridation des plantes, des animaux et des microbes pour leurs performances améliorées par rapport à celles des espèces endogènes. Cependant, les hybrides sont dans la plupart des cas des « impasses » évolutives en raison de la très faible viabilité de leur progéniture, empêchant de ce fait l'amélioration des caractéristiques d'intérêt industriel par croisements. Dans cette thèse, j'ai profité de la capacité de la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae à interrompre la méiose et à restaurer la croissance mitotique - par l'ajout soudain de nourriture abondante - pour palier à la stérilité des hybrides. Ce processus, dénommé « Return to Growth » (RTG), induit des cassures double-brin d'ADN générant des régions de perte d'hétérozygotie (LOH), et mène à la recombinaison du génome et à la création de variabilité phénotypique sans avoir recours à la reproduction sexuée. Bien qu'il ait déjà été démontré que des hybrides fertiles dérivés de souches de laboratoire peuvent effectuer le RTG, on ne connaît pas le degré d'application de celui-ci chez des souches d'origines diverses présentant des structures génomiques et un niveau de stérilité différents. Pour aborder ce problème, j'ai soumis plusieurs hybrides artificiels et industriels au RTG et j'ai caractérisé son impact au niveau génomique et phénotypique.Dans la première partie de ma thèse, j'ai déterminé dans quelle mesure le RTG peut aider à surmonter les barrières de stérilité post-zygotiques décrites dans les espèces de Saccharomyces. Tout d'abord, j'ai analysé des données de séquençage d'échantillons issus d'une souche hybride stérile soumise au RTG, et j'ai confirmé que le génome était recombiné, bien que la machinerie méiotique soit défectueuse. Ensuite, j'ai mis au point un système génétique permettant de mesurer le taux de recombinaison du génome à un locus donné et j'ai séquencé plusieurs individus afin de démontrer l'efficacité du RTG chez plusieurs hybrides présentant une stérilité aiguë. De plus, j'ai caractérisé l'impact de fortes divergences génomique sur le RTG en étudiant des hybrides entre S. cerevisiae et S. paradoxus, et j'ai observé que le système de réparation des mésappariements de l'ADN inhibait la recombinaison génétique induite par le RTG. Enfin, j'ai mis en évidence la capacité du RTG à générer de la diversité phénotypique que j'ai utilisée pour décortiquer l'architecture génétique des caractères complexes de lignées isolées sur le plan reproductif. Dans la deuxième partie de ma thèse, j'ai testé l'efficacité du RTG sur deux souches hybrides polyploïdes stériles de S. cerevisiae utilisées dans le domaine industriel. En utilisant le système génétique mis au point dans la première partie, j'ai pu démontrer que ces souches étaient compétentes au RTG et j'ai mis en évidence la présence de nombreux événements de recombinaison génétique après séquençage du génome. Ensuite, j'ai développé une méthode n'impliquant pas de modifications génétiques pour sélectionner les cellules soumises au RTG et j'ai généré deux bibliothèques d'échantillons recombinants. L'analyse de leurs génomes a révélé une grande variabilité, comprenant de vastes régions de LOH. Finalement, j'ai mesuré la variabilité phénotypique existante au sein de ces bibliothèques et j'ai trouvé que certaines souches recombinantes étaient plus performantes que les souches industrielles originales dans des environnements spécifiques. Dans l'ensemble, mes travaux présentent le RTG comme une nouvelle stratégie permettant de surmonter la stérilité post-zygotique et offrant la possibilité de développer des souches hybrides de Saccharomyces d'intérêt industriel sans avoir recours à des modifications génétiques
Étude des variations de la taille des télomères chez le corail Stylophora pistillata et dans les populations sauvages des genres Pocillopora sp., Porites sp., et Millepora sp. récoltés sur 32 systèmes insulaires de l'Océan Pacifique au cours de l'expédition TARA-Pacifique by Alice Rouan( )

1 edition published in 2020 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

The linearity of eukaryotic chromosomes requires the presence of a particular terminal chromatin structure, named telomere, to control the stability and function of genomes. Changes in telomere structure during life can determine longevity, stress resistance and disease susceptibility. Our knowledge on the contribution of environmental factors on telomere length (TL) variability remains at its infancy, as well as the diversity of telomere maintenance mechanisms and ageing strategies existing in the tree of life. In this regard reef building corals are an interesting but yet poorly investigated model to tackle the question of telomere response to environment. Indeed those long lived animals cannot escape external environmental stressors due to their fixed life mode nor internal ones due to the symbiosis, within their gastrodermal cells, with a photosynthetic microalgae. Here I combined an extensive field case study on 3 coral genera (two scleractinians, Pocillopora sp. and Porites sp. and the hydrozoan Millepora sp.) as well as controlled conditions test on the coral model Stylophora pistillata to unravel the possible links between telomere DNA length variation and environmental stress. I found that an absence of TL shortening with age and size in all the investigated corals. I observed a possible impact of dark induced bleaching on TL and different TL dynamics in wild populations. Pocillopora sp. mean TL is constrained both by genetic and environment while Porites sp. has a remarkable ability to maintain its TL regardless of size, genetic and some environment disturbance. Yet both of genera TLs were negatively correlated with seasonal deviations, identifying this environmental parameter as a factor overcoming TL maintenance in genera with different TL dynamics and life-history strategies
Étude de l'impact de la télomérase sur la régénération et la reprogrammation de l'épithélium rénal by Margo Montandon( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le rein est un organe considéré comme statique, montrant une capacité régénérative très limitée. Les cellules épithéliales du glomérule, appelées podocytes, sont des cellules hautement différenciées qui possèdent des extensions cytoplasmiques indispensables à leur fonction de filtration du sang. Ces cellules sont particulièrement impactées dans les pathologies rénales chroniques, et il apparaît primordial de développer des stratégies thérapeutiques permettant de restaurer leur fonction. Une des approches thérapeutiques qui semble des plus prometteuses consiste en le remplacement des cellules lésées par des cellules fonctionnelles. Dans cette approche de médecine régénérative, les capacités endogènes de régénération des organes sont exploitées et stimulées afin de permettre un rétablissement des tissus constituant les organes. Bien que les podocytes montrent un potentiel de prolifération et de régénération limité, un moyen unique de stimuler ces cellules consiste en la surexpression de la sous-unité protéique TERT de la télomérase. En effet, la surexpression transitoire de TERT dans le rein adulte induit la dédifférenciation et la prolifération des podocytes, suivi par la régénération de ces cellules. L'objectif de mon travail de thèse était d'identifier les voies de signalisation moléculaires ciblées par TERT lors de la reprogrammation des podocytes en cellules dédifférenciées et prolifératives. Le travail réalisé a permis de mettre en évidence les facteurs moléculaires impliqués dans l'initiation de ce processus ainsi que les effecteurs de la reprogrammation ciblés par TERT. De plus, l'analyse des voies de signalisation dérégulées par TERT montre que l'interaction et le remodelage de la matrice extracellulaire représentent des événements très précoces lors de la reprogrammation. Un autre objectif de ma thèse consistait en l'élucidation des mécanismes cellulaires mis en œuvre lors de la régénération des podocytes suite à la surexpression transitoire de TERT. Aussi, les résultats obtenus grâce à l'emploie d'une approche non biaisée de traçage cellulaire a révélé la présence de cellules progénitrices dans le néphron du rein adulte capables de s'amplifier de manière clonale afin de régénérer les podocytes de manière efficace et rapide. Ces résultats présentent un mécanisme cellulaire encore jamais appréhendé, menant à la régénération efficace des podocytes dans le rein des mammifères adultes. Ces données représentent une véritable percée des connaissances au regard de l'existence et de la fonction des progénitures rénaux, ouvrant la voie à des stratégies thérapeutiques permettant d'améliorer la régénération cellulaire de patients souffrant de maladies rénales chroniques
Le rôle de la protéine RAP1 dans la protection des télomères humains by Liudmyla Lototska( )

1 edition published in 2018 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les télomères sont des séquences d'ADN, généralement répétées en tandem, localisées à l'extrémité des chromosomes linéaires. Une des fonctions principales des télomères est de différencier l'extrémité des chromosomes des cassures double-brin, et ainsi de prévenir l'activation des voies de réparation de l'ADN. Chez les mammifères, cette fonction est plus spécifiquement assurée par le complexe shelterin. Il s'agit d'un complexe hétérogène composé de six protéines distinctes : TRF1, TRF2, POT1, RAP1, TPP1 et TIN2, qui interagit spécifiquement avec l'ADN télomérique. Au sein de ce complexe, les protéines RAP1 et TRF2 coopèrent afin d'empêcher l'extrémité des chromosomes d'être perçue comme un dommage de l'ADN, ce qui autrement aboutirait à des fusions inter-chromosomiques suite au processus de réparation. La protéine TRF2 se lie directement à la molécule d'ADN dans laquelle elle s'enroule de façon spécifique. Cette propriété est primordiale pour générer une structure d'ADN en forme de boucle, appelée t-loop, et dont le bon fonctionnement des télomères dépend. Les travaux effectués au cours de cette thèse ont mis en évidence deux scenarii indépendants dans lesquels la protéine RAP1 assure un rôle critique dans la stabilité des télomères. Premièrement, RAP1 peut prévenir les fusions inter-chromosomiques dans des cellules exprimant une forme altérée de TRF2 incapable de former des t-loops. Deuxièmement, l'inhibition de RAP1 dans des cellules en sénescence réplicative conduit à l'activation des voies de réparation de l'ADN et à la formation de fusions inter-chromosomiques. Ces observations font écho à des résultats précédents obtenus dans des cellules HeLa traitées avec l'inhibiteur de la télomérase BIBR1532, et dont l'expression de la protéine RAP1 était abolie par shRNA. De plus, j'ai montré que les fusions interchromosomiques engendrées par la perte de RAP1 sont dépendantes de la ligase IV, qui est un acteur principal de la voie de réparation de l'ADN par recombinaison non-homologue (NHEJ). Dans l'ensemble, ces travaux démontrent l'importance de la protéine RAP1 dans la stabilité des télomères lorsque la protéine TRF2 est non fonctionnelle, mais aussi dans des situations physiologiques telles que la sénescence réplicative
SQSTM1, une protéine de plateforme à la croisée de la réponse aux dommages à l'ADN et de la réponse à l'immunothérapie dans le cancer : rôles des rétrovirus endogènes by Iris Grosjean( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the deadliest cancer in the world, due to acquired resistance to genotoxic chemotherapy and radiotherapy (DNA-damaging agents, named DDAs hereafter) and targeted therapies. Immunotherapy (including immune checkpoint inhibitors (ICIs)) is a real revolution in patient care. This strategy has indeed had a positive impact, turning into treatable advanced cancers without "actionable" targets that were considered incurable. Survival at 5-year has increased from 5% with conventional treatment to 20% with immunotherapies and up to 50/60% for melanoma and lung cancer with therapies combining ICIs and DDAs. The current challenge in clinical trials is to develop combined therapeutic strategies that increase efficacy while limiting resistance to different treatments. Elucidating resistance mechanisms is essential to propose new robust predictive biomarkers and new therapeutic approaches to improve the efficacy of ICIs.We have hypothesized that resistance to DDAs and ICIs is mediated by intrinsic tumor mechanisms, some of which may be shared. Thus, we have studied the action of DDAs and their molecular consequences that lead to immune evasion. Through three complementary approaches (in silico, in vivo on patient cohorts and in vitro), we identify the p62/SQSTM1 scaffold protein as a key molecular mediator capable of predicting and controlling sensibility to DDAs and ICIs. We report for the first time that SQSTM1 causes a "HOT" tumor immune profile, while downregulating DNA repair mechanisms. In addition, SQSTM1 is essential for the DDAs-induced reactivation of human endogenous retroviruses (hERVs). Downstream, hERVs induce an innate antiviral response, resulting in the expression of interferons, MHC-I and PD-L1, leading to tumor immune evasion.In conclusion, i) we propose SQSTM1 as a predictive biomarker for selecting patients who may benefit from ICI plus DDA combination strategies, and ii) we highlight a biological rationale for the efficacy of such strategies in refractory lung cancer, aimed at promoting their use and thus improving the prognosis of NSCLC
Rôle de l'immunosurveillance des cellules sénescentes dans le cancer et le vieillissement by Charlène Iltis( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Avec l'augmentation continuelle de l'espérance de vie, un grand nombre de pathologies associées au vieillissement émergent. Elles sont étroitement liées à l'accumulation de cellules sénescentes dans les tissus sans que l'on sache précisément comment et pourquoi cela est possible. L'apparition des cellules sénescentes joue un rôle physiologique important dans le développement, dans la cicatrisation mais elles peuvent être également associées à des pathologies liées à l'âge. Comprendre comment les cellules sénescentes sont éliminées ou non dans les tissus représente donc un enjeu majeur pour établir de nouvelles stratégies thérapeutiques contre ses maladies. L'influence positive de leur élimination expérimentale sur la durée de vie et les maladies liées à l'âge a été prouvée très récemment dans des modèles murins où le système immunitaire semble y jouer un rôle majeur. Cependant, les mécanismes qui contrôlent le destin des cellules sénescentes, appelé collectivement « immunosurveillance des cellules sénescentes » sont encore très mal compris. Au cours de ma thèse, je me suis donc attachée à comprendre l'intéraction entre cellules immunitaires et cellules sénescentes et l'impact de ces interactions au cours du vieillissement.Le raccourcissement progressif de l'ADN télomérique à chaque cycle cellulaire joue un rôle clef dans le vieillissement. La dégradation par le protéasome de la protéine télomérique TRF2 favorise l'activation des voies de réparation de l'ADN conduisant à la sénescence. La situation est inverse dans les cellules cancéreuses où TRF2 est très souvent surexprimé. J'ai montré que la surexpression de TRF2 observée dans les tumeurs inhibe l'immunosurveillance médiée par les Natural Killer (NK) en bloquant leur recrutement et leur activité. Cette inhibition est médiée par les Myeloid Derived Suppressor Cells (MDSC), recrutées et activées dans le microenvironnement tumoral par un ensemble de gènes liés au glycocalyx dont l'expression est modulée positivement par TRF2. Puisque TRF2 régule l'immunosurveillance des cellules tumorales en remodelant le glycocalyx et que TRF2 est naturellement dégradé à la sénescence, j'ai émis l'hypothèse que le glycocalyx de la cellule sénescente pourrait avoir des fonctions immunorégulatrices.J'ai identifié une très forte expression d'un ganglioside et de son enzyme de synthèse à la sénescence réplicative. Cette surexpression est également observée dans la sénescence induite par irradiation, par lésion de l'ADN et par remodelage matriciel à l'exception de la sénescence induite par l'oncogène Ras (OIS). De manière cohérente avec les fortes capacités immunomodulatrices des gangliosides, en particulier sur les cellules NK, j'ai observé une forte fonction immunosuppressive des cellules sénescentes avec une capacité à inhiber fonctionnellement in vivo et in vitro les cellules NK, sauf dans le cas de l'OIS. Cette inhibition de fonctionnalité est strictement dépendante de l'expression de ce ganglioside puisqu'en invalidant son expression l'activité cytotoxique des NK est restaurée, par shARN, en éliminant son expression de surface par traitement enzymatique ou bien en bloquant son interaction avec son récepteur par un anticorps monoclonal. Dans un modèle de fibrose pulmonaire chez la souris, où comme chez l'homme, les cellules sénescentes jouent un rôle dans l'étiologie de la maladie, j'ai également montré que les cellules sénescentes expriment également ce ganglioside et que sa présence favorise localement l'inhibition des cellules NK, les rendant non fonctionnelles ex-vivo face à des cellules tumorales.Dans leur ensemble, mes résultats montrent que les cellules sénescentes humaines et murines peuvent être immunosuppressives grâce à la surexpression de ce ganglioside, suggérant un programme cellulaire d'échappement au système immunitaire pouvant favoriser leur accumulation et le développement de la fibrose pulmonaire
Étude des mécanismes moléculaires de l'évolution du génome chez la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae by Melania Jennifer D'Angiolo( )

1 edition published in 2021 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'évolution du génome consiste en la modification progressive de ce dernier au fil du temps et résulte de la variation des gènes dans leur ensemble, des mutations, des recombinaisons et échanges génétiques entre populations. L'essor des technologies de séquençage de nouvelle génération ainsi que la réduction de leur coût ont permis d'augmenter le nombre de génomes disponibles, permettant d'élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans leur évolution. Dans ce travail, j'ai utilisé la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae pour étudier deux aspects fondamentaux de l'évolution du génome: l'origine des introgressions inter-espèces et la diversité des télomères.Une introgression est une insertion de matériel génétique provenant d'une population dans une autre. Ce phénomène naît d'événements d'hybridation suivis de rétrocroisements répétés avec l'une des populations parentales. Dans la première partie de ma thèse, j'ai étudié une lignée de S. cerevisiae isolée à partir des eaux usées de la production d'huile d'olive (Alpechin), qui comprend d'abondantes introgressions de l'espèce sœur S. paradoxus, ainsi qu'une souche hybride S. cerevisiae/S. paradoxus caractérisée par des nombreuses régions de perte d'hétérozygotie (LOH). J'ai établi une carte génétique détaillée des LOHs dans la souche hybride et comparé leur position aux introgressions dans les souches d'Alpechin pour déterminer leurs relations. J'ai constaté que LOHs et introgressions se chevauchaient et provenaient de l'ascendance de S. paradoxus, indiquant que les introgressions dans la lignée d'Alpechin découlent directement des LOHs. J'ai proposé un modèle pour expliquer l'origine des introgressions chez la levure selon lequel les LOHs permettent aux hybrides inter-espèces de surmonter leur stérilité et j'ai validé la fiabilité de ce postulat à l'aide d'approches expérimentales et informatiques.Dans la deuxième partie de ma thèse, j'ai caractérisé la diversité des télomères chez S. cerevisiae et l'effet d'un stress télomérique sur le fitness cellulaire. Premièrement, j'ai estimé la longueur des télomères dans plus de 900 souches isolées à travers le monde et constaté une vaste hétérogénéité, bien que les souches issues d'habitats naturels présentent des télomères plus courts que celles issues de l'agroalimentaire. J'ai ensuite réalisé une étude d'association pangénomique qui a permis d'identifier des variants génétiques susceptibles de moduler la longueur des télomères. De plus, j'ai identifié des mutations délétères dans des gènes connus pour influencer la longueur des télomères. J'ai aussi utilisé un ensemble de données phénotypiques pour déterminer si certains facteurs non génétiques sont associés à la variation de longueur des télomères, et j'ai ainsi pu constater une connexion entre le métabolisme mitochondrial et les télomères dans les souches naturelles.Deuxièmement, j'ai étudié l'effet d'un stress télomérique chronique chez des levures modifiées avec des répétitions télomériques humaines. J'ai fait évoluer ces levures «humanisées» sur plusieurs générations par le biais de lignées cellulaires non-sélectives et j'ai observé un ralentissement de la vitesse de division et de la longévité, parallèlement à une augmentation du taux de mutations. Enfin, j'ai procédé à une expérience d'évolution adaptative pour permettre l'émergence de mutations bénéfiques qui contrecarrent le déclin de fitness des levures «humanisées». Après évolution, la plupart des lignées ont retrouvé leurs caractéristiques originelles grâce à l'apparition de mutations spécifiques en lien avec la réponse aux dommages de l'ADN.Dans l'ensemble, mes travaux ont permis d'établir une nouvelle hypothèse expliquant l'origine des introgressions chez les espèces reproductivement isolées et de même ont permis de caractériser la diversité et l'instabilité des télomères à une échelle sans précédent, contribuant à l'élucidation des mécanismes moléculaires impliqués dans l'évolution des génomes
Comprendre comment la protéine PX régule les activités de la télomérase by Lou Duret( )

1 edition published in 2021 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Telomerase is a ribonucleoprotein that carries two crucial independent roles in cancer cells and adult stem cells. As a reverse transcriptase which synthesizes telomeric repeats localized at chromosome ends, telomerase ensures telomere stability maintenance. This activity, called canonical, leads to prevent nefast consequences associated with telomere dysfunction. In order to add telomeric sequences at chromosome ends, telomerase complex needs the protein subunit TERT and its RNA component TERC. Beside its role in telomere synthesis, TERT subunit presents an activity called non-canonical activity which is independent from telomere elongation. The results obtained previously show that kidney epithelium is particularly sensitive to this non-canonical activity of telomerase. Indeed, the conditional overexpression of a TERT mutant (TERTci, catalytically inactive), which is not able to elongate telomeres, in kidneys of adult mice induces reprogramming of kidney epithelial cells responsible for blood filtration (podocytes) in dedifferentiated and proliferative cells. This podocytes deregulation observed upon TERTci overexpression leads to a rapid development in mice of a kidney pathology described in humans. While TERT activities are involved in crucial processes such as cancer and adult stem cells, the mechanisms regulating these activities remain elusive. Studies suggest that TERT is regulated at the post-translational level. However, few data are available concerning the dynamic of phosphorylation of TERT and its biological involvement. The objective of my PhD is to determine how the protein PX regulates both telomerase activities. My first objective was to determine if PX interferes with TERT non-canonical activity and thereby if PX deletion modulates TERT ability to reprogram kidney epithelium in dedifferentiated and proliferative cells in vivo. In order to answer this question, I backcrossed mice overexpressing TERTci in a conditional manner (i-TERTci mice) with mice carrying a knock-out for PX (PX-/- mice). My results show that PX deletion prevents kidney disease initiation despite TERTci overexpression, and this defect in TERT function when PX is absent is associated with activation of the senescence process. Thus, my results show that chemical inhibition of PX protein enzymatic activity in i-TERTci mice presenting the kidney disease promotes partial remission of proteinuria and ameliorates the histopathological characteristics of the kidney in these mice. In conclusion, my work shows that targeting PX is an efficient therapeutic strategy in the treatment of the kidney disease in adult mice.My second objective was to determine if PX was also able to modulate the canonical function of telomerase. Besides, my results show that PX interferes with the ability of telomerase to elongate telomeres. Indeed, PX inhibition through the use of shRNA or by the mean of a pharmacological inhibitor of its enzymatic activity leads to telomere elongation in vitro. Moreover, my results show that PX interacts directly with TERT protein and modulates its phosphorylation statut. In conclusion, the work realized during my PhD reveals crucial roles for PX protein in the modulation of both canonical and extra-telomeric functions of telomerase
Le rôle de XPC dans l'invasion des cancers cutanés chez l'homme by Sahar Al-Qaraghuli( )

1 edition published in 2017 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Squamous cell carcinoma (SCC) is the most frequent metastatic skin cancer. His etiology is linked to exposure to ultraviolet radiation (UVR). Xeroderma pigmentosum C (XP-C) is a genetic disorder characterized by a severe susceptibility to aggressive SCCs following minimal exposure to UVR. XP-C cells are deficient in nucleotide excision repair (NER) of UV-induced DNA lesions. XP-C dermal fibroblasts expresse a phenotype resembling that of stromal fibroblasts associated to cancer cells with accumulation of reactive oxygen species and over expression of matrix metalloproteinase 1 (MMP1). We explored the effects of XP-C fibroblasts on migration and invasion of SCC cells. In organotypic skin cultures, XP-C fibroblasts promote the invasion of SCC cells. Also, scratch healing of SCC cells is enhanced with culture supernatants of XP-C fibroblasts through a mitogenic effect connected to increased ratio of SCC cells in the G2-M phase of the cell cycle. We show that XP-C fibroblasts overexpress the hepatocyte growth factor/scatter factor (HGF/SF) and activate the c-Met receptor and the p38 and JNK pathways in SCC cells. Blockage of HGF inhibits c-Met, p38 and JNK activation and prevented invasiveness of SCC cells within dermal equivalents. Spheroid assays show that XP-C fibroblasts lead SCC invasions. Our data indicate for the first time that XP-C fibroblasts are responsible for the formation of a permissive microenvironment towards SCC cells proliferation and invasion. Therapies targeting XP-C fibroblasts may be considered as a way to control aggressive cancer in XP-C patients
Découverte et implications dans la régulation transcriptionnelle d'un nouveau variant protéique du régulateur des intégrines et du transport des acides aminés CD98hc by Tomás de Garay Herrera( )

1 edition published in 2019 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

La protéine ubiquitaire CD98hc (SLC3A2, 4F2hc), présente chez tous les vertébrés, est impliquée dans un large éventail de processus, tels que l'homéostasie tissulaire, le développement ou la protection contre le stress. Elle constitue la chaîne lourde d'une famille de transporteurs d'acides aminés (SLC7) et est aussi un co-récepteur des intégrines. En régulant la signalisation associée à l'adhésion des intégrines ainsi que le transport des acides aminés, le niveau d'expression de CD98hc contrôle la prolifération cellulaire qui joue un rôle crucial dans l'expansion clonale des lymphocytes, le renouvellement des épithéliums et la tumorigenèse. Le travail présenté dans cette thèse identifie un nouveau variant de la protéine CD98hc. Ce variant est transcrit à partir d'un site d'initiation de la transcription qui se situe en amont du site d'initiation de la transcription canonique. Cette thèse démontre également la capacité promotrice de la région génomique d'environ 1000bp en amont du codon d'initiation alternatif identifié. La combinaison d'analyse de séquence et d'études fonctionnelles de la région promotrice alternative, fournit un aperçu des potentiels éléments cis-régulateurs gouvernant l'expression du variant alternatif de CD98hc. Cela suggère fortement que la régulation de son expression est différente de celle de la forme canonicale. Comprendre cette différence aidera à expliquer la complexité de la régulation des taux d'expression de CD98hc ainsi que la capacité des cellules à moduler ces taux d'expression en fonction de leurs besoins et des signaux fournis, à la fois dans un contexte homéostatique et pathologique. De plus, l'analyse de séquence du variant alternatif de CD98hc ouvre la voie pour la future caractérisation fonctionnelle de cette protéine. C'est la première fois que le variant protéique alternatif de CD98hc est identifié, venant ainsi enrichir les connaissances acquises pour une meilleure compréhension des travaux existants et à venir sur CD98hc. L'ensemble de ces travaux contribue donc à la compréhension de cette régulation complexe de l'expression de CD98hc, ainsi que son effet sur la prolifération cellulaire via la signalisation outside-in des intégrines et le transport des acides aminés chez les mammifères
Mécanismes moléculaires et cellulaires de formation et de dissolution des « processing bodies » en conditions physiologiques et physiopathologiques by Olivia Vidal Cruchez( )

1 edition published in 2021 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

« Processing bodies » or p-bodies are Membraneless Organelles (MLO) formed by a processus called liquid liquid phase separation (LLPS). P-bodies are aggregates of proteins and RNAs localized in cell cytoplasm. They were characterized as a storage place of repressed RNAs, without degradation nor decay. However, membraneless properties makes their content quickly mobilizable by cells, suggesting an important role for immediate responses to stress. During my thesis, I was interested both in mechanisms of p-bodies formation and dissolution. First, I highlighted the impact of p-bodies dissolution on mRNAs translation. Indeed, P-bodies dissolution induction leads to increased translation of these repressed and stored mRNAs, like KRAS and NRAS oncogenes. It seems that this mRNA pool constitutes a dynamic adaptation mechanism to cellular stress, in particular for MEKi drug tolerant cancer cell onset. In a second part of my thesis, in order to understand p-bodies formation, I studied exoribonuclease 1 (XRN1) localization. This crucial enzyme for RNAs decay is also found accumulated in p-bodies in an inactive form. In this context, to determine XRN1 role in p-bodies, I have been interested in p-bodies localization signal regions. Thus, I showed that region leading to XRN1 accumulation are found in C-terminal part of the protein at amino acid level: 1406-1468 et 1607-1706. These results indicate that these two conserved regions in vertebrates are indispensable for protein localization independently of the catalytic part localized in N-terminal part of XRN1 protein. To conclude, during my thesis I have worked on two p-bodies aspects: protein and RNA sequestration. These data will contribute to better understand p-bodies role in physiological and physiopathological diseases like cancer
Rôle des protéines de régulation du pH intracellulaire et du métabolisme énergétique dans les carcinomes du sein triple négatif by Jérôme Doyen( )

1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les cancers agressifs se caractérisent par un métabolisme glycolytique exacerbé avec surexpression de protéines assurant le contrôle du pH intracellulaire par l'export efficace des déchets métaboliques acides (par CAIX, CAXII, MCT1 et MCT4 entre autres). Les cancers du sein dit "triple négatif" (sans expression des récepteurs à l'estrogène, progestérone et Her-2) présentent une consommation augmentée de glucose et un plus mauvais pronostic en comparaison avec les autres cancers du sein. L'analyse immunohistochimique de l'expression des protéines glycolytiques d'une cohorte de 159 patientes TNEG a montré que MCT4 était prédictif de la survenue de métastases et de décès. Le ciblage in vitro de MCT4 par la technique des Zinc Finger Nucléases (ZFN) a eu un effet anti-prolifératif. L'efficacité était toutefois maximale lors du ciblage combiné de MCT1 (inhibiteur pharmacologique), MCT4 et de la respiration mitochondriale par la phenformine dans la lignée de cancer TNEG Hs578t. Cette étude montre donc que le ciblage des protéines glycolytiques pourrait être une piste intéressante dans le traitement des cancers du sein TNEG. Un autre travail a permis d'exploiter le ciblage des protéines glycolytiques, notamment CAIX et CAXII, pour augmenter in vitro et in vivo la radiosensibilité de lignées de cancer colorectal tout en démontrant un mécanisme original de radiosensibilisation, via l'acidification intracellulaire. Enfin, nous avons mis en évidence l'importance de l'hypoxamiR miR210 dans la radiorésistance de lignées de cancer du poumon, avec une radiorésistance semblant dépasser l'effet oxygène
Carcinomes rénaux : caractérisation moléculaire et des voies métaboliques dépendant des mécanismes hypoxiques by Damien Ambrosetti( )

1 edition published in 2015 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Renal carcinomas (RCC) are divided into several subtypes, defined by histological, genetic and phenotypic criteria. The differential diagnosis of these tumors is important with prognostic and therapeutic implications. Genetics and diagnosis: We studied the clinical, histological, immunohistochemical and genetic of papillary RCC (PRCC) type 1 and 2 cohort. An extensive genomic characterization completed by NGS has allowed us to classify type 2 PRCC in several groups of variable clinical evolution. Our results provide new information on the pathogenesis of PRCC that provide perspectives for personalized treatment. Metabolism, tumor grade and phenotype: In a series of clear cell RCC (ccRCC), we analyzed the characteristics of these tumors and the expression of proteins involved in the metabolism and isoforms of HIF. This study allowed us to demonstrate quantitative correlation between the expression of MCT1, GLUT1 and CA XII and Fuhrman grade, and qualitatively peripheral HIF2alpha localization and co-localization of proteins HIF2alpha and HAF. Theranostic strategies: In order to define the most appropriate treatment for patients with RCC, we made a parallel between sensitivity to targeted therapies of patients (in vivo), and cells derived from the original tumor (in vitro). We have demonstrated that the response in patients and in cells and was similar, thus in vitro assays are a way to define personalized treatment for ccRCC
La voie de signalisation FGF/FGFR : nouvelle cible thérapeutique dans les liposarcomes by Bérengère Dadone-Montaudié( )

1 edition published in 2020 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les sarcomes, tumeurs conjonctives malignes, constituent un groupe hétérogène de tumeurs en fonction de la ligne de différenciation. Les liposarcomes (LPS), de différenciation adipocytaire, représentent une classe de sarcomes de tissus mous fréquente chez l'adulte. Parmi les LPS, on distingue deux types histologiques majoritaires : les tumeurs lipomateuses atypiques (TLA) ou liposarcomes bien différenciés (LBD) et les liposarcomes dédifférenciés (LDD). Alors que les TLA/LBD sont de malignité intermédiaire c'est-à-dire d'agressivité essentiellement locale, les LDD ont un potentiel métastatique et leur taux de mortalité à 5 ans est de l'ordre de 30%. Les chimiothérapies standard ou les nouveaux agents cytotoxiques demeurent peu efficaces. Les TLA/LBD et LDD sont caractérisés par une amplification de la région 12q incluant notamment les gènes MDM2, HMGA2, CDK4 et FRS2. Cette amplification récurrente des oncogènes MDM2 et CDK4 a conduit au développement de nouvelles thérapies anti-MDM2 ou anti-CDK4. Par ailleurs en oncologie, la dérégulation fréquente de la voie du Fibroblast Growth Factor (FGF)/ Fibroblast Growth Factor Receptor (FGFR) constitue une cible d'intérêt dans la prise en charge thérapeutique de nombreux cancers. Or, le gène FRS2 qui se trouve amplifié dans les TLA/LBD code pour une protéine adaptatrice cruciale de la voie de signalisation FGF/FGFR. Peu d'études ont exploré l'implication de cette voie de signalisation dans la tumorigenèse des TLA/ LBD et LDD. Nos objectifs étaient d'évaluer l'implication de la voie FGF/FGFR dans la liposarcomagenèse et d'étudier les effets d'un inhibiteur pan-FGFRs très spécifique, le JNJ42756493 (erdafitinib) seul ou en association avec d'autres molécules sur la tumorigénicité des cellules de LPS in vitro et in vivo.Nous avons démontré qu'un sous-groupe de LBD et LDD présentait une surexpression de FGFR1 et/ou FGFR4 et que cette surexpression était corrélée à un mauvais pronostic, sur une série de 694 cas de LBD/LDD. Nous avons mis en évidence les effets anti-tumorigeniques du JNJ42756493 ainsi que la synergie de la combinaison JNJ42756493 + RG7388 (un antagoniste de MDM2 de la classe des nutlines) sur la viabilité cellulaire, l'apoptose, le cycle cellulaire, la survie à long terme et l'activation des voies de signalisation en aval des FGFRs. Ces effets synergiques in vitro étaient confirmés in vivo, sur un modèle de xénogreffe de souris. De plus, l'efficacité du JNJ42756493 (erdafitinib) a été testée chez un patient atteint d'un LDD métastatique, réfractaire à plusieurs lignes de chimiothérapie et a permis une stabilisation de la maladie pendant 12 semaines. En conclusion, nous avons mis en évidence que la voie de signalisation FGF/FGFR était impliquée dans la liposarcomagenèse avec un potentiel thérapeutique pour un sous-groupe de LBD/LDD et que l'expression de FGFR1 et/ou FGFR4 pouvait constituer un puissant biomarqueur pour sélectionner les patients à inclure dans des essais cliniques
Rôle d'ICAM-1 dans le remodelage de la matrice extracelllulaire par les fibroblastes tumoraux by Stéphanie Bonan( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les carcinomes évoluent dans un microenvironnement inflammatoire composé de cellules stromales (fibroblastes, cellules endothéliales et immunitaires) immergées dans une matrice extracellulaire (MEC). Les fibroblastes associés aux carcinomes (FACs) déposent et remodèlent la MEC dans le but de la rendre permissive à la croissance et l'invasion tumorale. Parmi les facteurs pro-inflammatoires responsables de l'activation des fibroblastes résidents, la cytokine Leukemia Inhibitory Factor (LIF) détient un rôle capital. En régulant l'activité de la chaîne légère de la myosine II (MLC-II), LIF induit la contractilité du cytosquelette d'actomyosine, générant des forces de tension et le remodelage de la MEC par les FACs. En revanche, les gènes régulés par LIF impliqués dans le phénotype pro-invasif des FACs ne sont pas connus. A l'aide d'un criblage phénotypique en trois dimensions, nous avons identifiés ICAM-1 comme régulateur majeur du remodelage de la MEC par les FACs. Nous démontrons qu'ICAM-1 est nécessaire et suffisant pour induire la réorganisation de la MEC indispensable à l'invasion collective des cellules de carcinome squameux. En effet, ICAM-1 est un régulateur de la contractilité cellulaire dépendante de la voie de signalisation RhoA-ROCK et de la kinase Src. De plus, la contractilité cellulaire régule l'expression d'ICAM-1, menant ainsi à une boucle de régulation positive. Nous proposons alors qu'ICAM-1 représente une cible thérapeutique afin de lutter contre l'invasion tumorale et la dissémination métastatique
Stratégie de repositionnement thérapeutique pour la SLA/DFT liée à la mutation p.Ser59Leu dans le gène CHCHD10 by Baptiste Ropert( )

1 edition published in 2021 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Mitochondrial diseases are metabolic diseases characterized by a deficit of the respiratory chain, implicating a deficit in the production of energy under the form of ATP. In 2014, Pr. Paquis-Flucklinger's team analysed several families suffering from mitochondrial myopathy coupled to a motor neuron disorder resembling Amyotrophic Lateral Sclerosis/FrontoTemporal Dementia. By exome sequencing, the team discovered the point mutation p.Ser59Leu in the gene CHCHD10. This gene codes for the mitochondrial protein CHCHD10, which function was unknown. Our team showed that the p.Ser59Leu mutation induces the disorganisation of the MICOS complex, a multiproteic complex which major role is to maintain mitochondrial cristae structure, leading to the mitochondrial myopathy and the motor neuron disease. It was the first evidence of a causal link between a mitochondrial disorder and a motor neuron loss. Amyotrophic Lateral Sclerosis is a terrible disease that provokes the death of motor neurons, inducing a progressive paralysis and patient death, two to three years after onset when the paralysis affects the respiratory system. Today, no curative treatment exists. This led us to start this PhD project: To try to find a molecule able to counter the symptoms due to the p.Ser59Leu mutation in CHCHD10 that could become a drug against the disease. For that, we screened two libraries of molecules containing repurposable drugs, the Prestwick library and the Selleckchem library. We chose this approach to reduce as much as possible the time between a potential discovery and the placing on the market of the new drug. First, we carried out a high throughput screening on an S.cerevisiae mutant that mimics the MICOS complex disassembly. This first screen allowed us to test more than 1500 molecules and to find two efficient molecules in this model. After the first toxicological tests performed on human cells, we decided to focus on one drug: the Nifuroxazide. We have been able to show that Nifuroxazide improves the deleterious phenotypes linked to the p.Ser59Leu mutation in patient fibroblasts but also in motor neurons derived from IPSCs carrying the p.Ser59Leu mutation. Notably, treatment with Nifuroxazide increases the number of normal mitochondrial cristae and elongates the mitochondrial network. We tried to understand the mechanism of action of the Nifuroxazide. We showed that the mechanism of action of the Nifuroxazide does not depend on STAT3 but it increases the interaction between two major actors of the maintaining of mitochondrial cristae structure: Mic60, the main component of the MICOS complex and OPA1. Investigation are still ongoing. The next step will be the pre-clinical analysis in mouse. For that, we will use the mutant murine model CHCHD10S59L/+ that we characterized and that recapitulates the phenotypes observed in patients carrying the p.Ser59Leu mutation. We also worked on the understanding of the molecular cascade that leads to the disorganisation of mitochondrial cristae. We showed that CHCHD10 interacts with SLP2 and that they stabilize the PHB1/PHB2 complex. We demonstrated that in mutant conditions, SLP2/PHB aggregates and the destabilisation of the PHB1/PHB2 complex trigger the activation the protease OMA1 that will cleave OPA1 and provoke the disorganisation of the MICOS complex and the loss of mitochondrial cristae.The work done during this PhD project allowed us to better understand the mechanisms linked to CHCHD10 and to set the bases of what we hope will become, in the future, a new treatment for ALS/FTD linked to the p.Ser59Leu mutation in CHCHD10
 
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