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Boyen, Catherine

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Works: 23 works in 35 publications in 2 languages and 65 library holdings
Roles: Editor, Thesis advisor, htt, Contributor, Author, Other
Classifications: QH447, 572.861177
Publication Timeline
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Most widely held works by Catherine Boyen
Introduction to marine genomics by J. Mark Cock( )

5 editions published in 2010 in English and held by 25 WorldCat member libraries worldwide

Marine biology has always played an important role in biological research, being at the origin of many key advances. To a certain extent, the influence of marine biology on the biological sciences was overshadowed over a period of several years by the remarkable advances that were made using powerful model organisms from terrestrial environments. This situation is now changing again, however, due primarily to spectacular developments in genomic methodologies that have significantly accelerated research in a broad spectrum of marine biology disciplines ranging from biodiversity to developmental biology to biotechnology. The data generated by marine genomics projects have had an impact on questions as diverse as understanding planetary geochemical cycles, the impact of climate change on marine fauna and flora, the functioning of marine ecosystems, the discovery of new organisms and novel biomolecules, and investigation of the evolution of animal developmental complexity
ETUDE DE LA PAROI CELLULAIRE DES PHEOPHYCEES : APPROCHE PHYSICOCHIMIQUE ET IMMUNOCYTOLOGIQUE, PREPARATION D'ENZYMES DE DEGRADATION SPECIFIQUES by Catherine Boyen( Book )

3 editions published in 1987 in French and held by 6 WorldCat member libraries worldwide

ETUDE DE LA COMPOSITION OSIDIQUE D'ALGINATE DES GENRES PELVETIA, FUCUS, ARCOPHYLLUM, SARGASSUM ET LAMINARIA. PREPARATION ET CARACTERISATION DES ALGINATES-LYASES A PARTIR DE DIVERS MOLLUSQUES MARINS ET D'UNE BACTERIE MARINE. ETUDE COMPAREE DE LA REGENERATION DE LA PAROI DU PROTOPLASTE ET DE LA MISE EN PLACE NORMALE DE LA PAROI DU ZYGOTE DE FUCUS DISTICHUS PAR MARQUAGE AVEC DES ANTICORPS MONOCLONAUX
TRANSCRIPTION DU GENOME MITOCHONDRIAL DE L'ALGUE ROUGE CHONDRUS CRISPUS : MECANISMES ET ASPECTS EVOLUTIFS by Odile Richard-Pauchet( Book )

2 editions published in 1998 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

L'ORGANISATION DU GENOME MITOCHONDRIAL DE L'ALGUE ROUGE CHONDUS CRISPUS SUGGERE L'EXISTENCE DE DEUX UNITES DE TRANSCRIPTION SEPAREES PAR UNE COURTE REGION NON CODANTE, RESPONSABLE DE L'INITIATION DE TRANSCRIPTION. LA CARTE DE TRANSCRIPTION DE CE GENOME CONFIRME CETTE HYPOTHESE. EN EFFET LA MAJORITE DES SONDES UTILISEES EN HYBRIDATION SUR NORTHERN PERMETTENT LA DETECTION DE TRANSCRITS DE PLUS DE 10 KB QUI RESULTENT DE LA TRANSCRIPTION DE CHACUNE DES DEUX UNITES. LES DEUX GRANDS ARN PRIMAIRES SONT ENSUITE MATURES PAR DE MULTIPLES ETAPES DE CLIVAGE ET LIBERENT DES ARN MATURES MONO- OU POLY-CISTRONIQUES. LES EXTREMITES 5' DES DEUX ARN PRIMAIRES SONT LOCALISEES DANS LES SEQUENCES REPETEES INVERSES DU POLE NORD ET PLUS PARTICULIEREMENT A PROXIMITE D'UN MOTIF DE 8 NUCLEOTIDES AYANT DE FORTES SIMILITUDES DE SEQUENCES ET DE STRUCTURES AVEC LES PROMOTEURS MITOCHONDRIAUX DU XENOPE ET DU POULET. LES EXTREMITES 5' DES ARN MESSAGERS PRECEDES D'UN ARNT SONT LOCALISEES EN POSITION 48 DE L'ARNT. DE PLUS TOUS LES ARNT CODES PAR LE GENOME MITOCHONDRIAL SONT TRANSCRITS. CES RESULTATS INDIQUENT QUE LA MATURATION DES ARN SE FAIT PAR L'INTERMEDIAIRE DE DEUX MECANISMES DIFFERENTS ET QU'UNE ACTIVITE DE CLIVAGE DES ARNT EXISTE CHEZ C. CRISPUS. J'AI MIS EN EVIDENCE IN VITRO UNE ACTIVITE DE CLIVAGE DE L'ARNT#A#S#P DANS LES BOUCLES ANTICODON ET T. TOUS LES CLIVAGES OBSERVES SONT PROBABLEMENT LE RESULTAT D'UNE MEME ACTIVITE ET LA VARIATION DES SITES DE COUPURE EST LIEE A LA DIFFERENCE DE CONFORMATION DE L'ARNT IN VIVO ET IN VITRO. EN CONCLUSION, LE SCHEMA DE TRANSCRIPTION DU GENOME DE C. CRISPUS RESSEMBLE FORTEMENT A CELUI DES GENOMES MITOCHONDRIAUX ANIMAUX. PAR AILLEURS LA MATURATION DES ARN MITOCHONDRIAUX CHEZ C. CRISPUS IMPLIQUENT LES ARNT. IL S EMBLE SE DEGAGER UN MODELE DE MATURATION DES ARN MITOCHONDRIAUX COMMUN AUX MITOCHONDRIES, DANS LEQUEL LES ARNT ET LES STRUCTURES PROCHES ONT UN ROLE ESSENTIEL. LA TRANSCRIPTION D'UN GENOME MITOCHONDRIAL NE SEMBLE DONC PAS DEPENDRE DE LA POSITION PHYLOGENETIQUE DE L'ORGANISME MAIS EST PLUTOT GOUVERNEE PAR L'EVOLUTION DE LA STRUCTURE DE SON GENOME
Special issue : marine genomics by International Symposium on Aquatic Genomics "Development of Aquatic Metagenomics and Perspective of Studies on Aquatic Biodiversity"( Book )

1 edition published in 2007 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Abiotic Stress Response in Ectocarpus siliculosus : a global approach by Simon Dittami( Book )

2 editions published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Les algues brunes représentent une composante importante de l'écosystème côtier, au sein duquel elles ont développé des mécanismes uniques leur permettant de vivre dans la zone intertidale, habitat caractérisé par des fluctuations fréquentes des conditions environnementales (stress biotique et abiotique). L'objectif de cette thèse était l'exploration des mécanismes permettant l'acclimatation et l'adaptation des algues brunes à certains stress abiotiques, en utilisant le modèle génétique et génomique Ectocarpus siliculosus. Dans ce but, trois axes de recherche ont été suivis : le métabolisme primaire chez Ectocarpus, la réponse à court terme à des stress salins et oxydatifs, et l'adaptation à long terme d'une souche isolée dans de l'eau douce. Ils ont été abordés en combinant plusieurs approches : la détermination de paramètres physiologiques, des expériences de profilage métabolique et transcriptomique, et l'annotation du génome d'Ectocarpus. Les résultats obtenus démontrent une grande plasticité transcriptomique et métabolique chez Ectocarpus siliculosus, et mettent en évidence plusieurs caractéristiques intéressantes : l'absence probable d'un mécanisme classique de concentration du carbone, l'induction de la production de l'acide gamma-aminobutyrique (un neurotransmetteur chez les animaux et une hormone de stress chez les plantes) en condition de stress (malgré l'absence des enzymes du GABA shunt, sa voie principale de synthèse), la présence d'un groupe de FCP (fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein) induit par les stress, et l'utilisation de NaC1 comme osmolyte primaire dans les conditions de stress salins
Global expression analysis of the brown alga Ectocarpus siliculosus (Phaeophyceae) reveals large-scale reprogramming of the transcriptome in response to abiotic stress by Simon M Dittami( )

1 edition published in 2009 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Bases moléculaires de la réponse au stress et à la défense chez l'algue rouge Chondrus crispus et caractérisation d'une nouvelle classe de glutathion S-transférases by Cécile Hervé( Book )

2 editions published in 2006 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Des analyses de bases de données de génomes et de banques d'ADNc d'algues rouges et de diatomées, ont permis d'identifier des séquences présentant des similitudes avec les NADPH oxydases, enzymes impliquées dans la génération du burst oxydatif. L'analyse des profils d'expression du gène de l'algue rouge Chondrus crispus a montré qu'il était induit au cours de l'infection de l'algue par Achrochaete operculata, et par des traitements à l'atrazine et au méthyle jasmonate. Plusieurs gènes présentant un intérêt dans le cadre de l'étude des réponses au stress et à la défense chez l'algue ont été identifiés : bromoperoxydases, myéloperoxydases, cytochromes P450, peroxiredoxines, glutathion S-transférases (GST). L'analyse des profils d'expression de trois gènes de GST, à montré leur forte induction par des oxylipines dont le méthyle jasmonate. Deux de ces séquences sont très proches des GST de la classe sigma qui comprend des enzymes ayant une activité prostaglandine synthase
MARINE-EXPRESS: taking advantage of high throughput cloning and expression strategies for the post-genomic analysis of marine organisms by Agnès Groisillier( )

1 edition published in 2010 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Chlorophyll-binding proteins revisited - a multigenic family of light-harvesting and stress proteins from a brown algal perspective by Simon M Dittami( )

1 edition published in 2010 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude des glutathion S-transférases chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus Siliculosus by Pierre-Olivier de Franco( Book )

2 editions published in 2009 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Among the cellular defense systems, glutathione transferase (GST) form a highly diverse family of protein with various biological functions. The three main families of GST have been identified and annotated in the brown algae Ectocarpus siliculosus and Laminaria digitata. The cytosolic GSTs are represented by 12 genes in the brown algal model and to date, by four genes in L. digitata. All of these genes belong to the Sigma class, which is mainly found in metazoan an involved in the oxylipins metabolism. Three genes of the MGST3, one of the classes among the MAPEG family of GST, have been identified in E. siliculosus. This class is suggested to be ancestral as it is conserved in different eukaryotic lineages. Moreover, the Ectocarpus genome contains one gene of the Kappa class, giving the first evidence of such a gene in a photosynthetic organism. Genome content, phylogenetic analyses and the conserved position of introns in Sigma GST genes suggest that the ancestral eukaryotic protist contains at least the cytosolic GST of the Theta, Zeta and Sigma class, the microsomal MGST3, and the Kappa class. Genomic organization of GST genes in E. siliculosus genome reveals multiple duplication events that have extended the diversity of the multigenic families. Transcripts accumulation profiling and enzymatic activities of recombinant proteins tend to demonstrate that GST may be involved in oxilipins metabolism in red and brown algae
Stress abiotique chez l'algue rouge Chondrus crispus : développement d'un modèle en physiologie et biologie moléculaire by Nathalie Kowalczyk( Book )

2 editions published in 2013 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Chondrus crispus est une macroalgue rouge, choisie comme modèle d'étude des Rhodophytes multicellulaires. Il est admis que la réponse de C. crispus aux agents stressants d'origine abiotique relatifs à son environnement intertidal ; lumière, dessiccation, chaleur, osmolarité, pluie ; explique en grande partie sa distribution dans l'estran. Le but de ma thèse est de tester cette hypothèse en utilisant des approches multi-échelles. L'accent est mis notamment sur l'étude du métabolisme des espèces réactives de l'oxygène (ROS) considéré comme particulièrement important dans la tolérance au stress, ainsi que la photosynthèse, principal producteur de ROS et indicateur majeur de l'état physiologique des végétaux. Le premier objectif était une étude génomique globale. D'abord, l'annotation manuelle du génome de C. crispus, afin de mieux comprendre le fonctionnement du métabolisme lié au stress et le photosynthèse. Puis, en utilisant les technologies de séquençage à haut débit, nous avons mené des expériences de transcriptomique afin de caractériser l'expression des gènes des trois stades de vie majeurs de C. crispus et identifier de nouveaux candidats impliqués dans la réponse au stress, menant à de futures études plus ciblées. Le second objectif de cette thèse était d'analyser la réponse de l'appareil photosynthétique à la lumière, en utilisant la fluorescence de la chlorophylle et la spectrométrie, des techniques couramment utilisées chez les végétaux verts et les cyanobactéries. Cependant, les algues rouges possèdent un appareil photosynthétique unique, intermédiaire entre les plantes vertes - avecune antenne PSI similaire - et les cyanobactéries, avec des phycobilisomes en guise d'antenne PSII ; les mécanismes de dissipation d'énergie grâce aux caroténoïdes sont absents. Nous avons dû établir un protocole approprié afin d'interpréter les données générées, et ainsi caractériser un phénomène de photoprotection original, le spill-over, un transfert d'énergie efficace résultant d'un contact physique entre le PSI et le PSII, contrôlé par l'état redox du pool de plastoquinones
Recherche et étude de marqueurs moléculaires de la réponse au stress chez l'algue brune Laminaria digitata by Vincent Roeder( Book )

2 editions published in 2006 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Afin d'identifier des marqueurs moléculaires de la réponse au stress et des gènes impliqués dans la synthèse de la paroi cellulaire chez l'algue brune Laminaria digitata, 1985 EST issus de protoplastes (cellules isolées et stressées) ont été générées. Un quart de ces EST mannuronane-C5-épimérases (ManC5), seraient impliquées dans la synthèse de la paroi. La production de protoplastes entraînant la libération d'oligoguluronates et mimant ainsi l'attaque par un pathogène, la technique d'hybridation soustractive sur des sporophytes élicités a permis d'identifier des gènes plus spécifiques au stress (heat shock proteins, glutathion S-transférases) ou à la défense (thiorédoxine péroxydases, 6-phosphogluconate déshydrogénase, glucose 6-phosphate déshydrogénase). De plus, nous avons mesuré des variations d'expression pour quatre ManC5 par PCR quantitative chez les protoplastes et des sporophytes élicités
Gracilaria tenuistipitata (Rhodophyta) tolerance to cadmium and copper exposure observed through gene expression and photosynthesis analyses by Angela Pedroso Tonon( )

1 edition published in 2018 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Characterisation of complementary DNAs from the expressed sequence tag analysis of life cycle stages of Laminaria digitata (Phaeophyceae) by Florent Crépineau( )

1 edition published in 2000 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Transcriptomic and metabolomic analysis of copper stress acclimation in Ectocarpus siliculosus highlights signaling and tolerance mechanisms in brown algae by Andrés Ritter( )

1 edition published in 2014 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude des glutathion S-transférases chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus Siliculosus by Pierre-Olivier de Franco( )

1 edition published in 2009 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Chez les algues brunes Laminaria digitata et Ectocarpus siliculosus, les trois principales familles de GST ont été identifiées et annotées. La famille des GST cytosoliques est constituée de 12 gènes chez E. siliculosus, et à ce jour, de 4 gènes chez L. digitata, tous appartenant à la classe Sigma. Cette classe est essentiellement rencontrée chez les métazoaires, où elle joue un rôle dans le métabolisme des dérivés d'acides gras oxydés (oxylipines). La famille des GST microsomales, appartenant à la superfamille des MAPEG (Membrane Associated Protein in Eicosanoid and Glutathione metabolism), est représentée par trois gènes chez E. siliculosus, qui appartiennent à la classe MGST3. Cette classe est la seule à être présente dans la plupart des lignées eucaryotes. La famille des GST Kappa a été identifiée chez E. siliculosus, et représente le premier gène de ce type identifié chez un organisme photosynthétique. L'analyse des génomes, les reconstructions phylogénétiques, et la conservation de la position d'introns dans les gènes de GST Sigma, suggèrent que le protiste ancestral commun aux lignées eucaryotes possédait dans son génome des GST cytosoliques Theta, Zeta et Sigma, des MAPEG de type MGST3, et une GST Kappa. L'organisation génomique des gènes de GST dans le génome d'E. siliculosus est révélateur d'événements de duplications multiples ayant conduit à la diversification des familles multigéniques. L'analyse des profils d'expression obtenus par PCR quantitative, et les tests d'activités enzymatiques menés sur des protéines recombinantes tendent à démontrer que les GST sont impliquées dans le métabolisme des oxylipines chez les algues brunes et rouges
Abiotic Stress Response in Ectocarpus siliculosus a global approach by Simon Dittami( )

1 edition published in 2009 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les algues brunes représentent une composante importante de l'écosystème côtier, au sein duquel elles ont développé des mécanismes uniques leur permettant de vivre dans la zone intertidale, habitat caractérisé par des fluctuations fréquentes des conditions environnementales (stress biotique et abiotique). L'objectif de cette thèse était l'exploration des mécanismes permettant l'acclimatation et l'adaptation des algues brunes à certains stress abiotiques, en utilisant le modèle génétique et génomique Ectocarpus siliculosus. Dans ce but, trois axes de recherche ont été suivis : le métabolisme primaire chez Ectocarpus, la réponse à court terme à des stress salins et oxydatifs, et l'adaptation à long terme d'une souche isolée dans de l'eau douce. Ils ont été abordés en combinant plusieurs approches : la détermination de paramètres physiologiques, des expériences de profilage métabolique et transcriptomique, et l'annotation du génome d'Ectocarpus. Les résultats obtenus démontrent une grande plasticité transcriptomique et métabolique chez Ectocarpus siliculosus, et mettent en évidence plusieurs caractéristiques intéressantes : l'absence probable d'un mécanisme classique de concentration du carbone, l'induction de la production de l'acide gamma-aminobutyrique (un neurotransmetteur chez les animaux et une hormone de stress chez les plantes) en condition de stress (malgré l'absence des enzymes du GABA shunt, sa voie principale de synthèse), la présence d'un groupe de FCP (fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein) induit par les stress, et l'utilisation de NaC1 comme osmolyte primaire dans les conditions de stress salins
Etude du métabolisme du mannitol chez l'algue brune modèle Ectocarpus siliculosus : caractérisation de l'enzyme clé mannitol-1-phosphate déshydrogénase. by Patricia Bonin( )

1 edition published in 2014 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les algues brunes sont des organismes photosynthétiques multicellulaires, appartenant à la lignée des straménopiles, et dont l'habitat principal est la zone intertidale. Une de leurs caractéristiques métaboliques est d'utiliser le mannitol (polyalcool à six atomes de carbone) comme forme de stockage du carbone issu de la photosynthèse. Le métabolisme du mannitol chez ces organismes fait intervenir quatre enzymes, deux pour la synthèse et deux pour le recyclage, regroupées dans le cycle du mannitol. Parmi les algues brunes, Ectocarpus siliculosus est l'organisme modèle pour étudier différents aspects de leur biologie. Au cours de la thèse, trois gènes de cette algue codant pour les enzymes responsables de la première étape du cycle du mannitol, la mannitol-1-phosphate déshydrogénase (M1PDH), ont été étudiés (EsM1PDH1, EsM1PDH2, et EsM1PDH3). Les M1PDHs catalysent une réaction réversible entre le fructose-6-phosphate et le mannitol-1-phosphate. Une version du gène EsM1PDH, codant pour une protéine tronquée en N-terminal afin d'éliminer un domaine de fonction inconnue, a été surexprimée chez la bactérie Escherichia coli. La protéine recombinante tronquée a été purifiée et caractérisée au niveau biochimique, notamment pour déterminer ses paramètres cinétiques dans les deux sens de la réaction catalysée par les M1PDHs. Ces résultats ont été complétés par l'analyse de l'expression des gènes codant pour les enzymes du cycle du mannitol chez E. siliculosus au cours du cycle diurnal. L'ensemble de ces observations contribue à mieux comprendre une voie métabolique clé dans la physiologie des algues brunes
Recherche et étude de marqueurs moléculaires de la réponse au stress chez l'algue brune Laminaria digitata by Vincent Roeder( )

1 edition published in 2006 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

To identify molecular markers of stress and genes involved in cell wall synthesis in the brown algae Laminaria digita, 1985 ESTs were obtained from protoplasts (isolated and stressed cells). Twenty five percent of these ESTs encoded proteins implicated in stress response and 22 sequences, including mannuronan-C5-epimerases (ManC5), were related to cell wall synthesis. Since oligoguluronates released during protoplastes preparation mimic infection of sporophyte by a pathogen, we made a distinction between stress and defense related genes by using the subtractive hybridization technique on elicitatede sporophytes. Thus, thioredoxine peroxidases, 6-phosphogluconate dehydrogenase, and glucose 6-phosphate dehrydrogenase were involved in defense mechanisms, whereas that shock proteins and glutathione S-transferases were implicated in stress response. We have also monitored variation of expression of four ManC5 genes by quantitative PCR in protoplasts and in elicitated sporophytes
Structure and trophic diversity of picoeukaryotic primary producers across the global ocean by Laura Rubinat-Ripoll( )

1 edition published in 2020 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

La production primaire est la synthèse de matière organique à partir de molécules inorganiques et, dans la plupart des écosystèmes, elle est réalisée à travers de la photosynthèse. Les microbiens eucaryotes phototrophes et mixotrophes sont les principaux contributeurs à la production primaire dans l'océan oligotrophe global, soutenant les processus de transfert trophique d'énergie et de biomasse à l'échelle planétaire. Malgré la valeur écologique de ces organismes, leur grande diversité taxonomique et fonctionnelle reste largement inconnue. Dans cette thèse, nous utilisons différents types de données moléculaires obtenues à partir de l'expédition circumglobale de Tara Oceans pour évaluer la composition et la diversité trophique des producteurs primaires picoeucaryotes dans l'océan oligotrophique. Dans la première partie de la thèse, nous comparons les données métagénomiques et de métabarcodage pour évaluer la diversité évolutive et l'abondance relative des organismes picophototrophes. Nous avons identifié les bactéries phototrophes comme trois fois plus abondantes et significativement moins phylogénétiquement diversifiées que les picoeukayrotes phototrophes. Les Prymnesiophyceae, Mamiellophyceae, Pelagophyceae et Dictiochophyceae sont apparus comme les groupes dominants de picoeucaryotes phototrophes en termes de richesse relative et d'abondance. Dans le quatrième chapitre, nous décrivons un modèle prédictif pour quantifier l'abondance des groupes trophiques dans les échantillons métagénomiques. Cette approche, qui ne dépend pas de la attribution taxonomique, a révélé la dominance des organismes phototrophes dans tous les bassins océaniques, tandis que la contribution des phagomixo- et phago- trophées oscillait autour de 25% de l'abondance relative dans la plupart des échantillons. Dans la dernière étude incluse dans cette thèse, nous évaluons la distribution d'une collection de single-cell amplified genomes dans les échantillons de Tara Oceans. Nos résultats soutiennent que la technique de séquençage unicellulaire a le potentiel de récupérer le génome des protistes dominants dans l'océan oligotrophique global avec un effort d'échantillonnage relativement modeste. Dans l'ensemble, ce travail décrit un certain nombre d'approches basées sur des données moléculaires pour évaluer la distribution et la diversité des producteurs primaires dans les environnements marins
 
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Introduction to marine genomics
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Catherine Boyen investigadora francesa

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